Réseaux d’information sur la                       biodiversité                    Les projets SCAR-MarBIN et ANTABIF     ...
Menu du jour                • le contexte                • les réseaux d’information                • les fonctionnalités ...
ContexteMonday 27 February 12
le Traité Antarctique                   « In order to promote international                   cooperation in scientific inv...
Biodiversité Antarctique •      Haute adaptation à un environnement extrême •      Haut niveau d’endémisme (>50% des espèc...
original slide: Vishwas Chavan    Importance des données                                            Développement de      ...
original slide: Vishwas Chavan        Les données primaires          sur la biodiversité          Un enregistrement digita...
original slide: Vishwas Chavan                                 Applications          • Prédire les effets des changements ...
image: Anja Jentzsch      Les réseaux d’informationMonday 27 February 12
SCAR-MarBIN et ANTABIF               •        SCAR Marine Biodiversity Information Network               •        Antarcti...
original slide: Mark Parsons     Notre vision:     Les données sont Ouvertes, Liées, Utiles, et     Sauvegardées          ...
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original slide: Mark Parsons     Les données sont Liées     Une methode pour exposer, partager, et la connexion de données...
original slide: Mark Parsons     Les données sont Utiles     Documentées, et utilisable dans un certain contexte d’analyse...
original slide: Mark Parsons    Les données sont Interopérables     La standardisation des données et des métadonnées perm...
original slide: Mark Parsons     Les données sont Sauvegardées     A l’abri des hackers, de l’obsolescence, de changements...
Philosophie   •       Construire un écosystème électronique   •       Offrir un accès ouvert aux données et à la technolog...
Web2.0           Web participatif, social et intelligence collective                                                Markus...
Les portails de données •      En ligne depuis Oct 2005 •      accès ouvert •      953,000 visiteurs •      8,700,000 hits...
Monday 27 February 12
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Taxonomie •      Le premier RAMS •      Panel de 60+ éditeurs •      WoRMS, CoL and EoL •      17,098 taxa (RAMS) •      R...
Monday 27 February 12
Monday 27 February 12
Biogéographie •      7M entrées •      7.200 datasets •      5,235 taxa •      OBIS, GBIF •      Téléchargeable •      Web...
Architecture &                        FonctionnalitésMonday 27 February 12
biodiversity.aq        • organisé en sous-domaines: “.aq” = Antarctica        • www.biodiversity.aq        • data.biodiver...
www. biodiversity.aq        • site généraliste        • news        • contact        • sponsors        • gouvernance      ...
www.biodiversity.aqMonday 27 February 12
data. biodiversity.aq                • trouver les données et les métadonnées                • visualiser les occurrences ...
data.biodiversity.aqMonday 27 February 12
ipt. biodiversity.aq                • préparer et nettoyer les données                • publier les données primaires     ...
ipt.biodiversity.aqMonday 27 February 12
Flux de données                                (votre point de vue) Your data                     DwC-A              IPT  ...
afg.biodiversity.aq                • Aide à l’identification                • Plateforme de publication/partage pour       ...
afg. biodiversity.aq                        afg.biodiversity.aq                Antarctic Field GuidesMonday 27 February 12
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atlas.biodiversity.aq                • Editions papier et digitale(s)                • Ré-édition de Hedgepeth 1969       ...
Hedgpeth 1969’s FolioMonday 27 February 12
Superposition (et partage) de               couches de données                                          Slope             ...
Monday 27 February 12
atlas.biodiversity.aqMonday 27 February 12
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les CarrotesMonday 27 February 12
Publier les données?           • Traité Antarctique           • Data policies (Internationales et Nationales)           • ...
Récompenser l’effort                   ipt                   Metadata document   Data PaperMonday 27 February 12
les “Data Papers”      • Une publication scientifique dont le but principal est de        décrire un set de données.      •...
Inciter la publication des donnéesMonday 27 February 12
Etape par étape      • Compléter les métadonnées en ligne en utilisant l’IPT      • Générer le manuscrit (MS) pour le ‘Dat...
Une fois le MS accepté...      • un DOI (Digital Object Identifier) est assigné      • le papier est publié sous format (a)...
Et bien sûr...      • les Métadonnées doivent être complètes      • les éléments fournis sont suffisament étayés      • les...
