Nuages arborés et analyse textuelle - Présentation de l’outil TreeCloudPhilippe Gambette
24 mai 2013 - Séminaire "Réflexion sur les visualisations en sciences humaines, quels apports pour la textométrie ?" - CEDITEC (Université Paris-Est Créteil)
Méthodes combinatoires de reconstruction de réseaux phylogénétiquesPhilippe Gambette
Soutenance de thèse le 30 novembre 2010 au LIRMM à Montpellier.
Jury :
- Guillaume Fertin & Vincent Moulton (rapporteurs)
- Alain Guénoche, Violaine Prince & Eric Tannier
- Vincent Berry & Christophe Paul (directeurs de thèse)
Nuages arborés et analyse textuelle - Présentation de l’outil TreeCloudPhilippe Gambette
24 mai 2013 - Séminaire "Réflexion sur les visualisations en sciences humaines, quels apports pour la textométrie ?" - CEDITEC (Université Paris-Est Créteil)
Méthodes combinatoires de reconstruction de réseaux phylogénétiquesPhilippe Gambette
Soutenance de thèse le 30 novembre 2010 au LIRMM à Montpellier.
Jury :
- Guillaume Fertin & Vincent Moulton (rapporteurs)
- Alain Guénoche, Violaine Prince & Eric Tannier
- Vincent Berry & Christophe Paul (directeurs de thèse)
Utilisation de la visualisation en nuage arboré pour l'analyse littérairePhilippe Gambette
Présentation aux JADT2010 à Rome, avec Delphine Amstutz.
Pris par le temps, nous avons dû abréger les commentaires des diapos 47 à 53, ils sont insérés dans cette version web.
L'article associé se trouve à l'adresse http://hal-lirmm.ccsd.cnrs.fr/lirmm-00448436/fr/
A new visualization tool to display the words of a text (newspaper article, blog content, political speech) is presented, the tree cloud, a kind of improved tag cloud: http://www.treecloud.org.
M2i Webinar - « Participation Financière Obligatoire » et CPF : une opportuni...M2i Formation
Suite à l'entrée en vigueur de la « Participation Financière Obligatoire » le 2 mai dernier, les règles du jeu ont changé !
Pour les entreprises, cette révolution du dispositif est l'occasion de revoir sa stratégie de formation pour co-construire avec ses salariés un plan de formation alliant performance de l'organisation et engagement des équipes.
Au cours de ce webinar de 20 minutes, co-animé avec la Caisse des Dépôts et Consignations, découvrez tous les détails actualisés sur les dotations et les exonérations, les meilleures pratiques, et comment maximiser les avantages pour les entreprises et leurs salariés.
Au programme :
- Principe et détails de la « Participation Financière Obligatoire » entrée en vigueur
- La dotation : une opportunité à saisir pour co-construire sa stratégie de formation
- Mise en pratique : comment doter ?
- Quelles incidences pour les titulaires ?
Webinar exclusif animé à distance en coanimation avec la CDC
Conseils pour Les Jeunes | Conseils de La Vie| Conseil de La JeunesseOscar Smith
Besoin des conseils pour les Jeunes ? Le document suivant est plein des conseils de la Vie ! C’est vraiment un document conseil de la jeunesse que tout jeune devrait consulter.
Voir version video:
➡https://youtu.be/7ED4uTW0x1I
Sur la chaine:👇
👉https://youtube.com/@kbgestiondeprojets
Aimeriez-vous donc…
-réussir quand on est jeune ?
-avoir de meilleurs conseils pour réussir jeune ?
- qu’on vous offre des conseils de la vie ?
Ce document est une ressource qui met en évidence deux obstacles qui empêchent les jeunes de mener une vie épanouie : l'inaction et le pessimisme.
