Le document explore la transformation de modèles et la construction d'ontologies centrées sur les traits en écologie. Il met en avant l'importance de la collaboration entre experts du domaine et informaticiens pour faciliter l'émergence de connaissances partagées et la validation des modèles construits. Enfin, il discute des outils et méthodes disponibles pour transformer des modèles UML en ontologies et les meilleures pratiques pour une approche agile dans le développement d'ontologies.

1. Contexte d’´tude
e
D´marche
e
Transformation de mod`les
e
Pour conclure
Transformation de mod`les et ontologie
e
centr´e traits
e
I.Mougenot, M.A. Laporte, E. Garnier
LIRMM, CEFE Montpellier
EcoOnto Novembre 
I.Mougenot, M.A. Laporte, E. Garnier Transformation de mod`les et ontologie centr´e traits
e e

2. Contexte d’´tude
e
D´marche
e Enjeux
Transformation de mod`les
e Quelques ´l´ments de d´finition
ee e
Pour conclure
Travail s’articulant autour de diff´rentes motivations
e
Fonctions attendues
∗ agr´ger et partager de l’information distribu´e
e e
∗ faire ´merger de la connaissance partag´e
e e
Construire une ontologie
∗ co-construire une ontologie de domaine : travail d’une
communaut´ qui d´tient l’expertise sur le domaine
e e
∗ collaborer avec les informaticiens qui poss`dent l’expertise sur
e
l’ing´nierie des connaissances
e
Transformer des mod`les
e
∗ Faciliter le travail de co-construction, faire ´merger une vision
e
commune des concepts cl´s d’un domaine
e
∗ Faciliter la validation et les ´volutions futures (modularit´,
e e
flexibilit´, extensibilit´)
e e
∗ Pr´voir des passerelles entre l’ontologie construite et des
e
ontologies connexes (taxons, unit´s de mesure, fonctions,
e
climat, sol . . .
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e e

3. Contexte d’´tude
e
D´marche
e Enjeux
Transformation de mod`les
e Quelques ´l´ments de d´finition
ee e
Pour conclure
Illustration du contexte actuel
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e e

4. Contexte d’´tude
e
D´marche
e Enjeux
Transformation de mod`les
e Quelques ´l´ments de d´finition
ee e
Pour conclure
En ´cologie
e
Int´grer des donn´es traits et raisonner : d´crire fonctionnellement
e e e
les interactions entre les organismes et leur environnement, passage
a l’´chelle populations, communaut´s, ´cosyst`mes
` e e e e
Exemples de relation marqueur fonctionnel (trait) - fonction :
masse des graines, dispersion des graines reproduction
hauteur partie a´rienne
e interception de la lumi`re
e
surface sp´cifique foliaire (SLA)
e croissance
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5. Contexte d’´tude
e
D´marche
e Enjeux
Transformation de mod`les
e Quelques ´l´ments de d´finition
ee e
Pour conclure
Terminologie
Les notions les plus importantes
Trait fonctionnel : tout caract`re morphologique,
e
physiologique ou ph´nologique mesurable sur un individu, de
e
la cellule ` l’organisme entier [Violle 2007]
a
Ontologie (en ing´nierie des connaissances) : un ensemble
e
de concepts, un ensemble de relations entre ces concepts et
un ensemble d’axiomes (transitivit´, compl´mentarit´,
e e e
sym´trie, r´flexivit´, . . . )
e e e
Mod`le conceptuel : abstraction de la r´alit´ selon une
e e e
certaine conceptualisation - communiquer, comprendre et
valider le mod`le construit
e
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e e

