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9ÈMES JOURNÉES TECHNIQUES
CAPRINES
26 AU 28 MARS 2024
À DIENNÉ
Retour sur les indicateurs de santé et
de bien-être collectés dans le cadre
du programme SMARTER : état des
lieux et perspectives d’utilisation
Isabelle PALHIERE, INRAE, UMR GenPhySE, UMT STAR
INRAE : Rachel Rupp
idele : Marjorie Chassier, Renée de Crémoux
ANSES : Marianne Berthelot
Capgenes : Apolline Bailly-Salins, Antoine Gourdon
p. 2
Contexte
 SMARTER (2018-2023) : Projet européen qui vise à améliorer, par la sélection, la
résilience et l’efficience des petits ruminants (https://www.smarterproject.eu/)
 Protocole en fermes : 14 élevages caprins impliqués
(12 élevages sélectionneurs + 2 unités expérimentales)
 Nombreux phénotypes collectés chez ces éleveurs
 Dont des critères de santé et de bien-être
p. 3
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 Nombreux phénotypes collectés chez ces éleveurs
 Dont des critères de santé et de bien-être
Mise au point d’une grille d’évaluation de la santé et du bien-être (2019) :
• 11 indicateurs mesurés à l’échelle individuelle
• Définis d’après le référentiel AWIN (Animal Welfare Indicators, 2015)
• Issus des résultats du projet Goatwell (2018-2020, Région Nouvelle Aquitaine, ANICAP)
• Couvrant le principe de « bonne santé »
 absence de maladies, de blessures et de douleur
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Objectifs de l’étude
Evaluer la faisabilité d’un phénotypage individuel « rapide et simple »
de la santé et du bien-être
Réaliser un état des lieux de ces indicateurs dans une diversité de
systèmes d’élevages
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génétique
p. 5
Protocole et données
Protocole
 11 critères individuels  « bon état de santé » de la chèvre
 Définis par idele, ANSES, INRAE
 Mesurés par Capgenes (2 pointeurs)
 La majorité des indicateurs sont du type présence/absence (2 modalités)
Données
 14 élevages
 Primipares uniquement
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• déséquilibre mammaire : pointé depuis 2016
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Les critères de santé et bien-être étudiés
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Crédit photo: Marianne Berthelot (2019)
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p. 11
0
5
10
15
20
25
%
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Existe-t-il un lien entre « nombre de critères observés »
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p. 17
La génétique influence-t-elle les critères de santé
et de bien-être ?
 Etude sur 3 critères dans un premier temps
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 Pour répondre, on estime un paramètre : l’héritabilité
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p. 18
Héritabilité de quelques critères de santé et bien
-être
Critère Héritabilité (h²)
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Pour « sac mammaire » : héritabilité modérée
similaire à celles des autres critères de la morpho de la mamelle
Pour les autres critères : héritabilités faibles
conformes à ce qu’on s’attend pour des critères de santé
Une sélection sera difficile mais possible
Rappel
h² lait = 30%
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p. 19
Conclusion et perspectives d’utilisation
 Un phénotypage individuel de la santé et du bien-être, simple et rapide, est possible
 Utilisation d’un nombre limité d’indicateurs
 Ciblé sur des animaux particuliers (chèvres en première lactation)
 Pour caractériser « un bon état de santé » des chèvres
 Dans des systèmes d’élevages variés
 Cela a permis d’avoir un bon panorama de ces critères à la fois à l’échelle des
élevages et des chèvres
 Certains critères ont un déterminisme génétique
 Une piste intéressante à creuser pour réduire leur fréquence ?
