La PNA, créée en 1954 pour répondre aux besoins médicaux en Afrique occidentale française, est devenue un établissement public sous la tutelle du ministère de la santé. Elle a pour mission d'assurer l'accessibilité financière et géographique des médicaments génériques et produits essentiels. Depuis 2006, un nouveau modèle de gestion a été mis en place pour améliorer la disponibilité, la qualité des médicaments et renforcer les ressources humaines et matérielles.