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Fokusserien-basierte Rekonstruktion von Mikroobjekten



Fokusserien-basierte Rekonstruktion von Mikroobjekten

                                   Jan Wedekind

                                         16.5.2002

                             Betreuer:     Axel Burkle
                                                 ¨
                             Referent:     Prof. Heinz Worn
                                                        ¨




                                                            Institut f¨ r Prozeßrechentechnik,
                                                                      u
Universit¨t Karlsruhe (TH)
         a                                -1-
                                                            Automation und Robotik
Fokusserien-basierte Rekonstruktion von Mikroobjekten



                                       Motivation




aus Fokusserie rekonstruieren:                   Anwendung
 • Oberflache (H¨henkarte)
        ¨      o                                     • 3-D Modelle
 • Bild erweiterter Scharfentiefe
                       ¨                             • Bilderkennung




                                                             Institut f¨ r Prozeßrechentechnik,
                                                                       u
 Universit¨t Karlsruhe (TH)
          a                            - 2 (4/3) -
                                                             Automation und Robotik
Fokusserien-basierte Rekonstruktion von Mikroobjekten



                                 Verwandte Techniken

                                                                        Strahlteiler          Laser
                      Kamera


                                       Laser                Pfad1                             Pfad2
                                                                             Probe
                                                 Detektor
                                                                                                 Piezo
                   α
                       ∆z                                           Linse1           Linse2

                 ∆x                                                                  XYZ−Tisch




Lasertriangulation                              Konfokales
 • Vorteil: schnell, stabil                     Laserscanningmikroskop
 • Grenze: Linienbreite,                           • hohe Aufl¨sung, 3-D
                                                             o
   Sch¨rfentiefe
      a                                            • teuer




                                                                     Institut f¨ r Prozeßrechentechnik,
                                                                               u
 Universit¨t Karlsruhe (TH)
          a                             - 3 (10/9) -
                                                                     Automation und Robotik
Fokusserien-basierte Rekonstruktion von Mikroobjekten



                                Stand der Technik


• H¨henkarte d(x, y) aus
   o                                                         Fokusserie           Tiefenbild
                                                                        Laplace
   – Maximierung eines Sch¨rfemaßes
                           a
                                                                        Fusion
     ∗ Gradientenbetrag
     ∗ lokale Grauwertvarianz
     ∗ Wavelet, 2. Ableitung
   – Vergleich der Unscharfe
                        ¨
• Bild erweiterter Sch¨rfentiefe
                         a                                            Höhenkarte

  v(x, y) = gd(x,y) (x, y)




                                                            Institut f¨ r Prozeßrechentechnik,
                                                                      u
Universit¨t Karlsruhe (TH)
         a                            - 4 (7/6) -
                                                            Automation und Robotik
Fokusserien-basierte Rekonstruktion von Mikroobjekten




            Meßaufbau

• Leica DM RXA Mikroskop
   – 2 Kanal Beleuchtung mit
     Filtereinsatz
   – Motorisierter Z-Tisch
     (Schrittweite 0.1 µm)
• Dual Pentium III mit 1GHz
  Prozessoren
• 768 × 576 CCD-Kamera 8-Bit
  ⇒ Auflosung bis zu 0.74 µm/Pixel
       ¨




                                                            Institut f¨ r Prozeßrechentechnik,
                                                                      u
Universit¨t Karlsruhe (TH)
         a                            - 5 (7/6) -
                                                            Automation und Robotik
Fokusserien-basierte Rekonstruktion von Mikroobjekten



                              Projektion von Hilfsmustern




Ohne Verwendung von
Hilfsmuster

Mit
projiziertem 13 µm-
Schachbrettmuster




                                                             Institut f¨ r Prozeßrechentechnik,
                                                                       u
 Universit¨t Karlsruhe (TH)
          a                            - 6 (6/5) -
                                                             Automation und Robotik
Fokusserien-basierte Rekonstruktion von Mikroobjekten



                              Systematischer Fehler

                                                                                 PSF
                                                                d
                                                                      c
                                                                b           a

