Mercredi 15 mai, le bureau du soutien à l'exportation de la DAEI (direction des affaires européennes et internationales) du MTES a organisé une conférence pour mettre en avant le savoir-faire des sociétés ARGALY et SPYGEN dans le domaine de l'ADN Environnemental. Voici la présentation de l'expérience de la société ARGALY dans ce domaine. https://www.linkedin.com/pulse/ladn-environnemental-une-r%C3%A9volution-pour-la-en-bruno-rakedjian/
2. Plandelaprésentation
• Présentation de notre société
• Utilisation de l’outil ADNe en milieu terrestre
• Cas d’études
• Limites de l’outil ADNe
• Perspectives
• Questions (30 min)
4. Quisommesnous?
AGIR
Etre acteur de
l’évaluation et de
la préservation
de la biodiversité
ACCOMPAGNER
Aider, être à l’écoute
des structures qui
peuvent bénéficier de
l’outil ADNe
TRANSMETTRE
Faire connaitre et
enseigner la
méthode ADNe
Notre contribution
5. Quisommesnous?
Notre contribution
AGIR
Etre acteur de
l’évaluation et de
la préservation
de la biodiversité
ACCOMPAGNER
Aider, être à l’écoute
des structures qui
peuvent bénéficier de
l’outil ADNe
TRANSMETTRE
Faire connaitre et
enseigner la
méthode ADNe
Notre offre
Analyses ADNe
milieux terrestres
Recherche et
développement
Expéditions terrain Formation /
Enseignement
6. Nosprojets
Nos prestations de service
- Analyses de régimes alimentaires (oiseaux, cervidés, campagnols)
- Identification d’acariens du sol (lutte biologique)
- Analyse floristique à partir de pollen
- Aide au montage de laboratoires pour extraction ADNe à partir de sédiments et fèces
- Formation à l’outil ADNe pour des bureaux d’études
- Enseignements à des étudiants de Master en écologie
7. Nosprojets
Nos prestations de service
Nos projets R&D
- Analyses de régimes alimentaires (oiseaux, cervidés, campagnols)
- Identification d’acariens du sol (lutte biologique)
- Analyse floristique à partir de pollen
- Aide au montage de laboratoires pour extraction ADNe à partir de sédiments et fèces
- Formation à l’outil ADNe pour des bureaux d’études
- Enseignements à des étudiants de Master en écologie
- Variabilité saisonnière de la détection d’une plante protégée
- Détectabilité des serpents
- Détection des mammifères par les échantillonneurs environnementaux
- ADNe du sol et bioindication
8. Utilisationdel’outilADNeenmilieuterrestre
Symposium Microbiologie
des sols Français
(18/01/19 – MNHN Paris)
- Importance de considérer le sol comme vivant - réservoir de biodiversité
Foisonnement d’organismes
• Faune: 1-5 T/ha
• Champignons: 3,5 T/ha
• Bactéries: 1,5 T/ha
104
– 106
génotypes bactériens / g sol
Besoin de méthodes pour mesurer la biodiversité / l’activité
biologique des sols et établir des indicateurs
12. ADNe: Surreprésentation des plantes herbacées
Botanique: Surreprésentation des ligneux
A considérer dans l’interprétation des résultats
Casd’étude1–Preuvedeconceptdumetabarcodingchezlesplantes
Proportiondanslesinventairesbotaniques
Proportion dans les inventaires ADNe
Ligneux
P=0,01 Graminées
P<0,001
Herbacées
P<0,001
14. Casd’étude2–Utilisationdesterresetcommunautésdeversdeterre
Metabarcoding ADN Inventaire traditionnel
Analyse multidimensionnelle des dissimilarités sur les communautés observées
X Plantation de mélèzes
✱ Taillis de bouleaux
Pâturage
variables explicatives
significatives
variables explicatives non
significatives
L’ADNe permet de suivre l’évolution de groupes taxonomiques bioindicateurs
17. Détection des mammifères
o Difficile à partir de sol
o Collecte fèces /poils aléatoire
Echantillonneurs environnementaux
Casd’étude4– Analyseéchantillonneursenvironnementaux
20. - Faux positifs: espèces détectées alors qu’elles ne sont pas présentes
Amorces non adaptées
Echantillonnage non optimal
Protocole d’extraction inefficace
Base de références incomplète
Quantité d’ADN des organismes cibles trop faible
Non-spécificité des amorces
Biais et erreurs de PCR et séquençage
Contaminations (terrain / laboratoire)
Base de références non fiable
Persistance de l’ADN après la mort de l’organisme
- Faux négatifs: espèces non détectées alors qu’elles sont présentes
Importance de considérer ces risques potentiels avant et pendant l’étude !
Leslimitesdel’outilADNe
21. Leslimitesdel’outilADNe
• Résolution taxonomique :
- Amorces généralistes
- Bases de références incomplètes ou erronées
• ADN du sol: seulement ADN de plantes et d’organismes du sol
• Information quantitative : à quoi correspond l’abondance des séquences ?
• Estimation des tailles de population
• Pas d’information sur les individus (âge, sexe, stade de développement, taille).
ou ?
Complémentarité des méthodes ADNe et de terrain
22. Lesperspectivesdel’outilADNe
Futur du metabarcoding ?
Stratégies alternatives
- Shotgun
- Capture par hybridation
Bases de références nouvelle génération
(Génome skimming)
Exemples: PhyloAlps / AquaDNA
Approche «taxonomy-free»
Biomonitoringhautdébit
Versunemeilleure
résolutiontaxonomique
Combinaison de marqueurs
Nouvellestechnologiesdeséquençage
Utilisable sur le terrain, coût modéré
MinION ® Vers une standardisation des méthodes?
Exemple:
23. Lesperspectivesdel’utilisationdel’outilADNe
• Simplification et standardisation de l’échantillonnage
• coûts et délais de séquençage nombre d’études et rapidité d’obtention des résultats
• Accès à des groupes taxonomiques ignorés aujourd’hui
Ere du BIG DATA de la biodiversité
Suivis dans le temps et dans l’espace, à grande échelle, standardisés
Meilleure connaissance et gestion de la biodiversité