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Quelles avancées sur l’efficience
alimentaire des bovins allaitants ?
Quelles avancées sur l’efficience
alimentaire des bovins allaitants ?
Sébastien Taussat, Allice
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Pourquoi s’intéresser à l’efficience
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3
Problème de rentabilité des élevages allaitants :
 Sélection focalisée sur les produits mais non sur les charges
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+28% +15% +50% +18%
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L’efficience reflète la relation entre des ressources et des produits
4
Produits
Ressources
consommées
 Les ressources consommées :
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journalière (CMJ)
 Les produits : Gain moyen
quotidien (GMQ)
Les critères d’efficience alimentaire : les
ratios
5
GMQ
CMJ GMQ
CMJ
Avantages Inconvénients
Simple à calculer
Très compréhensible
Critère absolu
Corrélés aux caractères de production
Sélection compliquée
Ne peut prendre en compte qu’un
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 Le ratio d’efficience alimentaire (EA)  L’indice de consommation (IC)
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6
7
9
11
13
15
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Consommation
observée,
kg/jour
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 Consommation moyenne journalière résiduelle (CMJR)
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Les critères d’efficience alimentaire : les
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 Gain moyen quotidien résiduel (GMQR)
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 Avantages et inconvénients des régressions
7
= GMQ
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Indépendance phénotypique avec les
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Critère relatif à une population
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Le troupeau de mères
en reproduction
Ration cellulosique
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automatique de concentré (DAC)
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Des interrogations sur de possibles interactions génotype x milieu :
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 De moins bonnes performances d’engraissement
L’objectif est d’étudier la possibilité d’améliorer génétiquement l’efficience
alimentaire des bovins allaitants dans un contexte où une même population doit être
efficiente à la fois dans la phase d’élevage, avec des rations fourragères, et dans la
phase d’engraissement, avec des rations concentrées, tout en utilisant le contrôle
individuel.
10
Matériels et méthodes
11
Les stations de contrôle individuel
 Objectifs du CI :
 Evaluations des mâles après le sevrage sur les aptitudes bouchères.
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12
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13
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14
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15
 639 animaux engraissés de 2015 à 2020
 Utilisation préférentielle de 24 taureaux de CI connecteurs
 Conduite des animaux :
 Utilisation de deux régimes différents :
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 Ration cellulosique à base d’ensilage d’herbe
Calcul des critères d’efficience alimentaire
16
 Le ratio d’efficience alimentaire
EA = GMQ / CMJ
 Les modèles de régression
 CMJ = PMM + GMQ + groupe de contemporains + covariable + CMJR
 GMQ = PMM + CMJ + groupe de contemporains + covariable + GMQR
 Les groupes de contemporains :
 Année*station*groupe pour les taureaux de CI
 Station*série*régime*case pour les taurillons EFFI-J
 Les covariables :
 Age au début pour les taureaux de CI
L’estimation des paramètres génétiques
 Utilisation du logiciel WOMBAT (Meyer, 2007)
 Modèle animal avec :
 Effet fixe :
 Les groupes de contemporains
 Covariable :
 Age au début du contrôle pour le CI et EFFI-J
 Effets aléatoires :
 Effet génétique direct et la résiduelle
 Elevage de naissance*campagne pour les taurillons EFFI-J
17
Analyse du déterminisme génétique
de l’efficience alimentaire
18
Performances de production (CI)
19
|rp|<0.03: P NS; |rp|>0.05: P<0.01; |rp|>0.10: P<0.0001.