                                                                d c


z                                                                 Erkl¨rung
                                                                      a

                                                    • Kontrast(b)>Kontrast(d)
                                                    • Kontrast(a)<Kontrast(c)
                                  y
    Schnitt durch Fokusserie




                                                            Institut f¨ r Prozeßrechentechnik,
                                                                      u
Universit¨t Karlsruhe (TH)
         a                            - 7 (9/8) -
                                                            Automation und Robotik
Fokusserien-basierte Rekonstruktion von Mikroobjekten



                                             adaptives Sch¨rfemaß
                                                          a

            Fokusserie
                     (·)2

gz (x, y)                       gz (x, y)2
⊗h                                      ⊗h    Filterung
                                                              Sch¨rfemaß fur verschiedene
                                                                 a        ¨
                                                                     Au߬sungen
                                                                         o

⊗s           -(·)2          +           ⊗s    Filterung      • hier lokale Grauwertvarianz
                                             Verkleinerung
                                                             • Komplexitat O(N )
                                                                        ¨
                       1



⊗s           -(·)2          +           ⊗s    Filterung
                                             Verkleinerung

                       2




                                                                         Institut f¨ r Prozeßrechentechnik,
                                                                                   u
 Universit¨t Karlsruhe (TH)
          a                                           -8-
                                                                         Automation und Robotik
Fokusserien-basierte Rekonstruktion von Mikroobjekten



                   Adaptive Bestimmung der H¨henkarte
                                            o

                                                                       Ergebnis
                                                Suchbereich
                             Höhenkarte         Untergrenze


                                                                       Auswahl
                              Maxima            Obergrenze
1
                                                                              Vergrößerung

                                                                     Suchbereich,
                                                                     Höhenkarte
                                                Suchbereich
                             Höhenkarte         Untergrenze


                                                                       Auswahl
                              Maxima            Obergrenze
2
                                                                              Vergrößerung




                                                            Institut f¨ r Prozeßrechentechnik,
                                                                      u
Universit¨t Karlsruhe (TH)
         a                            - 9 (4/3) -
                                                            Automation und Robotik
Fokusserien-basierte Rekonstruktion von Mikroobjekten



                                       Ergebnis




                                                            Institut f¨ r Prozeßrechentechnik,
                                                                      u
Universit¨t Karlsruhe (TH)
         a                           - 10 (3/2) -
                                                            Automation und Robotik
Fokusserien-basierte Rekonstruktion von Mikroobjekten



                                Au߬sungsverbesserung I
                                   o
                                                             
                                                                    1
                                                                                 x2 + y 2 ≤ |zk|
Approximation der Punktantwort durch hz (x, y) =                 π(zk)2                               ,
                                                             
                                                                 0            sonst
                                                             
k kalibriert                                                              
                   1                      g − g [⊗]h                  j<0 
                                            2    1     2j/(cM )
 d − d (x, y) =        argmin
                  M j∈{−M,...,+M }        g1 − g2 [⊗]h2j/(cM )        j≥0 




                                                                     Verschlechterung




                                                                 Institut f¨ r Prozeßrechentechnik,
                                                                           u
   Universit¨t Karlsruhe (TH)
            a                            - 11 (4/3) -
                                                                 Automation und Robotik
Fokusserien-basierte Rekonstruktion von Mikroobjekten



                             Au߬sungsverbesserung II
                                o


                                 Maxima




                                                                Schärfemaß
                       Regressions−Parabel
                                                                               z
                      Maximum der Regressionsparabel




                                                            Institut f¨ r Prozeßrechentechnik,
                                                                      u
Universit¨t Karlsruhe (TH)
         a                              - 12 -
                                                            Automation und Robotik
Fokusserien-basierte Rekonstruktion von Mikroobjekten



                                       Vergleich I

                                ohne Muster                 mit Muster




Stand der Technik




adaptiv




                                                             Institut f¨ r Prozeßrechentechnik,
                                                                       u
 Universit¨t Karlsruhe (TH)
          a                           - 13 (3/2) -
                                                             Automation und Robotik
Fokusserien-basierte Rekonstruktion von Mikroobjekten



