1. La modélisation comme pratique scientifique Michel Morange, Département de Biologie, Ens Montpellier, 1er Juin 2010

3. 1. La diversité des modèles

4. Les modèles animaux

6. Les réactions chimiques

7. La voie du v-EGF (Un modèle « mécanique »)

8. Protein folding energy landscape (K. A. Dill and H. S. Chan (1997) « From Levinthal to pathways to funnels », Nature structural biology 4 , 10-19)

10. 2. La place des modèles en philosophie des sciences

15. 3. Il y a une histoire complexe de la modélisation en Biologie

18. B. Il y a eu des échecs: le problème de la « similarité » - D’arcy Thompson « On growth and Form » - La biologie mathématique: les simplifications abusives (Nicolas Rashevsky) - Cyril Hinshelwood, et l’adaptation bactérienne

19. C: Beaucoup de biologistes se méfient de la modélisation mathématique - Ils ma îtrisent mal les mathématiques - Ils ne voient pas l’intér êt de la modélisation - Ils trouvent les simplifications abusives

20. 4. Il y a aujourd’hui beaucoup d’opportunités pour la modélisation

21. A: les voies de signalisation, les réseaux de régulation génétique

22. B: De nouveaux phénomènes (le bruit)

23. Caractérisation du bruit moléculaire Jonathan M. Raser and Erin K. O’Shea (2004) « Control of stochasticity in eukaryotic gene expression », Science 304, p. 1811-1814.

24. C: Le modèle change de r ôle: il aide à préparer les expériences (Biologie synthétique)

26. D: Le modèle peut permettre de simplifier

27. J. J. Sieber et al. (2007) « Anatomy and dynamics of a supramolecular membrane protein cluster » Science 317 , 1072-1076

28. E: Le modèle mathématique permet de tester si le système est suffisamment décrit

29. F: Le modèle permet d’expérimenter là où l’expérimentation directe est impossible (travaux sur l’origine de la vie; biologie évolutive)