1) Découvrez comment l'inaction, c'est-à-dire le fait de ne pas agir ou d'agir alors qu'on le devrait ou qu'on est censé le faire, est un obstacle à une vie épanouie ;
> Comment l'inaction affecte-t-elle l'avenir du jeune ? Que devraient plutôt faire les jeunes pour se racheter et récupérer ce qui leur appartient ? A découvrir dans le document ;
2) Le pessimisme, c'est douter de tout ! Les jeunes doutent que la génération plus âgée ne soit jamais orientée vers la bonne volonté. Les jeunes se sentent toujours mal à l'aise face à la ruse et la volonté politique de la génération plus âgée ! Cet état de doute extrême empêche les jeunes de découvrir les opportunités offertes par les politiques et les dispositifs en faveur de la jeunesse. Voulez-vous en savoir plus sur ces opportunités que la plupart des jeunes ne découvrent pas à cause de leur pessimisme ? Consultez cette ressource gratuite et profitez-en !
En rapport avec les " conseils pour les jeunes, " cette ressource peut aussi aider les internautes cherchant :
➡les conseils pratiques pour les jeunes
➡conseils pour réussir
➡jeune investisseur conseil
➡comment investir son argent quand on est jeune
➡conseils d'écriture jeunes auteurs
➡conseils pour les jeunes auteurs
➡comment aller vers les jeunes
➡conseil des jeunes citoyens
➡les conseils municipaux des jeunes
➡conseils municipaux des jeunes
➡conseil des jeunes en mairie
➡qui sont les jeunes
➡projet pour les jeunes
➡conseil des jeunes paris
➡infos pour les jeunes
➡conseils pour les jeunes
➡Quels sont les bienfaits de la jeunesse ?
➡Quels sont les 3 qualités de la jeunesse ?
➡Comment gérer les problèmes des adolescents ?
➡les conseils de jeunes
➡guide de conseils de jeunes
Newsletter SPW Agriculture en province du Luxembourg du 03-06-24BenotGeorges3
Les informations et évènements agricoles en province du Luxembourg et en Wallonie susceptibles de vous intéresser et diffusés par le SPW Agriculture, Direction de la Recherche et du Développement, Service extérieur de Libramont.
https://agriculture.wallonie.be/home/recherche-developpement/acteurs-du-developpement-et-de-la-vulgarisation/les-services-exterieurs-de-la-direction-de-la-recherche-et-du-developpement/newsletters-des-services-exterieurs-de-la-vulgarisation/newsletters-du-se-de-libramont.html
Bonne lecture et bienvenue aux activités proposées.
#Agriculture #Wallonie #Newsletter #Recherche #Développement #Vulgarisation #Evènement #Information #Formation #Innovation #Législation #PAC #SPW #ServicepublicdeWallonie
Utilisation de la visualisation en nuage arboré pour l'analyse littérairePhilippe Gambette
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M2i Webinar - « Participation Financière Obligatoire » et CPF : une opportuni...M2i Formation
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Conseils pour Les Jeunes | Conseils de La Vie| Conseil de La JeunesseOscar Smith
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1) Découvrez comment l'inaction, c'est-à-dire le fait de ne pas agir ou d'agir alors qu'on le devrait ou qu'on est censé le faire, est un obstacle à une vie épanouie ;
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Cours SE - Gestion de la mémoire- Cours IG IPSET.pdf
Reconstruction de reseaux phylogenetiques a structure arboree depuis un ensemble de clusters
1. Rencontres ALPHY-GTGC
Montpellier– 27/01/2009
Reconstruction
de réseaux phylogénétiques
à structure arborée
depuis un ensemble de clusters
Daniel Huson, Regula Rupp,
Vincent Berry, Philippe Gambette, Christophe Paul
2. Plan
• Les réseaux phylogénétiques à structure arborée
• Reconstruction depuis des clusters
• Une approche en deux étapes
• L'ensemble minimum de conflits
• L'attachement minimum
• L'implémentation dans Dendroscope
3. Plan
• Les réseaux phylogénétiques à structure arborée
• Reconstruction depuis des clusters
• Une approche en deux étapes
• L'ensemble minimum de conflits
• L'attachement minimum
• L'implémentation dans Dendroscope
4. Les arbres phylogénétiques
D'après Woese, Kandler, Wheelis : Towards a natural system of organisms:
proposal for the domains Archaea, Bacteria, and Eucarya, Proceedings of
the National Academy of Sciences, 87(12), 4576–4579 (1990)
5. Les réseaux phylogénétiques
Réseau phylogénétique
de la vie
Doolittle : Uprooting the Tree of Life, Scientific American (Fév. 2000)
6. Les réseaux phylogénétiques
réseau de
T-Rex
réseau de bipartitions
niveau 2
réticulogramme
Level-2
SplitsTree
réseau couvrant
minimum
diagramme
de synthèse
réseau
HorizStory
médian
Network TCS
7. Les réseaux phylogénétiques
réseau de
T-Rex
réseau de bipartitions
niveau 2
réticulogramme
Level-2
SplitsTree
réseau couvrant
minimum
diagramme
de synthèse
réseau
HorizStory
médian
Network TCS
8. Réseaux abstraits ou explicites
Un réseau phylogénétique explicite est un réseau
phylogénétique dont tous les noeuds correspondent à des
événements biologiques précis.