                                          Vergleich II

simulierte 1003 -Fokusserie: geneigte Ebene
                               N −1 N −1
                  1
            2
Gutemaß σd = 2 argmin
  ¨                                     (a1 x + a2 y + b − d(x, y))2
                 N a1 ,a2 ,b∈R x=0 y=0



                                                         Algorithmus                       σd
                                                         einfach                           21.6531
                                                         adaptiv                            1.4135
                                                         + Vgl. d. Unscharfe
                                                                        ¨                   1.4956
                                                         + Interpolation                    1.3704

           g50 (x, y)




                                                                   Institut f¨ r Prozeßrechentechnik,
                                                                             u
   Universit¨t Karlsruhe (TH)
            a                            - 14 (10/9) -
                                                                   Automation und Robotik
Fokusserien-basierte Rekonstruktion von Mikroobjekten




                                    Vergleich III



                                                     Algorithmus                         σd /2 µm
                                                     einfach                             3.66435
                                                     adaptiv                             0.76254
                                                     + Vgl. d. Unsch¨rfe
                                                                    a                    0.97060
                                                     + Interpolation                     0.67578




                                                               Institut f¨ r Prozeßrechentechnik,
                                                                         u
Universit¨t Karlsruhe (TH)
         a                          - 15 (11/10) -
                                                               Automation und Robotik
Fokusserien-basierte Rekonstruktion von Mikroobjekten



                                  Zusammenfassung
• Adaptiver Algorithmus unterdruckt systematische Fehler
                               ¨
• Projektion von Hilfsmuster
• wenige Parameter
• Komplexitat O(N )
           ¨
• Berechnung von Tiefenbildern
• Auflosungsverbesserung durch Interpolation
     ¨




                                                             Institut f¨ r Prozeßrechentechnik,
                                                                       u
 Universit¨t Karlsruhe (TH)
          a                           - 16 (7/6) -
                                                             Automation und Robotik
Fokusserien-basierte Rekonstruktion von Mikroobjekten



                                       Ausblick
• Meßaufbau:
  – Helligkeitsregler fur Beleuchtung
                       ¨
• Algorithmus:
  – Adaptiver Vergleich der Unsch¨rfe
                                 a
  – Fusion von Fokusserien
  – Interpolation der H¨henkarte
                       o
  – Sch¨rfemaß aus Wavelets
       a
  – Zusammensetzen von H¨henkarten
                        o




                                                            Institut f¨ r Prozeßrechentechnik,
                                                                      u
Universit¨t Karlsruhe (TH)
         a                           - 17 (9/8) -
                                                            Automation und Robotik
Fokusserien-basierte Rekonstruktion von Mikroobjekten




                                     Mikrogitter




                                                            Institut f¨ r Prozeßrechentechnik,
                                                                      u
Universit¨t Karlsruhe (TH)
         a                              - 18 -
                                                            Automation und Robotik
Fokusserien-basierte Rekonstruktion von Mikroobjekten




                                         Rillen




                                                            Institut f¨ r Prozeßrechentechnik,
                                                                      u
Universit¨t Karlsruhe (TH)
         a                              - 19 -
                                                            Automation und Robotik
Fokusserien-basierte Rekonstruktion von Mikroobjekten




                                   Mikrozahnrad




                                                            Institut f¨ r Prozentrechentechnik,
                                                                      u
Universit¨t Karlsruhe (TH)
         a                              -20 -
                                                            Automation und Robotek
Fokusserien-basierte Rekonstruktion von Mikroobjekten




                                 1-Cent Euro “E”




                                                            Institut f¨ r Prozeßrechentechnik,
                                                                      u
Universit¨t Karlsruhe (TH)
         a                              - 21 -
                                                            Automation und Robotik
Fokusserien-basierte Rekonstruktion von Mikroobjekten




                                     1-Cent “1”