 Une sélection sera difficile mais peut contribuer à améliorer la situation, en complément
des mesures sanitaires
 Des analyses à poursuivre
 Héritabilité des autres critères
 Lien avec d’autres caractères (reproduction, ingestion,…)
 Détection de gènes impliqués dans le contrôle de ces critères
p. 20
Merci pour votre attention
Remerciements
Aux éleveurs SMARTER

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JTC 2024 - SMARTER Retour sur les indicateurs de santé .pdf

  • 1. 9ÈMES JOURNÉES TECHNIQUES CAPRINES 26 AU 28 MARS 2024 À DIENNÉ Retour sur les indicateurs de santé et de bien-être collectés dans le cadre du programme SMARTER : état des lieux et perspectives d’utilisation Isabelle PALHIERE, INRAE, UMR GenPhySE, UMT STAR INRAE : Rachel Rupp idele : Marjorie Chassier, Renée de Crémoux ANSES : Marianne Berthelot Capgenes : Apolline Bailly-Salins, Antoine Gourdon
  • 2. p. 2 Contexte  SMARTER (2018-2023) : Projet européen qui vise à améliorer, par la sélection, la résilience et l’efficience des petits ruminants (https://www.smarterproject.eu/)  Protocole en fermes : 14 élevages caprins impliqués (12 élevages sélectionneurs + 2 unités expérimentales)  Nombreux phénotypes collectés chez ces éleveurs  Dont des critères de santé et de bien-être
  • 3. p. 3 Contexte  SMARTER (2018-2023) : Projet européen qui vise à améliorer, par la sélection, la résilience et l’efficience des petits ruminants (https://www.smarterproject.eu/)  Protocole en fermes : 14 élevages caprins impliqués (12 élevages sélectionneurs + 2 unités expérimentales)  Nombreux phénotypes collectés chez ces éleveurs  Dont des critères de santé et de bien-être Mise au point d’une grille d’évaluation de la santé et du bien-être (2019) : • 11 indicateurs mesurés à l’échelle individuelle • Définis d’après le référentiel AWIN (Animal Welfare Indicators, 2015) • Issus des résultats du projet Goatwell (2018-2020, Région Nouvelle Aquitaine, ANICAP) • Couvrant le principe de « bonne santé »  absence de maladies, de blessures et de douleur
  • 4. p. 4 Objectifs de l’étude Evaluer la faisabilité d’un phénotypage individuel « rapide et simple » de la santé et du bien-être Réaliser un état des lieux de ces indicateurs dans une diversité de systèmes d’élevages  échelle élevage et échelle animal Etudier les facteurs de variation de ces indicateurs et leur lien avec les autres caractères Estimer si les indicateurs de santé et bien-être ont un déterminisme génétique
  • 5. p. 5 Protocole et données Protocole  11 critères individuels  « bon état de santé » de la chèvre  Définis par idele, ANSES, INRAE  Mesurés par Capgenes (2 pointeurs)  La majorité des indicateurs sont du type présence/absence (2 modalités) Données  14 élevages  Primipares uniquement  Pointées une seule fois, en cours de lactation  2 campagnes successives (2020 – 2021)  1977 chèvres évaluées  ≈ moitié Alpine / moitié Saanen
  • 6. p. 6 Protocole et données Protocole  11 critères individuels  « bon état de santé » de la chèvre  Définis par idele, ANSES, INRAE  Mesurés par Capgenes (2 pointeurs)  La majorité des indicateurs sont du type présence/absence (2 modalités) Données  14 élevages  Primipares uniquement  Pointées une seule fois, en cours de lactation  2 campagnes successives (2020 – 2021)  1977 chèvres évaluées  ≈ moitié Alpine / moitié Saanen 2 autres indicateurs Issus des pointages faits en routine par Capgenes • déséquilibre mammaire : pointé depuis 2016 • kystes : pointé depuis 2018 Connus pour 1971 chèvres « SMARTER » Etude génétique faite par Eva Dick, idele (2022)
  • 7. p. 7 Les critères de santé et bien-être étudiés 1.Indicateurs en lien avec les pratiques d’élevage Indicateur Modalité Ecornage 1 repousse pas vers la tête 1 repousse qui revient vers la tête Onglons Déformés
  • 8. p. 8 Les critères de santé et bien-être étudiés 1.Indicateurs en lien avec les pratiques d’élevage Indicateur Modalité Ecornage 1 repousse pas vers la tête 1 repousse qui revient vers la tête Onglons Déformés 2.Indicateurs en lien avec la santé de la mamelle Indicateur Modalité Sac mammaire Présence Déséquilibre mammaire Asymétrie 1-2 doigts Asymétrie 3-5 doigts Asymétrie >1 main Kyste 1 kyste isolé sur 1 hémi-mamelle Plusieurs kystes Absence de sac mammaire Présence de sac mammaire
