Journée Académique de l’Innovation et du Numérique Éducatif 2016 et festival de la création numérique ac@rt
Mercredi 4 mai 2016
Centre Georges Pompidou
Place Georges-Pompidou, 75004 Paris (Métro : Rambuteau)
Presentation du SIFR BioPortal a la DSSIS lors de la réunion sur les serveurs mult terminologiques, Juin 2017. Présentation tirée de la presentation aux JFIM 2016 de Juin 2016 (+ nouveautées).
Audition CNCDH : l’enseignement supérieur à l’heure du numérique Dr Sebastien Poulain
Contexte : Projet d’avis sur le droit et l’accès à l’enseignement supérieur à l’heure du numérique (titre provisoire) pour février 2021
Objectif : formuler des recommandations auprès du gouvernementCo-rapporteure : Soraya Amrani-Mekki ; Co-rapporteur : Arnaud Gaillard
lundi 16 novembre 2020 de 15h00 à 17h00
Commission nationale consultative des droits de l'homme (CNCDH)
20 avenue de Ségur
Paris 7ème
Les séances interactives des cas cliniques inaugurées en 2010 sont déjà un classique des JFR. Donner son avis et participer au déroulement de la séance est très apprécié de tous, et pour la première fois cette année, l’utilisation de boitiers rendra le processus encore plus simple, permettant au public de répondre en temps réel, de façon anonyme à la question posée. Dans chaque séance, plusieurs équipes de jeunes aidés d’experts, s’affronteront très amicalement autour de cas cliniques soigneusement choisis. Ces séances, coorganisées avec l’UNIR/SFR Junior, se dérouleront dans l’amphithéâtre Bordeaux.
reseauprosante.fr
Journée Académique de l’Innovation et du Numérique Éducatif 2016 et festival de la création numérique ac@rt
Mercredi 4 mai 2016
Centre Georges Pompidou
Place Georges-Pompidou, 75004 Paris (Métro : Rambuteau)
Presentation du SIFR BioPortal a la DSSIS lors de la réunion sur les serveurs mult terminologiques, Juin 2017. Présentation tirée de la presentation aux JFIM 2016 de Juin 2016 (+ nouveautées).
Audition CNCDH : l’enseignement supérieur à l’heure du numérique Dr Sebastien Poulain
Contexte : Projet d’avis sur le droit et l’accès à l’enseignement supérieur à l’heure du numérique (titre provisoire) pour février 2021
Objectif : formuler des recommandations auprès du gouvernementCo-rapporteure : Soraya Amrani-Mekki ; Co-rapporteur : Arnaud Gaillard
lundi 16 novembre 2020 de 15h00 à 17h00
Commission nationale consultative des droits de l'homme (CNCDH)
20 avenue de Ségur
Paris 7ème
Les séances interactives des cas cliniques inaugurées en 2010 sont déjà un classique des JFR. Donner son avis et participer au déroulement de la séance est très apprécié de tous, et pour la première fois cette année, l’utilisation de boitiers rendra le processus encore plus simple, permettant au public de répondre en temps réel, de façon anonyme à la question posée. Dans chaque séance, plusieurs équipes de jeunes aidés d’experts, s’affronteront très amicalement autour de cas cliniques soigneusement choisis. Ces séances, coorganisées avec l’UNIR/SFR Junior, se dérouleront dans l’amphithéâtre Bordeaux.
reseauprosante.fr
Inria - Plaquette de présentation du centre de sophiaInria
Fort de son rayonnement sur l’arc méditerranéen, le centre Inria Sophia Antipolis - Méditerranée est un partenaire moteur au sein des réseaux d’acteurs socio-économiques des territoires sur lesquels il intervient.
Il a pour ambition de renforcer l’attractivité de ces écosystèmes et d’en faire des lieux d’excellence pour la conduite des activités de recherche en sciences du numérique.
