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Attribution et simulation automatique par mnova
- 1. Attribution automatique et Simulation par Mnova 1
- 2. Introduction Possibilité de Mnova : • Attribution automatique des pics du spectres aux atomes de la molécule • Simulation des spectres (13C, 1H et HSQC) à partir de la structure de la molécule • Comparaison des spectres expérimentaux et simulés • Détermination de la structure d’une molécule à partir de sa formule brute et de ses spectres expérimentaux 2
- 3. Attribution automatique Avant lancement de l’attribution : • Avoir 4 spectres au maximum • Dessiner ou importer la molécule sur le spectre proton • Lancer l’attribution à partir du spectre proton 3
- 4. Attribution automatique Lancement de l’attribution : • Onglet « Assignments » • Cliquer sur « Auto Assignment » 4
- 5. Simulation des spectres • Dessiner ou importer la molécule sur une page vierge • Onglet « Prediction » • Cliquer sur ou ou Après simulation du spectre 1H Avant simulation 5
- 6. Simulation des spectres Comparaison des spectres expérimentaux et simulés : • Dessiner ou importer la molécule sur le spectre à comparer • Onglet « Prediction » • Cliquer sur « Predict Compare » 6
- 7. Détermination de la structure ⚠ La version 14 de Mnova et de l’option « Elucidation » sont nécessaires! ⚠ • Importer tous les spectres (13C et 1H sont obligatoires) • Onglet « Elucidation » • Cliquer sur « Start Structure Elucidation » • Suivre les étapes de la fenêtre « Elucidation Workflow » : 7
- 8. Détermination de la structure • Ajout ou suppression d’un(e) impureté/solvant ⚠ La version 14 de Mnova et de l’option « Elucidation » sont nécessaires! ⚠ 8
- 9. Détermination de la structure ⚠ La version 14 de Mnova et de l’option « Elucidation » sont nécessaires! ⚠ • Importer tous les spectres (13C et 1H sont obligatoires) • Onglet « Elucidation » • Cliquer sur « Start Structure Elucidation » • Suivre les étapes de la fenêtre « Elucidation Workflow » : 9
- 10. Détermination de la structure • Conseil pour sélectionner les tâches d’un spectre 2D ⚠ La version 14 de Mnova et de l’option « Elucidation » sont nécessaire! ⚠ 100
- 11. Détermination de la structure ⚠ La version 14 de Mnova et de l’option « Elucidation » sont nécessaires! ⚠ • Importer tous les spectres (13C et 1H sont obligatoires) • Onglet « Elucidation » • Cliquer sur « Start Structure Elucidation » • Suivre les étapes de la fenêtre « Elucidation Workflow » : 111
- 12. Détermination de la structure • Suivi de l’attribution des atomes et de leurs interactions avec la fenêtre « Molecular Connectivity Diagram » : ⚠ La version 14 de Mnova et de l’option « Elucidation » sont nécessaires! ⚠ 122
- 13. Détermination de la structure Avant génération de la structure : • Cliquer « Show Elucidation Constraints » vérification de l’attribution de tous les C et H ⚠ La version 14 de Mnova et de l’option « Elucidation » sont nécessaires! ⚠ 133
- 14. Détermination de la structure • Cliquer sur « Click to generate structures » • Plusieurs proposition de structure Mnova affiche la meilleure selon ses calculs ⚠ La version 14 de Mnova et de l’option « Elucidation » sont nécessaires! ⚠ 144
- 15. Détermination de la structure • Si aucune structure générée « Molecular Connectivity Diagram » ⚠ La version 14 de Mnova et de l’option « Elucidation » sont nécessaires! ⚠ 155
- 16. Merci pour votre attention 166
Notes de l'éditeur
- Numérotation auto de la molécule modification en double cliquant sur l’atome à modifier.
- Pour la simulation de l’HSQC rajouter les axes clique droit sur le spectre puis « Show Traces »
- Les étapes : Entrer la formule brute de la molécule 13C: Si pics de bruit détectés les supprimer 1H: Observation de pic de solvant
- 1H: Observation de pic de solvant : Parfois le logiciel détecte un pic comme un pic de solvant ou d’impureté alors qu’il s’agit d’un proton fausse intégration. Suppression en double cliquant sur le pic « Peaks » s’ouvre renseigner la nature du pic (composé, impureté, solvant, etc.) en double cliquant sur la case « Type » du déplacement chimique sélectionné.
- Les étapes : 4. HSQC: sélectionner les tâches avec curseur. ATTENTION: il est difficile de désélectionner la tâche déjà sélectionné 5. HMBC: sélectionner les tâches avec curseur.
- 5. HMBC: sélectionner les tâches avec curseur. Seules les tâches de forte intensité sont à sélectionner car liaisons J3. (ATTENTION : il ne faut pas sélectionner des tâches correspondantes à des liaisons J1, c’est-à-dire les tâches de faible intensité). Conseil sélectionner que les tâches dont vous êtes sûre.
- Les étapes : 6. sélectionner les tâches avec curseur. ATTENTION: NE PAS sélectionner les tâches sur la diagonale et les tâches en miroirs. Il faut sélectionner les tâches que d’un même coté.
- Dès l’étape 2, ce diagramme apparait sinon cliquer sur « Show Molecular Connectivity Diagram ». Possible de modifier les interactions entre les atomes manuellement.
- Si des lignes sont surlignées en jaune il faut renseigner le type de liaison que le carbone fait. Ces lignes deviennent alors vertes .
- Si aucune structure n’est générée cliquer (triangle vert entouré en rouge) sur « Molecular Connectivity Diagram » et cocher « Store Incomplete Structures ». En appuyant sur « Ok » de nouvelles structures sont générées par le logiciel mais celles-ci sont incomplètes.