h² en diagonale
rg partie supérieure
rp partie inférieure
CMJ GMQ Poids fin
CMJ 0.36 ± 0.05 0.66 ± 0.06 0.84 ± 0.03
GMQ 0.51 0.27 ± 0.04 0.64 ± 0.06
Poids fin 0.78 0.58 0.37 ± 0.04
Efficience alimentaire (CI)
20
CMJ GMQ Poids fin CMJR GMQR EA
CMJ 0.36 ± 0.05 0.66 ± 0.06 0.84 ± 0.03
GMQ 0.51 0.27 ± 0.04 0.64 ± 0.06
Poids fin 0.78 0.58 0.37 ± 0.04
CMJR 0.26 ± 0.04 -0.29 ± 0.11 -0.22 ± 0.11
GMQR -0.39 0.21 ± 0.04 0.99 ± 0.04
EA -0.34 0.99 0.23 ± 0.04
|rp|<0.03: P NS; |rp|>0.05: P<0.01; |rp|>0.10: P<0.0001.
h² en diagonale
rg partie supérieure
rp partie inférieure
Performances de production vs efficience
alimentaire (CI)
21
CMJ GMQ Poids fin CMJR GMQR EA
CMJ 0.36 ± 0.05 0.66 ± 0.06 0.84 ± 0.03 0.84 ± 0.03 0.10 ± 0.11 0.09 ± 0.11
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CMJR 0.62 0.00 0.00 0.26 ± 0.04 -0.29 ± 0.11 -0.22 ± 0.11
GMQR 0.00 0.85 0.23 -0.39 0.21 ± 0.04 0.99 ± 0.04
EA 0.03 0.86 0.23 -0.34 0.99 0.23 ± 0.04
|rp|<0.03: P NS; |rp|>0.05: P<0.01; |rp|>0.10: P<0.0001.
h² en diagonale
rg partie supérieure
rp partie inférieure
Conclusion sur les taureaux de CI
 L’efficience alimentaire est héritable dans la population de taureaux de CI
 Les résiduelles sont indépendantes des caractères qui composent la régression
 Le GMQR et l’EA ont un déterminisme génétique similaire
 Mais ces deux caractères auraient un déterminisme différent de la CMJR
Quid du déterminisme génétique de l’efficience alimentaire des taurillons en
engraissement, dans un milieu différent à celui des taureaux de CI
22
Paramètres génétiques chez les taurillons
EFFI-J
 Un déterminisme génétique différent :
 Des liens génétiques non favorables
 L’EA a un déterminisme différent
 Manque de puissance du dispositif
23
CMJR GMQR EA
h² 0,21 ± 0,10 0,13 ± 0,09 0,10 ± 0,08
CMJ 0,73 ± 0,17 0,37 ± 0,36 0,28 ± 0,43
GMQ 0,57 ± 0,27 0,77 ± 0,16 0,71 ± 0,24
Poids fin 0,34 ± 0,31 0,33 ± 0,37 0,17 ± 0,45
Corrélations génétiques entre les taureaux
de CI et les taurillons
24
CMJ GMQ POIDS FIN CMJR GMQR EA
Rg 0,69 ± 0,22 0,73 ± 0,22 0,82 ± 0,23 0,58 ± 0,37 0,95 ± 0,35 0,99 ± 0,42
 L’efficience alimentaire peut être améliorée grâce aux stations de CI sur la
partie mâle en engraissement :
 Corrélations génétiques suffisamment élevées pour permettre un progrès
génétique.
 Phénotypage possible à partir de DAC ou d’auge.
Focus sur d’autres résultats de BEEFALIM 2020 : de
possibles prédicteurs de l’efficience alimentaire ?
25
-4
-3
-2
-1
0
1
2
3
4
-4 -3 -2 -1 0 1 2 3 4
t2
t1
RFI-
RFI+
Q2 = 0.86
7 protéines : Immunité,
Inflammation, métabolisme protéique
et lipidique
PROTEOMIQUE PLASMA
Cassar-Malek et al., 2018
L’abondance naturelle en 15N
Guarnido et al., 2020
Conclusion
 Les stations de contrôle individuel sont utiles pour sélectionner sur
l’efficience alimentaire :
 Pour optimiser l’engraissement des mâles
 Quel que soit l’outil de mesure de l’ingestion utilisé
 Attention cependant sur la manière d’utiliser les critères d’efficience
alimentaire
 Possible lien génétique avec les performances
 Des conséquences possibles sur :
 Les qualités de viande ?