Application:                        Identifier les lacunesMonday 27 February 12
Evaluer notre ignorance      •       “Nettoyage” de toute la base de donnée      •       Données bathymétriques ajoutées à...
Ensemble des donnéesMonday 27 February 12
Toutes les espècesMonday 27 February 12
Nematoda                                   Griffiths HJ, Danis B & Clarke A, DSRII 2011Monday 27 February 12
Annelida                                   Griffiths HJ, Danis B & Clarke A, DSRII 2011Monday 27 February 12
Cnidaria                                   Griffiths HJ, Danis B & Clarke A, DSRII 2011Monday 27 February 12
Echinodermata                                   Griffiths HJ, Danis B & Clarke A, DSRII 2011Monday 27 February 12
Mollusca                                   Griffiths HJ, Danis B & Clarke A, DSRII 2011Monday 27 February 12
Chordata                                   Griffiths HJ, Danis B & Clarke A, DSRII 2011Monday 27 February 12
Arthropoda                                 Griffiths HJ, Danis B & Clarke A, DSRII 2011Monday 27 February 12
Résumé            • La couverture spatiale & taxonomique varie              fortement en fonction du groupe considéré     ...
Benthos                                  Griffiths HJ, Danis B & Clarke A, DSRII 2011Monday 27 February 12
Pelagos                                  Griffiths HJ, Danis B & Clarke A, DSRII 2011Monday 27 February 12
Oiseaux et Mammifères                                       Griffiths HJ, Danis B & Clarke A, DSRII 2011Monday 27 February 12
Poissons                                   Griffiths HJ, Danis B & Clarke A, DSRII 2011Monday 27 February 12
Conclusions      • Distorsion vers les zones peu profondes, les stations de        recherche et les trajectoires de navire...
Notre ignorance est Abyssale                            Griffiths HJ, Danis B & Clarke A, DSRII 2011Monday 27 February 12
Conclusions      • La distorsion due à la variabilité de l’effort d’échantillonnage        est responsable d’un grand nomb...
Autre problème...                                   2,8 espèces d’isopodes sont                                 décrites c...
Perspectives etc...Monday 27 February 12
Conclusions générales     Héritage digital du CAML et de l’IPY     Etat de l’environnement Antarctique, Etat 0     Nouvell...
Le futur (proche)    Expansion/évolution des capacités    Interopérabilité    Intégration des données génétiques    Outils...
(quelques) Défis        Science basée sur un usage intensif des données        Intégration d’autres types de données       ...
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  1. 1. Réseaux d’information sur la biodiversité Les projets SCAR-MarBIN et ANTABIF Bruno Danis #biodiversityaqMonday 27 February 12
  2. 2. Menu du jour • le contexte • les réseaux d’information • les fonctionnalités • les carottes • un exemple d’application • les perspectivesMonday 27 February 12
  3. 3. ContexteMonday 27 February 12
  4. 4. le Traité Antarctique « In order to promote international cooperation in scientific investigation in Antarctica, […], Scientific observations and results from Antarctica shall be exchanged and made freely available. »Monday 27 February 12
  5. 5. Biodiversité Antarctique • Haute adaptation à un environnement extrême • Haut niveau d’endémisme (>50% des espèces) • Essentiellement marine (78% vivent sur le fond) • >8000 espèces connues. Estimations: autour de 20.000 • Sous-étudiée (surtout les zones abyssales) • Probablement très sensible aux changements climatiques • Besoin de systèmes d’information performants et dédiésMonday 27 February 12
  6. 6. original slide: Vishwas Chavan Importance des données Développement de politiques et prises de décision Données sur la biodiversité Monitoring de l’état et des Conservation et variations de la utilisation soutenable biodiversité de la biodiversitéMonday 27 February 12
  7. 7. original slide: Vishwas Chavan Les données primaires sur la biodiversité Un enregistrement digital détaillant l’instance d’un organisme: “quoi, où, quand, comment, par qui?” concernant une occurenceMonday 27 February 12
