Open Science

1. La Science Ouverte, une introduction
Gabriel Gallezot

2. La Science Ouverte (SO) - Qu’est-ce que c’est ?
Plan National pour la SO N°1 (juillet 2018) et N° 2 (juillet 2021)
https://cache.media.enseignementsup-recherche.gouv.fr/file/science_ouverte/20/9/MEN_brochure_PNSO_web_1415209.pdf
La science ouverte est la diffusion sans entrave des résultats, des méthodes et des produits de
la recherche scientifique. Elle s’appuie sur l’opportunité que représente la mutation numérique
pour développer l’accès ouvert aux publications et – autant que possible – aux données, aux
codes sources et aux méthodes de la recherche. Elle permet à la recherche financée sur fonds
publics de conserver la maîtrise des résultats qu’elle produit. Elle construit un écosystème dans
lequel la science est plus transparente, plus solidement étayée et reproductible, plus efficace et
cumulative.
Elle induit une démocratisation de l’accès aux savoirs, utile à l’enseignement, à la formation, à
l’économie, aux politiques publiques, aux citoyens et à la société́ dans son ensemble. Elle
constitue enfin un levier pour l’intégrité scientifique et favorise la confiance des citoyens dans la
science.

3. La Science Ouverte (SO) - Qu’est-ce que c’est ?
Selon l’UNESCO
La science ouverte s’entend comme un concept inclusif qui englobe
différents mouvements et pratiques visant à rendre les connaissances
scientifiques multilingues, librement accessibles à tous et réutilisables par
tous, à renforcer la collaboration scientifique et le partage des informations
au profit de la science et de la société, ainsi qu’à ouvrir les processus de
création, d’évaluation et de diffusion des connaissances scientifiques aux
acteurs de la société au-delà de la communauté scientifique traditionnelle.

4. La Science Ouverte (SO) en 3 axes
- Axe 1: l’Open Access / l’ouverture des publications
- Axe 2 : l’Open Research Data / l’ouverture des
données de la recherche
- Axe 3 : Ouverture du Code et des Logiciels
Focus sur ces trois axes, mais l’Unesco indique aussi l’axe des
« ressources éducatives libres » et « matériel ouvert »

5. Contexte

6. Communication scientifique modèle 2020
Source : Julie M. Hurd
JASIST 51(14), 2000
Un projet reconduit ...

8. KDD / TDM
Visualisation
Tertiarisation
documentaire
Le partage et la
réutilisation des
données en action !
(1998)

9. + Citizen Science
+ Code source
+ …

10. La SO selon FOSTER
(Facilitate Open Science Training For European Research)

11. L’Open Access

12. Quelques chiffres
l Le CA des revues sc. pour 2017 était estimé à 9,9 milliards USD par la
société américaine Outsell => près 39 % du marché mondial de l’information
scientifique, technique et médicale (STM) évalué à 25,7 milliards USD
l Un marché répondant à une structure de «longue traîne» dominé 5 grands
éditeurs (surtout « 3 » => 40 % du marché de l’édition Sc. à eux seuls).
l En 2017, ces cinq éditeurs publiaient en Europe près de 60 % des articles et
attiraient 65 % des dépenses d’achat d’articles
l Environ 40 000 revues vivantes pour environ 20 000 analysées par le WOS
/Scopus
l Difficile de trouver des chiffres pour les ouvrages, actes de colloques, … (la place / le poids de ce type de document dans l'édition scientifique) ?
l Combien de textes non publiés / an ?
l Publier les données de la recherche ?
l Figures, posters, … ?
Source : https://coop-ist.cirad.fr (2022) Et « Privés de
savoir ? #DATAGUEULE 63 » https://youtu.be/WnxqoP-
c0ZE (2016)

13. l Source : Françoise Vandooren ULB
Une anomalie Post-
Gutenbergienne
(2001) Harnad
(source : http://cogprints.org/2542/ )
L’arrivée du « web » (1989), la 1ere expérience
d’archive ouverte née en 1991 (ArXiv), l’OAI-PMH
(1999) et le logiciel Eprint (2001)

