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Conférence sur l'ADNe : introduction d'Argaly et Spygen
- 1. L’outil ADN environnemental Au service de l’évaluation de la biodiversité
- 2. Introduction Contexte Vers une 6ème extinction de masse? Besoin d’inventaires taxonomiques haut débit
- 3. Introduction Inventaires d’espèces traditionnels Inventaires basés sur l’identification moléculaire (ADN) Reposent sur l’identification morphologique • Expertise • Impossible à certains stades biologiques • Parfois subjectifs Standardisation difficile entre groupes Parfois coûteux à cause du temps passé sur le terrain ou des technologies utilisées Différenciation difficile!
- 4. Introduction « ADN pouvant être extrait à partir d'échantillons environnementaux sans avoir besoin d'isoler au préalable d’individus cibles » (Taberlet et al. 2012) ADN libéré dans l’environnement par l’intermédiaire de fèces, d’urine, de gamètes, de mucus, de salive, etc. Définition de l’ADN environnemental
- 5. Introduction Historique de l’ADNe 0 2000 4000 6000 8000 10000 12000 1985 1995 2000 2005 2010 20151990 Microbiologie Première référence Reconstruction paléocommunautés Détection dans l’eau Régimes alimentaires Forte croissance études ADNe macroorganismes Première étude metabarcoding Nb publications ADNe / an
- 6. Introduction ADNe Barcoding : étude d’une espèce cible Deux approches possibles qPCRExtraction d’ADN Polymerase Chain Reaction en temps réel Présence / absence espèce cible Amplification avec un couple d’amorces spécifique Fluorescence Nombre de cycles
- 7. Introduction ADNe Metabarcoding : étude de l’ensemble des espèces d’un groupe taxonomique donné Deux approches possibles Séquençage Nouvelle Génération Liste d’espèces présentes Base de données référence PCRExtraction d’ADN Polymerase Chain Reaction Amplification avec un couple d’amorces universelles
- 8. Introduction Information fournie par le metabarcoding Chartreuse Grenoble Espèce Séquence ADN Site 1 Site 2 Site 1 Site 2 Aporrectodea icterica catcttaatgaagactaaaacttcactaaa 836954 649677 834031 1359355 Aporrectodea longa tattttaacaaaaacccaaaaattttcaataaa 2 6 244463 271829 Aporrectodea sp cattttaataaaaattataaattttactaaa 0 0 236024 236678 Octolasion cyaneum cattttaatagaagcttactattctaataaa 468462 3823 0 2 Lumbricus terrestris aatttaaataaatataaaaaatttactaaa 0 0 174286 143682 Octolasion tyrtaeum cattttaatagaaaaataatatcctaataaa 306476 0 0 2 Lumbricus castaneus aatttaaataaatataaaaaaatttactaaa 0 0 56 131001 Aporrectodea longa tattttaacaaaacccaaaaattttcaataaa 2469 105312 159 145 Allobophora chlorotica cattttaataaagatataaactttactaaa 0 0 51953 43196 Aporrectodea caliginosa tattttaataaaaaaatataaatttttaataa 0 23005 0 0 Exemple des vers de terre : liste d’espèces et nombre de séquences correspondantes
- 9. Introduction L’ADN environnemental exige des contrôles qualités très élevés sur l’ensemble des procédés mis en œuvre : Protocoles et matériels d’échantillonnage Protocoles d’analyse laboratoire et Bioinformatique Equipement et organisation des laboratoires Des exigences qualité poussées