Les structures tridimensionnelles des protéines: comprendre le vivant à l'échelle de l'atome et proposer de nouveaux médicaments par une approche informatique.
Par Alexandre G. de Brevern
Conférence du 9 mars 2011 à l'Institut français d'Oslo. www.france.no
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Par Alexandre G. de Brevern
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The document provides information about an introductory bioinformatics course taught by Prof. Dr. Nizamettin Aydin. It includes details about the course such as the course code, name, credits, and instructors. It also outlines the assessment breakdown and rules of conduct for the course. Recommended textbooks for the course are listed at the end.
- CEA/LITEN is a research organization that works on developing new energy technologies including batteries, fuel cells, solar energy, biomass/hydrogen.
- They are looking at critical material substitutes for energy storage, conversion and transport applications to address cost and supply issues. This includes alternatives to cobalt in batteries and platinum in fuel cells.
- For solar energy, they are researching silicon nanowire and thin film technologies like CIGS as lower cost alternatives to bulk silicon, with potential efficiencies over 15%.
The document provides an overview of photovoltaic (PV) technology basics, including how PV cells work, common semiconductor materials used, cell efficiencies, and the manufacturing process for crystalline silicon PV cells. It also discusses types of PV systems, including grid-connected and stand-alone systems, and provides pros and cons of PV technology. The document is intended as an informational overview for the MIT Solar Decathlon on PV fundamentals.
This document provides an overview of solar photovoltaics. It discusses various methods of harvesting solar energy, focusing on photovoltaics which directly convert sunlight to electricity. The process by which photons liberate electrons in the silicon p-n junction of solar cells is described. Factors limiting the efficiency of silicon photovoltaics to around 23% are also outlined. The document then gives details on the author's modest home solar power system and a larger solar array installation at UCSD.
This document provides an overview of bioinformatics expertise and tools available at the Department of Human Genetics. It discusses various omics approaches to studying genomes, including gene expression, structure, and genetic variation analysis. It then introduces the bioinformatics team and their areas of expertise. Finally, it summarizes commercial and open source bioinformatics tools as well as courses offered, and provides an example of ongoing next-generation sequencing research.
Formation M2i - Onboarding réussi - les clés pour intégrer efficacement vos n...M2i Formation
Améliorez l'intégration de vos nouveaux collaborateurs grâce à notre formation flash sur l'onboarding. Découvrez des stratégies éprouvées et des outils pratiques pour transformer l'intégration en une expérience fluide et efficace, et faire de chaque nouvelle recrue un atout pour vos équipes.
Les points abordés lors de la formation :
- Les fondamentaux d'un onboarding réussi
- Les outils et stratégies pour un onboarding efficace
- L'engagement et la culture d'entreprise
- L'onboarding continu et l'amélioration continue
Formation offerte animée à distance avec notre expert Eric Collin
Cycle de Formation Théâtrale 2024 / 2025Billy DEYLORD
Pour la Saison 2024 / 2025, l'association « Le Bateau Ivre » propose un Cycle de formation théâtrale pour particuliers amateurs et professionnels des arts de la scène enfants, adolescents et adultes à l'Espace Saint-Jean de Melun (77). 108 heures de formation, d’octobre 2024 à juin 2025, à travers trois cours hebdomadaires (« Pierrot ou la science de la Scène », « Montage de spectacles », « Le Mime et son Répertoire ») et un stage annuel « Tournez dans un film de cinéma muet ».
Newsletter SPW Agriculture en province du Luxembourg du 12-06-24BenotGeorges3
Les informations et évènements agricoles en province du Luxembourg et en Wallonie susceptibles de vous intéresser et diffusés par le SPW Agriculture, Direction de la Recherche et du Développement, Service extérieur de Libramont.
Le fichier :
Les newsletters : https://agriculture.wallonie.be/home/recherche-developpement/acteurs-du-developpement-et-de-la-vulgarisation/les-services-exterieurs-de-la-direction-de-la-recherche-et-du-developpement/newsletters-des-services-exterieurs-de-la-vulgarisation/newsletters-du-se-de-libramont.html
Bonne lecture et bienvenue aux activités proposées.
#Agriculture #Wallonie #Newsletter #Recherche #Développement #Vulgarisation #Evènement #Information #Formation #Innovation #Législation #PAC #SPW #ServicepublicdeWallonie
Conseils pour Les Jeunes | Conseils de La Vie| Conseil de La JeunesseOscar Smith
Besoin des conseils pour les Jeunes ? Le document suivant est plein des conseils de la Vie ! C’est vraiment un document conseil de la jeunesse que tout jeune devrait consulter.
