Projet Européen H2020 SMARTER 2018-2023. Outils de sélection petits ruminants : bénéfices de l’harmonisation et de la coopération internationale

1. QUELS APPORTS DU PROJET
SMARTER POUR L’ÉVALUATION
GÉNÉTIQUE DES PETITS
RUMINANTS J
Introduction
14/02/2025

2. De quoi va-t-on parler aujourd’hui ?
Projet Européen H2020 SMARTER 2018-2023
26 partenaires académiques et non académiques
31 stakeholders
13 pays
SMAll Ruminants
breeding for Efficiency
and Resilience
Sélectionner les ovins et
les caprins pour
l’efficience et la
résilience
Animation INRAE GenPhySE
Carole Moreno … Rachel Rupp

3. De quoi va-t-on parler aujourd’hui ?
Génétique de l’efficience et de la résilience
Stratégies de sélection de l’efficience et de la résilience
Évaluation sociale, économique et environnementale
des stratégies de sélection
2 webinaires
UMT STAR
en 2024
Résilience
Efficience Compromis
Diversité génétique
Méthodologies
d’analyse génomique
Outils de sélection / harmonisation
/ coopération internationale
Objectifs de sélection équilibrés
Webinaire
UMT STAR
14/02/2025
SMARTER 2018-2023

4. De quoi va-t-on parler aujourd’hui ?
SMARTER 2018-2023
o (WP6) Outils de sélection pratiques : bénéfices de
l’harmonisation et de la coopération internationale
o (WP6) Faisabilité d’une évaluation génomique interna-
tionale caprine : retour d’expérience et recommandations
o (WP5) Nouvelles idées et méthodes pour la sélection
génomique
Jean-Michel Astruc
Hélène Larroque
Zulma Vitezica
Stratégies de sélection de l’efficience et de la résilience
(WP5) Méthodologies
d’analyse génomique
(WP6) Outils de sélection / harmonisation
/ coopération internationale

5. QUELS APPORTS DU PROJET
SMARTER POUR L’ÉVALUATION
GÉNÉTIQUE DES PETITS
RUMINANTS J
Outils de sélection pratiques :
bénéfices de l’harmonisation
et de la coopération
internationale
Jean-Michel ASTRUC
14/02/2025

6. Génétique de l’efficience et de la résilience
Stratégies de sélection de l’efficience et de la résilience
Évaluation sociale, économique et environnementale
des stratégies de sélection
Résilience
Efficience Compromis
Diversité génétique
Méthodologies
d’analyse génomique
Outils de sélection / harmonisation
/coopération internationale
Objectifs de sélection équilibrés
Work Package
6

7. Aperçu synthétique des différentes
tâches
Harmonisation des phénotypes,
génotypes et pedigrees en vue de
faciliter les évaluations
internationales
Tâches 6.1 Lead ICAR
Évaluations génétiques et
génomiques internationales
Tâches 6.2 Lead TEAGASC
Les évaluations internationales en
pratique
Tâches 6.3 Lead IDELE
Rapport coût / bénéfices des
évaluations internationales
Tâches 6.4 Lead TEAGASC
WP6 de SMARTER

8. Harmonisation des phénotypes, génotypes et pedigree
en vue de faciliter les évaluations internationales
– Description des schémas de sélection et des évaluations
génétiques/génomiques (enquêtes) - 19 pays x race
– Signature de 10 accords de partage et mise en commun de
données
– Format de fichier d’échanges de données (ID international,
pedigree, phénotypes, génotypes)
– Echange de génotypages et étude sur les fréquences
alléliques entre pays x race – 18 races, 5 pays
– Recommandations/guidelines pour le phénotypage de
nouveaux caractères (E x R)
Focus
WP6 de SMARTER – tâche 1

9. Recommandations/guidelines pour le phénotypage de
nouveaux caractères d’efficience et de résilience
Objectif : proposer des recommandations pouvant être utile à une
large communauté (scientifique et organisations de sélection)
Guidelines ICAR sont un
cadre idéal pour de
telles recommandations
Créer une nouvelle
section sur l’efficience
et la résilience en
petits ruminants
WP6 de SMARTER – tâche 1

