Projet génome de Plasmodium: Approches utilisées et résultats attendus - Présentation de la 6e édition du Cours international « Atelier Paludisme » - KARENZO Jeanne et LABOUDI Majda
Tous les projets de la journée de l'innovation HUG 2013.
Prof. Didier Pittet, Président du Jury
Suisse ou Silicon Valley :
quel modèle choisir pour innover?
Xavier Comtesse, directeur romand, Avenir Suisse
A Genève? Campus BIOTECH dans le contexte des Sciences de la vie
Benoît Dubuis, directeur opérationnel du «Wyss Center for Bio and Neuroengineering»
Vintage Session, follow-up de projets innovants
Nicolas Mach - Oncologie médicale, HUG
Oliver Hartley - Fondation Mintaka
Olivier Richoz et Fahrad Hafezi - EMAGine SA
Victor Dubois-Ferrière - KiOP
20171123 3 intégration des résultats d'examens terr-e_santé_séminaire interop...ASIP Santé
Intégration des résultats d'examens dans la plateforme Terr-Esanté - Retour d'expérience
Présentation dans le cadre du Séminaire Interopérabilité - 23 novembre 2017 - Le Generator
Student Project - Accurate Computer-assisted Cell Culture using UltrasoundsYoann Pageaud
Cell culture describes all techniques allowing cells growth and division in an ex-vivo controlled environment, to conduct experimentations on these cells. Recent development of new technologies such as 3D printing or microfluidics have given rise to new approaches in various fields of biology, especially bioinformatics, biotechnologies and biophysics, with direct applications in cell culture.
However, these protocols are often associated to a very random yield, depending directly on the accuracy of the handling performed by a human experimenter.
This project aims at using current knowledges coming from these three fields, in order to offer an innovative multidisciplinary approach minimizing the introduction of handling errors in existing cell culture protocols, and to propose a novel techniques of 3D cell culture combining robotics, ultrasounds and optical microscopy.
For this purpose, studies on the effects of ultrasounds on cells will be conducted. A computer program allowing the management of ultrasonic transmitters in synergy with optical cameras to apply a cell culture protocol and evaluate its efficiency, will be developed. Finally, a robot using this program, with the required tools for handling cell culture, will be built.
Les nanotechnologies désignent les technologies qui exploitent les propriétés uniques de minuscules particules dont la taille est de l’ordre du nanomètre (millionième de millimètre).
Les nanotechnologies représentent un marché en rapide expansion ; on les utilise déjà dans une variété de technologies et de produits de consommation. (Cliquer ici pour obtenir une liste de tels produits)
Cependant, les matériaux contenant des nanoparticules peuvent être préoccupants pour la santé humaine et l’environnement, et il convient d’évaluer les risques induits par ces matériaux récemment développés.
Les méthodologies qui existent pour évaluer ces risques sont-elles appropriées ?
Projet génome de Plasmodium: Approches utilisées et résultats attendus - Présentation de la 6e édition du Cours international « Atelier Paludisme » - KARENZO Jeanne et LABOUDI Majda
Tous les projets de la journée de l'innovation HUG 2013.
Prof. Didier Pittet, Président du Jury
Suisse ou Silicon Valley :
quel modèle choisir pour innover?
Xavier Comtesse, directeur romand, Avenir Suisse
A Genève? Campus BIOTECH dans le contexte des Sciences de la vie
Benoît Dubuis, directeur opérationnel du «Wyss Center for Bio and Neuroengineering»
Vintage Session, follow-up de projets innovants
Nicolas Mach - Oncologie médicale, HUG
Oliver Hartley - Fondation Mintaka
Olivier Richoz et Fahrad Hafezi - EMAGine SA
Victor Dubois-Ferrière - KiOP
20171123 3 intégration des résultats d'examens terr-e_santé_séminaire interop...ASIP Santé
Intégration des résultats d'examens dans la plateforme Terr-Esanté - Retour d'expérience
Présentation dans le cadre du Séminaire Interopérabilité - 23 novembre 2017 - Le Generator
Student Project - Accurate Computer-assisted Cell Culture using UltrasoundsYoann Pageaud
Cell culture describes all techniques allowing cells growth and division in an ex-vivo controlled environment, to conduct experimentations on these cells. Recent development of new technologies such as 3D printing or microfluidics have given rise to new approaches in various fields of biology, especially bioinformatics, biotechnologies and biophysics, with direct applications in cell culture.
However, these protocols are often associated to a very random yield, depending directly on the accuracy of the handling performed by a human experimenter.
This project aims at using current knowledges coming from these three fields, in order to offer an innovative multidisciplinary approach minimizing the introduction of handling errors in existing cell culture protocols, and to propose a novel techniques of 3D cell culture combining robotics, ultrasounds and optical microscopy.
For this purpose, studies on the effects of ultrasounds on cells will be conducted. A computer program allowing the management of ultrasonic transmitters in synergy with optical cameras to apply a cell culture protocol and evaluate its efficiency, will be developed. Finally, a robot using this program, with the required tools for handling cell culture, will be built.