                                                            Institut f¨ r Prozeßrechentechnik,
                                                                      u
Universit¨t Karlsruhe (TH)
         a                              - 22 -
                                                            Automation und Robotik
Fokusserien-basierte Rekonstruktion von Mikroobjekten




                              kleines Mikrozahnrad
                                        ∅0.6 mm




                                                            Institut f¨ r Prozeßrechentechnik,
                                                                      u
Universit¨t Karlsruhe (TH)
         a                              - 23 -
                                                            Automation und Robotik
Fokusserien-basierte Rekonstruktion von Mikroobjekten




                              Bergkristall Tiefenbild




                                                            Institut f¨ r Prozeßrechentechnik,
                                                                      u
Universit¨t Karlsruhe (TH)
         a                              - 24 -
                                                            Automation und Robotik
Fokusserien-basierte Rekonstruktion von Mikroobjekten




                                    Ammonit 3D




                                                            Institut f¨ r Prozeßrechentechnik,
                                                                      u
Universit¨t Karlsruhe (TH)
         a                              - 25 -
                                                            Automation und Robotik
Fokusserien-basierte Rekonstruktion von Mikroobjekten




                                                            Institut f¨ r Prozeßrechentechnik,
                                                                      u
Universit¨t Karlsruhe (TH)
         a                           - 26 (3/2) -
                                                            Automation und Robotik

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Fokus-serien basierte Rekonstruktion von Mikroobjekten (2002)