 La résilience ?
 Les qualités d’élevage ?
26
Perspectives
 Réaliser des tests d’évaluation génomique
 Les taureaux de CI constituent-ils une bonne population de référence ?
 Quelle précision pour sélectionner les jeunes animaux ?
 Quel modèle d’évaluation à utiliser ?
 Affiner la compréhension du déterminisme génétique de l’efficience
alimentaire :
 Analyses d’association entre les critères d’efficience alimentaire et le
génome des animaux
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Ebis actu quelles avancées sur l’efficience alimentaire des bovins allaitants

  • 1. 1 Mettre ici le visuel de l’évènement Quelles avancées sur l’efficience alimentaire des bovins allaitants ?
  • 2. Quelles avancées sur l’efficience alimentaire des bovins allaitants ? Sébastien Taussat, Allice 2
  • 3. Pourquoi s’intéresser à l’efficience alimentaire ? Evolutions (quantités et prix) de l’alimentation et des carcasses : Les quantités Les prix 3 Problème de rentabilité des élevages allaitants :  Sélection focalisée sur les produits mais non sur les charges  Augmentation de la taille des élevages n’a pas amélioré le revenu L’efficience alimentaire pourrait être un levier pour améliorer la rentabilité. +28% +15% +50% +18%
  • 4. Les critères d’efficience alimentaire L’efficience reflète la relation entre des ressources et des produits 4 Produits Ressources consommées  Les ressources consommées : Consommation moyenne journalière (CMJ)  Les produits : Gain moyen quotidien (GMQ)
  • 5. Les critères d’efficience alimentaire : les ratios 5 GMQ CMJ GMQ CMJ Avantages Inconvénients Simple à calculer Très compréhensible Critère absolu Corrélés aux caractères de production Sélection compliquée Ne peut prendre en compte qu’un type de besoin Les bovins en croissance ont également des besoins d’entretien  Le ratio d’efficience alimentaire (EA)  L’indice de consommation (IC)
  • 6. Les critères d’efficience alimentaire : les régressions 6 7 9 11 13 15 7 9 11 13 15 Consommation observée, kg/jour Consommation prédite, kg/jour  Consommation moyenne journalière résiduelle (CMJR) CMJR = consommation observée – consommation prédite CMJR positive CMJR négative GMQ CMJ = On cherche à réduire la CMJR Prédite à partir du poids moyen métabolique (PMM) et du GMQ
  • 7. Les critères d’efficience alimentaire : les régressions  Gain moyen quotidien résiduel (GMQR)  GMQR = croissance observée – croissance prédite  Prédit à partir du PMM et de la CMJ  On cherche à augmenter le GMQR  Avantages et inconvénients des régressions 7 = GMQ CMJ Avantages Inconvénients Indépendance phénotypique avec les performances Possibilité d’ajouter d’autres besoins Difficile à calculer Peu compréhensible Contient des erreurs Critère relatif à une population
  • 8. L’efficience alimentaire appliquée aux systèmes bovins allaitants 8 Le troupeau de mères en reproduction Ration cellulosique Les génisses de renouvellement Ration cellulosique Les bovins en engraissement Ration amidon
  • 9. L’efficience alimentaire appliquée aux systèmes bovins allaitants 9 Le troupeau de mères en reproduction Ration cellulosique Les génisses de renouvellement Ration cellulosique Les bovins en engraissement Ration amidon Une même population doit être efficiente dans les trois situations !