  8. 8. original slide: Vishwas Chavan Applications • Prédire les effets des changements climatiques • Analyser et prédire la dispersion des maladies sur les humains, les cultures, ... • Choix de nouvelles zones protégées • Suivi des espèces invasives et prédiction des voies d’invasion • Informer les preneurs de décision • Fournir des données aux communautés scientifiquesMonday 27 February 12
  9. 9. image: Anja Jentzsch Les réseaux d’informationMonday 27 February 12
  10. 10. SCAR-MarBIN et ANTABIF • SCAR Marine Biodiversity Information Network • Antarctic Biodiversity Information Facility • Financement: BELSPO.be + Sources internationales • Scientific Committee on Antarctic Research (SCAR) • International Polar Year 2007/08 (IPY) • Census of Antarctic Marine Life (CAML)Monday 27 February 12
  11. 11. original slide: Mark Parsons Notre vision: Les données sont Ouvertes, Liées, Utiles, et Sauvegardées Copyright: © Christian MorelMonday 27 February 12
  12. 12. original slide: Mark Parsons Les données sont Ouvertes La philosophie pratique de lopen data préconise une libre disponibilité pour tous et chacun, sans restriction de copyright, brevets ou dautres mécanismes de contrôle.—WikipediaMonday 27 February 12
  13. 13. original slide: Mark Parsons Les données sont Liées Une methode pour exposer, partager, et la connexion de données via des URI (identifiant uniforme de ressource) dereferenceable sur le Web.—WikipediaMonday 27 February 12
  14. 14. original slide: Mark Parsons Les données sont Utiles Documentées, et utilisable dans un certain contexte d’analyseMonday 27 February 12
  15. 15. original slide: Mark Parsons Les données sont Interopérables La standardisation des données et des métadonnées permet aux systèmes d’échanger de l’information, de manière optimaleMonday 27 February 12
  16. 16. original slide: Mark Parsons Les données sont Sauvegardées A l’abri des hackers, de l’obsolescence, de changements non documentés, de la perte, et des ravages du temps.Monday 27 February 12
  17. 17. Philosophie • Construire un écosystème électronique • Offrir un accès ouvert aux données et à la technologie • Exposer les données et metadonnées, dans de multiples contextes • Rester à l’écoute de la communauté • Adopter une forte standardisation • Supporter la science et les processus de conservationMonday 27 February 12
  18. 18. Web2.0 Web participatif, social et intelligence collective Markus AngermeierMonday 27 February 12
  19. 19. Les portails de données • En ligne depuis Oct 2005 • accès ouvert • 953,000 visiteurs • 8,700,000 hits • 60,000,000 dld records • Citations: 183Monday 27 February 12
  20. 20. Monday 27 February 12
  21. 21. Monday 27 February 12
  22. 22. Monday 27 February 12
  23. 23. Monday 27 February 12
  24. 24. Monday 27 February 12
  25. 25. Monday 27 February 12
  26. 26. Taxonomie • Le premier RAMS • Panel de 60+ éditeurs • WoRMS, CoL and EoL • 17,098 taxa (RAMS) • RAS en construction • 24,248 taxa (RAS)Monday 27 February 12
  27. 27. Monday 27 February 12
  28. 28. Monday 27 February 12
  29. 29. Biogéographie • 7M entrées • 7.200 datasets • 5,235 taxa • OBIS, GBIF • Téléchargeable • WebGIS • WebservicesMonday 27 February 12
  30. 30. Architecture & FonctionnalitésMonday 27 February 12
  31. 31. biodiversity.aq • organisé en sous-domaines: “.aq” = Antarctica • www.biodiversity.aq • data.biodiversity.aq • ipt.biodiversity.aq • afg.biodiversity.aq • atlas.biodiversity.aqMonday 27 February 12
  32. 32. www. biodiversity.aq • site généraliste • news • contact • sponsors • gouvernance • flux RSS: blog, PIC, photostream, slideshare, MendeleyMonday 27 February 12
  33. 33. www.biodiversity.aqMonday 27 February 12
  34. 34. data. biodiversity.aq • trouver les données et les métadonnées • visualiser les occurrences sur une carte interactive • accéder aux données taxonomiques • télécharger les données • accéder aux statistiques d’utilisation • envoyer du feedbackMonday 27 February 12
