Conférence sur l'ADNe : présentation de l'expérience de SPYGEN

L’ADN environnemental en
milieu aquatique

Créée en 2011, SPYGEN est une « Entreprise à Mission » qui a pour objectif d’améliorer le suivi et la conservation de
la biodiversité à l’échelle mondiale grâce à l’étude de l’ADN environnemental
Qui sommes-nous ?
Certifiée B Corporation depuis 2018
Localisation :
Siège en France : Bourget du Lac (73) Développement à l’international en cours : Canada (Montréal)

Technologies & Services
Expertises VigiDNA® pour améliorer le suivi d’espèces rares et discrètes et renforcer les
opérations de veille environnementale
✓ Plateforme technologique de 200 m² développée spécifiquement pour la
recherche de traces d’ADN
✓ Suivi d’espèces cibles (ADNe barcoding)
✓ Suivi de groupes taxonomiques à enjeux (ADNe metabarcoding - 5 brevets)
✓ Outils d’échantillonnage (drone aquatique, kits d’échantillonnage - 1 brevet)
✓ Projet de Normalisation en cours (AFNOR)

Technologies & Services
Un réseau composé de 104 structures partenaires certifiées (bureaux d’études, associations, etc.) et plus
de 330 écologues formés en France et à l’International (Europe, Etats Unis, Canada, Brésil, ...)
…
Chiffre d’affaires d’1 Million d’euros en 2018 (42 % à l’international)

Recherche & Innovation
Développement des approches ADNe Barcoding et Metabarcoding pour le suivi de la biodiversité dans les
milieux aquatiques courants et stagnants (depuis 2011)

✓ Principe de l’échantillonnage
❑ Filtration d’un certain volume d’eau
❑ Capsule contenant une membrane
❑ Capture du matériel génétique

Inventaire classique :
Détection sur 7 sites
Inventaire ADNe :
Détection sur 38 sites
1er modèle vertébré
ADNe 2,5 fois plus rapide et 2,5 fois moins
coûteuse qu’un inventaire classique
✓ Etude comparative pour l’inventaire de la Grenouille taureau (Lithobates catesbeianus)

44%76%
75%99.3%
✓ Etude comparative pour l’inventaire du Triton crêté (Triturus cristatus)

✓ Etude pour l’inventaire Poisson chat géant (Pangasianodon gigas) sur le Mékong

✓ Etude comparative de la diversité en Amphibiens
Inventaire classique 58 %Metabarcoding ADNe 97 %
4 passages par inventaire
classique
1 passage par Metabarcoding
ADNe
>
=

1 campagne ADNe 10 ans de suivi par Pêches électriques=
Détermination de la richesse spécifique
✓ Etude des peuplements piscicoles du Rhône

✓ Etude comparative pour l’inventaire des Bivalves

Mise au point des méthodes ADNe Metabarcoding pour l’inventaire de la biodiversité en milieu marin

✓ Etude comparative de la diversité en Poissons marins
Mise au point des méthodes ADNe Metabarcoding pour l’inventaire de la biodiversité en milieux marins

Mise au point des méthodes ADNe Metabarcoding pour l’inventaire de la biodiversité en milieux marins
Explorations de Monaco 2017 – 2021

Avantages et Limites
Les avantages des technologies ADNe
❑ Méthode standardisée et reproductible
❑ Très bonne détectabilité des espèces (dont les espèces rares et cryptiques)
❑ Facilité de mise en œuvre sur le terrain
❑ Gain de temps et diminution des coûts d’inventaire
❑ Limite les risques d’introduction de pathogènes ou d’EEE
❑ Non invasif sur le milieu
❑ Possibilité de travailler sur plusieurs groupes taxonomiques à partir d’un
même échantillon
Expertises VigiDNA®
Pêche électrique

Avantages et Limites
Limites de la méthode ADNe
Expertises VigiDNA®
Pêche électrique
L’ADN environnemental est un outil complémentaire aux méthodes d’inventaire classiques
❑ Ne permet pas d’estimer la taille d’une population
❑ Pas d’informations sur les individus (taille, âge, sexe, stade de développement,
etc.)
❑ Ne peut pas différencier les hybrides

Les applications
Les applications des technologies ADNe
❑ Inventaires et suivis de biodiversité
❑ Veille environnementale, dont la détection précoce des espèces invasives,
pathogènes et virus.
❑ Suivis règlementaires - Code de l’Environnement :
➢ Etats initiaux
➢ Etudes d’incidences Natura 2000
➢ Etudes d’impacts
➢ Suivis des mesures de la séquence ERC (Eviter - Réduire - Compenser)
➢ Suivis continuité écologique (Trame Verte et Bleue)
➢ …

Perspectives - Observatoire de la Biodiversité
Contexte et enjeux :
✓ Perte rapide de biodiversité au niveau mondial
✓ Besoin d’outils de suivi fiables permettant de « mieux connaître pour mieux préserver » et d’étudier la
biodiversité dans son ensemble à grande échelle
✓ Nécessité d’avoir des méthodes standardisées pour pouvoir comparer les données à l’échelle mondiale
Projet ALIVe (All Life Inventory Via eDNA)

Projet ALIVe : All Life Inventory Via eDNA (2018 – 2021 ; Budget total : 723 K€)
➢ Standardiser les méthodes d’inventaire de la biodiversité basées sur l’ADNe
→ Pouvoir comparer les données à l’échelle mondiale
➢ Mobiliser les outils du numérique pour favoriser le partage de l’information
→ améliorer les connaissances sur la biodiversité & agir rapidement lors de la détection d’espèces à enjeux
➢ Concevoir de nouveaux indicateurs de biodiversité
→ évaluer et suivre l’état de santé des écosystèmes à l’échelle mondiale

Projet ALIVe : All Life Inventory Via eDNA (2018 – 2021 ; Budget total : 723 K€)
➢ A partir 2021 : Réseau mondial de surveillance de la biodiversité
➢ 5 thématiques
✓ Changement climatique
✓ Impacts anthropiques
✓ Invasions biologiques
✓ Ecosystèmes menacés
✓ Santé
➔ Proposition de Solutions / Actions / « Bonnes pratiques »
…

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