Session flash - Rencontre Inria Industrie Bio-informatique et outils numériq...iCOMMUNITY
L'ensemble des présentations réalisées lors de la rencontre Inria Industrie est contenu dans ce document.
• AltraBio : Analyse de données intégratives
• FLMSN : Fédération lyonnaise de modélisation et sciences numériques
• GENEL : Highly sensitive and efficient RNAi screening for accelerate your drug development
• Genostar : Concevoir et développer les outils de diagnostic clinique de demain, fondes sur l’utilisation des
technologies de séquençage génomique et métagénomique à très haut débit
• Kitware : Traitement, modélisation et visualisation d’images médicales
• Persistent Systems France - Bio Modeling Systems : Modélisation heuristique au service de la recherche
• SATT Lyon Saint-Etienne / Lyon Science Transfert : Carpaccio, programme pour l'analyse des muscles
• SATT Lyon Saint-Etienne / Lyon Science Transfert : Elexir, une puissante plate-forme intégrée pour
l'analyse du transcriptome
• Shazino : Les outils numériques du laboratoire : le scientifique 2.0
• Sysfera : Solution d'accès et d'exploitation d'applications de bio-informatique sur les cloud hybrides
• The Cosmo Company : Des données a la simulation et au contrôle des procédés biologiques
Cette introduction au Module Doctoral Cap sur les Données Environnement 2020 réalisé pour l'Université de Montpellier par la Commission Information Scientifique et Technique Agropolis définit rapidement ce qui fait partie des données de la recherche publique et le cadre juridique qui leur est appliqué.
Conférence lors de la 7e journée de la proximité. Créativité, innovation, proximite organisée par Mosaic HEC et le Groupe Dynamiques de Proximité. www.proxi2012.org.
Session flash - Rencontre Inria Industrie Bio-informatique et outils numériq...iCOMMUNITY
L'ensemble des présentations réalisées lors de la rencontre Inria Industrie est contenu dans ce document.
• AltraBio : Analyse de données intégratives
• FLMSN : Fédération lyonnaise de modélisation et sciences numériques
• GENEL : Highly sensitive and efficient RNAi screening for accelerate your drug development
• Genostar : Concevoir et développer les outils de diagnostic clinique de demain, fondes sur l’utilisation des
technologies de séquençage génomique et métagénomique à très haut débit
• Kitware : Traitement, modélisation et visualisation d’images médicales
• Persistent Systems France - Bio Modeling Systems : Modélisation heuristique au service de la recherche
• SATT Lyon Saint-Etienne / Lyon Science Transfert : Carpaccio, programme pour l'analyse des muscles
• SATT Lyon Saint-Etienne / Lyon Science Transfert : Elexir, une puissante plate-forme intégrée pour
l'analyse du transcriptome
• Shazino : Les outils numériques du laboratoire : le scientifique 2.0
• Sysfera : Solution d'accès et d'exploitation d'applications de bio-informatique sur les cloud hybrides
• The Cosmo Company : Des données a la simulation et au contrôle des procédés biologiques
Cette introduction au Module Doctoral Cap sur les Données Environnement 2020 réalisé pour l'Université de Montpellier par la Commission Information Scientifique et Technique Agropolis définit rapidement ce qui fait partie des données de la recherche publique et le cadre juridique qui leur est appliqué.
Conférence lors de la 7e journée de la proximité. Créativité, innovation, proximite organisée par Mosaic HEC et le Groupe Dynamiques de Proximité. www.proxi2012.org.
Student Project - Accurate Computer-assisted Cell Culture using UltrasoundsYoann Pageaud
Cell culture describes all techniques allowing cells growth and division in an ex-vivo controlled environment, to conduct experimentations on these cells. Recent development of new technologies such as 3D printing or microfluidics have given rise to new approaches in various fields of biology, especially bioinformatics, biotechnologies and biophysics, with direct applications in cell culture.
However, these protocols are often associated to a very random yield, depending directly on the accuracy of the handling performed by a human experimenter.