  • 10. La sélection sur l’efficience alimentaire aujourd’hui Evaluation des taureaux en station de contrôle individuel (CI) :  Mesure de l’efficience alimentaire avec un aliment condensé au distributeur automatique de concentré (DAC)  Mais aliment peu utilisé en ferme Index sur la CMJR était peu utilisé Des interrogations sur de possibles interactions génotype x milieu :  Une moins bonne valorisation de l’herbe  De moins bonnes performances d’engraissement L’objectif est d’étudier la possibilité d’améliorer génétiquement l’efficience alimentaire des bovins allaitants dans un contexte où une même population doit être efficiente à la fois dans la phase d’élevage, avec des rations fourragères, et dans la phase d’engraissement, avec des rations concentrées, tout en utilisant le contrôle individuel. 10
  • 12. Les stations de contrôle individuel  Objectifs du CI :  Evaluations des mâles après le sevrage sur les aptitudes bouchères.  Futurs reproducteurs, les meilleurs seront utilisés pour l’IA.  Protocole en station de CI :  Animaux choisis en ferme après le sevrage  Phase d’adaptation de minimum 4 semaines  Phase de contrôle de minimum 12 semaines  Aliment complet condensé à base de luzerne déshydratée  Distribué à l’aide d’un DAC (enregistrement) avec paille à volonté (aucun enregistrement).  4 675 taureaux évalués entre 1979 et 2014 12
  • 13. BEEFALIM 2020 13 Avec le soutien financier de :
  • 14. Beefalim 2020 : un programme R&D pour répondre à de multiples questions 14
  • 15. Le dispositif mâle BEEFALIM 2020 15  639 animaux engraissés de 2015 à 2020  Utilisation préférentielle de 24 taureaux de CI connecteurs  Conduite des animaux :  Utilisation de deux régimes différents :  Ration amidonnée à base d’ensilage de maïs  Ration cellulosique à base d’ensilage d’herbe
  • 16. Calcul des critères d’efficience alimentaire 16  Le ratio d’efficience alimentaire EA = GMQ / CMJ  Les modèles de régression  CMJ = PMM + GMQ + groupe de contemporains + covariable + CMJR  GMQ = PMM + CMJ + groupe de contemporains + covariable + GMQR  Les groupes de contemporains :  Année*station*groupe pour les taureaux de CI  Station*série*régime*case pour les taurillons EFFI-J  Les covariables :  Age au début pour les taureaux de CI
  • 17. L’estimation des paramètres génétiques  Utilisation du logiciel WOMBAT (Meyer, 2007)  Modèle animal avec :  Effet fixe :  Les groupes de contemporains  Covariable :  Age au début du contrôle pour le CI et EFFI-J  Effets aléatoires :  Effet génétique direct et la résiduelle  Elevage de naissance*campagne pour les taurillons EFFI-J 17
  • 18. Analyse du déterminisme génétique de l’efficience alimentaire 18
  • 19. Performances de production (CI) 19 |rp|<0.03: P NS; |rp|>0.05: P<0.01; |rp|>0.10: P<0.0001. h² en diagonale rg partie supérieure rp partie inférieure CMJ GMQ Poids fin CMJ 0.36 ± 0.05 0.66 ± 0.06 0.84 ± 0.03 GMQ 0.51 0.27 ± 0.04 0.64 ± 0.06 Poids fin 0.78 0.58 0.37 ± 0.04
  • 20. Efficience alimentaire (CI) 20 CMJ GMQ Poids fin CMJR GMQR EA CMJ 0.36 ± 0.05 0.66 ± 0.06 0.84 ± 0.03 GMQ 0.51 0.27 ± 0.04 0.64 ± 0.06 Poids fin 0.78 0.58 0.37 ± 0.04 CMJR 0.26 ± 0.04 -0.29 ± 0.11 -0.22 ± 0.11 GMQR -0.39 0.21 ± 0.04 0.99 ± 0.04 EA -0.34 0.99 0.23 ± 0.04 |rp|<0.03: P NS; |rp|>0.05: P<0.01; |rp|>0.10: P<0.0001. h² en diagonale rg partie supérieure rp partie inférieure