10. Caractères
d’efficience
Caractères de
résilience
Efficacité alimentaire
Émissions de gaz à effet de serre
Santé, résistance aux maladies : résistance au
parasitisme, piétin, mammites
Comportement
Longévité
Survie du fœtus et du jeune
Documenter
l’environnement,
le milieu
Rations alimentaires, météo, données issues de
capteurs …
Organisation des guidelines de R&E en ovin/caprin : cadre
WP6 de SMARTER – tâche 1

11. • Contributions de :
- Partenaires de SMARTER (tous WP = valoriser au maximum
les apports de SMARTER)
- Partenaires du projet GrassToGas (efficacité alimentaire et
émissions de GES)
- Groupe de travail ICAR sur les petits ruminants
• Les 7 sous-sections ont fait l’objet d’un livrable (D6.3)
• Au-delà de SMARTER : faire agréer les sous-sections dans les
guidelines d’ICAR
Organisation des guidelines de R&E en ovin/caprin : cadre
WP6 de SMARTER – tâche 1

12. Y a-t-il une suite à SMARTER concernant les
guidelines de R&E en ovin/caprin ?
 Prise en charge du livrable de SMARTER par le groupe de travail
ICAR sur les ovins et caprins.
 RESILIENCE et DESCRIPTION DE L’ENVIRONNEMENT : fera l’objet
d’une nouvelle section des guidelines. Draft soumis à ICAR le
13/02/2025 pour validation (sans doute courant 2025)
 EFFICIENCE : travail de rédaction des recommandations à
approfondir. « double tutelle » : groupe de travail petits
ruminants + groupe de travail « feed & gas ». En cours.
 Les guidelines ICAR sont vivants. Ils sont appelés à évoluer
(nouveaux caractères, nouvelles mesures, prédicteurs, etc).
WP6 de SMARTER – tâche 1

13. Évaluations génétiques et génomiques internationales
WP6 de SMARTER – tâche 2
• Preuve de concept d’une évaluation multi-pays dans 3 cas d’étude
Ovin viande
Chèvres
Ovin lait
poids, muscle &
épaisseur de gras
Lait
Lait & morphologie
de la mamelle
Focus
Focus
Hélène
Larroque

14. Quantité de lait
LCR
LCN
MTN
MTR
MTN = Manech Tête Noire
LCN = Latxa Cara Negra
MTR = Manech Tête Rousse
LCR = Latxa Cara Rubia
WP6 de SMARTER – tâche 2
Cas d’étude Manech x Latxa

15. Qu’est-ce que c’est une évaluation internationale ?
Quelles options prises dans SMARTER ?
• SMARTER : on met en commun des performances de femelles
• Le modèle respecte celui de chaque pays
• Utilisation des génotypages
• Analyse multi-caractère. Chaque pays est un caractère différent. On a besoin
des corrélations génétiques entre pays.
• L’existence de connexions entre pays est fondamentale
LAIT Manech = effets(FR) + VG Manech
LAIT Latxa = effets(ES) + VG Latxa
Index LAIT Manech et Latxa dans l’échelle du
caractère Manech
Index LAIT Manech et Latxa dans l’échelle du
caractère Latxa
WP6 de SMARTER – tâche 2

16. 382 béliers d’IA MTR vers LCR
(la plupart avec >10 filles)
73 béliers d’IA MTN vers LCN
(58 avec >10 filles)
Millésime des béliers échangés :
de 2000 à aujourd’hui
LCN
MTN
LCR
MTR
• Comme attendu : les animaux “roux” sont plus
proches que les “noirs”
WP6 de SMARTER – tâche 2
Connexions génétiques entre Manech et Latxa

17. Corrélations génétiques les plus probables
• MTN-LCN: ~0.7
• MTR-LCR: ~0.7
Les corrélations sont
moyennement fortes
On les pensait plus fortes
en Manech/Latxa rousse
REML grid search pour corrélations
génétiques 𝑟 , les autres variances
fixées aux estimations intra-race
WP6 de SMARTER – tâche 2
Corrélations génétiques entre Manech et Latxa

18. • Les transferts de gènes se font de la Manech vers la Latxa
• Organiser des IA Latxa en Manech ?
• Il reste du travail :
o précisions
o différences de moyenne génétique entre pays
o différences de gain génétique selon que l’on est intra pays
ou en évaluation jointe (surtout pour Latxa)
WP6 de SMARTER – tâche 2
Principaux enseignements en Manech / Latxa - FRA/ESP