TEDuX « Pratiques pédagogiques innovantes » au CAIRE le 26-05-16Jean-François CECI
En marge de l’ICT4ALL, une première édition du TEDuX « Pratiques pédagogiques innovantes » a été organisée en Tunisie en 2015. Elle a rencontré un franc succès avec plus de 300 participants. L’IFIC (Institut de la Francophonie pour l’ingénierie de la connaissance et la formation à distance), le bureau AUF BMO et l’université de Senghor ont alors décidé d’organiser une deuxième édition du TEDuX.
Cet événement s’est déroulé le 26 mai 2016 au Caire en marge du salon E-learning Africa.
Durant 1h30, 4 intervenants ont témoigné sur différents thèmes : de l’animation de communautés en ligne, l’apport de la robotique ou des neurosciences, en passant par l’impact du numérique et des espaces d’apprentissages, jusqu’à l’accompagnement institutionnel.
Les retours d’expériences et les conditions favorisant l’émergence de pratiques pédagogiques innovantes ont constitué le fil rouge des quatre interventions.
La suite de cet article détaillera le contenu de ce TEDuX-Caire.
Cette présentation définit rapidement le Plan de gestion de données dans le cadre du Module Doctoral Cap sur les Données Environnement 2020 réalisé pour l'Université de Montpellier par la Commission Information Scientifique et Technique Agropolis.
Inria - Plaquette du centre de recherche Rennes - Bretagne AtlantiqueInria
Le centre Inria Rennes – Bretagne Atlantique a développé de nombreuses collaborations scientifiques avec des laboratoires internationaux. C’est un acteur résolu de la construction de l’espace européen de la recherche (projets européens, grant ERC). Le centre participe aussi à l’EIT ICT Labs, initiative européenne pour la construction de la société numérique et durable de demain.
Challenges, contributions and applications to
biomedicine & agronomy
Presentation at "Journée thématique sur les autorités de données
8 avril 2019, Toulouse"
Cette introduction au Module Doctoral Cap sur les Données Environnement 2020 réalisé pour l'Université de Montpellier par la Commission Information Scientifique et Technique Agropolis définit rapidement ce qui fait partie des données de la recherche publique et le cadre juridique qui leur est appliqué.
Inria - Plaquette de présentation du centre de sophiaInria
Fort de son rayonnement sur l’arc méditerranéen, le centre Inria Sophia Antipolis - Méditerranée est un partenaire moteur au sein des réseaux d’acteurs socio-économiques des territoires sur lesquels il intervient.
Il a pour ambition de renforcer l’attractivité de ces écosystèmes et d’en faire des lieux d’excellence pour la conduite des activités de recherche en sciences du numérique.
TEDuX « Pratiques pédagogiques innovantes » au CAIRE le 26-05-16Jean-François CECI
En marge de l’ICT4ALL, une première édition du TEDuX « Pratiques pédagogiques innovantes » a été organisée en Tunisie en 2015. Elle a rencontré un franc succès avec plus de 300 participants. L’IFIC (Institut de la Francophonie pour l’ingénierie de la connaissance et la formation à distance), le bureau AUF BMO et l’université de Senghor ont alors décidé d’organiser une deuxième édition du TEDuX.
Cet événement s’est déroulé le 26 mai 2016 au Caire en marge du salon E-learning Africa.
Durant 1h30, 4 intervenants ont témoigné sur différents thèmes : de l’animation de communautés en ligne, l’apport de la robotique ou des neurosciences, en passant par l’impact du numérique et des espaces d’apprentissages, jusqu’à l’accompagnement institutionnel.
Les retours d’expériences et les conditions favorisant l’émergence de pratiques pédagogiques innovantes ont constitué le fil rouge des quatre interventions.
La suite de cet article détaillera le contenu de ce TEDuX-Caire.
Cette présentation définit rapidement le Plan de gestion de données dans le cadre du Module Doctoral Cap sur les Données Environnement 2020 réalisé pour l'Université de Montpellier par la Commission Information Scientifique et Technique Agropolis.
