Présentation du projet de recherche réalisé au Biodôme de Montréal avec le soutien de l'Université de Clermont-Ferrand et l'IUT des Cezeaux.

1. 24/08/2011
DERESON Sébastien.

2. 2
SOMMAIRE
INTRODUCTION :
La phyllosphère.
COLLECTE DES ECHANTILLONS.
METHODES D’EXTRACTION.
TECHNIQUE D’ENSEMENCEMENT.
OBSERVATION MACROSCOPIQUE.
Observation des cultures.
Recherche de la faune.
OBSERVATION MICROSCOPIQUE.
Scotch® Test.
Etats Frais.
DISCUSSION.
CONCLUSION PERPECTIVES.

3. 3
INTRODUCTION
AOUT 2010
Découverte de dépôts sur certaines plantes
de la Foret Tropicale du Biodôme.
SEMPTEMBRE 2010 :
Recherche théorique :
Hypothèse : Présence d’une maladie ?
Premières observations des dépôts à la loupe
binoculaire.
Présence de nombreux organismes.
Conclusion : Découverte d’une phyllosphère.
11 AVRIL 2011 :
Identification des organismes
présents sur 4 échantillons de feuilles.
CREATION DU PROJET PHYLLOSPHERE

4. 4
INTRODUCTION
La phyllosphère.
Micro environnement localisé sur les feuilles, tiges, bourgeons
et les fruits des plantes.
3 Catégories d’organismes:
Bactéries &
Levures
Champignons
filamenteux
Algues Invertébrés
Bryophytes
épiphylles.
Epiphylles Epiphytes Endophytes
Insectes.

5. 5
COLLECTE DES ECHANTILLONS
FIGURE 5

6. 6
COLLECTE DES ECHANTILLONS
8 cm
19,5 cm
14,5 cm
44 cm
Spathiphyllum freidrichsthalii.
Dieffenbachia spp.
5 Dépôts.
3 Dépôts.
FIGURE
6-7
Echantillon 2.
Echantillon 1.

7. 7
COLLECTE DES ECHANTILLONS
23 cm
6 cm
DESSUS
Psidium cattleianum.
3 Dépôts.
DESSOUS
8 cm
6 cm
DESSUS
Psidium guayava.
5 Dépôts.
DESSOUS
FIGURE
8-9
Echantillon 3.
Echantillon 4.

8. 8
METHODES D’EXTRACTION
Gravité.Par Vortex®.
Prélèvement du dépôt.
Mise en suspension dans
5 mL d’eau nanopure.
Agitation 10 secondes à la
main.
Transfert du surnageant et
du sédiment .
Agitation 10 secondes au
vortex®
Obtention d’une
suspension verte.
Par ultrason.
Agitation 10 secondes aux
ultrasons
Obtention d’une
suspension verte opaque.
A partir du dépôt vert de Spathiphyllum freidrichsthalii

9. 9
METHODES D’EXTRACTION
Résultats :
Surnageant Sédiment
Par gravité Par gravité
Au vortex® Aux ultrasons

10. 10
TECHNIQUE D’ENSEMENCEMENT
Utilisation du milieu HATCHER.
Prélèvement du dépôt.
Ensemencement du milieu.
Incubation à 22°C pendant 4 semaines.

11. 11
OBSERVATION MACROSCOPIQUE
Observations des cultures. Loupe binoculaire
FIGURE
15
Identifcation avec une base de donnée
X50 X50
X50 X25
1 vert 1 marron
2 Nervure3 Blanc
Cribraria spp. Physarum spp.
Chlorophyta spp. Metatrichia floriformis
MYXOMYCETE.
ALGUE
VERTE.

12. 12
OBSERVATION MACROSCOPIQUE
Recherche de la faune.
Spathiphyllum freidrichsthalii. Dieffenbachia spp. Psidium cattleianum.
Psidium guayava. Psidium guayava.
Acari spp Planococcus citri
Pseudococcus affinis
Amblyseius spp
Wasmannia auropunctata
FIGURE
13

13. 13
OBSERVATION MICROSCOPIQUE
Scotch® Test.
Opercule du
sporange.
Pédicelle.
Observation au microscope optique.
FIGURE
12-16
Organes de
fructification
= Sporange
sporangiophore
Spathiphyllum freidrichsthaliiPsidium cattleianum
Lame 5. Lame 13.Lame 4.
Champignons filamenteux ?
X60 X60 X60

14. 14
OBSERVATION MICROSCOPIQUE
Etats-Frais. Observation au microscope optique X60.
Chlorophyta spp.
Metatrichia floriformisCribraria spp.
FIGURE
17
Algue verte.
Myxomycete.
Observation de Rotifères.
Ulothrix spp.

15. 15
DISCUSSION
Identification trop simpliste.
Réaliser des extractions d’ADN des
organismes observé et réaliser un
séquençage ADN.
Comparaison des amplicons par un BLAST.
Absence de détection de bryophytes.
Absence de bryophytes sur les échantillons.
Absence d’ensemencement des bryophytes.
Mauvaise identification.
Le milieu de culture et les methodes
de détection ont permis de détecté
des organismes qui étaient pas
recherché au départ.
Realiser le même protocole sur plusieurs
échantillons de feuilles
de la Forêt Tropicale

16. 16
CONCLUSION - PERPECTIVE
La phyllosphère de la Forêt Tropical du Biodôme de Montréal est un micro-
habitat complexe.
Beaucoup d’aspects encore inconnus.
Plusieurs pistes de nouveaux sujets
Etude des rotifères.
Recherche plus poussé des bryophytes épiphylles.
Dénombrement des insectes.
Etc…
Perspective génomique :
Métagénome de la phyllosphère de la Forêt Tropical
Amazonienne.

17. 17
REMERCIMENTS