Le document présente des initiatives visant à améliorer la gestion de la biodiversité à travers des ontologies et des systèmes d'information, en intégrant des biologistes et des informaticiens. Il souligne l'importance de l'informatique de la biodiversité pour valoriser les données écologiques et favoriser la collaboration internationale. Le projet aborde également l'usage de technologies participatives et de laboratoires vivants pour le co-design de services d'information relatifs à l'environnement tropical insulaire.

1. Ontologies pour la description, la classification et l’identification de spécimens biologiques No ël CONRUYT University of Reunion Island [email_address] Workpackage 5 Data services Séminaire Europe - UR - 15 mars 2011 ViBRANT Vi rtual B iodiversity R esearch & A ccess N etwork for T axonomy

2. Séminaire Europe : le 7ème PCDR Genèse du projet : http://www.e-biosphere09.org/ (juin 2009) Séminaire Europe - UR - 15 mars 2011

3. Biodiversity Informatics Un champs transdisciplinaire en plein essor pour valoriser les informations de la biodiversité (données, connaissances) des biologistes, c ’ est-à-dire les études qu ’ ils mènent sur la diversité du vivant (gènes, organismes, taxons) et leurs interactions avec les Technologies de l ’ Information et de la Communication maîtrisées par les informaticiens. Séminaire Europe - UR - 15 mars 2011 Molécules Cellulles Systématique Physiologie Ecologie Biologie des organismes Biologie cellulaire Organes Organismes Populations Taxons Ecosystèmes Gènes Chimie

4. Le consortium ViBRANT Séminaire Europe - UR - 15 mars 2011 The Natural History Museum, London Hellenic Center for Marine Research , Crete Royal Belgian Institute of Natural Sciences Oxford e-Research Centre Vrije Universiteit Amsterdam Julius Kühn-Institute, Berlin Museum für Naturkunde, Berlin University of Amsterdam The Open University Karlsruher Institut für Technologie VIZZUALITY, Madrid PENSOFT Publishers, Sofia Université Pierre et Marie Curie-Paris 6 Global Biodiversity Information Facility Freie Universität Berlin Université de la Réunion University of Trieste 17 partenaires dans 9 pays : 4,75 Meuros - 9 Universités - 3 Muséums - 2 Centres de recherche - 2 PME - 1 Organisation internationale http://vbrant.eu/

5. Problématique de la gestion de la biodiversité Séminaire Europe - UR - 15 mars 2011 Hotspots de la biodiversité Détenteurs de la plupart des données et des connaissances

6. La biodiversité est au sud … Séminaire Europe - UR - 15 mars 2011 < Fanjan ou peste végétale ? Blanchissement des coraux ? >

7. … et les connaissances existent aussi au sud ! Séminaire Europe - UR - 15 mars 2011 OSUR ECOMAR UMR PVBMT … LIM / IREMIA

8. Expérience passée sur des projets européens Programme ESPRIT I : INSTIL (1986) I ntegrating N umeric and S ymbolic T echniques I n L earning A ppliqué aux Systèmes Experts en Pathologie Végétale de l ’ INRA. GEC Londres – COGNITECH Paris – LRI Orsay Programme ESPRIT III : INRECA (1992) I N duction and R E asoning from C A ses Thèse CIFRE dans le cadre d ’ une société de développement du logiciel KATE d ’ ACKNOSOFT avec le MNHN (Acquisition des connaissances sur les éponges marines) Université de Kaizerslautern – Acknosoft – TecInno - IMS Séminaire Europe - UR - 15 mars 2011

9. IKBS Un atelier pour l ’ aide à la définition d ’ ontologies, à la description, à la classification et à l ’ identification de spécimens biologiques http://coraux.univ-reunion.fr/ Séminaire Europe - UR - 15 mars 2011

10. Xper2 http://lis-upmc.snv.jussieu.fr/lis/ Xper2 est une plate-forme dédiée à la description de taxons et à l'identification assistée par ordinateur Vers une intégration française d ’ IKBS et Xper2 pour la Systématique Assistée par Ordinateur (spécimens et taxons). Séminaire Europe - UR - 15 mars 2011

11. Les mesures d’aide spécifiques à La Réunion Séminaire Europe - UR - 15 mars 2011 Source : http://www.reunioneurope.org/DOCUP/FEDER_2-06_CI.html

12. Mission du programme ETIC Séminaire Europe - UR - 15 mars 2011 Système d ’Information pour l’aide à la gestion des milieux insulaires tropicaux : application à l’île de La Réunion Moyens Constitution d ’une équipe à l’interface des contenus ETI (“ E nvironnement T ropical I nsulaire”) et des contenants TIC (“ T echnologies de l’ I nformation et de la C ommunication”) Mots-clés ETI : ressources et environnement naturels, diagnostic systématique et écologique, gestion spatialisée, suivi environnemental temporel, TIC : bases de données, bases de connaissances, systèmes multi-agents, système d ’information géographique, applications collaboratives et collectives, stratégies d’information et de communication ETIC 3 : aide à la décision, modélisation conceptuelle, couplage de modèles de représentation des connaissances, veille technologique et innovation

13. PORTAIL E nvironnement T ropical I nsulaire T echnologies de l ’ I nformation et de la C ommunication http://etic.univ-reunion.fr Séminaire Europe - UR - 15 mars 2011

