iExpo Paris 10 juin 2010-Velterop

ACKnowledge

Les Nanopublications
Jan Velterop – i-Expo – Paris – 10 juin 2010

Pourquoi les scientiﬁques
publient-ils?

Why do scientists publish?

laisser un trace – the record*
“le compte-rendu de la science” – “keeping the minutes of science”

1 of S
c
ienc
e
The
Rec
ord

*image inspirée par Geoffrey Bilder de chez CrossRef

laisser un trace – the record*
“le compte-rendu de la science” – “keeping the minutes of science”

1 i
o fS
c

Th
en

e
e c

Re
c or
d

*image inspirée par Geoffrey Bilder de chez CrossRef

leur crédit dans un “égo-système”:
une économie de la reconnaissance*

2

*”économie de la reconnaissance” néologisme créé par Geoffrey Bilder de chez CrossRef

1+2=
l’interface avec l’ofﬁcialité *

the interface with ofﬁcialdom *

*néologisme de Salvatore Mele du CERN

transfert des informations et des connaissances
–
transfer of information and knowledge

3

3=
l’interface avec la science

the interface with science

Ces exigences, sont-elles toutes
les trois équivalentes?

Are the requirements for all
three the same?

Certes, tout ça permet de faire
date ou d’être reconnu…

What we have may be good for
the record and credit...

...mais quid du transfert des
connaissances?

...but is it satisfactory for the
transfer of knowledge?

Ne sommes-nous pas inondés
par tout ce qu’il faudrait lire?

Isn’t there too much to read?

Sommes-nous
condamnés à choisir?

Should we have to
make choices?

Et le pouvons-nous?

Indeed can we?

L’édition aujourd’hui: le transport des aguilles
Current publishing : needle transport

ACKnowledge

A l’interface avec les éditeurs

Le roi A l’interface avec les éditeurs c’est le contenu

Ou plutôt, l’était peut-être?

ACKnowledge

Mais comment pourrions-
nous choisir...?

Ne faudrait-il pas absorber
TOUTES les connaissances
de notre domaine?

Shouldn’t we take in ALL
the knowledge in our area?

PubMed: un nouvel
article toutes les 36
secondes

ACKnowledge

Molecular Biology Laboratory in Heidelberg, Germany,
and won Elsevier’s Grand Challenge 2009 competition
for new tools that improve the communication and use
of scientific information.
Reflect automatically recognizes and highlights the
names of genes, proteins and small molecules in the Cell
articles. Users clicking on a highlighted term will see a pop-
PubMed: un nouvel
up box containing information related to that term, such as
sequence data and molecular structures, along with links to
article toutes les 36
the sources of the data. Reflect obtains this information from
its dictionary of millions of proteins and small molecules.
secondes
Such ‘entity recognition’ can be done fairly accurately
by many mining tools today. But other tools take on the
tougher challenge of recognizing relationships between the
entities. Researchers from Leiden University and Erasmus
University in Rotterdam, both in the Netherlands, have
developed software called Peregrine, and used it to pre-
dict an undocumented interaction between two proteins:

ACKnowledge

Avoir une vision d’ensemble
pour commencer?

Create an overview ﬁrst?

Et puis zoomer sur les
détails?

And then home in on
detail?

<protein kinase> <phosphorylates> <proteins>

ACKnowledge


<sujet> <prédicat> <objet>

ACKnowledge

<#26277419> <#2121378> <#13817745>



ACKnowledge

<#26277419> <#2121378> <#13817745>



Une ‘Assertion‘ (ou ‘Triplet’)

ACKnowledge

Les Nanopublications: des Assertions ayant des Attributs

ACKnowledge

Les Nanopublications: des Assertions ayant des Attributs
Exemples d’attributs:

assertedBy - indique quelle est l’entité à l’origine (qui l’a créée) de l’assertion
curatedBy - indique qu’une entité donnée a géré l’assertion
isPeerReviewed - indique que cette assertion est passée par un arbitrage entre pairs
(peer review)
isEvidencedBy - indique qu’une autre assertion, Y, doit être tenue comme preuve de
l’assertion X en question
createdOn - indique la date/heure de création de l’assertion
hasAuthor - indique qui affirme être auteur de l’assertion
isApprovedBy - indique qui a approuvé l’assertion
isDeprecatedBy - indique que l’assertion n’est plus utilisée par l’entité en question