19. WP6 de SMARTER – tâche 2
Y a-t-il une suite à SMARTER concernant l’évaluation
multi-pays en ovin lait ?
Interreg ARDI2 (Interreg POCTEFA) a pour but de continuer la
mise en place d’évaluations génomiques MANECH x LATXA :
• Le lait vers la routine
• La richesse du lait et la morphologie de la mamelle
Collaboration avec Interbull
• Étendre GenoEx aux ovins (et au-delà) : partager les
génotypages issus de plusieurs pays et plateformes
(Illumina & Affymetrix) => génotypages alignés et
propres
• Adapter une chaîne utilisée dans l’évaluation
internationale Intergenomics (Brunes) => produire des
typages imputés prêts pour l’indexation

20. Les évaluations internationales en pratique
« practicalities »
– Visite d’Interbull (Uppsala-Suède).
– Enseignements tirés des cas d’étude de l’évaluation multi-pays (solutions
techniques & problèmes)
– Enquêtes exhaustives sur l’évaluation internationale - Questionnaire géré par
ICAR (5 langues)
• Acceptabilité de partager des données - Attentes et préoccupations – Races
intéressées
• cible : organisations de sélection et éleveurs
D6.4 – Modèle opérationnel /
économique pour l’indexation
multi-pays en ovins et caprins
Focus
WP6 de SMARTER – tâche 3

21. Aspects pratiques de l’évaluation internationale
Est-ce qu’on a travaillé sur les évaluations multi-pays pour le fun ou est-ce
qu’il y a un réel intérêt et une acceptabilité pour harmoniser et coopérer ?
• Enquête complète réalisée dans chaque pays de SMARTER et chez les stakeholders
pour évaluer ce besoin et cette acceptabilité
• Ciblage des organisations de sélection et les éleveurs, au-delà de la recherche et des organismes
nationaux
• Questionnaire multilingue (ENG, ESP, FRA, DEU, ITA) pour toucher les éleveurs. Au total, 200 réponses
reçues et analysées
1) Quelle volonté des acteurs de mettre en commun les données pour une évaluation jointe ?
2) Quelles sont les attentes et les craintes ?
3) Quelles sont les races intéressées ?
WP6 de SMARTER – tâche 3

22. Enquête sur l’évaluation internationale
1ère enquête auprès des partenaires de SMARTER pour identifier les avantages et
les freins potentiels
6 avantages
• Intérêt pour les programmes de sélection locaux
• Intérêt pour les éleveurs
• Échanges plus équitables
• Reconnaissance internationale
• Collaboration internationale et réseau de
coopération
• Bénéfices économiques (import/export)
6 freins / préoccupations
• Promotion de quelques races commerciales
• Coût trop élevé pour le secteur des petits ruminants
• Perte d’indépendance et de compétence sur le
processus d’évaluation génétique
• Intérêts déséquilibrés selon les pays
• Désavantage pour certaines races locales
• Trop peu de connexions génétiques entre pays
WP6 de SMARTER – tâche 3

23. 0
5
10
15
20
25
30
35
40
45
50
Nombre de réponses par pays
réponses complètes réponses non complètes
132 réponses complètes / 200
France
• Ovin : 18
• viande : 6
• Ovin lait : 11
• FNO
• Caprins : 19
• 3 institutionnels
• 7 éleveurs caprins et 7 éleveurs
ovins. Le reste = organisations
Enquête élargie sur l’évaluation internationale /
Participation
WP6 de SMARTER – tâche 3

24. 0
5
10
15
20
25
30
35
40
45
50
strongly
agree
agree somewhat
agree
somewhat
disagree
disagree strongly
disagree
Volonté de partager les données
ped perf genot
75 à 80% des répondants
sont d’accord ou tout à fait
d’accord pour partager des
données entre pays dans
un but d’indexation
Enquête élargie sur l’évaluation internationale /
Résultats
Indicateur de volonté
(+ élevé, + existe volonté) :
OVIN (FRA) : 4.7
CAPRIN (FRA) : 4.6
SMARTER : 5.1
WP6 de SMARTER – tâche 3

25. Enquête élargie sur l’évaluation internationale /
Résultats
2 2,5 3 3,5 4 4,5
Echanges équitables
Reconnaissance internationale
Coopération internationale
Bénéfice économique
Bénéfice pour les éleveurs
Bénéfice pour le pg de sélection
Attentes des évaluations internationales
Hiérarchie clairement marquée des attentes
Attentes moins
exprimées
Attentes
majoritaires
WP6 de SMARTER – tâche 3

