cours sur biopython présenté par Clovis et Quentin (FDV He).

1. Biopython,
Biology Module for Python
Quentin Ferdinand & Clovis Basier

2. DNA Alphabet
IUPAC - International Union of Pure and Applied Chemistry
Unambiguous DNA
Ambiguous DNA

3. Fasta vs GenBank
Séquence
Locus
Source
Organisme
mRNA
Référence
Translation
Gene
Auteurs
Journal
Pubmed
Séquence

4. Central dogma of molecular biology

5. Protein translation tables
UGA
AUA
Genetic code
Ile
Trp
AGA Stop
AGG Stop
Vertebrate mitochondrial genetic code

6. Restriction enzyme
Tinastella

7. Blast
Blast : Basic Local Alignment Search Tool
E value : the number of
hits one can "expect" to
see by chance when
searching a database of
a particular size.

8. exercices :
1.- printer le reverse complement de la
séquence “AACTGCCAATGGGCT”
2.- printer le reverse de la séquence.
3.- printer le AT content
4.- transcrire en ARNm la séquence
5.- traduire la séquence jusqu’au premier
codon stop.

9. exercices v2 :
1.- télécharger la séquence de la gfp
depuis le fichier genbank de NCBI.
( id : 7011691 )
2.- faire un code qui fait
blast de la gfp et print
chaque alignement
trouvé
Ingrid Moen, Charlotte Jevne, Jian Wang, Karl-Henning Kalland, Martha Chekenya,
Lars A Akslen, Linda Sleire, Per Ø Enger, Rolf K Reed, Anne M Øyan and Linda EB
Stuhr: Gene expression in tumor cells and stroma in dsRed 4T1 tumors in eGFPexpressing mice with and without enhanced oxygenation. In: BMC Cancer. 2012,
12:21
3.- faire un code qui prend en paramètre un id et
un chiffre n et qui renvoie les n alignement les plus
proches

10. liens utiles
tuto - http://www.csc.kth.se/utbildning/kth/kurser/DD2397/appbio09/docs/BioPython.pdf
doc http://biopython.org/DIST/docs/tutorial/Tutorial.html
intro http://www.biotnet.org/sites/biotnet.org/files/documents/25/biopython_intro.pdf ← bien fait
cours http://ece.uprm.edu/~bvelez/courses/ComputingBioinformatics/Python/PythonCourseBioInformatics.pdf ← p75
cours http://www1.chapman.edu/~fahy/bioinformatics/ ← sehr gut
tuto http://jacksimpson.com.au/biopython/