Voir version video:
➡https://youtu.be/7ED4uTW0x1I
Sur la chaine:👇
👉https://youtube.com/@kbgestiondeprojets
Aimeriez-vous donc…
-réussir quand on est jeune ?
-avoir de meilleurs conseils pour réussir jeune ?
- qu’on vous offre des conseils de la vie ?
Ce document est une ressource qui met en évidence deux obstacles qui empêchent les jeunes de mener une vie épanouie : l'inaction et le pessimisme.
1) Découvrez comment l'inaction, c'est-à-dire le fait de ne pas agir ou d'agir alors qu'on le devrait ou qu'on est censé le faire, est un obstacle à une vie épanouie ;
> Comment l'inaction affecte-t-elle l'avenir du jeune ? Que devraient plutôt faire les jeunes pour se racheter et récupérer ce qui leur appartient ? A découvrir dans le document ;
2) Le pessimisme, c'est douter de tout ! Les jeunes doutent que la génération plus âgée ne soit jamais orientée vers la bonne volonté. Les jeunes se sentent toujours mal à l'aise face à la ruse et la volonté politique de la génération plus âgée ! Cet état de doute extrême empêche les jeunes de découvrir les opportunités offertes par les politiques et les dispositifs en faveur de la jeunesse. Voulez-vous en savoir plus sur ces opportunités que la plupart des jeunes ne découvrent pas à cause de leur pessimisme ? Consultez cette ressource gratuite et profitez-en !
En rapport avec les " conseils pour les jeunes, " cette ressource peut aussi aider les internautes cherchant :
➡les conseils pratiques pour les jeunes
➡conseils pour réussir
➡jeune investisseur conseil
➡comment investir son argent quand on est jeune
➡conseils d'écriture jeunes auteurs
➡conseils pour les jeunes auteurs
➡comment aller vers les jeunes
➡conseil des jeunes citoyens
➡les conseils municipaux des jeunes
➡conseils municipaux des jeunes
➡conseil des jeunes en mairie
➡qui sont les jeunes
➡projet pour les jeunes
➡conseil des jeunes paris
➡infos pour les jeunes
➡conseils pour les jeunes
➡Quels sont les bienfaits de la jeunesse ?
➡Quels sont les 3 qualités de la jeunesse ?
➡Comment gérer les problèmes des adolescents ?
➡les conseils de jeunes
➡guide de conseils de jeunes
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Conseils pour Les Jeunes | Conseils de La Vie| Conseil de La Jeunesse
Cour1 BioInfo(Ait-Ali).pptx
1.
2. Qu’est-ce que la Bio-Informatique?
Champs multi-disciplinaire qui utilise des méthodes informatiques
(mathématiques, statistiques, combinatoires…) pour résoudre un
problème biologique :
Formaliser des problèmes de biologie moléculaire;
Développer des outils formels;
Analyser les données;
Prédire des résultats biologiques;
Organiser les données.
Discipline relativement nouvelle, qui évolue en fonction des
nouveaux problèmes posés par la biologie moléculaire.
3.
4. Distinguer deux termes:
« Bioinformatics »
Analyse "in silico" de l'information biologique contenue
dans les séquences nucléiques et protéiques
Biologie
Informatique Mathématiques Statistiques
« Computational biology »
Ensemble de méthodes et de logiciels qui permettent de
gérer, manipuler, traiter et analyser les données
biologiques:
La bioinformatique met en jeu plusieurs champs
disciplinaires :
5.
6.
7. La Bio-Informatique s’applique à tout type de données biologiques, en
particulier moléculaires :
Les séquences d’ADN et de protéines
Les structures d’ARN et de protéines
Les contenus en gènes des génomes
Les puces à ADN (microarrays)
Les réseaux d’interactions entre protéines
Les réseaux métaboliques
Les arbres de phylogénie
Utilités :
Faire avancer les connaissances en biologie, en génétique humaine, en
théorie de l’évolution…
Aider à la conception de médicaments
Comprendre les maladies complexes..
10. Défis de la biologie moléculaire
Analyser, comprendre et organiser une masse de
données biologiques:
Plus de 200 génomes complètement séquencés et
publiés, dont l’homme (23 paires de chros.) et la souris
(20 paires de chro.)
