L'école naturaliste Emile se concentre sur l'éducation intégrale des étudiants en mettant l'accent sur la langue française comme deuxième langue et en favorisant un enseignement respectueux de la nature. Le programme comprend divers domaines d'études tels que les sciences sociales, les langues étrangères et les arts, et adopte une méthodologie centrée sur l'autonomie de l'apprenant. La structure évalue les étudiants sur des critères divers, incluant l'engagement, la participation et les examens finaux, tout en étant régie par une législation du secteur éducatif colombien.