6ème Journée Technique, Accompagner les producteurs laitiers fermiers sur la réglementation et la qualité sanitaire Intervenant.e.s : S. Raynaud (Idele)

1. Maîtrise des
STEC hautement
pathogènes en
élevage : quoi de
neuf ?
6ème journée technique
Accompagner les producteurs laitiers fermiers sur la
réglementation et la qualité sanitaire
Interprofession
lait de brebis 64

2. Connaissances sur les Escherichia coli
productrices de shiga-toxines

3. Définitions
3
Escherichia coli
EPEC
Gène eae
5
sérotypes
EHEC des 5 sérotypes O157:H7, O26:H11,
0103:H2, O145:H28 et O111:H8, portant une
combinaison définie de facteurs de virulence.
STEC
Gène stx
EHEC
Gènes
stx eae
d’après avis anses du 18 mai 2017
Maîtrise des STEC hautement pathogènes en élevage : quoi de neuf ?

4. STEC et santé humaine
• Shiga-toxines (= vérotoxines)
• Plus d’une centaine de STEC isolées dont E. coli
O157:H7
• Certaines sont responsables de maladie chez
l’homme avec des formes parfois graves chez
les individus sensibles (colite hémorragique,
Syndrome Hémolytique et Urémique)
4Maîtrise des STEC hautement pathogènes en élevage : quoi de neuf ?

5. Importance de l’amont
• Réservoir tube digestif des ruminants, porteurs
sains
• Certaines souches retrouvées chez les animaux
laitiers et dans le lait et les produits laitiers
similaires à des souches ayant été impliquées
en pathologie humaine
• Contamination des produits pendant la
fabrication à l’usine est rare
Importance de la maîtrise de la qualité du
lait matière première en filière lait cru
5Maîtrise des STEC hautement pathogènes en élevage : quoi de neuf ?

6. Réglementation produits
• Pas de critère microbiologique (sauf pour graines
germées) mais le transformateur est responsable
des denrées mises sur le marché (obligation de
résultats et mise en place d’un PMS, règlements
européens du « paquet hygiène » : 178/2002,
852/2004, 2073/2005 et 853/2004)
• Guide d’aide à la gestion des alertes d’origine
alimentaire (DGAL, juillet 2009), avec annexe sur
les STEC
6Maîtrise des STEC hautement pathogènes en élevage : quoi de neuf ?

7. Etude STECAMONT 2015-2018
Interprofession
lait de brebis 64

8. STECAMONT
Objectifs du projet
8
Finalité : meilleure gestion des
cas de contamination du lait
dans les filières laitières
Améliorer les connaissances
sur les EHEC/EPEC à la
ferme en cas de
contamination du lait
Améliorer les connaissances
sur les EHEC/EPEC à la
ferme en cas de
contamination du lait
Tester l’efficacité de
mesures de maîtrise
Maîtrise des STEC hautement pathogènes en élevage : quoi de neuf ?

9. STECAMONT
Suivi des fermes
Suivi de 1 an : enquêtes et prélèvements de lait et dans
l’environnement
Suivi de 1 an : enquêtes et prélèvements de lait et dans
l’environnement
22 fermes livrant du lait ayant une contamination
persistante en EHEC ou EPEC
Travail sur l’excrétion
mammaire
Photo : D. Hardy, IDELE Photo : J-L. Simon, FRGDSRA Photo : Renée de Crémoux, Institut de l’Elevage
12 fermes caprines
Plus de connaissances
à acquérir
12 fermes caprines
Plus de connaissances
à acquérir
7 fermes
bovines
7 fermes
bovines
3 fermes
ovines
3 fermes
ovines
9Maîtrise des STEC hautement pathogènes en élevage : quoi de neuf ?

10. STECAMONT
Travail sur les prélèvements
10
Litière
(pédichiffonnettes
) Fèces
Chiffonnettes
mamelles Lait UHT ou eau
dans machine à
traire
Filtre à lait
Lait du tank
Abreuvoirs
Si besoin,
nuisibles et
oiseaux
Si besoin,
aliments et eau
au robinet
Maîtrise des STEC hautement pathogènes en élevage : quoi de neuf ?