Les nanotechnologies désignent les technologies qui exploitent les propriétés uniques de minuscules particules dont la taille est de l’ordre du nanomètre (millionième de millimètre).
Les nanotechnologies représentent un marché en rapide expansion ; on les utilise déjà dans une variété de technologies et de produits de consommation. (Cliquer ici pour obtenir une liste de tels produits)
Cependant, les matériaux contenant des nanoparticules peuvent être préoccupants pour la santé humaine et l’environnement, et il convient d’évaluer les risques induits par ces matériaux récemment développés.
Les méthodologies qui existent pour évaluer ces risques sont-elles appropriées ?
Revue "What's Up Doc" n°28 - Septembre Octobre 2016
Grâce à une équipe de chirurgiens viscéraux de Poitiers, la simu chirurgicale passe au niveau supérieur avec des cadavres revascularisés et ventilés adaptatifs ! La technique, encore en phase de perfectionnement, obtient des premiers retours enthousiastes.
Les modules haute-fidélité peuvent aller se rhabiller, la simulation hyperréaliste en chirurgie est arrivée ! SimLife repose sur l’utilisation de corps frais préparés, perfusés par une pompe injectant du liquide dans la circulation de manière pulsatile et ventilés comme des patients (vivants). L’équipe du laboratoire d’Anatomie, Biomécanique et Simulation du CHU de Poitiers, sous la direction du Pr Jean-Pierre Richer, travaille depuis 3 ans sur ce projet.
rhabiller, la simulation hyperréaliste en chirurgie est arrivée ! SimLife repose sur l’utilisation de corps frais préparés, perfusés par une pompe injectant du liquide dans la circulation de manière pulsatile et ventilés comme des patients (vivants). L’équipe du laboratoire d’Anatomie, Biomécanique et Simulation du CHU de Poitiers, sous la direction du Pr Jean-Pierre Richer, travaille depuis 3 ans sur ce projet.« Les internes sont formés sur pelvi-trainers et animaux avant d’opérer, mais on est très loin du bloc, il manque une étape », explique le Pr Jean-Pierre Faure, co-responsable de l'école de chirurgie de l'Université de Poitiers. La dissection sur cadavre n’est pas considérée comme de la simulation, c’est l’apprentissage de l’anatomie de base, car l’état des tissus ne correspond pas à la réalité d’un chirurgien. « Une simulation avec SimLife, c’est un peu la grand-messe de la répétition générale pour un jeune ! »
(...)
http://www.reseauprosante.fr/
Résultats
La Classification Commune des Actes Médicaux (CCAM) (utilisée pour l’exploitation des
données de la CPAM par l’ARS) est très complexe :
Il existe 16 codes pour « embolisation », 13 pour « dilatation »…
Chiffres « du terrain » (recueillis par les référentes régionales de la FRI) :
Non exhaustifs ;
4000 actes endo-vasculaires ; 5277 gestes guidés par l’imagerie (hors ostéoarticulaire)
; 9268 gestes en Radiologie Interventionnelle ostéo-articulaire (62 % sous
TDM ; prédominant en libéral).
Chiffres de l’ARS :
Largement dominés par la sclérothérapie (25 000 avec des cotations pour la
radiofréquence ; activité importante à récupérer pour les jeunes selon le Pr Vernhet-
Kovacsik car bien cotée) ;
A noter 1326 thermo-coagulations, gestes souvent réalisés par des non radiologues
(des neurochirurgiens pour ne pas les citer dans le cas des rhizolyses par radiofréquence).
reseauprosante.fr
Catalogue logiciels "bio-informatique et outils numériques"Inria
Le 11 février dernier, Inria, en partenariat avec Lyonbiopôle, a organisé une Rencontre Inria Industrie sur le thème "Bio-informatique et outils numériques pour les produits de santé". Après une matinée consacrée à des conférences, les participants ont pu découvrir les 25 démonstrations animées par des chercheurs Inria et 5 de leurs partenaires académiques et industriels. Consultez le catalogue présentant les logiciels Inria sur la thématique.
2013-05 SFIL "Intérêt d'adopter le format structuré HL7 CDA R2 niveau 3 pour ...ASIP Santé
Intérêt d'adopter le format structuré HL7 CDA R2 niveau 3 pour faciliter la qualification des communications externes présenté par François Macary (ASIP Santé) lors du Congrès de Vittel des 14 au 16 mai 2013 organisé par la SFIL
Nanotechnologies : enjeux et opportunités - Publication Kamitis janvier 2014KAMITIS
Les nanotechnologies ont ainsi été identifiées comme des « Key Enabling Technologies » (KET) au niveau européen. Elles constituent donc un levier d‘innovation majeur dans de nombreux secteurs industriels, pouvant apporter des réponses concrètes aux besoins de notre société : La préoccupation grandissante pour l’environnement, la quête du meilleur rendement énergétique, la réduction de la consommation dans un contexte de plus en plus énergivore, les inquiétudes face à la sécurité, à la gestion et au traitement de l’information et des contenus, ou encore les questions de santé, devenues incontournables aujourd’hui.