Projet HapMap du génome humain: Construction de
la carte des haplotypes
Projets de séquençage de plus de 500 procaryotes et
400 eucaryotes
11. Défis de la biologie moléculaire
Décoder l’information contenue dans les séquences d’ADN et de
protéines
Trouver les gènes
Différencier entre introns et exons
Analyser les répétitions dans l’ADN
Identifier les sites des facteurs de transcription
Étudier l’évolution des génomes
Génomique structurale:
Modéliser les structures 3D des protéines et des ARN structurels
Déterminer la relation entre structure et fonction
Génomique fonctionnelle
Étudier la régulation des gènes
Déterminer les réseaux d’interaction entre les protéines
12. Une histoire
Début de la micro-informatique
Banques de données (EMBL, GENBANK)
~1980
Apparition des logiciels d’alignement (FASTA et BLAST)
Développement de l’Internet et des réseaux
~1990
Projets de séquençage de génomes complets
Séquençage du génome humain (Première ébauche)
~2000
Algorithme de comparaison de séquences (Needleman)
Première banque de séquences protéiques (PIR)
< 1980
13. Qu’est-ce qu’une banque de données ?
Ensemble de données relatives à un domaine,
organisées par traitement informatique, accessibles en
ligne et à distance
Souvent, les données sont stockées sous la forme d’un
fichier texte formaté (respectant une disposition
particulière)
Besoin de développer des logiciels spécifiques pour
interroger les données contenues dans ces banques
14. Les banques de données généralistes
Ces banques contiennent des données hétérogènes
Collecte la plus exhaustive possible
Banques de séquences nucléiques
Banques de séquences protéiques
Banques de structure 3D de macromolécules
Banques d’articles scientifiques
Avantage : tout est consultable en une fois
Inconvénients : difficiles à maintenir, difficiles à
interroger
15. Les banques de données spécialisées
Ces banques contiennent des données homogènes
Collecte établie autour d’une thématique particulière
Avantages : facilité pour mettre à jour les données,
vérifier leur intégrité, offrir une interface adaptée, …
Inconvénients : ne cible pas toujours ce que l’on veut;
toutes les banques possibles n’existent pas
Exemples : banques spécialisées pour un génome,
banques de séquences d'immunologies, banques sur
des séquences validées, …
16. Les banques de séquences nucléiques
Origine des données :
Séquençage d’ADN et d’ARN
Les données stockées : séquences + annotations
Fragments de génomes
Un ou plusieurs gènes, un bout de gène, séquence intergénique, …
Génomes complets
ARNm, ARNt, ARNr, … (fragments ou entiers)
[ Note 1] : toutes les séquences (ADN ou ARN) sont écrites
avec des T
[ Note 2] : les séquences sont toujours orientées 5’ vers 3’.
17. Les banques de séquences protéiques
Origine des données
Traduction de séquences d’ADN
Séquençage de protéines
Rare car long et coûteux
Protéines dont la structure 3D est connue
Les données stockées : séquences + annotations
Protéines entières
Fragments de protéines
18. Contient
Journaux concernant la biologie et la médecine
Articles indexés par des experts à l’aide des termes MeSH
Termes MeSH : vocabulaire contrôlé de termes biomédicaux et de
molécules chimiques
Hiérarchisé
Dictionnaire de synonymes
19.000 termes médicaux, 103.500 termes chimiques
Subheadings : sous-titres qui décrivent un aspect particulier des
termes MeSH
Mis à jour régulièrement
Une Banque bibliographique, PubMed
19. Les bases de données bioinformatiques les plus
utilisées
NCBI, National Center for Biotechnology Information
GenBank: Séquences d’ADN (3 billion de paires de bases)
Site officiel de BLAST
PubMed: Permet la recherche de références
COGs: Familles de gènes orthologues …
EMBL, The European Molecular Biology Laboratory
ExPASy, Expert Protein Analysis System, Protéomique
Swiss-Prot: Séquences de protéines
PROSITE: Domaines et familles de protéines
SWISS-MODEL: Outil de prédiction 3D de protéines
Différents outils de recherche
PDB, Protein Data Bank
Base de données de structures 3D de protéines
Visualisation et manipulation de structures
SCOP, Structural Classification of Proteins
Deux séquences génétiques homologues de deux espèces différentes sont orthologues si elles descendent d'une séquence unique présente dans le dernier ancêtre commun aux deux espèces