母集団の層化が存在する可能性を補正するために、全ての分析は人種の5つの主成分を調整 (EIGENSOFTで主成分算出: Harvard University, School of
Public Health, Boston, Massachusetts, USA, http://genepath.med.
harvard.edu/reich/EIGENSTRAT.htm; run on Linux)
主成分分析は全ての遺伝型SNPsから80 304 SNPsのサブセットについて実行し、
high disequilibriumの領域を排除。
ケースとコントロールの個人内、個人間での関連や重複は SNPsのlinkage disequilibriumpruned set の状態sharing分析を通じて同定
各ペアは第二親等で、遺伝型のcompletenessが低い個人は排除
抑うつ群の9名とコントロール群の12名が除外
(より詳細は他所)
操作変数回帰にはstata version 12.1の ivprobitコマンドを使用