Cette publication fait le point sur quelques recherches et applications dans ce domaine et résume les enjeux, les opportunités ainsi que l’impact de ces développements sur notre futur :
Nicolas FELTIN, responsable de la plateforme CARMEN et Thomas NAPPEZ, co-fondateur et directeur commercial de Nanothinking nous expliquent l’engouement actuel autour des nanomatériaux et le vaste champ d’applications que l’on peut en attendre.
Stéphane DANIELE co-fondateur et directeur technique de la société Lotus Synthesis, nous parle de la synthèse de nanoparticules en solution par procédé (Sol-Gel) suivant une approche soucieuse de la sécurité et de l’environnement.
Magali PHANER-GOUTORBE, Professeure des Universités à l’Ecole Centrale de Lyon, nous présente ses recherches basés sur la microscopie à force atomique (AFM) et visant la caractérisation, l’observation et la mesure des propriétés physico-chimiques des nanomatériaux.
François LUX, chercheur au LPCML (Laboratoire de Physico-Chimie des Matériaux Luminescents), nous démontre que c’est en médecine que la convergence entre nanotechnologies et biotechnologies prend tout son sens. Ses travaux illustrent les efforts dans ce domaine et laissent présager de nombreux bénéfices.
Fabrice CHARRA, Responsable du LEPO (Laboratoire d'Electronique et nanoPhotonique Organique) et directeur de recherche au CEA, nous décrit les efforts entrepris pour la conception et le développement de nano-objets offrants des fonctions photoniques innovantes.
Enorme thread Twitter sur les vaccins de la part de Florian Krammer, microbiologiste à NY.
Très difficile à résumer, traduit pour les non anglophones et transféré sur ppt pour plus de lisibilité....
Tout y passe des différentes technologies de vaccin aux essais chez l'animal et chez l'homme.
Les principaux candidats sont discutés.
Ainsi que les problématiques en particulier de la moindre 'prise' des vaccins chez les sujets âgés en général ce qui est quand même la cible prioritaire, et les moyens de faire malgré ça.
Remarquable.
Présentation de la Plateforme d'encapsulation d'ADN - GenopoleGenopole
Développement et mise en place d’une Plate-forme bioindustrielle à très haut débit
d’extraction, de préparation et d’encapsulation d’ADN
Pour une conservation à moyen et long terme
et une distribution à température ambiante
Evry, Essonne, Genopole
Genopole, premier bioparc français dédié à la recherche en génétique, aux biothérapies et aux biotechnologies, rassemble des laboratoires de recherche privés et publics, des entreprises de biotechnologies ainsi que des formations universitaires.
L'Eau : Enjeux et stratégies - publication kamitis juillet 2014KAMITIS
L’eau est une ressource vitale, précieuse et dans certaines régions du monde, elle est rare et source de conflits car elle touche désormais aux questions de sécurité stratégique des nations.
Relativement abondante à l’échelle de la planète, elle reste inégalement répartie, et sa disponibilité, comme sa qualité, font de plus en plus défaut.
Dans ce numéro, nos experts abordent plusieurs domaines relatifs à la gestion de l’eau. Ils nous présentent les différents travaux de recherches qu’ils soutiennent ainsi que les innovations qu’ils portent au sein de leurs structures:
David Cohen-Tanugi, chercheur au département Materials Science and Engineering au Massachusetts Institute of Technology, nous présente ses recherches concernant les technologies des membranes, notamment utilisées pour le dessalement de l’eau ;
Philippe Moulin, président du Club Français des Membranes (CFM), nous parle du CFM et de son positionnement par rapport aux technologies membranaires ;
Edna Nakati, System Marketing Manager chez ITRON, nous décrit les efforts entrepris pour la conception et le développement de systèmes de comptages intelligents ;
Pascal Boulanger, Président fondateur de NaWaTechnologies, nous parle des nouvelles membranes conçues grâce à la nanotechnologie ;
Enfin, Adèle Wudtavee, Chargée de communication chez INDURA, nous présente les travaux réalisés par ce pôle pour soutenir l’innovation dans le domaine de l’hydraulique.
Le traitement en primo-infection à VIH - Christine Rouzioux - Rencontre du Cr...Vih.org
Traitement en Primo-infection à VIH: Intérêt individuel et/ou collectif ?, par Pr Christine Rouzioux, Virologie, CHU Necker, EA 3620, Université Paris Descartes, Paris (France)
Cette présentation a eu lieu dans le cadre de la Rencontre du Crips, organisée avec Vih.org : «La primo-infection VIH: Actualités 2009 et impact sur la prévention»
Revue "What's Up Doc" n°28 - Septembre Octobre 2016
Grâce à une équipe de chirurgiens viscéraux de Poitiers, la simu chirurgicale passe au niveau supérieur avec des cadavres revascularisés et ventilés adaptatifs ! La technique, encore en phase de perfectionnement, obtient des premiers retours enthousiastes.
