Plutniak maisonobe r esto atelier1-introduction

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TŇĵŋĵĽŀŀĹŇ ĵŋĹķ R Ĺł ňķĽĹłķĹň ļŊŁĵĽłĹň Ĺŉ ňŃķĽĵŀĹň
TŇĵŋĵĽŀŀĹŇ ĵŋĹķ R Ĺł
ňķĽĹłķĹň ļŊŁĵĽłĹň Ĺŉ ňŃķĽĵŀĹň
OŊŉĽŀň, ĵńńŇĹłŉĽňňĵĻĹ, ńŃňňĽĶĽŀĽŉ͐ň…
Sébastien Plutniak1 Marion Maisonobe2
1Lisst-Cers, Ehess — 2Lisst-Cieu, Labex SMS
Ǩǩ mai ǩǧǨǫ
ResTO, Toulouse

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IłŉŇŃĸŊķŉĽŃł
LĹň ŃĶľĹķŉĽĺň ĸĹ ķĹŉ ĵŉĹŀĽĹŇ
LĹň ŃĶľĹķŉĽĺň ĸĹ ķĹŉ ĵŉĹŀĽĹŇ
Indiquer des pistes à approfondir plutôt que proposer un tutoriel pas à pas.
Fournir des éléments de réponse aux questions :
Qu’est-ce que R ?
R peut-il apporter quelque chose à mes travaux et comment l’évaluer ?
Échange d’expériences.

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D͐ŇŃŊŀ͐ ĸĹ ŀ’ĵŉĹŀĽĹŇ
D͐ŇŃŊŀ͐ ĸĹ ŀ’ĵŉĹŀĽĹŇ
ǉ IłŉŇŃĸŊķŉĽŃł
Ǌ QŊ’Ĺňŉ ķĹ ŅŊĹ R ?
ǋ L’ĵńńŇĹłŉĽňňĵĻĹ ĸĹ R
ǌ LĹň ňń͐ķĽĺĽķĽŉ͐ň ĸĹ R
Ǎ L’ŊŉĽŀĽňĵŉĽŃł ĸĹ R
ǎ Lĵ ŋĽňŊĵŀĽňĵŉĽŃł ĸĹ ĸŃłł͐Ĺň ĵŋĹķ R
Ǐ DĹŊŎ ĹŎĹŁńŀĹň ĸĹ ńĵŇķŃŊŇň Ĺŉ ĸ’ŊŉĽŀĽňĵŉĽŃł

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TŃŊŇ ĸĹ ŉĵĶŀĹ
TŃŊŇ ĸĹ ŉĵĶŀĹ
Mais avant toute chose…
Types de données que chacun a à traiter ?
Quelles limites avec les outils que chacun utilise actuellement ?
En conséquence, quels besoins ?
Déjà utilisé R ?

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QŊ’Ĺňŉ ķĹ ŅŊĹ R ?
R, ńĵŇŁĽ ĸ’ĵŊŉŇĹň
Les principales solutions actuelles pour le calcul scientifique
SPSS, SAS ;
Python (NumPy) ;
MATLAB ;
R.
Alors, pourquoi R ?

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Deux mots d’histoire
Dans les années ǨǰǮǧ, au Bell Laboratories (New Jersey, É.-U.) John Chambers
et ses collaborateurs développent S, un système dédié de traitement des
données qui est à la fois un langage interactif et un environnement de
programmation.
John Chambers, Ǩǰǰǯ, Programming with Data.
Au début des années Ǩǰǰǧ, Robert Gentleman et Ross Ihaka (université
d’Auckland) développent une solution de traitement statistique pour
Macintosh en partant de S : R.
En ǨǰǰǬ, ils placent leur création sous licence libre.
Depuis, des centaines d’extensions ont été produites et entretenues par la
communauté. (Aujourd’hui, Ǩǩ mai ǩǧǨǫ, ǬǬǪǨ packages sont disponibles.)

