This platform is done in the frame of PhindAccess Twinning project funded by the European Commission

1. Implémentation d’une plateforme EGA-
Like à l’Institut Pasteur de Tunis pour la
sécurité des données
OMIQUES
Présenté par : Wahbi Belhadj
Encadre par : Dr. Somaya Hamouda
Dr. Ousema Souiai
Co-encadrant : Dr. Kais Ghedira
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2. Sommaire
Contexte du projet
Conception
Choix technologiques
Réalisation
Conclusion et perspectives
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3. Contexte du projet
• Organisme d'accueil : L’Institut Pasteur de Tunis
• C’est quoi?
○ Centre de recherche
• Missions:
○ Diagnostics de maladies
○ Recherche
○ Production de vaccins
○ Formations
Plus de 120 ans de
recherche scientifique
9 laboratoires
Réseau int pasteur
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4. Contexte du projet
• Organisme d'accueil : L’Institut Pasteur de Tunis
• Présent dans 25
pays sur tous les
continents
• Le Réseau
International des
Instituts Pasteur
(RIIP) réunit 32
établissements
dans le monde
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5. Problématique
Avec l'avènement de nouvelles technologies de séquençage à
haut débit, l’Institut Pasteur de Tunis génère une grande
quantité de données OMIQUES dans le cadre de ses
recherches.
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6. Problématique
Les données OMIQUES relatives à des patients humains sont
des données sensibles qui doivent être:
★ Archivées
★ Sécurisées
★ Cryptées
★ Isolées
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7. Concepts de base
• Cryptographie
• Cryptage symétrique
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8. Concepts de base
• Cryptographie
• Cryptage asymétrique
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9. Solution existante - EGA Centrale
• La plateforme EGA Centrale au CRG (Barcelone)
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10. Cadre du projet
• Ce projet s’inscrit dans le cadre du projet PHINDaccess
financé par la commission Européenne dans le cadre du
programme Horizon2020 et coordonné par l’Institut Pasteur
de Tunis.
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11. Cadre du projet
• Ce projet s’inscrit dans le cadre du projet PHINDaccess
financé par la commission Européenne dans le cadre du
programme Horizon2020 et coordonné par l’Institut Pasteur
de Tunis.
• Dans la tâche 3 du WP3 du projet PHINDaccess on aura à
implémenter une EGA like plateforme qui permettra
l’archivage et la sécurisation des données OMIQUES
humaines.
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12. Objectifs du projet
• Conception d’une
plateforme EGA-like
permettant d’archiver les
données de manière
cryptée, isolée et
sécurisée à l’IPT.
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13. Sommaire
Contexte du projet
Conception
Choix technologiques
Réalisation
Conclusion et perspectives
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14. Conception
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15. Cryptographie dans EGA
• le cryptage utilisé sera la solution de l’organisme GA4GH qui
s’appelle crypt4GH
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16. Conception
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17. Conception
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18. Conception
• La EGA centrale propose une solution qui permet d’archiver
les données (fichiers relatifs à des patients humains) cryptées
à l’Institut Pasteur de Tunis, et les metadata (informations sur
les données: expérimentation, étude exemple: comment les
données ont été générées…) à la EGA centrale.
• Toutes les informations et controle d'acces sur les données
sont gérées par la EGA centrale.
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19. Conception
• À l’Institut Pasteur de Tunis, les chercheurs veulent avoir un
système semblable à la EGA centrale respectant les normes
standards de sécurité, intégrité, isolement et cryptage des
données tout en gardant toutes les informations (Données et
meta données) stockées à l’IPT.
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20. Conception
• À l’Institut Pasteur de Tunis, es chercheurs veulent avoir un
système semblable à la EGA centrale respectant les normes
standards de sécurité, intégrité, isolement et cryptage des
données tout en gardant toutes les informations (Données et
meta données) stockées à l’IPT.
• Ce qui revient à développer une EGA locale similaire à la EGA
centrale à l’IPT.
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21. Sommaire
Contexte du projet
Conception
Choix technologiques
Réalisation
Conclusion et perspectives
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22. Choix technologiques
• Développement web
• Base de données conception
• Développement de scripts
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23. Choix technologiques
• Docker containers
• Github
• Python
• RabbitMQ
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24. 24

25. Sommaire
Contexte du projet
Conception
Choix technologiques
Réalisation
Conclusion et perspectives
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26. Réalisation - Base de données
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27. Réalisation - Page web login
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28. Réalisation - Page web Sign up
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29. Réalisation - Page web Submission
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30. Réalisation - Page web Submission (2)
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31. Réalisation - Page web Submission (3)
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32. Réalisation - Page web Downlaod
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33. Réalisation - Page web Display
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34. Sommaire
Contexte du projet
Conception
Choix technologiques
Réalisation
Conclusion et perspectives
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35. Conclusion generale
• Ce travail nous a permis de développer une première
version (bêta) d’une plateforme EGA-like locale à l’IPT
permettant d’archiver de manière sécurisée les données
de patients humains.
• À titre personnelle, ce travail m'a permis de me
familiariser avec l’environnement informatique et
bioinformatique de l’IPT, d’enrichir mes connaissances et
de travailler dans un cadre collaboratif et de recherche.
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36. Perspectives
• Le travail réalisé dans le cadre de ce mastère sera
optimisé en continuant à collaborer avec nos partenaires
espagnols du CRG dans le cadre du projet PHINDaccess.
• Merci a Frederic Haziza ,Silvia Perez , Oscar Martinez ,
Jordi Rambla , Gabriel Gonzalez …...
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