Les modules haute-fidélité peuvent aller se rhabiller, la simulation hyperréaliste en chirurgie est arrivée ! SimLife repose sur l’utilisation de corps frais préparés, perfusés par une pompe injectant du liquide dans la circulation de manière pulsatile et ventilés comme des patients (vivants). L’équipe du laboratoire d’Anatomie, Biomécanique et Simulation du CHU de Poitiers, sous la direction du Pr Jean-Pierre Richer, travaille depuis 3 ans sur ce projet.
rhabiller, la simulation hyperréaliste en chirurgie est arrivée ! SimLife repose sur l’utilisation de corps frais préparés, perfusés par une pompe injectant du liquide dans la circulation de manière pulsatile et ventilés comme des patients (vivants). L’équipe du laboratoire d’Anatomie, Biomécanique et Simulation du CHU de Poitiers, sous la direction du Pr Jean-Pierre Richer, travaille depuis 3 ans sur ce projet.« Les internes sont formés sur pelvi-trainers et animaux avant d’opérer, mais on est très loin du bloc, il manque une étape », explique le Pr Jean-Pierre Faure, co-responsable de l'école de chirurgie de l'Université de Poitiers. La dissection sur cadavre n’est pas considérée comme de la simulation, c’est l’apprentissage de l’anatomie de base, car l’état des tissus ne correspond pas à la réalité d’un chirurgien. « Une simulation avec SimLife, c’est un peu la grand-messe de la répétition générale pour un jeune ! »
(...)
http://www.reseauprosante.fr/
Résultats
La Classification Commune des Actes Médicaux (CCAM) (utilisée pour l’exploitation des
données de la CPAM par l’ARS) est très complexe :
Il existe 16 codes pour « embolisation », 13 pour « dilatation »…
Chiffres « du terrain » (recueillis par les référentes régionales de la FRI) :
Non exhaustifs ;
4000 actes endo-vasculaires ; 5277 gestes guidés par l’imagerie (hors ostéoarticulaire)
; 9268 gestes en Radiologie Interventionnelle ostéo-articulaire (62 % sous
TDM ; prédominant en libéral).
Chiffres de l’ARS :
Largement dominés par la sclérothérapie (25 000 avec des cotations pour la
radiofréquence ; activité importante à récupérer pour les jeunes selon le Pr Vernhet-
Kovacsik car bien cotée) ;
A noter 1326 thermo-coagulations, gestes souvent réalisés par des non radiologues
(des neurochirurgiens pour ne pas les citer dans le cas des rhizolyses par radiofréquence).
reseauprosante.fr
Catalogue logiciels "bio-informatique et outils numériques"Inria
Le 11 février dernier, Inria, en partenariat avec Lyonbiopôle, a organisé une Rencontre Inria Industrie sur le thème "Bio-informatique et outils numériques pour les produits de santé". Après une matinée consacrée à des conférences, les participants ont pu découvrir les 25 démonstrations animées par des chercheurs Inria et 5 de leurs partenaires académiques et industriels. Consultez le catalogue présentant les logiciels Inria sur la thématique.
2013-05 SFIL "Intérêt d'adopter le format structuré HL7 CDA R2 niveau 3 pour ...ASIP Santé
Intérêt d'adopter le format structuré HL7 CDA R2 niveau 3 pour faciliter la qualification des communications externes présenté par François Macary (ASIP Santé) lors du Congrès de Vittel des 14 au 16 mai 2013 organisé par la SFIL
Nanotechnologies : enjeux et opportunités - Publication Kamitis janvier 2014KAMITIS
Les nanotechnologies ont ainsi été identifiées comme des « Key Enabling Technologies » (KET) au niveau européen. Elles constituent donc un levier d‘innovation majeur dans de nombreux secteurs industriels, pouvant apporter des réponses concrètes aux besoins de notre société : La préoccupation grandissante pour l’environnement, la quête du meilleur rendement énergétique, la réduction de la consommation dans un contexte de plus en plus énergivore, les inquiétudes face à la sécurité, à la gestion et au traitement de l’information et des contenus, ou encore les questions de santé, devenues incontournables aujourd’hui.
Cette publication fait le point sur quelques recherches et applications dans ce domaine et résume les enjeux, les opportunités ainsi que l’impact de ces développements sur notre futur :
Nicolas FELTIN, responsable de la plateforme CARMEN et Thomas NAPPEZ, co-fondateur et directeur commercial de Nanothinking nous expliquent l’engouement actuel autour des nanomatériaux et le vaste champ d’applications que l’on peut en attendre.
Stéphane DANIELE co-fondateur et directeur technique de la société Lotus Synthesis, nous parle de la synthèse de nanoparticules en solution par procédé (Sol-Gel) suivant une approche soucieuse de la sécurité et de l’environnement.
Magali PHANER-GOUTORBE, Professeure des Universités à l’Ecole Centrale de Lyon, nous présente ses recherches basés sur la microscopie à force atomique (AFM) et visant la caractérisation, l’observation et la mesure des propriétés physico-chimiques des nanomatériaux.