Un réseau phylogénétique abstrait reflète des signaux
phylogénétiques sans nécessairement représenter
explicitement des événements biologiques.
9. Réseaux abstraits ou explicites
Un réseau phylogénétique explicite est un réseau
phylogénétique dont tous les noeuds correspondent à des
événements biologiques précis.
Un réseau phylogénétique abstrait reflète des signaux
phylogénétiques sans nécessairement représenter
explicitement des événements biologiques.
Réseau phylogénétique explicite de
levures, Leo van Iersel, Judith Keijsper,
Steven Kelk, Leen Stougie, Ferry Hagen,
Teun Boekhout : Constructing level-2
phylogenetic networks from triplets.
RECOMB'08
10. Réseaux abstraits ou explicites
Un réseau phylogénétique explicite est un réseau
phylogénétique dont tous les noeuds correspondent à des
événements biologiques précis.
Un réseau phylogénétique abstrait reflète des signaux
phylogénétiques sans nécessairement représenter
explicitement des événements biologiques.
Réseau phylogénétique abstrait de
champignons, www.splitstree.org
11. Hiérarchie de sous-classes de réseaux
Des restrictions pour obtenir des algorithmes efficaces :
généralement généralement
explicite abstrait
http://www.lirmm.fr/~gambette/RePhylogeneticNetworks.php
12. Les réseaux à structure arborée
réseau à structure arborée = galled network
généralement généralement
explicite abstrait
http://www.lirmm.fr/~gambette/RePhylogeneticNetworks.php
13. Les réseaux à structure arborée
Définition d'un réseau à structure arborée
“galled network” :
réseau phylogénétique tel que
pour tout noeud hybride, sa suppression
déconnecte le graphe.
feuilles, taxons
N
noeud d'arbre
h2
noeud hybride
arc d'arbre
h4
h3
h1 arc hybride
abcdefghi jk
Réseau enraciné : arcs orientés vers le bas
14. Les réseaux à structure arborée
Définition d'un réseau à structure arborée
“galled network” :
réseau phylogénétique tel que
pour tout noeud hybride, sa suppression
déconnecte le graphe.
feuilles, taxons
N
noeud d'arbre
déconnecté en
supprimant h2 noeud hybride
arc d'arbre
h4
h3
h1 arc hybride
abcdefghi jk
Réseau enraciné : arcs orientés vers le bas
15. Les réseaux à structure arborée
Définition d'un réseau à structure arborée
“galled network” :
réseau phylogénétique tel que
pour tout noeud hybride, sa suppression
déconnecte le graphe.
N'
N' n'est pas un réseau
h2
à structure arborée.
h4
h5 h3
h1
abcdefghi jk
16. Les réseaux à structure arborée
Définition d'un réseau à structure arborée
“galled network” :
réseau phylogénétique tel que
pour tout noeud hybride, sa suppression
déconnecte le graphe.