Inria - Plaquette du centre de recherche Rennes - Bretagne AtlantiqueInria
Le centre Inria Rennes – Bretagne Atlantique a développé de nombreuses collaborations scientifiques avec des laboratoires internationaux. C’est un acteur résolu de la construction de l’espace européen de la recherche (projets européens, grant ERC). Le centre participe aussi à l’EIT ICT Labs, initiative européenne pour la construction de la société numérique et durable de demain.
Challenges, contributions and applications to
biomedicine & agronomy
Presentation at "Journée thématique sur les autorités de données
8 avril 2019, Toulouse"
Cette introduction au Module Doctoral Cap sur les Données Environnement 2020 réalisé pour l'Université de Montpellier par la Commission Information Scientifique et Technique Agropolis définit rapidement ce qui fait partie des données de la recherche publique et le cadre juridique qui leur est appliqué.
Conférence donéée au LGI2P (Conférence Communication Science et Société) à Nimes le 17 mars 2015. Contenu en partie produit par le travail de Juan Antonio Lossio Ventura.
Presentation Sommet iPad en education 2014 Polytech Montpellier
Scénarios pédagogiques numériques……via l’utilisation de l'iPad par et pour les étudiants de Polytech Montpellier
Clement Jonquet et la cellule iPad des enseignants
19. Sur qu’elle plateforme déposer et identifier facilement une terminologie
ou une ontologie dans le domaine de la santé en France ?
Pas nécessairement des terminologies standards
Les petits vocabulaires fait dans le cadre d’un projet
Les alignements
Les projets, la communauté, etc.
Se rapprocher du web sémantique
Quels outils sont disponibles facilement pour annoter sémantiquement du
texte avec des concepts d’ontologies ?
Je donne mon texte
Je ne me soucie pas des aspects sémantiques ou linguistique
Importance des aspects pratiques (en plus de la qualité): disponibilité,
service, abstraction, URI, paramétrables, etc.
Conférences INIST “IC 2022” ‐5/12/17 ‐Nancy, France
19
20. Conférences INIST “IC 2022” ‐5/12/17 ‐Nancy, France
20
Des projets (santé)
UMLF / VUMeF
InterSTIS (2007‐2010)
Des recensements
Neveol et al.,LREC 2014
Rapport ASIP Santé 2015: 71 terminologies recensées
Des ontologies/vocabulaires publiés sur des thématiques particulières
e.g., LIMICS, Bordeaux, Rouen, etc.
Des plateformes / outils pour la gestion de ressources sémantiques
ITM de Mondeca (et CAM)
HeTOP et F‐MTi/ECMT (CISMEF)
Des travaux sur la de fouille de texte et de données …
Des choses non limitées à la santé
TermSciences (INIST) … bientôt LOTERRE
22. Un portail
d’ontologies
pourquoi faire ?
Si j’ai développé une ontologie, comment je la met à disposition des
autres à moindre coût ?
Si j’ai besoin d’une ontologie, où est‐ce que je la récupère dans le
format de mon choix ou l’utilise en ligne ?
S’il existe plusieurs possibilités, comment savoir qu’elle ontologie
utiliser, laquelle est la plus appropriée pour ma tâche ?
Comment est‐ce que je peux utiliser les ontologies pour lier/annoter
mes données ?
Comment utiliser les ontologies sans avoir à les gérer ?
Conférences INIST “IC 2022” ‐5/12/17 ‐Nancy, France
22
23. Ontology
libraries &
repositories
Ontology libraries defined as
“a library system that offers various functions for managing,
adapting and standardizing groups of ontologies. It should fulfill
the needs for re‐use of ontologies. In this sense, an ontology
library system should be easily accessible and offer efficient
support for re‐using existing relevant ontologies and
standardizing them based on upper‐level ontologies and ontology
representation languages.” [Ding & Fensel, 2001]
Ontology repositories defined as
“a structured collection of ontologies (…) by using an Ontology
Metadata Vocabulary. References and relations between
ontologies and their modules build the semantic model of an
ontology repository. Access to resources is realized through
semantically‐enabled interfaces applicable for humans and
machines. Therefore a repository provides a formal query
language” [Hartmann, Palma, Gomez‐Perez, 2009]
Conférences INIST “IC 2022” ‐5/12/17 ‐Nancy, France
23
24. Qu’est ce qui
existe comme
librairie et portail
d’ontologies ?