François LUX, chercheur au LPCML (Laboratoire de Physico-Chimie des Matériaux Luminescents), nous démontre que c’est en médecine que la convergence entre nanotechnologies et biotechnologies prend tout son sens. Ses travaux illustrent les efforts dans ce domaine et laissent présager de nombreux bénéfices.
Fabrice CHARRA, Responsable du LEPO (Laboratoire d'Electronique et nanoPhotonique Organique) et directeur de recherche au CEA, nous décrit les efforts entrepris pour la conception et le développement de nano-objets offrants des fonctions photoniques innovantes.
Enorme thread Twitter sur les vaccins de la part de Florian Krammer, microbiologiste à NY.
Très difficile à résumer, traduit pour les non anglophones et transféré sur ppt pour plus de lisibilité....
Tout y passe des différentes technologies de vaccin aux essais chez l'animal et chez l'homme.
Les principaux candidats sont discutés.
Ainsi que les problématiques en particulier de la moindre 'prise' des vaccins chez les sujets âgés en général ce qui est quand même la cible prioritaire, et les moyens de faire malgré ça.
Remarquable.
Présentation de la Plateforme d'encapsulation d'ADN - GenopoleGenopole
Développement et mise en place d’une Plate-forme bioindustrielle à très haut débit
d’extraction, de préparation et d’encapsulation d’ADN
Pour une conservation à moyen et long terme
et une distribution à température ambiante
Evry, Essonne, Genopole
Genopole, premier bioparc français dédié à la recherche en génétique, aux biothérapies et aux biotechnologies, rassemble des laboratoires de recherche privés et publics, des entreprises de biotechnologies ainsi que des formations universitaires.
L'Eau : Enjeux et stratégies - publication kamitis juillet 2014KAMITIS
L’eau est une ressource vitale, précieuse et dans certaines régions du monde, elle est rare et source de conflits car elle touche désormais aux questions de sécurité stratégique des nations.
Relativement abondante à l’échelle de la planète, elle reste inégalement répartie, et sa disponibilité, comme sa qualité, font de plus en plus défaut.
Dans ce numéro, nos experts abordent plusieurs domaines relatifs à la gestion de l’eau. Ils nous présentent les différents travaux de recherches qu’ils soutiennent ainsi que les innovations qu’ils portent au sein de leurs structures:
David Cohen-Tanugi, chercheur au département Materials Science and Engineering au Massachusetts Institute of Technology, nous présente ses recherches concernant les technologies des membranes, notamment utilisées pour le dessalement de l’eau ;
Philippe Moulin, président du Club Français des Membranes (CFM), nous parle du CFM et de son positionnement par rapport aux technologies membranaires ;
Edna Nakati, System Marketing Manager chez ITRON, nous décrit les efforts entrepris pour la conception et le développement de systèmes de comptages intelligents ;
Pascal Boulanger, Président fondateur de NaWaTechnologies, nous parle des nouvelles membranes conçues grâce à la nanotechnologie ;
Enfin, Adèle Wudtavee, Chargée de communication chez INDURA, nous présente les travaux réalisés par ce pôle pour soutenir l’innovation dans le domaine de l’hydraulique.
Le traitement en primo-infection à VIH - Christine Rouzioux - Rencontre du Cr...Vih.org
Traitement en Primo-infection à VIH: Intérêt individuel et/ou collectif ?, par Pr Christine Rouzioux, Virologie, CHU Necker, EA 3620, Université Paris Descartes, Paris (France)
Cette présentation a eu lieu dans le cadre de la Rencontre du Crips, organisée avec Vih.org : «La primo-infection VIH: Actualités 2009 et impact sur la prévention»
2. Sommaire
• Projet INGESTEM
• Gouvernance et organisation : Comité de direction et personnels
• Objectifs de la plaforme de reprogrammation cellulaire
• Comité de direction et Platforme
• Type de collaboration et tarifs
• Charte de fonctionnement :
- Engagements de l’utilisateurs
- Engagements de la platforme
- Objectifs de la plateforme
- Type de collaboration et tarifs
• iPS production application form 1.0
• Méthodologies proposées
• SNL cellules nourricières pour la culture des iPS et génération d’iPS
• Virus Sendai
• Tests de pluripotence
• Morphologie des colonies
• Analyse des Caryotypes
• RT-PCR Immunostaining et Teratoma
• Instabilité genomique dans les iPS
3. Infrastructures nationales
en biologie et santé
PROJET INGESTEM
1
Le projet INGESTEM propose de constituer une biobanque unique de
DESCRIPTION cellules souches à vocation thérapeutique et de structurer cette
filière autour d’un pôle industriel.
APPORTS POUR La disponibilité de cette base de données de cellules souches va
LA SCIENCE permettre de réaliser des avancées significatives dans le domaine de la
2 modélisation des maladies humaines et dans le domaine de la définition
de nouveaux protocoles thérapeutiques.
INGESTEM va permettre à la France de passer du stade de la recherche
au stade industriel dans le domaine des thérapies cellulaires liées aux
APPORTS cellules souches en développant une biobanque unique, en instaurant
POUR LE SYSTEME DE des normes de production cliniques, des standardisations au niveau des
RECHERCHE méthodes de reprogrammation, de modélisation de pathologies et de
futurs protocoles de médecine régénératrice.