This project aims at using current knowledges coming from these three fields, in order to offer an innovative multidisciplinary approach minimizing the introduction of handling errors in existing cell culture protocols, and to propose a novel techniques of 3D cell culture combining robotics, ultrasounds and optical microscopy.
For this purpose, studies on the effects of ultrasounds on cells will be conducted. A computer program allowing the management of ultrasonic transmitters in synergy with optical cameras to apply a cell culture protocol and evaluate its efficiency, will be developed. Finally, a robot using this program, with the required tools for handling cell culture, will be built.
La santé des écosystèmes des logiciels open sourceTom Mens
Dans cette présentation je parle des travaux de recherche en cours par le Service de Génie Logiciel (Département d'Informatique, Faculté de Sciences) de l'Université de Mons (Belgique) sur l'évolution et la santé des écosystèmes logiciels, dans le cadre de deux projets de recherche interuniversitaires SECOHealth (2017-2019) et le projet Excellence of Science SECO-ASSIST (2018-2021). Ces projets sont effectués en partenariat avec d'autres universités au Québec (Canada) et en Belgique.
Cours d'initiation à l'information scientifique et technique de l'UE ISSM7.309 et du DIU Nancy Wuhan Méthodologies de la recherche médicale et chirurgicale
Présentation des 14 technologies de la Bourse aux Technologies "santé numérique" à Télécom SudParis le 05 mars 2015.
14 technologies matures prêtes à être transférées aux entreprises du secteur médical et de la santé. Bourse aux technologies organisée par l'Institut Mines-Télécom.
Les médiations socio-techniques de l’observation en ligne. Analyse réflexive ...Gehan Kamachi
Conférence "Les médiations socio-techniques de l’observation en ligne. Analyse réflexive et comparative de deux projets de collecte de traces d’utilisateurs de réseaux sociaux et de mondes virtuels", donnée dans le cadre du colloque d’automne de l'association pour la recherche qualitative (ARQ) – 28 octobre 2016
L’épilepsie est une maladie neurologique qui touche 600 000 personnes en France. Près d’un tiers de ces patients sont dits “pharmaco-résistants”, c'est-à-dire qu'ils continuent à avoir des crises malgré les traitements médicamenteux. Ils disposent alors de très peu d'alternatives. Ces crises imprévisibles sont une source de stress et un risque d’accident au quotidien pour les malades. Par ailleurs c’est une maladie complexe, on dénombre plus de 80 épilepsies distinctes.
Aura est une association à but non lucratif ayant pour objectif l’amélioration de la qualité de vie des personnes atteintes d’épilepsie. Au travers d'une approche Open Science, le projet fédère une communauté multidisciplinaire ayant pour but de développer un patch thoracique connecté permettant de détecter les crises d'épilepsie et d'alerter le patient. Pour la personne épileptique, une meilleure connaissance de sa maladie est un premier pas pour retrouver de l’autonomie et de la tranquillité dans son quotidien.
Un élément clé du dispositif passe par la conception d’un algorithme personnalisé de détection des crises d’épilepsie. Cet algorithme s’appuie sur des méthodes statistiques par apprentissage automatique. Afin de relever ce défi technique, nous avons mis en place une chaîne de traitement automatisé reposant entièrement sur une stack Open Source (Airflow, MLFlow, InfluxDB, Grafana) et un ensemble de librairies open source dédiées au traitement du signal cardiaque. Nous vous présenterons comment cette approche encore trop marginale dans le milieu de la santé est le garant de la transparence, de la reproductibilité et de la robustesse de nos résultats ainsi que de la diffusion de nos travaux auprès de la communauté scientifique.
Presentation du SIFR BioPortal a la DSSIS lors de la réunion sur les serveurs mult terminologiques, Juin 2017. Présentation tirée de la presentation aux JFIM 2016 de Juin 2016 (+ nouveautées).
