Nathalie Vialaneix Réunion Plateforme Bioinfo INRAE, Castanet Tolosan November, 9th 2021

1. Présentation du projet ASTERICS
Présentation du projet ASTERICS
Nathalie Vialaneix, INRAE/MIAT
Nathalie Vialaneix, INRAE/MIAT
Réunion PF Bioinfo - 8 novembre 2021
Réunion PF Bioinfo - 8 novembre 2021
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2. Contexte et partenariat du projet
projet financé par la région Occitanie sur un appel à projets pour les
plateformes
projet porté par la PF biostatistique de Toulouse et dont les partenaires
sont :
la PF bioinformatique de Toulouse
GenPhySE
Hyphen-stat
Durée : 2 ans - Début : septembre 2020
Moyens mis en œuvre :
participants : C. Gaspin, C. Noirot, J. Mariette, E. Maigné, S. Déjean, L.
Liaubet, (cas d'études) + des développeurs et statisticiens de hyphen-
stat
CDD : Y. Adu-Kesewaah, F. Mathevet, J. Henry + une graphiste à venir
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3. Objectifs du projet
mettre à la disposition de la communauté des outils d'intégration de
données
multi-omiques avec une interface en ligne
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4. Ambitions
facile à utiliser, intuitif
qui aide l'utilisateur dans son analyse (de l'analyse simple jusqu'à
l'intégration) et à interpréter les résultats
qui intègre de la connaissance métier sur les types d'omiques
(transcriptomique, métabolomique, ...)
utilisable en ligne et installable
qui intègre les outils (ligne de commande) développés en interne «
mixOmics »
et « mixKernel », voire « ASICS »
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5. Ambitions
facile à utiliser, intuitif
qui aide l'utilisateur dans son analyse (de l'analyse simple jusqu'à
l'intégration) et à interpréter les résultats
qui intègre de la connaissance métier sur les types d'omiques
(transcriptomique, métabolomique, ...)
utilisable en ligne et installable
qui intègre les outils (ligne de commande) développés en interne «
mixOmics »
et « mixKernel », voire « ASICS »
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6. Dans le moteur...
côté serveur : flask et pyRserve : Jérôme et Céline
côté analyses stat : R avec Rserve (développé par le CRAN) : Élise, Yaa,
Fanny, Julien et moi
Contraintes :
entrées basiques pour les fonctions R
uniquement des sorties JSON pour les fonctions R
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7. Organisation de l'interface
récapitulatif des données et analyses effectuées
importation de données
analyses primaires : analyse d'une ou de deux variables, graphiques
jusqu'à
5 variables, heatmap, ACP, clustering, données manquantes... (à
venir : SOM, analyses différentielles en batch, ...)
analyses intégratives : MFA (à venir : PLS, méthodes à noyau, ...)
à faire dans les mois qui viennent : amélioration de l'ergonomie, édition
de
données, assistant utilisateur
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8. Démonstration
Démonstration
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