N'
N' n'est pas un réseau
à structure arborée.
N' reste connecté après
h4 suppression de h2
h5 h3
h1
abcdefghi jk
17. Plan
• Les réseaux phylogénétiques à structure arborée
• Reconstruction depuis des clusters
• Une approche en deux étapes
• L'ensemble minimum de conflits
• L'attachement minimum
• L'implémentation dans Dendroscope
18. Super-réseaux
Problème :
Reconstruire le super-réseau d'un ensemble d'arbres avec
le minimum de réticulations est
difficile.
Bordewich & Semple, DAM, 2007
Idée :
reconstuire un réseau contenant tous les :
triplets
quadruplets
clusters
splits
des arbres en entrée ?
b c
a
f
abcde
d
Motivation algorithmique e
21. Super-réseaux
Idée :
reconstuire un réseau contenant tous les :
ab|ce a|ce
triplets
b c
abcde
a
quadruplets
f
d
e
{c,d,e}
clusters
abcde
des arbres en entrée ?
22. Super-réseaux
Idée :
reconstuire un réseau contenant tous les :
ab|ce a|ce
triplets
b c
abcde
a
quadruplets
f
d
e
{c,d,e}
clusters
b
{a,b,f} abcde
c
{c,d,e} splits
a
f
d des arbres en entrée ?
e
24. Clusters pleins / souples et réseaux
X cluster pleinement compatible avec N (hardwired)
si X est l'ensemble des feuilles sous un noeud de N.
X cluster souplement compatible avec N (softwired)
s'il existe un arbre T dans N sur les taxons L tel que X est
l'ensemble des feuilles sous un noeud de T.
abc cd
bc
abcd
25. Clusters pleins / souples et réseaux
X cluster pleinement compatible avec N (hardwired)
si X est l'ensemble des feuilles sous un noeud de N.
X cluster souplement compatible avec N (softwired)
s'il existe un arbre T dans N sur les taxons L tel que X est
l'ensemble des feuilles sous un noeud de T.
abc
ab cd
bc
abcd
26. Clusters pleins / souples et réseaux
X cluster pleinement compatible avec N (hardwired)
si X est l'ensemble des feuilles sous un noeud de N.
X cluster souplement compatible avec N (softwired)
s'il existe un arbre T dans N sur les taxons L tel que X est
l'ensemble des feuilles sous un noeud de T.
abc
ab cd
bc
abcd
27. Clusters pleins / souples et réseaux
X cluster pleinement compatible avec N (hardwired)
si X est l'ensemble des feuilles sous un noeud de N.
X cluster souplement compatible avec N (softwired)
s'il existe un arbre T dans N sur les taxons L tel que X est
l'ensemble des feuilles sous un noeud de T.
abc
ab cd
bc
abcd
L'ensemble C(N) de tous les clusters souplement
compatibles avec N peut être de taille exponentielle.
Test de compatibilité souple NP-complet.
Kanj, Nakhleh, Than & Xia, TCS, 2008
28. Clusters et réseaux à structure arborée
Test de compatibilité souple polynomial sur les réseaux à
structure arborée.
Pour tout ensemble C de clusters, il existe un réseau à
structure arborée compatible avec C.
N
Le réseau à structure arborée N
est compatible avec
tout cluster sur {a,b,c,d,e,f}.
abcdef
29. Clusters et réseaux à structure arborée
Test de compatibilité souple polynomial sur les réseaux à
structure arborée.
Pour tout ensemble C de clusters, il existe un réseau à
structure arborée compatible avec C.
{a,b,d}
N
Le réseau à structure arborée N
est compatible avec
tout cluster sur {a,b,c,d,e,f}.
abcdef
32. Reconstruction depuis les clusters
Un réseau N compatible avec tous les clusters d'un arbre T
n'est pas forcément compatible avec T.
