The slideshow summarizes the characteristics of the new herbarium management system of the Herbarium in New-Caledonie (NOU). The new system is in place since end of 2017. We designed the system at the Institut de recherche pour le développement (IRD) using Specify 6 as a framework.

1. Specify
un nouveau système de gestion
pour l’Herbier de Nouvelle-Calédonie (NOU)
Rainer Zaiss
IRD UMR AMAP
12/2017
Nouméa

2. Historique du projet
Fin 2014 Récupération d’une copie de la base de données VIROT
Identification d’une application pour la gestion des herbiers de l’IRD à Nouméa et à Cayenne
Début 2015 Choix de l’application SPECIFY
Script pour migrer une copie de la base de données VIROT vers SPECIFY
Développement d’une première application avec SPECIFY
Fin 2015 Première Mission à Nouméa
Présentation de l’application SPECIFY version 01
2015 Evaluation de l’application à Montpellier, (J.-F. Molino, F. Théveny)
Installation de la version 01 sur le serveur à Nouméa
Début 2016 Installation de la version 02 à Nouméa
2016 Evaluation version 02 à Montpellier (J. Munzinger, J.-F. Molino)
Evaluation version 02 à Nouméa (S. Isnard, V. Hequet, J. Fambart-Tinel)
2016 Script pour migrer la copie de la base de données AUBLET de Cayenne vers Specify
Fin 2016 Installation de la version 04 à Nouméa (version complètement fonctionnelle, Etiquettes,
Prêts, Duplicata, …)

3. Objectifs de la mission
Fin 2016 Deuxième Mission à Nouméa
• Présentation de la version 04
• Validation du schéma de la base de données
 Indispensable pour aller plus loin
• Formation / Evaluation de l’application basée sur des cas concret
• Identification / Résolution des contraints qui bloque encore une migration finale
 Mise à jour de la table pour la taxinomie
 La table de référence pour les collectors
• Identification des types d’utilisateurs
• Identification des contraintes pour la gestion des images (e-RecolNat)
 Emplacement de stockage / partage
 Errors matching nom image <> codebar
• Identifier des fonctionnalités manquantes
• Installation Specify 7 sur le serveur à Nouméa avec la DSI (phase test)
Fin 2016 Décision de suivre une migration vers Specify ou de continuer comme avant avec VIROT

4. Planning pour arriver à l’application finale à Nouméa
Fin 2016 Récupération d’une copie de la dernière version de la base de données VIROT
dans laquelle la table de référence pour la taxinomie est à jour
Modification du script pour transférer les données vers SPECIFY
Installation de l’application Specify finale à Nouméa
Septembre 2017 Récupération de la dernière copie de la base de données VIROT.
Transfert final de la base de données vers Specify (4 semaines)
Novembre 2017 Troisième mission pour assister dans la prise en main de l’application finale
Importation des images e-ReColNat
Ajout des prêts en cours
Correction des erreurs identifiées pendant la migration
Aucune modification dans la base de données VIROT sera pris en compte pendant cette phase

5. Specify
Boites à outil
pour la mise en place
d’un système de gestion des collections
Rainer Zaiss
IRD UMR AMAP

6. Caractéristiques
• Equipe de 12 personnes
• Utilisée par plus de 500 collections dans 30 pays
Environs 300 collections dans 150 institutions dans les Etats-Unis
La liste sur http://specifyx.specifysoftware.org/wp-content/static/SpecifyClientList.pdf

7. Caractéristiques
• Specify, en développement depuis 15 ans avec des mises à jour annuelles
Financement + Support essentiellement pour les collections aux Etats-Unis !!!!
• Financement depuis 1987 par U.S. National Science Foundation
• SGBD = MySQL
• Outils disponible en Open Source FOSS (GPL2)
• Documentation :
http://specifyx.specifysoftware.org/documentation/

8. +
http://specifyx.specifysoftware.org/download/
Accès par adresse IP
+
Architecture actuelle avec Specify 6 à Nouméa (NOU)
Server administré par la DSI de l’IRD à Nouméa depuis 11/2016
Client Application / Logiciel
+
https://github.com/specify
Specify web-asset-server
Specify 6 = client en Java
Compatible PC, MAC, LINUX
base de données mysql virotIP 193.51.249.206

9. Schéma simplifié de la base de données
Le modèle d’un objet de collection dans SPECIFY
+
Fichier attaché
https://vimeo.com/110156891
Explications

10. Specify
Modèle conceptuel
d’une application avec Specify
Rainer Zaiss
IRD UMR AMAP

11. Le schéma détaillé de la base de données SPECIFY
• 2400 champs dans
120 tables
• Documentation http://specify6.specifysoftware.org/SpecifySchema.html

