Dotée de 5 millions d’euros pour la période 2012-2020, la Fondation participe au financement de projets de proximité qui sont proposés par des associations, entreprises ou établissements publics de recherche implantés dans l’un des six départements concernés par le tracé de la ligne à grande vitesse : Indre-et-Loire, Vienne, Deux-Sèvres, Charente, Charente-Maritime et Gironde. Depuis 2013 et ce sont près de 50 journées de formation qui ont été organisées par les structures engagées. Les actions aidées par la Fondation sont complémentaires des engagements réglementaires déjà pris par LISEA, COSEA et SNCF Réseau, et viennent en sus des mesures compensatoires du projet. La fondation s'est tourné vers 3 axes : améliorer les connaissances naturalistes, protéger les espèces et leurs habitats, sensibiliser et former les acteurs du territoire.