  • 1. Fokusserien-basierte Rekonstruktion von Mikroobjekten Fokusserien-basierte Rekonstruktion von Mikroobjekten Jan Wedekind 16.5.2002 Betreuer: Axel Burkle ¨ Referent: Prof. Heinz Worn ¨ Institut f¨ r Prozeßrechentechnik, u Universit¨t Karlsruhe (TH) a -1- Automation und Robotik
  • 2. Fokusserien-basierte Rekonstruktion von Mikroobjekten Motivation aus Fokusserie rekonstruieren: Anwendung • Oberflache (H¨henkarte) ¨ o • 3-D Modelle • Bild erweiterter Scharfentiefe ¨ • Bilderkennung Institut f¨ r Prozeßrechentechnik, u Universit¨t Karlsruhe (TH) a - 2 (4/3) - Automation und Robotik
  • 3. Fokusserien-basierte Rekonstruktion von Mikroobjekten Verwandte Techniken Strahlteiler Laser Kamera Laser Pfad1 Pfad2 Probe Detektor Piezo α ∆z Linse1 Linse2 ∆x XYZ−Tisch Lasertriangulation Konfokales • Vorteil: schnell, stabil Laserscanningmikroskop • Grenze: Linienbreite, • hohe Aufl¨sung, 3-D o Sch¨rfentiefe a • teuer Institut f¨ r Prozeßrechentechnik, u Universit¨t Karlsruhe (TH) a - 3 (10/9) - Automation und Robotik
  • 4. Fokusserien-basierte Rekonstruktion von Mikroobjekten Stand der Technik • H¨henkarte d(x, y) aus o Fokusserie Tiefenbild Laplace – Maximierung eines Sch¨rfemaßes a Fusion ∗ Gradientenbetrag ∗ lokale Grauwertvarianz ∗ Wavelet, 2. Ableitung – Vergleich der Unscharfe ¨ • Bild erweiterter Sch¨rfentiefe a Höhenkarte v(x, y) = gd(x,y) (x, y) Institut f¨ r Prozeßrechentechnik, u Universit¨t Karlsruhe (TH) a - 4 (7/6) - Automation und Robotik
  • 5. Fokusserien-basierte Rekonstruktion von Mikroobjekten Meßaufbau • Leica DM RXA Mikroskop – 2 Kanal Beleuchtung mit Filtereinsatz – Motorisierter Z-Tisch (Schrittweite 0.1 µm) • Dual Pentium III mit 1GHz Prozessoren • 768 × 576 CCD-Kamera 8-Bit ⇒ Auflosung bis zu 0.74 µm/Pixel ¨ Institut f¨ r Prozeßrechentechnik, u Universit¨t Karlsruhe (TH) a - 5 (7/6) - Automation und Robotik
  • 6. Fokusserien-basierte Rekonstruktion von Mikroobjekten Projektion von Hilfsmustern Ohne Verwendung von Hilfsmuster Mit projiziertem 13 µm- Schachbrettmuster Institut f¨ r Prozeßrechentechnik, u Universit¨t Karlsruhe (TH) a - 6 (6/5) - Automation und Robotik
  • 7. Fokusserien-basierte Rekonstruktion von Mikroobjekten Systematischer Fehler PSF d c b a d c z Erkl¨rung a • Kontrast(b)>Kontrast(d) • Kontrast(a)<Kontrast(c) y Schnitt durch Fokusserie Institut f¨ r Prozeßrechentechnik, u Universit¨t Karlsruhe (TH) a - 7 (9/8) - Automation und Robotik
  • 8. Fokusserien-basierte Rekonstruktion von Mikroobjekten adaptives Sch¨rfemaß a Fokusserie (·)2 gz (x, y) gz (x, y)2 ⊗h ⊗h Filterung Sch¨rfemaß fur verschiedene a ¨ Aufl¨sungen o ⊗s -(·)2 + ⊗s Filterung • hier lokale Grauwertvarianz Verkleinerung • Komplexitat O(N ) ¨ 1 ⊗s -(·)2 + ⊗s Filterung Verkleinerung 2 Institut f¨ r Prozeßrechentechnik, u Universit¨t Karlsruhe (TH) a -8- Automation und Robotik
  • 9. Fokusserien-basierte Rekonstruktion von Mikroobjekten Adaptive Bestimmung der H¨henkarte o Ergebnis Suchbereich Höhenkarte Untergrenze Auswahl Maxima Obergrenze 1 Vergrößerung Suchbereich, Höhenkarte Suchbereich Höhenkarte Untergrenze Auswahl Maxima Obergrenze 2 Vergrößerung Institut f¨ r Prozeßrechentechnik, u Universit¨t Karlsruhe (TH) a - 9 (4/3) - Automation und Robotik
  • 10. Fokusserien-basierte Rekonstruktion von Mikroobjekten Ergebnis Institut f¨ r Prozeßrechentechnik, u Universit¨t Karlsruhe (TH) a - 10 (3/2) - Automation und Robotik
  • 11. Fokusserien-basierte Rekonstruktion von Mikroobjekten Aufl¨sungsverbesserung I o   1  x2 + y 2 ≤ |zk| Approximation der Punktantwort durch hz (x, y) = π(zk)2 ,  0 sonst  k kalibriert   1  g − g [⊗]h j<0  2 1 2j/(cM ) d − d (x, y) = argmin M j∈{−M,...,+M }  g1 − g2 [⊗]h2j/(cM ) j≥0  Verschlechterung Institut f¨ r Prozeßrechentechnik, u Universit¨t Karlsruhe (TH) a - 11 (4/3) - Automation und Robotik