T N pleinement/souplement
compatible avec
{abcd,bcd,cd,a,b,c,d}
mais pas avec T
abcd abcd
compatible avec les clusters d'un arbre T
compatible avec T.
33. Reconstruction depuis les clusters
{arbres}
{clusters}
super-réseau N super-réseau N'
N plus complexe que N'
34. Plan
• Les réseaux phylogénétiques à structure arborée
• Reconstruction depuis des clusters
• Une approche en deux étapes
• L'ensemble minimum de réticulations
• L'attachement minimum
• L'implémentation dans Dendroscope
35. Une approche en deux étapes
1- Trouver un ensemble minimum de conflits parmi les
clusters :
- partie sans conflits arbre,
- taxons impliqués dans des conflits sous les réticulations.
MAXIMUM COMPATIBLE SUBSET
2- Attacher les taxons impliqués dans des conflits à l'arbre
avec un nombre minimal d'arcs.
MINIMUM ATTACHMENT PROBLEM
36. Une approche en deux étapes
1- Trouver un ensemble minimum de conflits parmi les
clusters :
- partie sans conflits arbre,
- taxons impliqués dans des conflits sous les réticulations.
MAXIMUM COMPATIBLE SUBSET
2- Attacher les taxons impliqués dans des conflits à l'arbre
avec un nombre minimal d'arcs.
MINIMUM ATTACHMENT PROBLEM
37. Plan
• Les réseaux phylogénétiques à structure arborée
• Reconstruction depuis des clusters
• Une approche en deux étapes
• L'ensemble minimum de conflits
• L'attachement minimum
• L'implémentation dans Dendroscope
38. L'ensemble minimum de conflits
Clusters incompatibles si ni inclus ni disjoints : A B
Graphe d'incompatibilité d'un ensemble de clusters :
- un cluster par sommet,
- une arête entre deux clusters incompatibles.
Exemple : {{a,b},{a,b,x},{a,x},{b,x},{b,y},{c,d},{c,d,x,y},{c,x},{d,y},{x,y}}
ab abx
Problème :
xy ax
pour chaque composante
connexe du graphe, enlever le
dy bx
nombre minimum de taxons pour
cx by supprimer toutes les arêtes.
cdxy cd
39. L'ensemble minimum de conflits
Exemple : {{a,b},{a,b,x},{a,x},{b,x},{b,y},{c,d},{c,d,x,y},{c,x},{d,y},{x,y}}
ab abx
Problème :
pour chaque composante
xy ax
connexe du graphe, enlever un
dy bx
nombre minimum de taxons pour
supprimer toutes les arêtes.
cx by
cdxy cd
({b},{a},{x}) ({x},{b},{y})
({a},{b},{x}) ({b},{x},{c,d,y})
({a},{b},{y}) ({b},{x},{c})
Déclaration ({a,x},{b},{y}) ({b},{x},{y})
({a,b},{x},{c,d,y}) ({b},{y},{c,d,x})
d'incompatibilités :
({a,b},{x},{c}) ({b},{y},{d})
(AB,A∩B,BA)
({a,b},{x},{y}) ({b},{y},{x})
A B ({a},{x},{b}) ({d},{c},{x})
({a},{x},{c,d,y}) ({c},{d},{y})
pour tous clusters A et B ({a},{x},{c}) ({c},{x},{y})
incompatibles ({a},{x},{y}) ({d},{y},{x})
40. L'ensemble minimum de conflits
Exemple : {{a,b},{a,b,x},{a,x},{b,x},{b,y},{c,d},{c,d,x,y},{c,x},{d,y},{x,y}}
ab abx
Problème :
pour chaque composante
xy ax
connexe du graphe, enlever un
dy bx
nombre minimum de taxons pour
supprimer toutes les arêtes.