Ontology repositories / portal
NCBO BioPortal
Ontobee
AberOWL
EBI Ontology Lookup Service
OKFN Linked Open Vocabularies
ONKI Ontology Library Service
MMI Ontology Registry and
Repository
ESIPportal
AgroPortal
SIFR BioPortal
CISMEF HeTOP
OntoHub
Bartoc
TermSciences
Web indexes
Watson, Swoogle,
Sindice, Falcons
Ontology libraries / listings (more or
less updated)
OBO Foundry
WebProtégé
Romulus
DAML ontology library
Colore
FAO VEST Registry
Orhtolang
BioSharing
DERI Vocabularies ,
OntologyDesignPatterns,
Semanticweb.org, W3C Good
ontologies
Platform technology
Mondeca ITM, LexEVS, SKOSMOS
Abandoned projects
Cubboard, Knoodl, Schemapedia,
SchemaWeb, OntoSelect,
OntoSearch, TONES
Conférences INIST “IC 2022” ‐5/12/17 ‐Nancy, France
24
31. C. Jonquet, A. Annane, K. Bouarech, V. Emonet & S. Melzi.
SIFR BioPortal: French biomedical ontologies and
terminologies available for semantic annotation, In 16th
Journées Francophones d'Informatique Médicale
JFIM'16. Genève, Suisse, July 2016.
SIFR BioPortal
Une plateforme ouverte et
générique pour les ontologies
françaises
http://bioportal.lirmm.fr
25 ontologies/terminologies
• Importées d’UMLS et d’HeTOP
• Connectées au NCBO BioPortal
• Déposées par les utilisateurs
31
Conférences INIST “IC 2022” ‐5/12/17 ‐Nancy, France
32. Elément
complémentaire
dans le paysage
français
Ouverte
N’importe qui peut soumettre du contenu
Générique
N’importe quel type de contenu et de format
Version spécifique du portail d’ontologie développé par le NCBO
Plateforme de rattachement pour le service d’annotation
25 (+4 privées) ontologies/terminologies médicales en français
Extraites de l’UMLS
Fournies par CISMeF (via export OWL)
Chargées directement par des utilisateurs
Construites à partir de format ad‐hoc
Connectées au NCBO BioPortal
255K classes
Conférences INIST “IC 2022” ‐5/12/17 ‐Nancy, France
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http://bioportal.lirmm.fr
47. AgroPortal:
ontology
repository for
the agronomic
domain
http://agroportal.lirmm.fr
Develop and support a reference ontology repository
Primary focus on the agronomy & close related domains (food, plant
sciences, and biodiversity)
Reusing the NCBO BioPortal technology
Avoid to re‐implement what has been done, facilitate interoperability
Reusing the scientific outcomes, experience & methods of the
biomedical domain
Enable straightforward use of agronomic related ontologies
Respect the requirements & specificities of the agronomic community
Fully semantic web compliant infrastructure
Enable new science
Conférences INIST “IC 2022” ‐5/12/17 ‐Nancy, France
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C. Jonquet, A. Toulet, E. Arnaud, S. Aubin, E. Dzalé‐Yeumo, V. Emonet, J. Graybeal, M‐A. Laporte, M. A.
Musen, V. Pesce & P. Larmande. AgroPortal: an ontology repository for agronomy, Computers and
Electronics in Agriculture. IN PRESS, 2017. pp. 30. Elsevier.
