Le document présente le logiciel R, un système d'analyse statistique et graphique, et détaille son installation, l'utilisation de ses différentes fonctionnalités, ainsi que la manipulation d'objets et de commandes. Il explique comment créer, modifier, et supprimer des objets, utiliser des fonctions, gérer les chaînes de caractères, et étendre R avec des packages. Enfin, il aborde l'utilisation de RStudio, un environnement de développement intégré pour R.

1. Présentation du Logiciel R
Module : Analyse des données
Présentation : Amar SECK

2. Préambule
• R est un système d'analyse statistique et graphique créé par Ross Ihaka et Robert
Gentleman.
• Il est à la fois un logiciel et un langage qualifié de dialecte du langage S disponible
sous la forme du logiciel S-PLUS mais avec des différences importantes dans la
conception
• R est distribué librement sous les termes de la GNU General Public Licence ; son
développement et sa distribution sont assurés par plusieurs statisticiens
rassemblés dans le R Development Core Team.
• R est disponible sous plusieurs formes : le code (écrit principalement en C et
certaines routines en Fortran), surtout pour les machines Unix et Linux, ou des
exécutables précompilés pour Windows, Linux et Macintosh.
• Les fichiers pour installer R, à partir du code ou des exécutables, sont distribués à
partir du site internet (http://www.r-project.org/ ) du Comprehensive R Archive
Network (CRAN) ou se trouvent aussi les instructions à suivre pour l'installation
sur chaque système.

3. Installer R
• Téléchargement du logiciel au niveau du site
http://www.r-project.org, en choisissant la
version correspondant au système
d’exploitation (Linus, Windows, Mac) installé
sur l’ordinateur de travail
• Lancement de l’installation en suivant les
instructions d’usage
• Une fois l’installation terminée, il suffira de
cliquer sur le programme dans le répertoire
où il est installé ou à partir du raccourci créé

4. R au démarrage
Au démarrage R ouvre une
fenêtre appelée « Console »
En haut de la « console »,
s’affichent les informations de
base à savoir, nécessairement
sur le logiciel
Cette fenêtre permet :
• La saisie de commandes
• L’affichage, parfois, du
résultat des commandes

5. Création des objets sous R
Les données
Elles peuvent se présenter sous forme
de vecteurs, de matrices, de listes, de
tables de données qui peuvent être
créées directement avec ou importées à
partir de données sous d’autres formats
(Excel, Stata, CSV, …)
Afin de permettre à R de reconnaître
ces objets de type « données », il faut
leur attribuer un nom
NB : R est sensible à la casse et les
noms débutent toujours avec une lettre
Les fonctions
Elles permettent de modifier ou de
décrire les données et sont également
utilisées pour réaliser des calculs et des
tests statistiques ainsi que des
graphiques.
Une fonction s’écrit généralement en
minuscule et est suivie de parenthèse
dans lesquelles sont insérées, si
besoins, des paramètres (séparés par
des virgules) correspondants
Ainsi pour les décimaux, il sera utilisé
l’écriture anglo-saxone (i.e le point – 3.5
et non 3,5)

6. Manipuler des objets sous R
Assigner une valeur à un objet R
Il est souvent plus facile de manipuler
un objet auquel on a affecté le résultat
d’une fonction ou d’un calcul; ce qui
permet, dans la session active de R de
rappeler les objets créés et de les
utiliser sans avoir à relancer la
procédure qui permis de les définir,
>Chiffre.1 <-5 ou >Chiffre.1 = 5
>Chiffre.2 =Sum(1,2,3,4,5)
>10->Chiffre.3
Rien ne semble se passer,
évidemment puisqu’il a été juste
attribué des valeurs à des objets.
Pour visualiser le contenu de ces
objets créés, il suffit d’écrire :
>Chiffre.1;Chiffre.2;Chiffre.3 ou
>Chiffre.1
>Chiffre.2
>Chiffre.3