Présentation de HCS Pharma dans la gazette du laboratoire - 2017HCS Pharma
La société HCS Pharma, spécialiste de l’imagerie cellulaire à haut débit et du développement de nouveaux modèles cellulaires, est née à Rennes (35) en août 2014. Le 6 octobre dernier, elle a inauguré de nouvelles installations à Lille (59), au cœur du parc Eurasanté, et y a mis à l’honneur notamment sa toute nouvelle plate-forme robotique baptisée HAPIx, HCS Automation Platform for Imaging. Nathalie MAUBON, Présidente de l’entreprise, nous présente HCS Pharma et ses nouvelles ambitions portées par cette implantation lilloise, au plus proche des chercheurs et cliniciens en santé humaine...
Présentation réalisée par Nathalie BIER dans le cadre du colloque "La communication au coeur de la e-santé. Opportunités et enjeux pour les patients, les professionnels de la santé et les organisations" qui s'est déroulé le 3 octobre 2013 à l'Université du Québec à Montréal (UQAM).
Student Project - Accurate Computer-assisted Cell Culture using UltrasoundsYoann Pageaud
Cell culture describes all techniques allowing cells growth and division in an ex-vivo controlled environment, to conduct experimentations on these cells. Recent development of new technologies such as 3D printing or microfluidics have given rise to new approaches in various fields of biology, especially bioinformatics, biotechnologies and biophysics, with direct applications in cell culture.
However, these protocols are often associated to a very random yield, depending directly on the accuracy of the handling performed by a human experimenter.
This project aims at using current knowledges coming from these three fields, in order to offer an innovative multidisciplinary approach minimizing the introduction of handling errors in existing cell culture protocols, and to propose a novel techniques of 3D cell culture combining robotics, ultrasounds and optical microscopy.
For this purpose, studies on the effects of ultrasounds on cells will be conducted. A computer program allowing the management of ultrasonic transmitters in synergy with optical cameras to apply a cell culture protocol and evaluate its efficiency, will be developed. Finally, a robot using this program, with the required tools for handling cell culture, will be built.
La santé des écosystèmes des logiciels open sourceTom Mens
Dans cette présentation je parle des travaux de recherche en cours par le Service de Génie Logiciel (Département d'Informatique, Faculté de Sciences) de l'Université de Mons (Belgique) sur l'évolution et la santé des écosystèmes logiciels, dans le cadre de deux projets de recherche interuniversitaires SECOHealth (2017-2019) et le projet Excellence of Science SECO-ASSIST (2018-2021). Ces projets sont effectués en partenariat avec d'autres universités au Québec (Canada) et en Belgique.
Cours d'initiation à l'information scientifique et technique de l'UE ISSM7.309 et du DIU Nancy Wuhan Méthodologies de la recherche médicale et chirurgicale
Présentation des 14 technologies de la Bourse aux Technologies "santé numérique" à Télécom SudParis le 05 mars 2015.
14 technologies matures prêtes à être transférées aux entreprises du secteur médical et de la santé. Bourse aux technologies organisée par l'Institut Mines-Télécom.
Les médiations socio-techniques de l’observation en ligne. Analyse réflexive ...Gehan Kamachi
Conférence "Les médiations socio-techniques de l’observation en ligne. Analyse réflexive et comparative de deux projets de collecte de traces d’utilisateurs de réseaux sociaux et de mondes virtuels", donnée dans le cadre du colloque d’automne de l'association pour la recherche qualitative (ARQ) – 28 octobre 2016
L’épilepsie est une maladie neurologique qui touche 600 000 personnes en France. Près d’un tiers de ces patients sont dits “pharmaco-résistants”, c'est-à-dire qu'ils continuent à avoir des crises malgré les traitements médicamenteux. Ils disposent alors de très peu d'alternatives. Ces crises imprévisibles sont une source de stress et un risque d’accident au quotidien pour les malades. Par ailleurs c’est une maladie complexe, on dénombre plus de 80 épilepsies distinctes.