11. Taux d’isolement de souches EHEC ou EPEC de
mêmes sérotypes dans différents échantillons
prélevés dans les 12 fermes caprines étudiées
11
Origine ou
nature des
prélèvements
Mélange
de fèces
de
chèvres
Fèces
individuels
Pédichiffonnettes
litière
Chiffonnettes
mamelle
Machine
à traire
(lait UHT)
Eau
d’abreuvoir
Filtre
machine
à traire
Lait de
tank
Nombre de
prélèvements
139 145 134 132 11 12 63 55
EHEC des 5
sérotypes
(éventuellement
avec souche EPEC)
12% 3% 17% 10% 0% 0% 17% 5%
EPEC des 5
sérotypes
0,7% 0,6% 13% 3% 0% 0% 5% 0%
EHEC : souche E.coli gènes eae+, stx+
EPEC : souche E.coli gènes eae+, stx-
5 sérotypes : O157:H7, O26:H11, 0103:H2, O145:H28 et O111:H8
Maîtrise des STEC hautement pathogènes en élevage : quoi de neuf ?

12. Des connaissances sur la contamination
du lait
• O26:H11, O103:H2, O157:H7, O145:H28, O111:H8
• Peu de lien direct avec les analyses de dénombrement de E. coli
• Présence intermittente, par exemple au cours d’une campagne de
collecte, et vraisemblablement faible
• Difficile de déterminer des plans d’auto-contrôles du lait (sauf
AQR avec historique)
• Exemple d’un élevage caprin (étude STECAMONT) :
12
Mars à septembre 2016 – O26:H11
MARS AVRIL MAI JUIN JUILLET AOUT SEPTEMBREMAIAVR JUIN JUIL AOUT SEPTMARS
Rouge : présence de STEHP ou AEEC de même sérotype confirmée
Vert : absence de STEHP ou AEEC de même sérotype
Blanc : pas d’analyse
Maîtrise des STEC hautement pathogènes en élevage : quoi de neuf ?

13. Lait et filtre à lait (lactoduc machine à traire)
pour 5 laits/filtres bovins, 4 ovins, 42 caprins
• Nombre de prélèvements ayant permis d’isoler
une souche EHEC ou EPEC des 5 sérotypes
13
Absence dans le
filtre MAT
Présence dans le
filtre MAT
Absence dans le lait 40 8
Présence dans le lait - 1
Maîtrise des STEC hautement pathogènes en élevage : quoi de neuf ?

14. Caractéristiques des souches isolées du
lait de tank
• 884 échantillons analysés provenant de 22 fermes
ayant livré du lait contaminé
14
Sérotype EHEC/EPEC Facteurs de virulence des souches
O26:H11
EHEC des 5 sérotypes 34 souches stx1, eae+
EPEC des 5 sérotypes 17 souches stx-, eae+
O103:H2
EHEC des 5 sérotypes 24 souches stx1, eae+
EPEC des 5 sérotypes 2 souches stx-, eae+
O157:H7
EHEC des 5 sérotypes 10 souches stx2, eae+
EPEC des 5 sérotypes
O145:H28
EHEC des 5 sérotypes 1 souche stx-, eae+
EPEC des 5 sérotypes
O111:H8 Pas de souche
Maîtrise des STEC hautement pathogènes en élevage : quoi de neuf ?