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Un accroissement fulgurant du nombre de packages…
Joseph Rickert, http://blog.revolutionanalytics.com/2013/05/how-r-grows.html
(NB : cet élégant graphique a été généré sous R avec ggplotǩ…)

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DĹňķŇĽńŉĽŃł ŀŃĻĽķĽĹŀŀĹ ĸĹ R
Distributions et interfaces
utilisation en ligne de commande ;
Rgui ;
Rstudio ;
Rcommander.

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L’ĵńńŇĹłŉĽňňĵĻĹ ĸĹ R
LĹň ĺŃłķŉĽŃłň ĸ’ĵĽĸĹ Ľłŉ͐ĻŇ͐Ĺň ĸĵłň R
LĹň ĺŃłķŉĽŃłň ĸ’ĵĽĸĹ Ľłŉ͐ĻŇ͐Ĺň ĸĵłň R
Une attitude fondamentale : l’auto-documentation
RňĽŉĹSĹĵŇķļ() : recherche dans l’ensemble des documents (manuels,
documentation, archives des listes de diffusion) du site de R :
RsiteSearch(un sujet)
ļĹŀń.ňĹĵŇķļ() : rechercher un sujet dans l’ensemble de l’aide.
help.search(un sujet)
ļĹŀń() ŃŊ ?() : afficher la page d’aide relative à un sujet ou une fonction
help(un sujet) ou
?(un sujet)
ĹŎĵŁńŀĹ() : exécuter les exemples contenus dans l’aide d’une fonction.
example(nom d’une fonction)

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RĹňňŃŊŇķĹň ĸĹ ĺŃŇŁĵŉĽŃł Ĺł ŀĽĻłĹ
Tutoriels (les principaux en français)
Poinsot, ǩǧǧǬ, R pour les statophobes
ElementR, R pour Géographes
Barnier, R pour les sociologues
Barnier, Introduction à R
Kauffmann, Aide mémoire R
Goulet, Introduction programmation R
et de nombreux autres (avant tout en anglais).
Cette sélection est à télécharger ici :
http://tinyurl.com/restomethode

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Sites internet
Le site du projet :
http://cran.r-project.org/
Les site de communautés :
http://www.r-bloggers.com/
http://stackoverflow.com
R-help list
https://stat.ethz.ch/mailman/listinfo/r-help
Hadley Wickham Vocabulary :
http://adv-r.had.co.nz/Vocabulary.html

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Livres
Springer, la collection « Use R ! » :
Spector, P, ǩǧǧǯ, Data manipulation with R
Sarkar, D. ǩǧǧǯ, Lattice : multivariate data visualization with R.
et autres (ǯ titres actuellement).
Aux PUR :
Cocaud, M., J. Cellier, ǩǧǨǩ, Le traitement des données en Histoire et Sciences Sociales
Cornillon P-.A., et. al., ǩǧǨǩ, Statistiques avec R
Revues
R-Journal
Journal of Statistical SoƜwares

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LĹň ňń͐ķĽĺĽķĽŉ͐ň ĸĹ R
SŉŇŊķŉŊŇĹ Ĺŉ ŁĵłĽńŊŀĵŉĽŃł ĸĹ ĸŃłł͐Ĺň
L’exemple d’une instruction simple
a <- 4.2
« ǫ.ǩ » est un nombre en virgule flottante,
« a » contiendra une information de type numérique,
trouver une place en mémoire où mettre « ǫ.ǩ » ,
enregistrer « a » comme pointeur vers cette place en mémoire.
R est à la fois :
un langage interprété (contra Fortran, C… : typage dynamique),
un système d’exploration interactif (contra SAS),
un environnement de programmation.