cx by
cdxy cd
({b},{a},{x}) ({x},{b},{y})
({a},{b},{x}) ({b},{x},{c,d,y})
({a},{b},{y}) ({b},{x},{c})
Choisir un nombre ({a,x},{b},{y}) ({b},{x},{y})
minimum de taxons ({a,b},{x},{c,d,y}) ({b},{y},{c,d,x})
pour supprimer un élément ({a,b},{x},{c}) ({b},{y},{d})
({a,b},{x},{y}) ({b},{y},{x})
dans chaque déclaration
({a},{x},{b}) ({d},{c},{x})
d'incompatibilité ({a},{x},{c,d,y}) ({c},{d},{y})
({a},{x},{c}) ({c},{x},{y})
A B
({a},{x},{y}) ({d},{y},{x})
41. L'ensemble minimum de conflits
Exemple : {{a,b},{a,b,x},{a,x},{b,x},{b,y},{c,d},{c,d,x,y},{c,x},{d,y},{x,y}}
ab abx
Problème :
pour chaque composante
xy ax
connexe du graphe, enlever un
dy bx
nombre minimum de taxons pour
supprimer toutes les arêtes.
cx by
cdxy cd
({b},{a},{x}) ({x},{b},{y})
({a},{b},{x}) ({b},{x},{c,d,y})
({a},{b},{y}) ({b},{x},{c})
Choisir un nombre ({a,x},{b},{y}) ({b},{x},{y})
minimum de taxons (x et y) ({a,b},{x},{c,d,y}) ({b},{y},{c,d,x})
pour supprimer un élément ({a,b},{x},{c}) ({b},{y},{d})
dans chaque déclaration ({a,b},{x},{y}) ({b},{y},{x})
({a},{x},{b}) ({d},{c},{x})
d'incompatibilité
({a},{x},{c,d,y}) ({c},{d},{y})
({a},{x},{c}) ({c},{x},{y})
A B
({a},{x},{y}) ({d},{y},{x})
42. L'ensemble minimum de conflits
Problème :
enlever un nombre minimum k de taxons pour supprimer
toutes les incompatibilités pour un ensemble H de
déclarations d'incompatibilité.
NP-complet dans le cas général
Steel & Hamel, AML, 1996
NP-complet sur un graphe connexe, sans taxons “jumeaux”
réduction depuis le cas général
Algorithme FPT en O(3k k |H|) sur un graphe connexe, sans
taxons “jumeaux”
algorithme incrémental basé sur le
choix du candidat de taille minimale
qui résout le plus d'incompatibilités
pour tenter de lui faire résoudre
l'incompatibilité suivante
(implémenté dans Dendroscope 2).
43. Plan
• Les réseaux phylogénétiques à structure arborée
• Reconstruction depuis des clusters
• Une approche en deux étapes
• L'ensemble minimum de conflits
• L'attachement minimum
• L'implémentation dans Dendroscope
44. L'attachement minimum
Etape précédente :
ensemble minimum de taxons R tels que les clusters
sur XR sont compatibles (avec un arbre T).
T : arbre représentant
ab cd
les clusters sur XR
abx cdxy
ax bx cx dy
by
a b c d
XR
xy
B : réseau représentant les
B
clusters maximaux sur R et
x y
les singletons de R.
R
Problème :
Attacher T à B avec le minimum de liens.
45. L'attachement minimum
T
ab cd
abx cdxy
ax bx cx dy
by
a b c d
xy
B
x y
C1 - Satisfaction des clusters de T :
Pour tout arc e de l'arbre T et tout taxon r de R contenu
dans un cluster de e, il existe un lien depuis un des
descendants de e dans T vers le noeud correspondant à r
dans B, ou un noeud de B correspondant à un cluster
maximal qui contient r.
46. L'attachement minimum
T
ab cd
abx cdxy
ax bx cx dy
by
a b c d
xy
B
x y
C1 - Satisfaction des clusters de T :
Pour tout arc e de l'arbre T et tout taxon r de R contenu
dans un cluster de e, il existe un lien depuis un des
descendants de e dans T vers le noeud correspondant à r
dans B, ou un noeud de B correspondant à un cluster
maximal qui contient r.