  • 9. p. 9 Les critères de santé et bien-être étudiés 3.Indicateurs en lien avec la santé Indicateur Modalité Boiterie Sévère Propreté de l’arrière train Présence de souillures Présence importante de souillures Ecoulement oculaire Léger et transparent Abondant et/ou purulent Ecoulement nasal Présence d’écoulement Arthrite / CAEV Présence de gros genoux Abcès Présence d’au moins 1 abcès Etat corporel Maigre Gras Pelage Mauvais état Crédit photo: Marianne Berthelot (2019) Crédit photo: Marianne Berthelot (2019)
  • 11. p. 11 0 5 10 15 20 25 % chèvres Fréquence des différents critères de santé et bien-être Indicateurs, classés par fréquence croissante
  • 12. p. 12 0 5 10 15 20 25 % chèvres Fréquence des différents critères de santé et bien-être peu fréquents ≤5% fréquents 10-20% 2 groupes d’indicateurs Indicateurs, classés par fréquence croissante
  • 13. p. 13 Incidence par élevage Exemple 1 : « gros genoux »  La moitié des élevages sont concernés Exemple 2 : « abcès »  Tous les élevages sont concernés
  • 14. p. 14 35% des chèvres n’ont aucun critère observé 10% des chèvres ont ≥ 3 critères observés (2,2% hors écornage et onglons) Incidence par chèvre Répartition des chèvres mesurées selon leur nombre total de critères observés Méthode : pour chaque critère : présence =1 / absence =0 pour chaque chèvre : somme des 13 critères  nombre total de critères observés
  • 15. p. 15 Existe-t-il un lien entre « nombre de critères observés » et potentiel de l’animal ? Nombre total de critères observés par chèvre Pas de lien avec les caractères laitiers Pas de lien avec la longévité : nombre de lactations et le nb total de jours en lait Bilan provisoire Lien avec les cellules somatiques du lait x2
  • 16. p. 16 Existe-t-il un lien entre « nombre de critères observés » et potentiel de l’animal ? 63% 88% Nombre de critères observés en lien avec la mamelle (déséquilibre + kyste + sac) Lien avec % réforme  Les chèvres avec 2 critères observés en lien avec la mamelle sont réformées plus tôt 22% 39%
  • 17. p. 17 La génétique influence-t-elle les critères de santé et de bien-être ?  Etude sur 3 critères dans un premier temps + résultats sur « déséquilibre mammaire » et « kyste » issus d’une précédente étude (Eva Dick, idele, 2022)  Pour répondre, on estime un paramètre : l’héritabilité  Part de la variabilité observée qui est expliquée par les gènes Génétique ? Facteurs d’environnement Variabilité du critère
  • 18. p. 18 Héritabilité de quelques critères de santé et bien -être Critère Héritabilité (h²) Arthrite / CAEV 11% Abcès 4% Sac mammaire 26% Déséquilibre mammaire* 2% Kyste* 4% *résultats estimés par Eva Dick sur un plus grand jeu de données Pour « sac mammaire » : héritabilité modérée similaire à celles des autres critères de la morpho de la mamelle Pour les autres critères : héritabilités faibles conformes à ce qu’on s’attend pour des critères de santé Une sélection sera difficile mais possible Rappel h² lait = 30% h² cellules = 20%
  • 19. p. 19 Conclusion et perspectives d’utilisation  Un phénotypage individuel de la santé et du bien-être, simple et rapide, est possible  Utilisation d’un nombre limité d’indicateurs  Ciblé sur des animaux particuliers (chèvres en première lactation)  Pour caractériser « un bon état de santé » des chèvres  Dans des systèmes d’élevages variés  Cela a permis d’avoir un bon panorama de ces critères à la fois à l’échelle des élevages et des chèvres  Certains critères ont un déterminisme génétique  Une piste intéressante à creuser pour réduire leur fréquence ?  Une sélection sera difficile mais peut contribuer à améliorer la situation, en complément des mesures sanitaires  Des analyses à poursuivre  Héritabilité des autres critères  Lien avec d’autres caractères (reproduction, ingestion,…)  Détection de gènes impliqués dans le contrôle de ces critères
  • 20. p. 20 Merci pour votre attention Remerciements Aux éleveurs SMARTER