Aura est une association à but non lucratif ayant pour objectif l’amélioration de la qualité de vie des personnes atteintes d’épilepsie. Au travers d'une approche Open Science, le projet fédère une communauté multidisciplinaire ayant pour but de développer un patch thoracique connecté permettant de détecter les crises d'épilepsie et d'alerter le patient. Pour la personne épileptique, une meilleure connaissance de sa maladie est un premier pas pour retrouver de l’autonomie et de la tranquillité dans son quotidien.
Un élément clé du dispositif passe par la conception d’un algorithme personnalisé de détection des crises d’épilepsie. Cet algorithme s’appuie sur des méthodes statistiques par apprentissage automatique. Afin de relever ce défi technique, nous avons mis en place une chaîne de traitement automatisé reposant entièrement sur une stack Open Source (Airflow, MLFlow, InfluxDB, Grafana) et un ensemble de librairies open source dédiées au traitement du signal cardiaque. Nous vous présenterons comment cette approche encore trop marginale dans le milieu de la santé est le garant de la transparence, de la reproductibilité et de la robustesse de nos résultats ainsi que de la diffusion de nos travaux auprès de la communauté scientifique.
Presentation du SIFR BioPortal a la DSSIS lors de la réunion sur les serveurs mult terminologiques, Juin 2017. Présentation tirée de la presentation aux JFIM 2016 de Juin 2016 (+ nouveautées).
Présentation de HCS Pharma dans la gazette du laboratoire - 2017HCS Pharma
La société HCS Pharma, spécialiste de l’imagerie cellulaire à haut débit et du développement de nouveaux modèles cellulaires, est née à Rennes (35) en août 2014. Le 6 octobre dernier, elle a inauguré de nouvelles installations à Lille (59), au cœur du parc Eurasanté, et y a mis à l’honneur notamment sa toute nouvelle plate-forme robotique baptisée HAPIx, HCS Automation Platform for Imaging. Nathalie MAUBON, Présidente de l’entreprise, nous présente HCS Pharma et ses nouvelles ambitions portées par cette implantation lilloise, au plus proche des chercheurs et cliniciens en santé humaine...
Présentation réalisée par Nathalie BIER dans le cadre du colloque "La communication au coeur de la e-santé. Opportunités et enjeux pour les patients, les professionnels de la santé et les organisations" qui s'est déroulé le 3 octobre 2013 à l'Université du Québec à Montréal (UQAM).
1. La Bioinformatique en perspective :
De la Science fondamentale à
l’Innovation
2ème Salon des Technologies et
de l’Innovation de Lausanne
13.05.15
Jonathan Sobel
https://iscbrsgswitzerland.wordpress.com
2. Qui suis-je?
• Doctorant EPFL au laboratoire de biologie
computationnelle des systèmes, Prof. Felix Naef
• President de l’ISCB SC RGS Suisse
• Biohacker à Hackuarium (membre du Board)
• BioScience Network Lausanne (membre du Board)
• Blogger pour Bioinfo-fr.net
3. Qu’est-ce que la Bioinformatique?
• L’utilisation de l’outil
informatique pour des
problèmes biologiques
• Base de données, programmes,
modèles mathématiques,
calcules, statistiques
• Applications : Recherche
translationnelle (médicale),
Recherche fondamentale
(génétique des populations,
voies de signalisations, analyse
du génome, modélisation 3D de
protéines,…)
9. Projet: l’étude du rythme circadien
dans la population (CircaLife)
• Application Android
• Suivi de l’activité
journalière
• Questionnaires (Suivi
de la consommation de
nourriture/médicamen
ts)
• Rapport hebdomadaire
• Informations sur le
cycle circadien
• Création d’une large
cohorte virtuelle
Jonathan Baeriswyl
10. Projet: le dépistage précoce du cancer
(Jorge Soto)
http://miroculus.comJorge Soto :the future of early cancer detection
11. Hackuarium
« Biohacker Space » à Renens (Ch. Closel 5)
Projets orientés en biologie, artistiques,
éducatifs, low-tech, low-cost et open source.
Laboratoire de science citoyenne
Organisation de conférences et de workshops
http://hackuarium.strikingly.com