  • 12. Fokusserien-basierte Rekonstruktion von Mikroobjekten Aufl¨sungsverbesserung II o Maxima Schärfemaß Regressions−Parabel z Maximum der Regressionsparabel Institut f¨ r Prozeßrechentechnik, u Universit¨t Karlsruhe (TH) a - 12 - Automation und Robotik
  • 13. Fokusserien-basierte Rekonstruktion von Mikroobjekten Vergleich I ohne Muster mit Muster Stand der Technik adaptiv Institut f¨ r Prozeßrechentechnik, u Universit¨t Karlsruhe (TH) a - 13 (3/2) - Automation und Robotik
  • 14. Fokusserien-basierte Rekonstruktion von Mikroobjekten Vergleich II simulierte 1003 -Fokusserie: geneigte Ebene N −1 N −1 1 2 Gutemaß σd = 2 argmin ¨ (a1 x + a2 y + b − d(x, y))2 N a1 ,a2 ,b∈R x=0 y=0 Algorithmus σd einfach 21.6531 adaptiv 1.4135 + Vgl. d. Unscharfe ¨ 1.4956 + Interpolation 1.3704 g50 (x, y) Institut f¨ r Prozeßrechentechnik, u Universit¨t Karlsruhe (TH) a - 14 (10/9) - Automation und Robotik
  • 15. Fokusserien-basierte Rekonstruktion von Mikroobjekten Vergleich III Algorithmus σd /2 µm einfach 3.66435 adaptiv 0.76254 + Vgl. d. Unsch¨rfe a 0.97060 + Interpolation 0.67578 Institut f¨ r Prozeßrechentechnik, u Universit¨t Karlsruhe (TH) a - 15 (11/10) - Automation und Robotik
  • 16. Fokusserien-basierte Rekonstruktion von Mikroobjekten Zusammenfassung • Adaptiver Algorithmus unterdruckt systematische Fehler ¨ • Projektion von Hilfsmuster • wenige Parameter • Komplexitat O(N ) ¨ • Berechnung von Tiefenbildern • Auflosungsverbesserung durch Interpolation ¨ Institut f¨ r Prozeßrechentechnik, u Universit¨t Karlsruhe (TH) a - 16 (7/6) - Automation und Robotik
  • 17. Fokusserien-basierte Rekonstruktion von Mikroobjekten Ausblick • Meßaufbau: – Helligkeitsregler fur Beleuchtung ¨ • Algorithmus: – Adaptiver Vergleich der Unsch¨rfe a – Fusion von Fokusserien – Interpolation der H¨henkarte o – Sch¨rfemaß aus Wavelets a – Zusammensetzen von H¨henkarten o Institut f¨ r Prozeßrechentechnik, u Universit¨t Karlsruhe (TH) a - 17 (9/8) - Automation und Robotik
  • 18. Fokusserien-basierte Rekonstruktion von Mikroobjekten Mikrogitter Institut f¨ r Prozeßrechentechnik, u Universit¨t Karlsruhe (TH) a - 18 - Automation und Robotik
  • 19. Fokusserien-basierte Rekonstruktion von Mikroobjekten Rillen Institut f¨ r Prozeßrechentechnik, u Universit¨t Karlsruhe (TH) a - 19 - Automation und Robotik
  • 20. Fokusserien-basierte Rekonstruktion von Mikroobjekten Mikrozahnrad Institut f¨ r Prozentrechentechnik, u Universit¨t Karlsruhe (TH) a -20 - Automation und Robotek
  • 21. Fokusserien-basierte Rekonstruktion von Mikroobjekten 1-Cent Euro “E” Institut f¨ r Prozeßrechentechnik, u Universit¨t Karlsruhe (TH) a - 21 - Automation und Robotik
  • 22. Fokusserien-basierte Rekonstruktion von Mikroobjekten 1-Cent “1” Institut f¨ r Prozeßrechentechnik, u Universit¨t Karlsruhe (TH) a - 22 - Automation und Robotik
  • 23. Fokusserien-basierte Rekonstruktion von Mikroobjekten kleines Mikrozahnrad ∅0.6 mm Institut f¨ r Prozeßrechentechnik, u Universit¨t Karlsruhe (TH) a - 23 - Automation und Robotik
  • 24. Fokusserien-basierte Rekonstruktion von Mikroobjekten Bergkristall Tiefenbild Institut f¨ r Prozeßrechentechnik, u Universit¨t Karlsruhe (TH) a - 24 - Automation und Robotik
  • 25. Fokusserien-basierte Rekonstruktion von Mikroobjekten Ammonit 3D Institut f¨ r Prozeßrechentechnik, u Universit¨t Karlsruhe (TH) a - 25 - Automation und Robotik
  • 26. Fokusserien-basierte Rekonstruktion von Mikroobjekten Institut f¨ r Prozeßrechentechnik, u Universit¨t Karlsruhe (TH) a - 26 (3/2) - Automation und Robotik