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Modes : ce qu’un objet peut contenir
łŊŁĹŇĽķ : nombres réels ;
ķŃŁńŀĹŎ : nombres complexes :
ŀŃĻĽķĵŀ : valeurs booléennes (vrai/faux) ;
ķļĵŇĵķŉĹŇ : chaînes de caractères ;
ĺŊłķŉĽŃł : fonction ;
ŀĽňŉ : données diverses ;
ĹŎńŇĹňňĽŃł : expressions non évaluées.
Classes : types d’objets
ŋĹķŉŃŇ : vecteurs ;
ŁĵŉŇĽŎ : matrices ;
ŀĽňŉ : liste ;
ĸĵŉĵ.ĺŇĵŁĹ data.frames.

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Fonctions d’« introspection »
as.x() : convertir comme…
is.x() : tester si l’objet est de la classe…
typeof() : donner le type d’un objet.
mode() : donne le mode d’un objet.
class() : donner la classe d’un objet.

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UłĹ ňŏłŉĵŎĹ ńĵŇŉĽķŊŀĽ͖ŇĹŁĹłŉ ňŃŊńŀĹ
L’assignation
i = 3
i <- 3
3 -> i
assign(”i”, 3)
L’indiçage
v <- c(10, 20, 30)
vecteur[ entier positif ] : v[1] renvoie Ǩǧ
vecteur[ entier négatif ] : v[-1] renvoie Ǫǧ
vecteur[ valeur booléenne ] : v[FALSE, TRUE, TRUE] renvoie ǩǧ, Ǫǧ
vecteur[ chaîne de caractère ] : (pour les dataframes et les listes)

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Lĵ Ň͐ķŊŇňĽŋĽŉ͐ ĸĵłň R
Les structures de contrôle
If…then, while,for
La vectorisation : en R tout est vecteur
soient Y et Z des vecteurs de longueur n
for (i in Ǩ :n) X[i] <Y[
i] + Z[i]
X <- Y + Z
idem X <- Y + ǩ
apply : appliquer une fonction soit aux lignes ou aux colonnes
lapply : appliquer une fonction aux éléments d’une liste (retour une liste)
sapply : appliquer une fonction aux éléments d’une liste (retour un vecteur)
mapply : appliquer une fonction à plusieurs listes parallèlement

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L’ŊŉĽŀĽňĵŉĽŃł ĸĹ R
L’ŊŉĽŀĽňĵŉĽŃł ĸĹ R
L’import/export
Un standard : le format .csv (encodage, > read.csv) ;
des objets spécifiques (l’objet « graph ») ;
et les sorties numériques.
L’analyse via l’application de fonctions
Les fonctions ;
l’écriture d’un script ;
avec une bonne pratique : les commentaires.
Le développement de fonctions et d’extensions
Créer une petite fonction dans un script ;
créer un script avec plusieurs fonctions ;
et créer une extension (Julien Barnier)

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Lĵ ŋĽňŊĵŀĽňĵŉĽŃł ĸĹ ĸŃłł͐Ĺň ĵŋĹķ R
Exploration et représentation (EDA) ;
les fonctions plot et ggplotǩ ;
et les sorties graphiques (exportation png, svg, pdf…).

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ĻĻńŀŃŉǊ

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DĹŊŎ ĹŎĹŁńŀĹň ĸĹ ńĵŇķŃŊŇň Ĺŉ ĸ’ŊŉĽŀĽňĵŉĽŃł
L’école buissonière
L’utiliser ponctuellement ;
en le combinant avec d’autres logiciels ;
Un atelier sous l’emprise plus générale de R
Structurer l’information dans l’ordinateur orientée vers une exploitation
automatisée
Travailler par script : notion d’automatisation, notion d’inclusion
Plein texte : notion d’interopérabilité, point sur la pérennité

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DĹŊŎ ĹŎĹŁńŀĹň ĸĹ ńĵŇķŃŊŇň Ĺŉ ĸ’ŊŉĽŀĽňĵŉĽŃł
Questions, discussions…
marion.maisonobe@univ-tlse2.fr
sebastien.plutniak@ehess.fr

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