  • 21. Performances de production vs efficience alimentaire (CI) 21 CMJ GMQ Poids fin CMJR GMQR EA CMJ 0.36 ± 0.05 0.66 ± 0.06 0.84 ± 0.03 0.84 ± 0.03 0.10 ± 0.11 0.09 ± 0.11 GMQ 0.51 0.27 ± 0.04 0.64 ± 0.06 0.15 ± 0.11 0.81 ± 0.04 0.81 ± 0.04 Poids fin 0.78 0.58 0.37 ± 0.04 0.06 ± 0.10 0.22 ± 0.10 0.17 ± 0.10 CMJR 0.62 0.00 0.00 0.26 ± 0.04 -0.29 ± 0.11 -0.22 ± 0.11 GMQR 0.00 0.85 0.23 -0.39 0.21 ± 0.04 0.99 ± 0.04 EA 0.03 0.86 0.23 -0.34 0.99 0.23 ± 0.04 |rp|<0.03: P NS; |rp|>0.05: P<0.01; |rp|>0.10: P<0.0001. h² en diagonale rg partie supérieure rp partie inférieure
  • 22. Conclusion sur les taureaux de CI  L’efficience alimentaire est héritable dans la population de taureaux de CI  Les résiduelles sont indépendantes des caractères qui composent la régression  Le GMQR et l’EA ont un déterminisme génétique similaire  Mais ces deux caractères auraient un déterminisme différent de la CMJR Quid du déterminisme génétique de l’efficience alimentaire des taurillons en engraissement, dans un milieu différent à celui des taureaux de CI 22
  • 23. Paramètres génétiques chez les taurillons EFFI-J  Un déterminisme génétique différent :  Des liens génétiques non favorables  L’EA a un déterminisme différent  Manque de puissance du dispositif 23 CMJR GMQR EA h² 0,21 ± 0,10 0,13 ± 0,09 0,10 ± 0,08 CMJ 0,73 ± 0,17 0,37 ± 0,36 0,28 ± 0,43 GMQ 0,57 ± 0,27 0,77 ± 0,16 0,71 ± 0,24 Poids fin 0,34 ± 0,31 0,33 ± 0,37 0,17 ± 0,45
  • 24. Corrélations génétiques entre les taureaux de CI et les taurillons 24 CMJ GMQ POIDS FIN CMJR GMQR EA Rg 0,69 ± 0,22 0,73 ± 0,22 0,82 ± 0,23 0,58 ± 0,37 0,95 ± 0,35 0,99 ± 0,42  L’efficience alimentaire peut être améliorée grâce aux stations de CI sur la partie mâle en engraissement :  Corrélations génétiques suffisamment élevées pour permettre un progrès génétique.  Phénotypage possible à partir de DAC ou d’auge.
  • 25. Focus sur d’autres résultats de BEEFALIM 2020 : de possibles prédicteurs de l’efficience alimentaire ? 25 -4 -3 -2 -1 0 1 2 3 4 -4 -3 -2 -1 0 1 2 3 4 t2 t1 RFI- RFI+ Q2 = 0.86 7 protéines : Immunité, Inflammation, métabolisme protéique et lipidique PROTEOMIQUE PLASMA Cassar-Malek et al., 2018 L’abondance naturelle en 15N Guarnido et al., 2020
  • 26. Conclusion  Les stations de contrôle individuel sont utiles pour sélectionner sur l’efficience alimentaire :  Pour optimiser l’engraissement des mâles  Quel que soit l’outil de mesure de l’ingestion utilisé  Attention cependant sur la manière d’utiliser les critères d’efficience alimentaire  Possible lien génétique avec les performances  Des conséquences possibles sur :  Les qualités de viande ?  La résilience ?  Les qualités d’élevage ? 26
  • 27. Perspectives  Réaliser des tests d’évaluation génomique  Les taureaux de CI constituent-ils une bonne population de référence ?  Quelle précision pour sélectionner les jeunes animaux ?  Quel modèle d’évaluation à utiliser ?  Affiner la compréhension du déterminisme génétique de l’efficience alimentaire :  Analyses d’association entre les critères d’efficience alimentaire et le génome des animaux  Identification de processus biologiques et voies métaboliques  Validation avec le métabolome, le protéome, les vitamines et les hormones mesurés sur une partie des animaux 27
  • 28. MERCI DE VOTRE ATTENTION ! 28