/

1. Implementacija asimetričenga srednjega drevesa za
iskanje konsenza filogenteskih dreves
Urban Soban
Mentor: doc. dr. Tomaž Curk

2. filogenetsko drevo = evolucijska hipoteza
računamo jih npr. iz DNA ali RNA sekvenc
za računanje poznamo več različnih metod, ki dajejo različne
rezultate (pridobimo več evolucijskih hipotez)
želimo eno evolucijsko hipotezo
striktno, večinsko, Adamsovo,
Nelson-Pagevo konsenzno drevo ...
C. Darwin: Transmutation of species, Notebook B

3. izračun:
- predstavitev dreves
- nekompatibilnost kladov
- graf nekompatibilnosti
- največja neodvisna množica
- rekonstrukcija drevesa
dve aproksimacijski metodi
evaluacija:
- razrešenost drevesa
- podobnost vhodnim drevesom (Robinson-Fouldsova mera)
- časi izvajanja

4. skupni prednik z potomci
koren poddrevesa z vsemi vozlišči pod njim
plazilci niso klad, saj mednje ne spadajo ptiči
"Reptilia-Sauropsida" by Petter Bøckman

5. vsak klad drevesa zakodiramo s pomočjo binarnega niza
binarni niz določa prisotnost taksonomskih enot v kladu
binarni nizi vseh kladov enolično
določajo strukturo drevesa
Epsilon | Delta | Gamma | Beta | Alpha
0 0 1 1 1

6. vozlišča grafa predstavljajo binarni nizi kladov iz vseh dreves
povežemo tista vozlišča, katerih binarni nizi so nekompatibilni
poiščemo največjo neodvisno množico vozlišč

7. vhodnih dreves particij v grafu nekompatibilnosti
iskanje največje neodvisne množice v -partitnih grafih spada v
razred NP-polnih algoritmov (za > 2)
: izračun AMT iz dveh vhodnih dreves naenkrat ( = 2)
največje ujemanje najmanjše pokritje največja neodvisna množica
: izračun AMT s pomočjo največjega ujemanja v grafu
nekompatibilnosti

8. razrešenost drevesa je število povezav v drevesu
Robinson-Fouldsova mera šteje neenake klade med drevesoma
rezultati:
AMT vedno najbolj razrešeno drevo ...
... vendar ne nujno najbolj podobno vhodnim drevesom
Bi-AMT včasih boljša od večinskega konsenza
MM-AMT običajno boljša od Adamsovega konsenza

10. implementacija konsenzne metode AMT in dveh aproksimacijskih
metod v paket Biopython
razrešenost AMT (količina informacije, ki jo podaja) največja med
preizkušenimi konsenznimi metodami
uspešnost metode v splošnem odvisna od lastnosti vhodnih
dreves
natančna metoda (časovno) primerna za manjše do srednje
velike vhodne množice dreves
izboljšava: aproksimacija iskanja največje neodvisne množice