On utilise Temporal Temperature Gradient Gel électrophorèses (TTGE) pour identifier les différentes espèces de bactéries présentes dans de nombreux produits laitiers, y compris les membres des genres Lactobacillus, Lactococcus, Leuconostoc, Enterococcus, Pediococcus, Streptococcus et Staphylococcus.

1. Temporal Temperature
gradient gel
électrophorèses (TTGE)
Par :
Ali Elkomy.
Supervisée Par :
Prof. Nihal Ezzat.

2. Résumé :Résumé :
 On utilise temporal température
gradient gel électrophorèses (TTGE)
pour identifier les différentes espèces
de bactéries présentes dans de
nombreux produits laitiers, y compris
les membres des genres LactobacillusLactobacillus,,
LactococcusLactococcus,, Leuconostoc,Leuconostoc,
Enterococcus, Pediococcus,Enterococcus, Pediococcus,
Streptococcus et Staphylococcus.Streptococcus et Staphylococcus.
 Il a été optimisé pour indiquer desIl a été optimisé pour indiquer des
différences dansdifférences dans La région variable V3
de l’ADNr 16S des bactéries avec desdes bactéries avec des
génomes de bas-G+C-content.génomes de bas-G+C-content.

3. INTRDUCTION :
 IL y a 2 méthode d’ identifier les souches :
1. TTGE
2. DGGE
 Avant TTGE milieux sélectifs .
 Cette méthode est basée sur l'analyse directe de l'ADN dans
l'environnement et n'exigent pas la culture de cellules.
N’ est pas
efficace

4. Les étapes pour savoir les
souches :
1. Pour distinguer des espèces par TTGE, nous avons choisi le secteur
V3 du rDNA sur 16S bacterie.
2. Amplification par PCR.
(10 mM Tris-HCl, 1.5 mM MgCl2, 50 mM KCl), 96°C pendant 4 min .

5. 3. Analyse par TTGE :
 Le système « Dcode Universal Mutation Detection
System » (Biorad, Marnes-la- Coquette, France) est
utilisé pour la séparation des produits
d’amplification.
 Cinq μLdu produit d’amplification ajoutés à 10 μL
du tampon de charge (EDTA 100 mmol·L–1, bleu de
Bromophénol 1.5 mg·mL–1, saccharose 40 %) sont
déposés sur un gel de polyacrylamide 8 %
(acrylamide et bisacrylamide à 40 % (p/v), Biorad)
ayant une concentration en urée de 6 mmol·L–1.
 Un marqueur de standardisation contenant 4
espèces de référence est déposé dans trois puits
situés aux extrémités et au centre du gel.
 des gels ont été souillés pendant 15 minutes avec
du bromure d'éthidium (0.5 µg/ml d'amortisseur de
1x TAE), rincés pendant 20 minutes dans
l'amortisseur de 1x TAE, et photographiés sur une
table UV de transillumination.

7. 4. Analyse des gels d’électrophorèse :
 Le logiciel Gel Compar (Applied Maths) permet de normaliser les
différences de migration entre gels, par alignement des marqueurs de
standardisation avec un gel standard .
 les gels photographiés ont été convertis en image de dossier

9. 5. Base de données :
 La communauté bactérienne est représentée par un
profil où chaque bande électrophorétique correspond à
une espèce.
 Les espèces sont identifiées par assignation à un
référentiel d'espèces (env. 150 espèces) préalablement
établi à partir des fragments d'ADNr 16S (région V3) de
souches bactériennes pures.

10. MERCI POUR VOTRE ATTENTIONMERCI POUR VOTRE ATTENTION