14. Points d’achoppement (Crise de l’édition scientifique)
Diktat du "publish or perish" / évaluations
Loi du facteur d'impact (et ses biais)
Abandon du droit d'auteur à l'éditeur
Concentration des éditeurs spécialisés
Augmentation des prix des abonnements
Temps entre les résultats et leur publication
Restrictions sur ce qui peut ête publié et
comment cela peut être diffusé (modèle papier)
• => Plusieurs initiatives

15. Une réponse : l’Open Access
n Un mouvement pour le libre accès aux textes
scientifiques (archives ouvertes ou revues en
libre accès)
n Partager les textes entre pairs
n Augmenter la visibilité des textes
n A fonds public, accès public
n Support de la mémoire scientifique

16. Source : JNSO2018, V. Larivière
Diamant

17. Archives Ouvertes et revues en libre accès
l Hal en France
l … et les autres sur OpenDOAR
l Un moteur avec https://www.base-search.net/
l Revues.org en France
l … et les autres sur DOAJ
l Un moteur avec ISiDORE (SHS) :
https://www.rechercheisidore.fr/
=> quelques détails et compléments dia suivante

18. Incise :
l Gold APC et éditeurs prédateurs, utilisez :
https://thinkchecksubmit.org/ et pour avoir une idée de la
liste qui avoisine 14 000 titres : https://beallslist.net/
l Pré-print, post-print
l OAI-PMH / google scholar / SciHub ?
l Voir aussi DOAB : https://www.doabooks.org/
l Loi sur la République Numérique (FR) (dias
suivantes)

19. la loi sur la République
Numérique (FR)

20. La loi est promulguée le 7 octobre 2016. Elle favorise l’ouverture et la
circulation des données et du savoir et à garantir un environnement
numérique accessible aux citoyens et respectueux de la vie privée des
internautes.
L’article 30 vise à renforcer le droit des chercheurs à diffuser
librement leurs travaux scientifiques majoritairement financées par
des fonds publics.
L’enjeu est de garantir l’accès de tous à la production scientifique en
respectant – si nécessaire – des délais d’embargo fixés en cohérence
avec les recommandations de l’Union européenne (programme-
cadre de recherche H2020)
Les objectifs de la loi pour une République numérique

21. L’article 30 de la loi pour une République
numérique du 7 octobre 2016
Le chapitre III du titre III du livre V du code de la recherche est complété par un article L. 533-4 ainsi rédigé :
« Art. L. 533-4.-I.-Lorsqu'un écrit scientifique issu d'une activité de recherche financée au moins pour
moitié par des dotations de l'Etat, des collectivités territoriales ou des établissements publics, par des
subventions d'agences de financement nationales ou par des fonds de l'Union européenne est publié dans
un périodique paraissant au moins une fois par an, son auteur dispose, même après avoir accordé des
droits exclusifs à un éditeur, du droit de mettre à disposition gratuitement dans un format ouvert, par voie
numérique, sous réserve de l'accord des éventuels coauteurs, la version finale de son manuscrit
acceptée pour publication, dès lors que l'éditeur met lui-même celle-ci gratuitement à disposition par voie
numérique ou, à défaut, à l'expiration d'un délai courant à compter de la date de la première
publication.
Ce délai est au maximum de six mois pour une publication dans le domaine des sciences, de la technique et
de la médecine et de douze mois dans celui des sciences humaines et sociales. »
« La version mise à disposition en application du premier alinéa ne peut faire l'objet d'une exploitation dans le
cadre d'une activité d'édition à caractère commercial. »
(…) « Les dispositions du présent article sont d'ordre public et toute clause contraire à celles-ci est réputée
non écrite. »