49. 5 Driving
AgronomicUse
Cases
IBC Rice Genomics & AgroLD project
Data integration and knowledge management related to rice (P.
Larmande)
RDA Wheat Data Interoperability working group
Common framework for publishing wheat data (E. Dzalé-Yeumo)
LovInra : INRA Linked Open Vocabularies
Vocabularies produced by INRA scientists (S. Aubin)
Crop Ontology project
Ontologies for describing crop germplasm & traits (E. Arnaud)
GODAN global map of agri-food data standards
VEST/AgroPortal MAP of standards (V. Pesce)
Conférences INIST “IC 2022” ‐5/12/17 ‐Nancy, France
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Plus recement:
GDR SemanDiv
51. Ontology groups
and categories
Conférences INIST “IC 2022” ‐5/12/17 ‐Nancy, France
Category Number
Plant Phenotypes andTraits 21
Plant Anatomy and Development 3
Natural Resources, Earth and Environment 9
Animal Science and Animal Products 6
Agricultural Research,Technology and Engineering 10
Breeding and Genetic Improvement 1
Plant Science and Plant Products 5
Plant Genetic Resources 2
Food and Human Nutrition 6
Taxonomic Classifications of Organisms 2
Farms and Farming Systems 3
Specific slices display to use only the
ontologies of a group
http://inra.agroportal.lirmm.fr/
51
67. Ontology – data
cycle Ontologies and data change everyday
Need to be able to handle the “deltas” only
Work on terminology and knowledge extraction from text
BioTex (http://tubo.lirmm.fr/biotex)
Conférences INIST “IC 2022” ‐5/12/17 ‐Nancy, France
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J.A. Lossio-Ventura, C. Jonquet, M. Roche & M. Teisseire. Biomedical
term extraction: overview and a new methodology, Information
Retrieval, Special issue on Medical Information Retrieval. August 2015.
Vol. 19 (1), pp. 59-99. Springer.
73. Scoring of
annotations
Improve the NCBO Annotator results by ranking the
annotations according to their relevance
While not changing the service implementation
Take into account their frequencies (as originally proposed in 2009 and
removed)
Add a term extraction measure, called C‐Value, used to positively
discriminate annotations generated from matches with multi‐word
terms.
Mostly improves annotations done with multiword terms
2 new scoring methods allowing to score and rank annotations
by their importance in the given input data
Interesting results validated against PubMed manual annotations
S. Melzi & C. Jonquet. Scoring semantic annotations returned by the NCBO Annotator, In 7th International Semantic
Web Applications and Tools for Life Sciences, SWAT4LS'14. Berlin, Germany, Dec. 2014.
Conférences INIST “IC 2022” ‐5/12/17 ‐Nancy, France
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79. Network of
interconnected
BioPortalS – a
few thoughts
UI does not really matter
We should be able to make a new
portal for another community in minutes
Avoid duplicating ontologies
Connect portals one another
Through mappings as we did with translation mappings
The annotator proxy feature
Implement and discuss standards
SKOS handling in BioPortal
Ontology metadata description
Conférences INIST “IC 2022” ‐5/12/17 ‐Nancy, France
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84. Convergence
avec les travaux
de l’INIST
Projet VisaTM: Offre de fouille de texte via OpenMinted
Vous emmenez les corpus (ISTEX) nous emmenons les ontologies
(AgroPortal)
Si on fait le boulot pour connecter la technologie NCBO a OpenMinted,
autant le réutiliser
Projet LOTERRE et ORHTOLANG
Ressources en OWL, SKOS… pourquoi pas essayer une instance de la
technologie NCBO ?
Harmoniser nos métadonnées
Partager nos efforts, passer à d’autres domaines, d’autres échelles.
GDR SemanDiv
AgroPortal, alignements entre thesaurus et ontologies
FAIR Data Management Plan
Aider a identification des ontologies adequate pour les données
Conférences INIST “IC 2022” ‐5/12/17 ‐Nancy, France
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