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les signes de qualité»
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Détermination de l’origine
Idée: L'environnement a un effet sur le
les micro-éléments présents sur l’aliment

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PCR-DGGE
Aliment

Extraction des ADN
totaux (animaux,
végétaux, microbiens,
viraux)

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Amplicons de même taille
Bactérie 1
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Pangasiculture dans le delta du Mékong
Photos J. Lazard
Empreintes DGGE des bactéries issues de poissons péchés
dans différentes fermes à la saison des pluies eu Vietnam

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Profils DGGE des 26S rADN de différentes variétés de Physalis
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Analyse factorielle de variance des profils des bandes 26S rADN de
différentes variétés de Physalis de 4 régions d’Egypte
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DGGE de souches pures de
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Discrimination des aliments Bio des autres
pratiques culturales par analyse globale des
microorganismes par PCR-DGGE: Appl...
Analyse factorielle (ACP
à la française) des profils
DGGE de levures (ADNr
26S) à partir de pêches
du verger ou récupérées...
Analyse par Cluster des
profils génétiques bactériens
(ADNr 16S) de cafés du
Mexique
(Biologiques et
conventionnels)

Prof...
Conclusions

- Les traitements appliqués aux aliments ont une influence sur leur écologie
microbienne
- Variations de l’éc...
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géographique des aliments ou discriminer les procédés
alimentaires : Ap...
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Authentification de l’origine des produits. Didier MONTET (CIRAD - UMR Qualisud)

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Outil moléculaire global pour déterminer l’origine géographique des aliments ou discriminer les procédés alimentaires : applications aux poissons d'aquaculture et aux fruits. Authentification de l’origine des produits.

  1. 1. Atelier « Authentification de l’origine géographique : intérêt pour les signes de qualité» Outil moléculaire global pour déterminer l’origine géographique des aliments ou discriminer les procédés alimentaires : Applications aux poissons d'aquaculture et aux fruits Montet Didier, El Sheikha Aly, Le Nguyen Doan Duy, Leesing ratanaporn, Bigot Céline, Meile J-Christophe didier.montet@cirad.fr
  2. 2. Détermination de l’origine Idée: L'environnement a un effet sur le les micro-éléments présents sur l’aliment Micro-organismes Algues Insectes (entiers ou non) Résidus chimiques Métaux lourds Isotopes ...
  3. 3. PCR-DGGE Aliment Extraction des ADN totaux (animaux, végétaux, microbiens, viraux) Amplicons d’ADN bactérien de même taille (236 pb) mais différents par la séquence Amplification spécifique des ADN bactériens de régions variables du gène de l’ARNr 16S par PCR Séparation des ADN par DGGE Analyse comparative des séquences et détermination
  4. 4. Amplicons de même taille Bactérie 1 Bactérie 2 Bactérie 3 GCCGGC ATGC CGGCCG TACG GC clamp
  5. 5. Pangasiculture dans le delta du Mékong Photos J. Lazard
  6. 6. Empreintes DGGE des bactéries issues de poissons péchés dans différentes fermes à la saison des pluies eu Vietnam Chau Phu An Phu Chau Doc L. plantarum E. coli
  7. 7. CP1-R CP2-R CP3-R CP4-R CP5-R CP1-D CP2-D CP3-D CP4-D CP5-D R: Saison des pluies D: Saison sèche L. plantarum E. coli Profil DGGE des bactéries des poissons issues de la même ferme à deux saisons différentes (CP: Chau Phu)
  8. 8. 8 6 AP: An Phu AP5-R AP4-R AP3-R AP2-R AP1-R AP5-D AP4-D AP3-D AP2-D AP1-D 4 CD: Chau Doc CD5-R CD4-R CD3-R CD2-R CD1-R 2 TC: Tan Chau CD5-D CD4-D CD3-D CD2-D CD1-D 0 TC5-R TC4-R TC3-R TC2-R TC1-R -2 CP5-R CP4-R CP3-R CP2-R CP1-R TC5-D TC4-D TC3-D TC2-D TC1-D Dimension 2 : 26.40% variances -4 CP5-D CP4-D CP3-D CP2-D CP1-D CP: Chau Phu -6 -8 -12 -10 -8 -6 -4 -2 0 2 4 6 8 10 Dimension 1 : 46.24% variances Analyse factorielle des profils DGGE des bactéries des poissons de 4 districts différents de la province de Angiang au Vietnam à la saison des pluies et à la saison sèche R: Saison des pluies ; D: Saison sèche
  9. 9. Profils DGGE des 26S rADN de différentes variétés de Physalis de 4 régions d’Egypte 1 2 3 4 1 2 3 4 1 2 3 4 1 2 3 4 Q Q: Qalyoubia M: Minufiya B: Beheira A: Alexandria (1,2) Fruits with husk; (3,4) Fruits without husk M B A
  10. 10. Analyse factorielle de variance des profils des bandes 26S rADN de différentes variétés de Physalis de 4 régions d’Egypte Minufiya Beheira Alexandria Qalyoubia
  11. 11. DGGE de souches pures de moisissures 1 Penicillium roquefortii 2 Cladosporium musae CMR55 3 Cladosporium musae C62 4 Fusarium avenaceum 5 Fusarium osyporum 6 Mucor racemosus 7 Aspergillus ochraceus 8 Aspergillus carbonarius 9 Aspergillus bombycis 10 Aspergillus nomius 549
  12. 12. Discrimination des aliments Bio des autres pratiques culturales par analyse globale des microorganismes par PCR-DGGE: Application aux nectarines Facteurs impactant les flores microbiennes - Peu de produits chimiques (…cides/fertilisants) - Pas d’OGM - Contrôle biologique (Bacillus thuringiensis) - Fertilisants organiques 12
  13. 13. Analyse factorielle (ACP à la française) des profils DGGE de levures (ADNr 26S) à partir de pêches du verger ou récupérées dans des plateaux de la coopérative et issues de trois types d’agriculture Profils DGGE d’ADN levuriens extraits de pêches récupérées dans des plateaux ou dans le verger de la coopérative Analyse par Cluster des profils génétiques levuriens (ADNr 26S) de pêches du verger ou récupérées dans des plateaux de la coopérative et issues de trois types d’agriculture 13
  14. 14. Analyse par Cluster des profils génétiques bactériens (ADNr 16S) de cafés du Mexique (Biologiques et conventionnels) Profils DGGE d’ADN bactériens extraits de graines de cafés verts du Mexique (Biologiques et conventionnelles) Analyse factorielle (ACP à la française) des profils DGGE de bactéries (ADNr 16S) de cafés du Mexique (Biologiques et conventionnels) 14
  15. 15. Conclusions - Les traitements appliqués aux aliments ont une influence sur leur écologie microbienne - Variations de l’écologie microbienne sur les aliments est mesurable par une technique d’approche globale La discrimination des aliments en fonction des itinéraires techniques est donc possible 15
  16. 16. Outil moléculaire global pour déterminer l’origine géographique des aliments ou discriminer les procédés alimentaires : Applications aux poissons d'aquaculture et aux fruits Questions didier.montet@cirad.fr

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