22. • Type de publication : articles de revue publiés dans un périodique paraissant
au moins une fois par an
• Condition de financement : écrit scientifique issu d’une activité de recherche
financée au moins pour moitié par des fonds publics
• Condition juridique : l’article 30 s’applique même après cession à l’éditeur
des droits exclusifs d’exploitation
• Condition éthique : recueillir l’accord des co-auteurs
• Version de la publication : la version finale acceptée pour publication peut
être mise à disposition gratuitement sur un format ouvert et numérique
• Condition de délai de diffusion : au maximum 6 mois pour une publication
dans le domaine des sciences, de la technique et de la médecine et 12 mois
dans celui des sciences humaines et sociales
• Condition de mise en ligne : pas de caractère commercial
Synthèse
(exemple d’une validation par une structure académique)
Source : Isabelle GRAS, AMU

23. Les Données de la recherche

24. Données de la recherche ?
l Def. OCDE : « les données de la recherche sont définies
comme des enregistrements factuels (chiffres, textes,
images et sons), qui sont utilisés comme sources
principales pour la recherche scientifique et sont
généralement reconnus par la communauté scientifique
comme nécessaires pour valider les résultats de la
recherche. »
=> interrogations sur la nature des « enregistrements
factuels » et selon les prismes : scientifique, juridique,
documentaire, politique, économique…)

26. Autres catégorisations
• Données « chaudes » / « froides »
• Données « d’observation »,
« computationnelles » , « expérimentales »,
« traces ou record»
• Données de « Recherche »,
« Communautaire, « Référence »
• Données (sources) « primaire »,
« secondaire », « tertiaires »
Source : (Borgman, 2020)

27. « Le » cycle de vie de la DR

28. Aussi ouvertes que possibles,
aussi fermées que nécessaires
OPEN DATA (Données publiques Ouvertes) -> OPEN RESEARCH DATA (Données de la
Recherche)
« La Loi République numérique assimile les données de recherche à des données
publiques. Il est cependant incorrect de dire que les données de recherche
seraient « la propriété des établissements scientifiques ». Il serait plus approprié
de dire que les données de recherche sont des informations publiques, ce qui les
fait passer sous un régime de libre utilisation. Comme toutes les données
produites par des administrations en France, les données de recherche sont
désormais incluses « par défaut » dans le principe d’ouverture ou d’Open Data.
Cela signifie qu’en principe, les données de recherche doivent être publiées sur
Internet et rendues librement réutilisables. »
« La propriété n’est donc plus un paradigme approprié pour appréhender les
données de recherche »
Source : https://scinfolex.com/2019/06/05/louverture-des-donnees-de-recherche-un-retour-aux-sources-de-lethos-de-la-science/

29. Aussi ouvertes que possibles,
aussi fermées que nécessaires
Des excepAons :
• la protecBon des données personnelles et de la vie privée qui peut impliquer que des
données de recherche ne soient pas diffusées ;
• la nécessité de protéger des droits de propriété intellectuelle appartenant à des Bers
(comme ce sera le cas par exemple pour des corpus de textes ou d’images encore soumis
au droit d’auteur)
• le respect de secrets (secrets administraBfs, secret industriel et commercial).
=> La loi République numérique implique que les chercheurs aillent aussi loin que possible
dans l’ouverture des données jusqu’à ce qu’ils rencontrent une excepFon qui jusFfie la
fermeture.
=> Beaucoup de variantes possibles d’ouverture des DR en foncBon des situaBons concrètes et
de leur variété.