7. Manipuler des objets sous R
R comme calculatrice
R autorise l’utilisation de la plupart
des opérateurs classiques
- Addition « + » (> 10+32)
- Soustraction «- » (> 43-4)
- Multiplication « * » (> 23*54)
- Division « / » (> 10/3)
- Puissance « ^ » (> 10^2)
Manipuler des chaînes de caractères
avec R
Dans R les chaîne sde caractères
doivent être mises en guillemets
(« ») ou entre côtes (‘ ‘).
>A.1 <- « Bonjour »
La fonction paste() permet de
concaténer des chaînes de caractères
>paste(A.1, « Uilisateur de R », sep=
« - »)

8. Manipuler des objets sous R
Retrouvez la liste des objets créés dans la
console
Il est intéressant de pouvoir lister
l’ensemble des objets créés avec R, soit
pour en :
- rappeler un dont la casse utilisée a été
oubliée, ou
- effacer certains qu’on ne souhaite plus
utiliser par crainte de confusion avec de
nouveaux objets ayant des noms
similaires
Pour réaliser cette procédure R utilise la
fonction ls()
>ls () donne la iste des objets déjà
créés
[1] « A.1 » « Chiffre.1 »
« Chiffre.2 » « Chiffre.3 »
Effacer les objets de la liste
Pour effacer un objet, il est utilisé
la fonction rm(),
>rm(Chiffre.1) # pour effacer
Chiffre.1
>rm(list=ls()) # pour effacer toute
la liste

9. Retrouver la liste des commandes
utilisées
Si on souhaite voir les dernières
commandes utilisées dans la console,
on utilise la fonction history().
Elle va ouvrir une fenêtre dans laquelle,
apparaîtront les dernières commandes
utilisées.
Pour avoir accès à toutes les
commandes, il faudra ajouter le
paramètre Inf (pour infini) entre les
parenthèses de la fonction : history().
Les commandes pourront être
sauvegardées dans un fichier texte ou
copier/coller dans un script de
programme.
Obtenir de l'aide avec R
Si on a le besoin d’avoir de l'aide
l’utilisation d’une fonction et quels
paramètres insérer entre les
parenthèses, il est utilisé la
fonction help() ou le '?' suivi du
nom de la fonction désirée.
Exemple :
• >help(sum)
• >? Sum
La fonction > help.start() permet
d’avoir l’ensemble de l’aide au
format html

10. Installer une extension (package)
R utilise un système d'extension, les
packages, pour répondre à des besoins
d'analyses spécifiques.
Chaque extension est une collection
regroupant des outils d'une même
thématique. Certaines extensions sont
automatiquement disponibles lorsque R
est lancé.
A défaut, il faudra, en fonction des
besoins, installer d'autres extensions à
télécharger sur le CRAN
Une fois installées, les extensions seront
alors appelées dans la console avec la
fonction library().
Utiliser l'éditeur de R
Il existe un éditeur intégré dans
l’environnement R, il suffit de
l'appeler dans le menu fichier :
sous Windows choisir l'option
nouveau script.

11. Répertoire de Travail
Pour sauvegarder l'ensemble des fichiers
créés lors d'une session de travail, il est
nécessaire de définir un répertoire de
travail.
A l'ouverture R assigne un répertoire de
travail par défaut pour le connaître, il suffit
d'utiliser la commande getwd() (w pour
working, d pour directory).
Pour définir son propre répertoire, on utilise
la commande setwd(dirname(file.choose()))
• file.choose() permet de choisir un fichier de
façon interactive d'où la nécessité d'avoir au
moins un fichier dans le répertoire.
• dirname() extrait uniquement le chemin du
fichier
Quitter R
Pour quitter R, on peut utiliser la
fonction suivante q() ou fermer
directemnt la fenêtre
Lorsqu’on quittere R, une boîte de
dialogue s'affichera pour
demander si on souhaite
sauvegarder l’espace de travail

12. RStudio et R
RStudio est environnement de
développement intégré pour R.
Il forme une interface utilisateur simple
structurée autour d’une barre de menu et
de diverses fenêtres.
L’objectif des menus est de fournir un
raccourci vers certaines commandes parmi
les plus utilisées, mais leur usage n’est pas
exclusif, ces mêmes commandes pouvant
être pour la plupart exécutées depuis la
console.
Pour téléchargement et installation
http://www.rstudio.com/