15. Elevage de chèvres C1
Résultats d’électrophorèses en champs pulsés (PFGE)
15
Fèces
Litière
Mamelle
Filtre
machine à
traite
Profils PFGE (DICE, UPGMA) des 22 souches O26:H11 issues de
l’élevage de chèvre C1 (Opt 1,5%, tol 1,5%)
PFGE TYPSTEC XbaI
100
90
80
70
PFGE TYPSTEC XbaI
Key
LAE150
LAE151
LAE152
LAE157
LAE75
LAE91
LAE92
LAE87
LAE5
LAE103
LAE198
LAE4
LAE6
LAE7
LAE8
LAE20
LAE21
LAE22
LAE25
LAE23
LAE24
LAE163
LAE164
LAE154
LAE155
groupe clonal PFGE
H
H
H
H
H
H
H
I
O
J
J
J
J
J
J'
J'
J'
J'
J
J
J
J
n°élevage
3046
3046
3046
3046
3046
3046
3046
3046
3046
3046
3046
3046
3046
3046
3046
3046
3046
3046
3046
3046
3046
3046
3046
3046
3046
Matrice
Fécès
Fécès
Fécès
Fécès
Lait cru tank
Lait cru tank
Lait cru tank
Lait cru tank
Filtre lait machine à traire
Lait cru tank
Pédichiffonnette
Filtre lait
Pédichiffonnette
Pédichiffonnette
Pédichiffonnette
Fécès
Pédichiffonnette
Pédichiffonnette
Litière
Litière
Litière
Chiffonnette mamelle
Chiffonnette mamelle
Pédichiffonnette
Fécès
Date prélèvement
06/07/16
06/07/16
06/07/16
06/07/16
30/05/16
23/06/16
25/06/16
15/06/16
21/09/15
01/09/16
05/09/16
21/09/15
08/07/15
08/07/15
08/07/15
05/10/15
05/10/15
05/10/15
05/10/15
05/10/15
05/10/15
05/09/16
05/09/16
06/07/16
06/07/16
Sérotype
O26:H11
O26:H11
O26:H11
O26:H11
O26:H11
O26:H11
O26:H11
O26:H11
O103
O157:H7
O26:H11
O26:H11
O26:H11
O26:H11
O26:H11
O26:H11
O26:H11
O26:H11
O26:H11
O26:H11
O26:H11
O26:H11
O26:H11
O157
O111
eae
+
+
+
+
+
+
+
+
-
+
+
+
+
+
+
-
-
-
-
+
+
+
+
-
-
stx1
+
+
+
+
+
+
+
+
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
stx2
-
-
-
-
-
-
-
-
-
+
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
2016
2016
2015
2015
2016 Stx1+
Stx-
Stx-
Lait de tank
Maîtrise des STEC hautement pathogènes en élevage : quoi de neuf ?

16. Elevage de brebis B1
Résultats d’électrophorèses en champs pulsés (PFGE)
16
PFGE TYPSTEC XbaI
100
90
PFGE TYPSTEC XbaI
Key
LAE148
LAE187
LAE145
LAE146
LAE147
LAE153
LAE188
Matrice
Chiffonnette
Pédichiffonnette
Lait cru
Chiffonnette
Chiffonnette
Fientes d'oiseaux
Pédichiffonnette
Date prélèvement
29/06/16
29/06/16
29/06/16
29/06/16
29/06/16
29/06/16
29/06/16
Sérotype
O157:H7
O157:H7
O157:H7
O157:H7
O157:H7
O157:H7
O157:H7
eae
+
+
+
+
+
+
+
stx1
-
-
-
-
-
-
-
stx2
+
+
+
+
+
+
+
Fèces
Litière
Mamelle
Lait
Oiseaux
Profils PFGE (DICE, UPGMA) des 7 souches O157:H7
issues de l’élevage de Brebis B1 (Opt 1,5%, tol 1,5%)
Maîtrise des STEC hautement pathogènes en élevage : quoi de neuf ?

17. Conclusion PFGE
• Plusieurs profils pour un même sérotype, voire
pour des souches ayant les mêmes gènes de
virulence (par exemple O26:H11 eae+, stx1+)
• Grande diversité des souches inter et intra-
élevage
• Pour O157:H7, O103:H2 et 0145:H28, des
souches identiques circulant entre élevages
17Maîtrise des STEC hautement pathogènes en élevage : quoi de neuf ?

18. STECAMONT
Mesures de maîtrise classiques recommandées après enquête
18
Améliorer curage et paillage, nettoyage des
abreuvoirs et des auges,
éviter les croisements animaux-déjections et
aliments/eau-déjections
Gestion des jeunes ?
Contrôle des oiseaux, des
mouches et des rongeurs
Maîtrise des diarrhées
et des ramollissements
de fèces
Améliorer entretien et
nettoyage machine à traire
Améliorer la propreté des trayons
avant la traite, propreté de l’aire
d’attente et de la salle de traite
Limitation
des stress ?
Photo : B. Cordier Photo : L. Thomas, GDS69
Maîtrise des STEC hautement pathogènes en élevage : quoi de neuf ?

19. Voies de circulation dans l’élevage et de
contamination du lait
19
Eau
Passage
dans le lait
Circulation dans
l’élevage
dont litières, effluents,
autres espèces, jeunes, eau,
abreuvoirs…
Portage et excrétion
fécale
Arrivée dans l’élevage
Maîtrise des STEC hautement pathogènes en élevage : quoi de neuf ?