30. Pourquoi gérer et partager ses données
§ Gestion nécessaire face à
l’accroissement de la quantité de
données
§ Exhumation de données
« fossilisées »
§ Evite la perte de données uniques
§ Gain de temps et d’argent
§ Facilite la reproductibilité, la
réutilisation et le croisement de
données provenant de différentes
disciplines
Publications
= 10%
Données « fossilisées »
"Designed by vvstudio / Freepik"

31. FAIR ou pourquoi et comment
« entreposer » mes données ?
Les 15 principes FAIR –> dia suivante

32. Source : https://doranum.fr/enjeux-benefices/principes-fair_10_13143_z7s6-ed26/

33. Entrepôts de données de la R
l Selon la discipline, le type de données, les services
associés proposés, … :
>>> https://www.re3data.org/
En France depuis juillet 2022 :
https://entrepot.recherche.data.gouv.fr
• Penser en amont au DMP (Data Management Plan)
/ Plan de Gestion de Données (PGD) voir en France
Opidor : https://opidor.fr/

34. Ouvrir et promouvoir les codes
sources produits par la recherche

35. Enjeux d’ouverture
• Lien code / données : enjeux majeurs de reproductibilité
et d’intégrité scientifique
• Partager le travail sur le code (dèv et autres idées)
• Entrepôt pérenne par rapport aux forges logiciels qui
peuvent disparaitre
• Mieux valoriser le travail sur le code dans la carrière
des chercheur
Source : Passeport SO, codes et logiciels :

36. Aspect juridique
Le logiciel est considéré́ comme une œuvre de l’esprit, protégée par le droit
d’auteur. Ce droit a deux facettes :
- le droit patrimonial, qui concerne l’exploitation de l’œuvre. Ce droit est exercé par les
ayants droit, personnes physiques ou morales qui peuvent être différentes de l’auteur.
Par exemple, il peut s’agir de l’employeur de l’auteur lorsque celui-ci est salarié ou
agent public ;
- le droit extra-patrimonial (ou droit moral), qui concerne le respect de la paternité́
d’une œuvre. Même si l’œuvre est exploitée par des ayants droit, la paternité́ revient
toujours aux auteurs, c’est-à-dire aux personnes physiques qui ont écrit le code source.
Lorsqu’un logiciel est mis en œuvre ou diffusé, il peut lui être adjoint une licence.
Ce contrat d’adhésion définit les droits et devoirs des personnes qui reçoivent ou
utilisent le logiciel. Cette licence va définir le degré́ d’ouverture du code.
Tout ce qui n’est pas explicitement autorisé par la licence est interdit. Si le code source
d’un logiciel est diffusé sans licence, seule la consultation du code est autorisée.
Source : Passeport SO, codes et logiciels :

37. Licences pour ouvrir
• Adminitsration FR :
https://www.data.gouv.fr/fr/pages/legal/licences/
• Open source licence (par catégories) :
https://opensource.org/licenses/category
• Free software Foundation :
https://www.gnu.org/licenses/license-list.html
Source : Passeport SO, codes et logiciels :

38. Entrepôts
Au-delà des forges logiciels et convient de préserver à long terme.
Exemple avec Software Heritage et HAL : https://hal.inria.fr/hal-01872189, ) Source : Passeport SO, codes et logiciels

39. Nouvelles pratiques et nouvel écosystème
de la recherche ?
l Les identifiants numériques : renforcement de
l’identification des textes, des données, des
chercheurs (DOI, Handle, Orcid, ...) (cf. dias
suivantes)
l Faire évoluer l’évaluation (cf. dias suivantes)

40. DORA (Declaration On Research Assessment)
et Manifeste de Leiden
Faire évoluer l’évaluation !
https://sfdora.org/read/fr/ DORA (2012) :
- la nécessité de mettre un terme à l’utilisation d’indicateurs
basés sur les revues, comme les facteurs d’impact, dans le
financement, les nominations et les promotions ;
- celle d’évaluer la recherche sur sa valeur intrinsèque plutôt
qu’en fonction de la revue où elle est publiée ; et
- celle encore d’exploiter au mieux les possibilités offertes par
la publication en ligne (comme la levée de restrictions inutiles
sur le nombre de mots, de figures et de références dans les
articles et l’exploration de nouveaux indicateurs d’importance
et d’impact).
10 principes de Leiden (2015) :
http://www.leidenmanifesto.org/translations.html
Ne plus faire du
« JIF chasing »
et utiliser la
bibliométrie pour
ce qu’elle est.