3
Plateforme de reprogrammation cellulaire SAFE-IPS ("la Plateforme") est une structure
interne du département HU de Biothérapie du CHRU de Montpellier
4. Gouvernance et organisation
Comité de Direction
• Réseau INGESTEM est coordonné par le Prof. Annelise
Bennaceur-Griscelli.
• Directeur de l’IRB (Prof. B.Klein), responsable et représentant de
la Plateforme au niveau du réseau INGESTEM.
• Deux responsables scientifiques désignés par le Directeur de
l'IRB sur la base de leurs compétences médicales et/ou
scientifiques (Prof. J. De Vos et Dr JM. Lemaitre) dans le domaine
des cellules souches pour la durée du projet INGESTEM.
5. Objectifs de la plateforme de
reprogrammation cellulaire
• Fournir un service de Reprogrammation, Amplification et
qualification de cellules adultes en cellules souches induites
pluripotentes iPS.
• Développer un programme de recherche et développement
propre visant à rendre plus efficaces et plus sûres les techniques de
reprogrammation cellulaires.
6. Comité de direction :
Bernard KLEIN (Porteur du projet)
E-mail : bernard.klein@inserm.fr Plateforme:
Phone : 04 67 33 04 19
Romain DESPRAT, Ingénieur responsable
opérationel, romain.desprat@inserm.fr
John DE VOS (responsable scientifique) Fabienne BECKER, technicienne,
E-mail : john.devos@inserm.fr fabienne.becker@inserm.fr
Phone : 04 67 33 04 79
Lydiane PICHARD , ingénieur,
lydiane.pichard@inserm.fr
Jean-Marc LEMAITRE (responsable
scientifique)
E-mail : Jean-Marc.Lemaitre@igf.cnrs.fr
Phone : 04 67 33 04 73
-Le comité de Direction effectue une veille technologique prospective afin de faire évoluer
la Plateforme et s’assure du financement de cette évolution.
-Les responsables scientifiques assurent l’organisation de la Plateforme et la
supervision du personnel.
http://irb.montp.inserm.fr/en/index.php?page=Plateau&IdEquipe=12
7. Mise en Place du Projet
Signature du Contrat ET de la chartre de reprogrammation
Mise en place d’un planning de reprogrammation en réunion avec le
comité de direction
Envois du formulaire “iPS production application form 1.0” disponible sur le site web
SAFE iPS, à romain.desprat@inserm.fr
Réception des cellules et vérification de la conformité des cellules
comme décrit dans le formulaire “iPS production application form 1.0”
6 mois
Production et Qualification des iPS
1-Phénotype caractéristique en 3-Une capacité de différenciation
microscopie optique in vivo attestée par la formation
de tératomes dans la souris
2-Facs et Immunostainning des NOD-scid IL2Rgammanull (NSG)
marqueurs de la pluripotence
OCT4, NANOG, SSEA3, TRA-1-60 4-Caryotype de chacun clones
Trois lignées indépendantes (trois clones) de cellules iPS
8. Charte de fonctionnement
Les trois types de collaborations comprennent :
•La reprogrammation, l'amplification et la qualification de cellules
adultes en cellules souches pluripotentes.
•La formation d'un collaborateur du demandeur pendant une durée
de 15 jours ETP.
•La conservation de quatre ampoules congelées de chaque lignée
par la platforme.
9. Chartre de fonctionnement
Responsabilités
Il est entendu entre la Plateforme et ses utilisateurs que celle-ci
n'est soumise qu'à une obligation de moyens dans le cadre de
ses activités.
La Plateforme n'est pas responsable de l'emploi fait par les
utilisateurs des résultats des prestations. Toute utilisation
partielle ou inappropriée ou toute interprétation dépassant les
résultats des prestations réalisées par la Plateforme ne saurait
engager sa responsabilité.
Si les cellules de départ proviennent patient Consentement
écrit du patient et Comité de Protection des Personnes
10. iPS production application form 1.0
General information (part I)
Date of submission:
Project Leader :
Phone and e-mail:
Institution:
Other persons involved in the project :
Name, phone an e-mail:
……………………………………………………………………….…………………………………………
…………………………….……………………………………………………………………….……………
…………………..
Cell information
Name of person who will handle the iPS cell lines.
Possible Conflicts of interest: NO/YES
Cell type:
Method of isolation/Origin :
Sample(s) name and description:
……………………………………………………………………….………………………………………
Contact: Romain.desprat@inserm.fr
11. iPS production application form 1.0 (part II)
•Written and dated documentation that the cells are negative for
bacteria. If not possible,
this can be
•Written and dated documentation that the cells are negative for carried out by
mycoplasm. facility as a
service.