14. Séminaire Europe - UR - 15 mars 2011

15. Herbier numérique Séminaire Europe - UR - 15 mars 2011

16. Mission du projet NExTIC Séminaire Europe - UR - 15 mars 2011 Première phase (2009 - 2010) Service d ’informations pour l ’aide à la gestion des milieux naturels : application à l ’Herbier Universitaire de La Réunion Moyens Constitution d ’une équipe d’ingénieurs en recherche et développement à la fois sur la production des contenus, l’édition des contenants et leurs distributions sur le Web Mots-clés INSPIRE - WEB SERVICES - HERBIER

17. NE X TIC N ouvel E nvironnement x T echnologies de l ’ I nformation et de la C ommunication Influence du Web 2.0 sur la gestion des informations avec les Web Services : passer des Systèmes d ’ Information aux Services d ’ informations pour l ’ interopérabilité des données Directive INSPIRE Application à l ’ Herbier d e l ’ université de La Réunion http://nextic.univ-reunion.fr Séminaire Europe - UR - 15 mars 2011 Web 1.0 Web 2.0 Gouvernance Top-down Bottom-up Information Site web Blog, wiki Structure Répertoires Tags Savoirs Britannica Wikipédia Données Capture d ’écran Web service Accès Naviguer Publier Technologie HTML XML, AJAX Applications Propriétaires Ouvertes

18. Web Services Annuaire WS WS WS WS WS Herbier Authentification Multimédia Base de données Navigateur Web Ilela Flore d ’ici WS Serveur web WS WS Spip WS Edition - Consultation Consultation Séminaire Europe - UR - 15 mars 2011

19. Du FEDER au FP7 Les aides spécifiques à La Réunion permettent de se préparer à collaborer avec des partenaires au niveau européen. ETIC et NExTIC ont permis aux chercheurs et ingénieurs de participer à des conférences internationales pour communiquer sur les recherches et développements menés au laboratoire en environnement tropical insulaire. Le FEDER permet d’innover en recherche en proposant des projets de services qui mettent en avant les spécificités réunionnaises à faire connaître (biodiversité par exemple). Séminaire Europe - UR - 15 mars 2011

20. EXEMPLE de ViBRANT Le projet européen en biodiversity informatics : http://www.slideshare.net/vbrant/vibrant-project-overview La contribution de l ’ Université de La Réunion : http://www.slideshare.net/vbrant/26-noel-cinruyt-vibrant-lighteningtalknoel Séminaire Europe - UR - 15 mars 2011

21. Who we are & what we do We are biologists and computer scientists, i.e. biomaticians We make (Data - Information - Knowledge) Bases We apply Sign Management and Activity Theory (UCD) We do Biodiversity Informatics in situ (Enhancement of herbarium and coral collections at University of Reunion Island) We intend to do it in vivo (Management of the natural patrimony of the Reunion National Park) in a Reunion Island Living Lab Séminaire Europe - UR - 15 mars 2011

22. What we will do in ViBRANT We will use ViBRANT tools and services for Data enhancement in our regional context and applications (University of Reunion Island collections) We will tell about our Iterative Knowledge Base System made with Descriptive Logics and Ontologies for specimen description, classification, and identification purpose We will link the Scratchpads with our modules in the NEXTIC programme for going from database systems to Information Services through Web Services Séminaire Europe - UR - 15 mars 2011

23. How we are doing it The World is an Island Sign management Semiotic Web Interoperability Intelligibility Access Teaching Playing Activity Learning Living Lab Creativity platform User-centred-design Séminaire Europe - UR - 15 mars 2011

24. Séminaire Europe - UR - 15 mars 2011 Web 1.0 Web 2.0 Web 3.0 Service Social Sémantique Immersif Gouvernance Top-down Cathédrale Bottom-up Bazar Communauté d ’acteurs Chapelle Information Site Web, CMS Blog, Wiki YouTube, GlossToU Structure Répertoires Taxonomie Tags Folksonomie Ontoterminologie Guide Connaissances Britannica Wikipédia Knol Données Capture d ’écran Web Service Web sémantique Accès Navigation 2D Publication 2D Immersif et ubiquitaire Wisdom Technologies HTML XML, AJAX OWL, RDF, SPARQL Applications Copyright Proprietary Copyleft Free SomeRightsReserved Creative Commons

25. Web immersif Séminaire Europe - UR - 15 mars 2011 Immersion dans des jeux sérieux

26. Who are our users & how will they engage ? Séminaire Europe - UR - 15 mars 2011 Creativity Pl atform Learners + Players + Teachers Iterative co-design approach Instrument = ISBS Application = e-service Know-how Knowledge Business Objects Dev & Content Engineers & Infographists Semiotics Methodology Experts Editors Biomaticians Usage Objects Sign Management for coral objects ’ interpretations Users in a L iving L ab Producers Tool = IKBS

27. Living Lab territorial Séminaire Europe - UR - 15 mars 2011 Un Living Lab Territorial (LLT) est une politique d ‘ innovation située sur un territoire et centrée sur les usages en plus des technologies . Il est fondé sur l ’ analyse et la synthèse des pratiques journalières des usagers. Il gère les retours d ‘ expérience des utilisateurs sur les technologies proposées, tout en facilitant leur intervention de manière ouverte et distribuée au sein de la communauté des chercheurs et des entrepreneurs pour créer durablement de la valeur avec eux. => Co-design des E-Services avec les usagers