41. Recommandations
Source : http://www.cpu.fr/actualite/evaluation-des-ec-et-science-
ouverte-propositions-de-recommandations/
La CPU
Prendre en compte dans l’évaluation des enseignants-
chercheurs :
- Publication AO
- DR AO
- tous les types de production (prépublications, les
livres, les articles de données, les logiciels, les
brevets, les plateformes, voire des résultats
négatifs, …)
- S’appuyer sur HAL (ou instances) , DOAJ, DOAB
- une évaluation multicritères centrée sur la portée
des résultats et non sur la ou les revues dans
lesquelles ils ont été publiés. Et « usage modéré »
des indicateurs existants
- Expliciter les contributions marquantes (pas liste
exhaustive)
- Les méthodes, données, protocoles et codes
informatiques associés aux productions doivent être
fournis dans l’objectif de faciliter l’évaluation des
résultats et de renforcer l’accès ouvert,
Open Science European
Conference : OSEC2022
(février) , Appel de Paris sur
l’évaluation de la recherche :
https://osec2022.eu/fr/appel-
de-paris/
Faire évoluer l’évaluation !
Direction générale de la recherche et de
l’innovation
(Commission européenne). 2021.
Towards a Reform of the Research
Assessment System:
. https://data.europa.eu/doi/10.2777/707440

42. Unpaywall
+ DOI
Barometre
de la SO (fr)
https://ministeres
uprecherche.gith
ub.io/bso/

43. PIDs (Persitent Identifiers)
interopérabilité / mise en cohérence
Chercheur
Source : Note d’orienta,on proposée par
le Collège « Europe et interna,onal » du Coso.
SPSO du 23 janvier 2019.
Rédac,on : David Aymonin ; Isabelle Mauger
Perez et les membres du Collège Europe et
interna,onal. 17/01/2019

44. Source : Note d’orientation proposée par le Collège « Europe et international » du Coso. SPSO du 23 janvier 2019.
Rédaction : David Aymonin ; Isabelle Mauger Perez et les membres du Collège Europe et international. 17/01/2019

45. En guise conclusion

46. Pourquoi la science ouverte ?
IMPACT : CITATIONS ET LECTURES
1
2
1
3
4
5
LE “DERNIER KILOMÈTRE”
2
EFFICACITÉ ÉCONOMIQUE
3
HEURISTIQUE ! CUMULATIVITÉ DE LA SCIENCE
VS DUPLICATE EFFORTS
4
ETHIQUE, INTÉGRITÉ, TRANSPARENCE
5
Source : Marin Dacos

47. Pour continuer :
• Recommandations de l’UNESCO sur une science ouverte :
https://unesdoc.unesco.org/ark:/48223/pf0000379949_fre
• DGRI (Commission européenne). 2021. Towards a Reform of the Research Assessment System: Scoping Report.
LU: Office des publications de l’Union européenne. https://data.europa.eu/doi/10.2777/707440 .
• OECD. 2007. Principes et Lignes Directrices de l’OCDE Pour l’accès Aux Données de La Recherche Financée Sur
Fonds Publics. Paris: Organisation for Economic Co-operation and Development. https://www.oecd-
ilibrary.org/science-and-technology/oecd-principles-and-guidelines-for-access-to-research-data-from-public-
funding_9789264034020-en-fr?mlang=fr
• Données de la recherche apprentissage numérique : https://doranum.fr/
• Passeport pour la science ouverte : https://www.ouvrirlascience.fr/wp-content/uploads/2022/10/SO_22-09-28-WEB-
FR.pdf
• Passeport SO, « codes et locigiels » : https://www.ouvrirlascience.fr/wp-content/uploads/2022/10/Passeport_Codes-
et-logiciels_WEB.pdf
• Passeport SO, « entrez dans le débat » : https://www.ouvrirlascience.fr/wp-
content/uploads/2022/10/Passeport_entrez_debat_WEB.pdf

48. Vos questions / remarques ?