47. L'attachement minimum
T
ab cd
abx cdxy
ax bx cx dy
by
a b c d
xy
B
x y
C1 - Satisfaction des clusters de T :
Pour tout arc e de l'arbre T et tout taxon r de R contenu
dans un cluster de e, il existe un lien depuis un des
descendants de e dans T vers le noeud correspondant à r
dans B, ou un noeud de B correspondant à un cluster
maximal qui contient r.
48. L'attachement minimum
T
ab cd
abx cdxy
ax dy
cx
a b c d
xy
B
x y
C2 - Satisfaction de la paternité des noeuds de B :
Tout noeud de B correspondant à plus d'un taxon est relié à
un noeud de T par un lien exactement.
49. L'attachement minimum
T
ab cd
abx cdxy
ax dy
cx
a b c d
xy
B
x y
C2 - Satisfaction de la paternité des noeuds de B :
Tout noeud de B correspondant à plus d'un taxon est relié à
un noeud de T par un lien exactement.
50. L'attachement minimum
T
ab cd
abx cdxy
ax dy
cx
a b c d
xy
B
x y
C2 - Satisfaction de la paternité des noeuds de B :
Tout noeud de B correspondant à plus d'un taxon est relié à
un noeud de T par un lien exactement.
51. L'attachement minimum
T
ab cd
abx
ax bx cx
by
a b c d
xy
B
x y
C3 – Absence de parasites des clusters de T dans B :
Pour tout arc e de T, si un cluster correspondant à e ne
contient pas un taxon r de R, il existe un chemin d'un noeud
qui ne descend pas de e vers le noeud associé à r.
52. L'attachement minimum
T
ab cd
abx
ax bx cx
by
a b c d
xy
B
x y
C3 – Absence de parasites des clusters de T dans B :
Pour tout arc e de T, si un cluster correspondant à e ne
contient pas un taxon r de R, il existe un chemin d'un noeud
qui ne descend pas de e vers le noeud associé à r.
53. L'attachement minimum
T
ab cd
abx
ax bx cx
by
a b c d
xy
B
x y
C3 – Absence de parasites des clusters de T dans B :
Pour tout arc e de T, si un cluster correspondant à e ne
contient pas un taxon r de R, il existe un chemin d'un noeud
qui ne descend pas de e vers le noeud associé à r.
54. L'attachement minimum
T
ab cd
abx cdxy
ax bx cx dy
by
a b c d
xy
B
x y
Problème :
Trouver un attachement
respectant les contraintes C1, C2, et C3
et de taille minimale.
55. L'attachement minimum
Problème :
Trouver un attachement respectant les contraintes
C1, C2, et C3, et de taille minimale.
NP-complet
réduction depuis SetCover
W[2]-dur, paramétré par le nombre de liens à ajouter.
réduction depuis SetCover
Algorithmes :
- Séparation et évaluation
(branch-and-bound, implémenté dans Dendroscope 2)
- Programme linéaire en nombres entiers
56. Plan
• Les réseaux phylogénétiques à structure arborée
• Reconstruction depuis des clusters
• Une approche en deux étapes
• L'ensemble minimum de conflits
• L'attachement minimum
• L'implémentation dans Dendroscope
63. L'implémentation dans Dendroscope
Données fournies par le Grass Phylogeny Working Group, Phylogeny and
subfamilial classification of the grasses (poaceae), Annals of the Missouri
Botanical Garden, 88(3), 373-457 (2001),
Données utilisées également par Bordewich, Linz, St John et Semple dans A reduction algorithm
for computing the hybridization number of two trees, Evolutionary Bioinformatics, 3, 86-98, 2007.
66. Merci pour votre attention !
Réseau phylogénétique à structure arborée des clusters de co-publication
http://www.lirmm.fr/~gambette
67. Annexe : figures (éventuellement) utiles
Données de : Auch, Steigele, Huson, Henz – Horizontal gene transfer in a common set of prokariotic genes, in preparation.