26. Enquête élargie sur l’évaluation internationale /
Résultats
2 2,5 3 3,5 4
Manque de connexion
Désavantage pour certaines races
Promotion de qqs races commerciales
Coût trop élevé
Intérêts déséquilibrés selon les pays
Perte d'indépendance en R&D indexation
Préoccupations des évaluations internationales
Craintes moins
exprimées
Craintes
majoritaires
Les différentes préoccupations sont plus équilibrées que les attentes
WP6 de SMARTER – tâche 3

27. Enquête élargie sur l’évaluation internationale /
Quelles races?
Ile-de-France, Texel, Charollais
Manech (MTR et MTN) – Lacaune
Sarde, Assaf, Romane
Alpine, Saanen,
Boer, Angora,
Murciano, Toggenbourg
Enquête FRA : races spontanément citées en ovin et caprins
Enquête SMARTER tous pays : races spontanément citées en ovin et caprins
Alpine, Saanen,
Boer, Camosciata delle Alpi,
Kiko, Angora, Toggenburg …
Texel, Merino, Charollais
Ile-de-France, Suffolk, Vendéen, Beltex
Corriedale, Dohne
Lacaune, Assaf, MTR
Sarde, MTN, East Friesian, Latxa
WP6 de SMARTER – tâche 3

28. Une initiative dans le cadre de SMARTER
Cadrer l’harmonisation des phénotypages et la coopération internationale
autour d’évaluation multi-pays => Définition de ce que pourrait être un centre
de référence de l’UE (EURC) en petit ruminant (livrable D6.4)
Depuis RZUE (11/2018) : EURC en bovin pour “harmonizing & improving methods for performance
testing and genetic evaluation in bovine species”
Initiatives de coopération mises en œuvre
dans SMARTER (recommandations
phénotypages R&E, collaboration pour
mettre en place des évaluations multi-pays)
Travail existant dans ICAR (gr. travail petits
ruminants sur harmonisation phénotypage)
Consortium ICAR x INTERBULL
 ICAR car :
• gr. travail ovins/caprins
 INTERBULL car :
• évaluation int’l
• infrastructure EURC bovins
• sous-comité d’ICAR
WP6 de SMARTER – tâche 3

29. Y a-t-il une suite à SMARTER sur cette initiative de EURC ?
Note finalisée qui vient d’être soumise à ICAR et INTERBULL sur le principe d’une
EURC en ovins et caprins. Sera discutée à un prochain Board d’ICAR fin février
2025. Pour la concrétisation … étape suivante …
QUEL CONTENU POUR CET EURC ? (EU … mais pas Euro-centré … des besoins à
travers le monde)
- Phénotypes - Guidelines ICAR (nouvelles guidelines + mise à jour actuelles guidelines).
- Communication - Site web ICAR + guidelines
- Enquêtes ICAR sur contrôle de performance + évaluations génétiques
- Comparaison méthodes – Base de données sur les caractères/modèles/paramètres génétiques des
évaluations domestiques
- Essai d’aptitude int’l petits ruminants pour les laboratoires d’analyses laitières – réseau extraMIR
- Réseau d’experts
- Fournir des évaluations génétiques internationales, si besoin
WP6 de SMARTER – tâche 3

30. Conclusion / perspectives sur les
initiatives internationales du WP6
 SMARTER = communauté pertinente et compétente pour progresser vers une
harmonisation et une coopération internationale en ovins et caprins.
 Bon exemple de continuum entre recherche académique et services aux organisations
de sélection.
 SMARTER a produit des connaissances / construit des outils qu’il faut utiliser.
 3 applications pratiques
- Evaluation multi-pays attendue en Latxa x Manech en utilisant au mieux des
infrastructures existantes (dont Interbull / GenoEx) + chèvres + Lacaune + races ovines
bouchères Irlande x France
- Traduction des recommandations sur le phénotypage de l’efficience et de la résilience en
guidelines ICAR.
- Centre de référence UE sur l’harmonisation et l’amélioration de méthodes de phénotypage
et d’évaluation génétique en ovins et caprins

31. QUELS APPORTS DU PROJET
SMARTER POUR L’ÉVALUATION
GÉNÉTIQUE DES PETITS
RUMINANTS J
Outils de sélection pratiques :
bénéfices de l’harmonisation
et de la coopération
internationale
Merci pour votre attention