La contamination des cours d'eau en France par les pesticides est généralisée, touchant plus de 90 % des points de mesure en 2011, principalement à cause des herbicides et insecticides. Bien que 70 % des points présentent des concentrations inférieures à 0,5 μg/l, des pesticides interdits comme le chlordécone restent présents, notamment dans les départements d'outre-mer. Les normes de qualité environnementales sont peu dépassées en métropole, mais atteignent jusqu'à 74 % des points en Martinique.