1. Rendre les standards de description de biopuces accessibles: réalisation d'un module de conversion inter-standard Pierre Marguerite – DESS Bioinformatique Lille EBI – Microarray Informatics Team 4 mai– 31 octobre 2004
2.
3. S ervices Banques de données R echerche en bioinformatique et en biologie moleculaire Industrie Promouvoir des standards Formation Heidelberg Hinxton UK Monterotondo Hamburg Grenoble Service Research Training Industry E uropean M olecular B iology L aboratory EBI
4.
5. S ervices Banques de données R echerche en bioinformatique et en biologie moleculaire Industrie Promouvoir des standards Formation Heidelberg Hinxton UK Monterotondo Hamburg Grenoble Service Research Training Industry E uropean M olecular B iology L aboratory EBI
17. Array Design File Composite Caractéristiques Liens avec les reporters
18.
19.
20.
21.
22. Une adresse : http://www.ebi.ac.uk/adf http://www.ebi.ac.uk/adf/
23.
24.
Notes de l'éditeur
Stage bioinformatique
I nternational network of 5 research institutes dedicated to research and service in molecular biology es 2 subdivisions majeures de l'EBI entre Recherche et Service (fournir de DB biologique). les autres roles de l'EBI consistent a assurer une mission de formation (cours EMBO reguliers, 3 sessions annuelles pour les microarrays uniquement) ainsi que la presence d'une section plus particulierement dediee au support et lien avec les industriels. (grands groupes mais aussi PME)
les 2 subdivisions majeures de l'EBI entre Recherche et Service (fournir de DB biologique). les autres roles de l'EBI consistent a assurer une mission de formation (cours EMBO reguliers, 3 sessions annuelles pour les microarrays uniquement) ainsi que la presence d'une section plus particulierement dediee au support et lien avec les industriels. (grands groupes mais aussi PME)
Une biopuce est un petit outil d'analyse et de diagnostic d'environ 1 cm2. Elle se présente sous la forme d'un support en verre ou en silicium sur lequel sont fixés des protéines ou des milliers de fragments d' ADN ou d' ARN . Une biopuce permet d'identifier en un temps record un grand nombre de gènes (puces à ADN ou à ARN) et de protéines (puces à protéines) ou d'en étudier le fonctionnement. Dans le domaine médical, les puces à ADN et à ARN contribuent au diagnostic de maladies infectieuses ou génétiques , à la recherche de résistances aux antibiotiques des souches microbiennes, à l'analyse de mutations géné
Une biopuce est un petit outil d'analyse et de diagnostic d'environ 1 cm2. Elle se présente sous la forme d'un support en verre ou en silicium sur lequel sont fixés des protéines ou des milliers de fragments d' ADN ou d' ARN . Une biopuce permet d'identifier en un temps record un grand nombre de gènes (puces à ADN ou à ARN) et de protéines (puces à protéines) ou d'en étudier le fonctionnement. Dans le domaine médical, les puces à ADN et à ARN contribuent au diagnostic de maladies infectieuses ou génétiques , à la recherche de résistances aux antibiotiques des souches microbiennes, à l'analyse de mutations géné MGED -Microarray Gene Expression Data-, elle travaille à la standardisation des données, de leurs échanges et de leurs stockages. Ce consortium est une organisation international de biologistes, de développer et d’analystes, afin de faciliter l’échange de données de biopuces obtenues par les expérience de génomique fonctionnelle et de protéomique.
besoin de standard homogene, permettant des comparaison entre biopuces Application -> differents element DNA RNA protien Heterogeneite harmonization of terminologies
Metadonnes description du protocole utilisé , commentaire (Les termes employés correspondent aux recommandations MIAME et sont des objets du modèle MAGE). Reporter: dont la principale est la séquence déposée, associée à l’échantillon biologique.
16 packages au total 6 pour design
Redondance des informations Plus claire et plus lisible Facilement créable (tableur)
Facile a lire et a comprenddre créer ->redondance d’information
Facile a lire et a comprenddre créer ->redondance d’information
Vocabulaire contrôlé
Gestion de projet : être autonome , proposer et prendre des décisions