•Written and dated documentation that the cells are negative for the
following viruses : HIV1, HIV2, HB, HCV. Passage number (please
describe proliferation rate or doubling time):
If frozen, number of viable cells frozen (>= 5 x 10E5 viable cells)
Medium used to grow the cells (indicate the antibiotic and
concentration used in the media):
Contact: Romain.desprat@inserm.fr
12. (part III)
Freezing media composition:
Protocol to thaw the cells:
Dated karyotype of the cells. If not possible, this can be carried out by the
Chromostem facility as a service (please contact f-pellestor@chu-
montpellier.fr).
Mettre dans le site web le lien vers Franck.
Preferred reprogramming method (check the box):
Sendai virus
Lentivirus
Retrovirus
Contact: Romain.desprat@inserm.fr
15. SNL cellules nourricières pour la
génération et la culture d’iPS
•Cellules souches embryonnaires ont besoin de “feeders”.
•Lignée cellulaire immortalisée dérivée de fibroblastes murins
STO transformée avec du LIF murin et les gènes de résistance à la
néomicine (établis par le Dr. Allan Bradley (1)) .
• Utilisable pour la culture des iPS murins et humains.
• Doivent être bloque dans le cycle() avant l’ajout des cellules
souches embryonnaires humaines.
1. McMahon, A.P. and Bradley, A. (1990) Cell 62:1073–1085.
16. Plateforme de Vectorologie de Montpellier , Biocampus
Montpellier - UMS3426 Courriel : vectorologie@biocampus.cnrs.fr
Test de non replicativite et dosage p24.
Production
Virale
optionel
Faster generation of hiPSCs by coupling high-titer lentivirus and column-based positive selection, Emily Dick, Elena Matsa, Lorraine E Young, David Darling &
Chris Denning, nature protocols | VOL.6 NO.6 | 2011 | 701
17. Distinct Regulatory Networks Control Transition versus Maintenance of
Pluripotency, Cell stem cell, Volume 11, Issue 6, 7 December 2012, Pages 769–782
“A color gradient (yellow-orange-red) depicts
the three phases of reprogramming, with the
maturation-to-stabilization transition upon
transgene withdrawal marked as a dotted line.
Genes that enhance and suppress transition
only (yellow), maintenance only (brown), or
both processes (orange) are displayed as
nodes. Associations (gray edges) were
obtained using GeneMANIA, with edge weight
(thickness and darkness) reflecting confidence,
as indicated.”
•-OKSM Transgenes Suppress the Stabilization Phase
•-Successful Transition of Reprogramming Cells to Stabilization Requires late Maturation Phase
->RNA profiling and down-regulation of OKSM is a key aspect
18. Tests de pluripotence
possible
Qualité du contrôle
Test de pluripotence But pour démontrer la
pluripotence
Vérifier que les iPS ont une morphologie similaire au
Morphologie des colonies Faible
hES
Marquage de la pluripotence:Oct4, Tra-1-60,Sox2, Tra-
Immunostaining Moyen
1-80, Nanog et SSEA
Détecte le niveau et la qualité d'expression des genes
RT-PCR Moyen-Bon
:Oct4, Tra-1-60,Sox2, Tra-1-80, Nanog et SSEA
Capacité à se différencier dans les trois feuillets
Génération d'EB embryonnaires (ecto,endo, mésoderme et disparition Moyen-Bon
des marqueurs de la pluripotence)
Microarray ou RNA-seq Comparaison avec hES Moyen-Bon
Capacité à se différencier dans les trois feuillets
Teratoma formation Bon
embryonnaires (ecto,endo, mésoderme ) IN VIVO
19. Morphologie des colonies
Les cellules au centre de la colonie ont un ratio élevé noyaux /cytoplasme avec des
nucleoli proeminent , elles sont rondes et trés dense .
En comparaison avec les cellules au centre la colonie les cellules en peripherie montre
une morphologie plus mesenchymateuse et par consequant un ratio noyaux
/cytoplasme faible.
20. Chromostem : Analyse du Caryotype
(bande R et G sur metaphases)
f-pellestor@chu-montpellier.fr
Pour tout contrôle de la
formule chromosomique
(anomalie du nombre et de la
structure, le pouvoir résolutif
de cette technique ne permet
cependant de détecter que les
réarrangements
chromosomiques
de taille supérieure ou égale à
STEM CELLS Volume 27, Issue 11, 20 AUG 2009
5 à 10 mégabases (Mb):
Préparation
Anomalie Non Délai de rendu Coût -Avant et après la
Biologique Anomalie Détectable
requise
Détectable des résultats (TTC)
reprogrammation cellulaire
-Lors de la dérivation et/ou
Anomalies chromosomique de nombre et
mosaïque >10%, Anomalies
Mosaïque faible
(<10%),Anomalies
amplification,
Culot chromosomiques de structure de taille >
cellulaire fixé 10 Mb (translocation,
chromosomique de
structure de taille
3 semaines 350 euros
-Avant le stockage des lignées
inversion,délétions,duplications anneaux,
<10Mb
marqueurs chromosomiques
21. Les conditions de culture classiques des cellules ES humaines in vitro
permettant le maintien de leur état indifférencié, induisent de façon
non négligeable des trisomies des chromosomes 12, 17 ou X [1,2].