  35. 35. data.biodiversity.aqMonday 27 February 12
  36. 36. ipt. biodiversity.aq • préparer et nettoyer les données • publier les données primaires • publier les metadonnées • exposer les données et métadonnées vers les autres systèmes d’information • générer et soumettre une publication de type “Data Paper”Monday 27 February 12
  37. 37. ipt.biodiversity.aqMonday 27 February 12
  38. 38. Flux de données (votre point de vue) Your data DwC-A IPT ANTABIF standardize upload publish publish Data PaperMonday 27 February 12
  39. 39. afg.biodiversity.aq • Aide à l’identification • Plateforme de publication/partage pour des guides de terrains personnalisés • Images de haute qualité • Descriptions d’experts • Construit à la volée, depuis différentes sources • Génération d’un pdfMonday 27 February 12
  40. 40. afg. biodiversity.aq afg.biodiversity.aq Antarctic Field GuidesMonday 27 February 12
  41. 41. afg.biodiversity.aq afg.biodiversity.aqMonday 27 February 12
  42. 42. afg.biodiversity.aqMonday 27 February 12
  43. 43. afg.biodiversity.aqMonday 27 February 12
  44. 44. afg.biodiversity.aqMonday 27 February 12
  45. 45. afg.biodiversity.aqMonday 27 February 12
  46. 46. afg. biodiversity.aqMonday 27 February 12
  47. 47. Monday 27 February 12
  48. 48. Monday 27 February 12
  49. 49. atlas.biodiversity.aq • Editions papier et digitale(s) • Ré-édition de Hedgepeth 1969 • Générer des cartes thématiques • Générer des cartes prédictives • Construire une plateforme interactive • Préparer un livre électronique • Génération dynamique du contenuMonday 27 February 12
  50. 50. Hedgpeth 1969’s FolioMonday 27 February 12
  51. 51. Superposition (et partage) de couches de données Slope Bathymetry Chlorophyll Distance to the continent Distance to bird colonies Distance to ice Distance to shelf Distance to canyon Floor temperature ...Monday 27 February 12
  52. 52. Monday 27 February 12
  53. 53. atlas.biodiversity.aqMonday 27 February 12
  54. 54. Monday 27 February 12
  55. 55. les CarrotesMonday 27 February 12
  56. 56. Publier les données? • Traité Antarctique • Data policies (Internationales et Nationales) • Reconnaissance de ses pairs • Transparence • Amélioration constante, recyclage,,... • (vraie) Intégration des données • publication dans des contextes variés • systèmes de citationMonday 27 February 12
  57. 57. Récompenser l’effort ipt Metadata document Data PaperMonday 27 February 12
  58. 58. les “Data Papers” • Une publication scientifique dont le but principal est de décrire un set de données. • Avantages des Data Papers – crédit aux contributeurs de données – description des données dans un format structuré, lisible par un humain – attirer l’attention des la communauté scientifique surMonday 27 February 12
  59. 59. Inciter la publication des donnéesMonday 27 February 12
  60. 60. Etape par étape • Compléter les métadonnées en ligne en utilisant l’IPT • Générer le manuscrit (MS) pour le ‘Data Paper’ (menu: Manage Resource – RTF Download) • Soumettre le MS pour publication dans l’une des revues: ZooKeys, PhytoKeys, BioRisks, NeoBiota, Biodiversity Data Journal, Nature Conservation • Révision (si nécessaire) en utilisant aussi l’IPT puis re- soumissionMonday 27 February 12
  61. 61. Une fois le MS accepté... • un DOI (Digital Object Identifier) est assigné • le papier est publié sous format (a) imprimé, (b) PDF, (c) HTML, et (d) XML, puis archivé dans PubMedCentral • le DOI est lié à un identifiant persistant dans les registres d’ANTABIF/GBIF • votre “Data Paper” est indexé par Web of Knowledge (ISI), PubMedCentral, Scopus, Zoological Record, Google Scholar, CAB Abstracts, Directory of Open Access Journal (DOAJ), EBSCO.Monday 27 February 12
  62. 62. Et bien sûr... • les Métadonnées doivent être complètes • les éléments fournis sont suffisament étayés • les données décrites dans le ‘Data Paper’ sont Ouvertes au moment de la soumission du MSMonday 27 February 12