20. STECHP
Approche curative
20
Eau
Excrétion mammaire ?
Réservoir secondaire : matériel
laitier mal nettoyé et/ou mal
conçu/entretenu ?
Passage dans le lait
Circulation dans l’élevage
(dont litières, effluents,
autres espèces, jeunes, eau,
abreuvoirs…)
Portage et excrétion fécale
1 – bloquer le passage dans le lait
2 – baisser la pression, diminuer
circulation dans l’élevage
Arrivée dans
l’élevage
Maîtrise des STEC hautement pathogènes en élevage : quoi de neuf ?

21. Conclusion STECAMONT
• Connaissances sur la circulation des souches en
élevage (contamination fécale)
• Prélèvements à privilégier lors d’une
intervention en élevage
• Connaissances sur les STEC en élevage caprin
• Excrétion mammaire
• Test de mesures de maîtrise
• Des travaux à poursuivre sur les facteurs de
risque de contamination du lait et des élevages
21Maîtrise des STEC hautement pathogènes en élevage : quoi de neuf ?

22. Remerciements
22
Les auteurs remercient les éleveurs qui ont participé
activement à cette étude, ainsi que le laboratoire de
Touraine, le LIAL MC et le LILANO pour la réalisation
de recherches de STEC. Cette étude a reçu le soutien
financier du Ministère de l’Agriculture
(FranceAgriMer-CASDAR), du CNIEL, de l’ANICAP et
de la CONFÉDÉRATION GÉNÉRALE DE ROQUEFORT.
La responsabilité du ministère chargé de l’agriculture ne saurait être engagée.
Sources photos : D. Bergonier (ENVT), S. Raynaud, D. Hardy, R. De Crémoux (Institut de l’Elevage), L. Forrary (Laiteries H. Triballat), B. Cordier (Brebis Lait Provence), JL Simon (FRGDS RA)
Maîtrise des STEC hautement pathogènes en élevage : quoi de neuf ?

23. Circulation en élevage et
contamination du lait
Approche préventive
23

24. Démarches d’intervention à la ferme
• Bien distinguer le préventif du curatif et le
contexte.
• Prévention : déjà beaucoup de choses de faites
/ maîtrise des contamination fécales (bonnes
pratiques, démarches qualité, surveillance des
laits collectés…).
24Maîtrise des STEC hautement pathogènes en élevage : quoi de neuf ?

25. STECHP
Eviter la contamination des animaux
• Avoir des animaux en bonne santé
• Entretien des litières et qualité du logement
• Gestion des effluents (3 semaines entre
épandage et pâturage ou récolte de fourrage)
25
Un entretien régulier
de la litière
Maîtrise des STEC hautement pathogènes en élevage : quoi de neuf ?

26. STECHP
Eviter la contamination des animaux
• Eau : qualité de l’eau - protection des points
d’eau – entretien des abreuvoirs
• Protection des aliments des souillures animales
(conception, stockage et distribution des
fourrages et des concentrés)
26
Une eau de bonne
qualité même si l’eau
provient d’une
ressource privée
Maîtrise des STEC hautement pathogènes en élevage : quoi de neuf ?

27. STECHP
Eviter la contamination du lait
• Trayons propres et secs
• Technique de traite qui limite au
maximum les contaminations
fécales
• Eau : qualité de l’eau - protection
des points d’eau
• Bonne conception – entretien -
nettoyage de la machine à traire
27
Des trayons propres
et secs pour éviter les
contaminations
fécales
Maîtrise des STEC hautement pathogènes en élevage : quoi de neuf ?

28. Mais attention l’élevage ne doit pas
devenir une salle blanche…
…les écosystèmes microbiens de la ferme sont un
atout dans la maîtrise des pathogènes et sont
essentiels pour la qualité du lait cru et des produits
28Maîtrise des STEC hautement pathogènes en élevage : quoi de neuf ?

29. Guide CNIEL
Etat des connaissances sur les STEC en filières laitières - 26 novembre 2018

30. Des travaux de recherche et un groupe
d’échanges professionnel piloté par le CNIEL
• Evaluation des kits
• Optimisation
analyses de lait
• Séquençage total du
génome (WGS)
• Autres marqueurs PCR
• Analyse quantitative de
l’exposition et du
risque
• Croissance et survie
• Plan d’échantillonnage
• Pouvoir pathogène
des souches
• Mesures de maîtrise
• Facteurs de risque
• Rôle des écosystèmes de
la ferme
ELEVAGE
PATHOGE
NICITE
ANALYSESUSINE
30Maîtrise des STEC hautement pathogènes en élevage : quoi de neuf ?

31. 31Maîtrise des STEC hautement pathogènes en élevage : quoi de neuf ?