6. Contexte d’´tude
e Diff´rents angles d’approche
e
D´marche
e UML et le g´nie logiciel
e
Transformation de mod`les
e Ing´nierie des mod`les
e e
Pour conclure M´ta-m´tamod`le
e e e
Comment construire une ontologie ?
Plusieurs approches sont envisageables :
emprunter aux m´thodologies de construction d’ontologies
e
(Methontology, Uschold et Kings, . . . )
emprunter au g´nie logiciel, apparenter une ontologie ` un
e a
mod`le conceptuel et exploiter la notation objet UML pour
e
servir de support ` la construction d’une ontologie
a
∗ privil´gier flexibilit´, r´utilisabilit´, modularit´, extensibilit´ qui
e e e e e e
sont des principes phares du paradigme objet
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7. Contexte d’´tude
e Diff´rents angles d’approche
e
D´marche
e UML et le g´nie logiciel
e
Transformation de mod`les
e Ing´nierie des mod`les
e e
Pour conclure M´ta-m´tamod`le
e e e
La notation objet UML par l’exemple
UML est une notation standard (de nombreux outils associ´s) et
e
graphique qui prend en charge les aspects fonctionnels, structurels,
et dynamiques d’un syst`me au travers de l’expression de dia-
e
grammes appropri´s et normalis´s.
e e
Trait
− name
− definition
1..∗ 1..∗
Entity Characteristic
− name − name
Plant
− name
Figure: Capturer une r´alit´ au sein d’un diagramme UML
e e
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e e

8. Contexte d’´tude
e Diff´rents angles d’approche
e
D´marche
e UML et le g´nie logiciel
e
Transformation de mod`les
e Ing´nierie des mod`les
e e
Pour conclure M´ta-m´tamod`le
e e e
Notion de m´ta-mod`le
e e
La sp´cification d’un m´ta-mod`le permet de :
e e e
contrˆler la validit´ des mod`les qui doivent s’y conformer.
o e e
faciliter la transformation, l’´change, l’´volution ou encore
e e
l’adaptabilit´ d’un ensemble de mod`les
e e
Le langage UML poss`de un m´ta-mod`le qui d´finit
e e e e
rigoureusement les ´l´ments de mod´lisation UML, d’abord ´t´
ee e ee
d´fini en UML et qui maintenant est conforme au MOF (Meta
e
Object Facilities) qui est un langage standard de repr´sentation des
e
m´tamod`les
e e
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e e

9. Contexte d’´tude
e Diff´rents angles d’approche
e
D´marche
e UML et le g´nie logiciel
e
Transformation de mod`les
e Ing´nierie des mod`les
e e
Pour conclure M´ta-m´tamod`le
e e e
Architecture du m´ta-m´tamod`le
e e e
Quatre couches sont consid´r´es
ee
Figure: Architecture Ing´nierie des mod`les
e e
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e e

10. Contexte d’´tude
e
D´marche
e Aller vers les Ontologies
Transformation de mod`les
e En pratique
Pour conclure
Les m´tamod`les Ontology Definition Metamodel
e e
D´finition d’un ensemble de m´tamod`les pour les langages ` base
e e e a
de connaissances ; qui associ´s ` des profils UML vont permettre
e a
de transformer des mod`les UML en ontologies se conformant ` ces
e a
diff´rents m´tamod`les
e e e
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e e

11. Contexte d’´tude
e
D´marche
e Aller vers les Ontologies
Transformation de mod`les
e En pratique
Pour conclure
Environnement de d´veloppement normalis´ Eclipse
e e
Eclipse int`gre des outils d´di´s ` la mod´lisation (plateforme EMF,
e e e a e
m´tamod`le ECore), l’id´e est ensuite d’autoriser diff´rentes sortes
e e e e
de transformations (UML vers Java ou vers XML et inversement).
Des modules sont disponibles pour la transformation de mod`les e
UML vers des ontologies
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e e

12. Contexte d’´tude
e
D´marche
e Aller vers les Ontologies
Transformation de mod`les
e En pratique
Pour conclure
Exemple de r´sultat d’une transformation
e
Figure: Transformation (au travers d’EMFTriple) en OWL Turtle
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e e

13. Contexte d’´tude
e
D´marche
e
Transformation de mod`les
e
Pour conclure
Conclusion - Perspectives
Travail prospectif
Donner aux acteurs (´cologues) de la construction de
e
l’ontologie les moyens de s’exprimer au travers de la d´finition
e
de mod`les conceptuels
e
Plus de r´activit´ des informaticiens face aux besoins de la
e e
communaut´ en ´cologie : plus facile de faire ´voluer des
e e e
mod`les que des codes
e
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