12. Quelques avantages de l’application SPECIFY / VIROT
Accès à la base de données règlementé
• Utilisateur
• Mot de passe
• Rôles
Interface ergonomique pour faire des sélections / extractions
• Agrégation des données text
Connexion entre Specify / Google Earth
Une application évolutive
• Gestion des images
• Stockage physique dans l’herbier
• Gestion des prêts
• Gestion adresse d’agent
• ….
• Une application qui s’adapte au fonctionnement de l’l’herbier

13. Quelques avantages de l’application SPECIFY
Interface
• Orienté saisie rapide (duplicate, carry forward)
• Importation des fichiers Excel avec une étape de vérification
• Affichage / édition arbre (taxon / geography / stockage)
• Videos + documentation complete de l’interface disponible sur internet
http://specifyx.specifysoftware.org/wp-content/static/complete_specify_help.pdf
http://specifyx.specifysoftware.org/documentation/
Maintenance de l’application Specify
• Maintenance et évolution assuré par une équipe de 15 personnes
Base de données
• Intégrité référentielle
• Schéma de la base de données documenté
http://specify6.specifysoftware.org/SpecifySchema.htm
• Modèle normalisé
• Modification / Ajout / Timestamp / Utilisateur

14. Quelques inconvénients de l’application SPECIFY / VIROT
Une nouvelle application
• Autre terminologie (collection object, collecting event, geography, ….
• Autre interface ….
• Documentation seulement en anglais….
A vous ….

15. Specify
Documentation NOU
Rainer Zaiss
IRD UMR AMAP

16. N:1
Collection Object
Collecting Event
Preparation
Taxon
Collecting Event
Attributes
Locality Geography
VIROT Locality
Schéma simplifié NOU collection object
Determination
Storage
Agents
1:N
1:N
N:1
N:1
1:N
N:1
N:1
N:1
1:1
1:1
1:1
Table de référence
Autres
Légende
Code à barre
=
Collection Object
Sense de lecture Documentation complète sur http://specify6.specifysoftware.org/SpecifySchema.html

17. Documentation
Fichier Excel IRD_NOU_TEMPLATE_ALL_v07.xls
Format de la colonne dans la base de données Specify
Nom de la colonne dans
l’interface Specify / Workbench
Colonnes en utilisation
IRD_NOU_TEMPLATE_ALL_v07.xls
Nom de la colonne dans la base de données Specify
Type de liste
Numérotation automatique
Nome de la table dans la BD Specify

18. Specify
Les formulaires
version mission 2016
Rainer Zaiss
IRD UMR AMAP

19. Formulaire NOU Collection Object …

20. Formulaire NOU Collection Object suite

21. Formulaire NOU Collecting Event

22. Formulaire NOU Collecting Event Attributes

23. Formulaire NOU Locality

24. Formulaire NOU Locality suite

25. Formulaire NOU VIROT Locality

26. Formulaire NOU Geography

27. Formulaire NOU Agents

28. Formulaire NOU Determination

29. Formulaire NOU Taxon …

30. Formulaire NOU Taxon suite

31. Formulaire NOU VIROT Preparation

32. Formulaire NOU Storage

33. Specify
Etiquettes base de données NOU
version mission 2016
Rainer Zaiss
IRD UMR AMAP

34. Exemples étiquettes NOU

35. Exemples étiquettes Duplicatas

36. Exemples étiquettes NOU

37. Exemples étiquettes Duplicatas

38. Etiquettes Nouméa Etiquettes Duplicatas
Storage = NOU…. Storage ≠ NOU….

39. Etiquettes Titre / Adresse / Logo

40. Etiquettes Famille
1. Détermination <= famille (famille, genre, espèce, ….)
2. Détermination > famille

41. Etiquettes Taxon
1. Détermination <= famille (famille, genre, espèce, ….)
2. Détermination > famille

42. Etiquettes Déterminer et date de détermination

43. Etiquettes Collector(s) / Numéro / Date de collecte
1. Collecteur principal et collecteurs additionnels

44. Etiquettes Collector(s) / Numéro / Date de collecte
2. Collecteur principal (leg. …..)

45. Etiquettes Collector(s) / Numéro / Date de collecte
3. Collector principal, collector additionnel, et al.

46. Etiquettes Collector(s) / Numéro / Date de collecte
4. Période de collecte

47. Etiquettes Collector(s) / Numéro / Date de collecte
5. Date de collecte non valide / verbatim

48. Etiquettes Collector(s) / Numéro / Date de collecte
6. Numéro inconnu

49. Etiquettes Collector(s) / Numéro / Date de collecte
6. Numéro avec préfixe et suffixe

50. Etiquettes Géographie

51. Etiquettes Localité / coordonnées géographiques/ altitude

52. Etiquettes Localité / coordonnées géographiques/ altitude

53. Etiquettes Localité / coordonnées géographiques/ altitude

54. Etiquettes Description / Phénologie / Habit

55. Etiquettes Description / Phénologie / Habit

56. Specify
La gestion des prêts
Version mission 2016
Rainer Zaiss
IRD UMR AMAP

57. La gestion des prêts

58. Lettre prêt page 1

59. Lettre prêt page 2