L’hypothèse qui prévaut actuellement pour expliquer ce phénomène
est que l’amplification de certains gènes portés par ces chromosomes
confère un avantage sélectif aux cellules souches indifférenciées.
1.Baker DE, Harrison NJ, Maltby E, et al. Adaptation to culture of human embryonic stem
cells and oncogenesis in vivo. Nat Biotechnol 2007 ; 25 : 207-15.
2. Draper JS, Smith K, Gokhale P, et al. Recurrent gain of chromosomes 17q and 12 in
cultured human embryonic stem cells. Nat Biotechnol 2004 ; 22 : 2253-4.
Améliorations des conditions de culture et de reprogrammation
X-Vivo Biospherix ( culture des cellules en milieux
athmospherique controler 100% du temps)
22. Immunocytochimie et facs RT-PCR
•Les Primers/amorces de RT-PCR seront
choisis afin de mesurer les niveaux
d’expression des genes sur-exprimes
utilises lors de la reprogrammation et de
leurs niveaux endogenes.
Efficient induction of transgene-free humain iPS using a vector
based on sendai virus, an RNA virus that does not integrate into
the host genome By Noemi FUSAKI, Hiroshi BAN, Akiyo NISHIYAMA, Koichi
SAEKI and Mamoru HASEGAWA, Efficient induction of transgene-free
humain iPS using a vector based on sendai virus, an RNA virus
that does not integrate into the host genome
23. Alkaline Phosphatase (AP)
Marquage sur cellules vivantes
(sans perte des cellules)
Alkaline Phosphatase (AP)
Marquage classique après fixation
“Gold standard” Teratoma
24. Futurs projets afin d’offrir aux utilisateurs de la plateforme
des protocoles pre-établis permettant une meilleure
caratérisation de leurs iPS
-Création d’un test permettant de définir une signature
protéomique.
(Potentielle collaboration avec la Plate-forme Régionale de Protéomique Clinique,
Pr. S. Lehmann).
-Création d’une “custome chip” d’analyse d’expression
(coding et non coding) et CNV/SNP.
(Chip affymetrix sur les genes définissant l’état fibroblastique et iPS. En collaboration
avec la Plateforme Régionale de Puces ADN très haute densité,IRB, V Pantesco).
25. Instabilité génomique dans les iPS
Cell Death and Differentiation (2011) 18, 745–753
Copy number variation and selection during reprogramming to
pluripotency, 3 MARCH 2011 , VOL 471 , NATURE , 59
Création d’un “custom chips” d’analyse d’expression et CNV/SNP (Affymetrix sur les genes
définissant l’état fibroblastique et iPS. En Collaboration avec la Plateforme Régionale de Puces
ADN très haute densité, V Pantesco)
27. Journal club Stem cell IRB: qiang.bai@inserm.fr
Stem cells news mailing list : john.devos@inserm.fr
Projets dans à mettre en place :
•Production de beta-FGF sur Montpellier:
Permettant une diminution des coûts associes aux milieux -> plus d’utilisateurs
•Production de proteines (oct4,KLF, Sox…) pour faire des iPS :
Permettant d’avoir des iPS sans integration genomique des vecteurs d’expression
permettant des potentielles applications cliniques futures
•Création de « custom chips » afin d’analyser l’expression et les
changements de CNV/SNP :
Sur les genes définissant l’état fibroblastique et iPS. En collaboration avec la Plateforme
Régionale de Puces ADN très haute densité, Pr B.Klein
28. Journal club Stem cell IRB: qiang.bai@inserm.fr
Stem cells news mailing list : john.devos@inserm.fr
•Production de 6 virus sendai permettant l’expression transitoire
des six facteurs :
Oct4, Klf, Sox2, Myc, Lin28 Nanog, (La Plateforme de Vectorologie de Montpellier )
•Création d’un blog/site web (plus de flexibilité) et/ou en
utilisant un system déjà existant (INGESTEM), permettant un
partage plus fluide des protocols et publications, photo des
cellules, questions associées à la culture des iPS….
•Collaboration avec ReproCell afin de créer des ateliers ou
période d’apprentissage sponsorise par ReproCell et Ozyme pour
les milieux
29. Trois contrats et tarifs la plateforme doit
s’autofinancer dans 3 ans
Un contrat de collaboration académique: Le coût représente la moitié des
dépenses engendrées par la prestation. Coût national INGESTEM. Le partenaire
académique utilise les cellules comme il le souhaite sur un plan académique, mais si
il engage un partenariat privé, la plateforme Safe-iPS sera associée dans la
valorisation.
Un contrat de collaboration avec compagnie privée : la plateforme Safe-iPS sera co-
propriétaire des lignées obtenues.
Un contrat avec prestation complète pour compagnie privée. les lignées iPS
obtenues sont la propriété exclusive de l'utilisateur.
Service Tarif
Collaboration académique 20 000 € TTC
Collaboration privée 40 000 € TTC
Collaboration privée complète 140 000 € TTC
Ces collaborations peuvent être mises en
place lors de l’écriture des demandes de
financement : ERC, ANR, INCA, ARC, Ligue
…