ACKnowledge

une nanopublication (triplet):

ACKnowledge

une nanopublication (triplet):

<rdf:Description rdf:about=”http://www.nbic.nl/cwa/relation/
#26277419#13817745">
<cwa:typeRelation rdf:resource=” http://predicate.conceptwiki.org/index.php/
#2121378”/>
<cwa:direction>1,2</cwa:direction>
<cwa:strength>1.0</cwa:strength>
<cwa:author rdf:resource=”http://people.conceptwiki.org/index.php/#85094810”/>
<cwa:provenance rdf:resource=”http://article.conceptwiki.org/index.php/
#121646370”/>
<cwa:timestamp>1240641052059</cwa:timestamp>
<cwa:annotated_by rdf:resource=”http://people.conceptwiki.org/index.php/
#43065817”/>
<cwa:annotation rdf resource=”http://www.virusdb.org/viruses/av/
Heliothis_virescens_insect”>
</rdf:Description>

ACKnowledge

<#26277419> <#2121378> <#13817745>

<rdf:Description rdf:about=”http://www.nbic.nl/cwa/relation/#26277419#13817745">
<cwa:typeRelation rdf:resource=” http://predicate.conceptwiki.org/index.php/#2121378”/>
<cwa:provenance rdf:resource=”http://article.conceptwiki.org/index.php/#121646370”/>
<cwa:annotated_by rdf:resource=”http://people.conceptwiki.org/index.php/#43065817”/>
<cwa:annotation rdf resource=”http://www.virusdb.org/viruses/av/Heliothis_virescens_insect”>
</rdf:Description>

ACKnowledge

Auteur
</rdf:Description>

http://conceptwiki.org/index.php/Concept:
85094810
ACKnowledge

Auteur
85094810
</rdf:Description>

ACKnowledge

85094810

Provenance
</rdf:Description>

121646370
ACKnowledge

Provenance
<cwa:timestamp>1240641052059</cwa:timestamp> 121646370
</rdf:Description>

ACKnowledge

Horodatage – Timestamp
</rdf:Description>

ACKnowledge

Annotations
</rdf:Description>

ACKnowledge

<rdf:Description rdf:about=”http://www.nbic.nl/cwa/relation/
#26277419#13817745">
<cwa:typeRelation rdf:resource=” http://predicate.conceptwiki.org/index.php/
#2121378”/>
<cwa:provenance rdf:resource=”http://article.conceptwiki.org/index.php/
#121646370”/>
<cwa:annotated_by rdf:resource=”http://people.conceptwiki.org/index.php/
#43065817”/>
<cwa:annotation rdf resource=”http://www.virusdb.org/viruses/av/
Heliothis_virescens_insect”>
</rdf:Description>

ACKnowledge

L’image...globalement
The whole picture

Même si vous ne voyez pas
tout dans les détails
Even if you don’t have all the
detail

Atteindre les informations
pertinentes

Connect to relevant
information

Découvrir des
connaissances nouvelles

Discovery of new
knowledge

Les nanopublications peuvent aussi servir à déduire
Nanopublications can also be used to reason

ACKnowledge

Les nanopublications peuvent aussi servir à déduire
Nanopublications can also be used to reason

protein X

protein A

ACKnowledge

Citation: van Haagen HHHBM, 't Hoen PAC, Botelho Bovo A, de Morrée A, van Mulligen EM, et al.
(2009) Novel Protein-Protein Interactions Inferred from Literature Context. PLoS ONE 4(11): e7894.
doi:10.1371/journal.pone.0007894

Merci!

velterop@conceptweballiance
jan.velterop@acknowledgeconnect.com
http://bit.ly/ACKnowledgedemo1

ACKnowledge

iExpo Paris 10 juin 2010-Velterop

Recommandé

Recommandé

Contenu connexe

Similaire à iExpo Paris 10 juin 2010-Velterop

Similaire à iExpo Paris 10 juin 2010-Velterop (20)

Dernier

Dernier (20)

iExpo Paris 10 juin 2010-Velterop

Notes de l'éditeur