  63. 63. Application: Identifier les lacunesMonday 27 February 12
  64. 64. Evaluer notre ignorance • “Nettoyage” de toute la base de donnée • Données bathymétriques ajoutées à toutes les entrées benthiques • comptage des espèces vs stations pour les phylums majeurs (nematoda, mollusca, cnidaria, echinodermata, chordata, arthropoda & annelida) • comptage des espèces vs stations pour les groupes majeurs (poissons, oiseaux et mammifères, pélagique et benthiques) • Analyse bathymétrique. Stations & espèces benthiques en fonction de la profondeur.Monday 27 February 12
  65. 65. Ensemble des donnéesMonday 27 February 12
  66. 66. Toutes les espècesMonday 27 February 12
  67. 67. Nematoda Griffiths HJ, Danis B & Clarke A, DSRII 2011Monday 27 February 12
  68. 68. Annelida Griffiths HJ, Danis B & Clarke A, DSRII 2011Monday 27 February 12
  69. 69. Cnidaria Griffiths HJ, Danis B & Clarke A, DSRII 2011Monday 27 February 12
  70. 70. Echinodermata Griffiths HJ, Danis B & Clarke A, DSRII 2011Monday 27 February 12
  71. 71. Mollusca Griffiths HJ, Danis B & Clarke A, DSRII 2011Monday 27 February 12
  72. 72. Chordata Griffiths HJ, Danis B & Clarke A, DSRII 2011Monday 27 February 12
  73. 73. Arthropoda Griffiths HJ, Danis B & Clarke A, DSRII 2011Monday 27 February 12
  74. 74. Résumé • La couverture spatiale & taxonomique varie fortement en fonction du groupe considéré • Certains taxa majeurs sont “manquants”: Eponges, Isopodes, Pycnogonides, Bryozoaires, Decapodes, Crinoides & Brachiopodes • Zones sous- ou non-échantillonnées: ouest de la mer de Weddell, mer d’Amundsen, zones abyssalesMonday 27 February 12
  75. 75. Benthos Griffiths HJ, Danis B & Clarke A, DSRII 2011Monday 27 February 12
  76. 76. Pelagos Griffiths HJ, Danis B & Clarke A, DSRII 2011Monday 27 February 12
  77. 77. Oiseaux et Mammifères Griffiths HJ, Danis B & Clarke A, DSRII 2011Monday 27 February 12
  78. 78. Poissons Griffiths HJ, Danis B & Clarke A, DSRII 2011Monday 27 February 12
  79. 79. Conclusions • Distorsion vers les zones peu profondes, les stations de recherche et les trajectoires de navires de recherche • Ensemble du jeu de données: les observations d’oiseaux et de mammifères dominent l’analyse de l’effort d’échantillonnage • Les données benthiques déterminent les schémas d’ensemble de la richesse spécifique • Co-occurrence entre les “hotspots” de données benthiques et la présence de stationsMonday 27 February 12
  80. 80. Notre ignorance est Abyssale Griffiths HJ, Danis B & Clarke A, DSRII 2011Monday 27 February 12
  81. 81. Conclusions • La distorsion due à la variabilité de l’effort d’échantillonnage est responsable d’un grand nombre de patrons observés • Distorsion massive due à un sous-échantillonnage du profond • Certaines zones et taxa, bien représentés, sont utilisables pour des analyses ultérieuresMonday 27 February 12
  82. 82. Autre problème... 2,8 espèces d’isopodes sont décrites chaque année 600+ ont été découvertes durant ANDEEP 214 années pour tout décrire! De Broyer C & Danis B, DSRII 2011Monday 27 February 12
  83. 83. Perspectives etc...Monday 27 February 12
  84. 84. Conclusions générales Héritage digital du CAML et de l’IPY Etat de l’environnement Antarctique, Etat 0 Nouvelle biorégionalisation, aires marines protégées Le lien entre plusieurs disciplines Consolidation de la communauté du SCAR Conservation informée et adaptative Optimisation des efforts de rechercheMonday 27 February 12
  85. 85. Le futur (proche) Expansion/évolution des capacités Interopérabilité Intégration des données génétiques Outils d’aide à l’identification Implication de la communautéMonday 27 February 12
  86. 86. (quelques) Défis Science basée sur un usage intensif des données Intégration d’autres types de données Données noires et données orphelines Déluges de données Fracture numérique Changement de culture Rose A. DZMBMonday 27 February 12
  87. 87. image  ©  NY  Times   #biodiversityaqMonday 27 February 12

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