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La Science Ouverte

    Nuit de la Liberté 2012
Université Laval au Musée de la
           Civilisation
       Jean-Claude Bradley
         Professeur de chimie
           Université Drexel


           8 Novembre 2012
Aujourd’hui on prend pour acquis l'accès libre
       a certaines bases de données
Ce n’est pas the le cas pour la plupart des
     bases de données scientifiques




        Par exemple, quel est le
      point de fusion de l’ éthanol?
On essai avec Google…




…mais d’où vient ce chiffre?
…est-ce un résultat fiable?
On essai avec NIST – une base de données
           gouvernementale..




   …et on obtient un résultat différent.
   …En plus, les données ne sont pas
        complètement ouvertes:
On essai avec ChemSpider – une base de
     données par crowdsourcing..




 …et on obtient d’autres résultats différents
C'est seulement après avoir recueilli le plus grand
nombre de sources possible que l'on peut observer
          une convergence des données
C'est le contraire du modèle
               « source fiable »


• Tous les résultats sont affichés et ne sont
  jamais effacés
• Les valeurs aberrantes sont marqués en
  rouge et ne contribuent pas à la moyenne
Les collections de données ouvertes sont
      essentielles pour ce modèle



    données
               transformation
    ouvertes                    données
                                ouvertes
    données
    ouvertes


enchaînement de provenance transparent
Collections ouvertes de données de Point de fusion
Actuellement 20.000 composés avec des points de fusion ouverts
La participation de tous les acteurs n'est pas
    nécessaire pour la science ouverte

    Il suffit en effet quelques contributions
•   Seulement un seul fournisseur majeur chimique (Alfa
    Aesar) et une seule agence gouvernementale (EPA) ont
    accepté de faire don de leur collection de point de fusion
    pour le domaine public
•   Il y a maintenant suffisamment de sources ouvertes pour
    observer une convergence évidente pour le point de fusion
    de l'éthanol (et de nombreux autres composés)
Modélisation de données ouvertes de point de fusion
 utilisant les descripteurs de CDK (Andrew Lang)

    R2 = 0.78, TPSA and nHdon most important
La Science par Cahier de Laboratoire Ouvert
La collecte de données sur la solubilité
        par « crowdsourcing »
Les mesures de solubilité recueillies
 dans une feuille de calcul Google
Requête Web basé sur la feuille de
  calcul Google (Rajarshi Guha)
Provenance des données:
Un article de Wikipédia conduit...
…au cahier de laboratoire et les
      données brutes
Données brutes en images



Splatter?


Some liquid
YouTube pour démontrer les expériences
Optimisation du système éducatif pour
  contribuer de la nouvelle science


        Cours de Recherche
d‘Information Chimique à Drexel
     (automnes 2009-2012)
La fiche de validation de l'information chimique

      Environs 2000 mesures vérifiées et
                 référencées
Explorateur de Point de fusion
Services Web dans une feuille de calcul
              Google




                             (Andrew Lang)
Intégration des services Web multiples à
 Recommander Solvants pour réactions




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Utilisation de point de fusion pour la prédiction de
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Livre Reaction Attempts
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Conclusions

• La science ouverte permet et encourage la
  réutilisation maximale des données aux fins
  pratiques.
• Il bénéficie à la fois celui qui partage et la
  communauté scientifique.
• Il n'est pas nécessaire que tous les acteurs
  contribuent ouvertement dans un domaine - dans
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  uns pour atteindre une masse critique.

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Nuit de la Liberté - Science Ouverte avec Jean-Claude Bradley

  • 1. La Science Ouverte Nuit de la Liberté 2012 Université Laval au Musée de la Civilisation Jean-Claude Bradley Professeur de chimie Université Drexel 8 Novembre 2012
  • 2. Aujourd’hui on prend pour acquis l'accès libre a certaines bases de données
  • 3. Ce n’est pas the le cas pour la plupart des bases de données scientifiques Par exemple, quel est le point de fusion de l’ éthanol?
  • 4. On essai avec Google… …mais d’où vient ce chiffre? …est-ce un résultat fiable?
  • 5. On essai avec NIST – une base de données gouvernementale.. …et on obtient un résultat différent. …En plus, les données ne sont pas complètement ouvertes:
  • 6. On essai avec ChemSpider – une base de données par crowdsourcing.. …et on obtient d’autres résultats différents
  • 7. C'est seulement après avoir recueilli le plus grand nombre de sources possible que l'on peut observer une convergence des données
  • 8. C'est le contraire du modèle « source fiable » • Tous les résultats sont affichés et ne sont jamais effacés • Les valeurs aberrantes sont marqués en rouge et ne contribuent pas à la moyenne
  • 9. Les collections de données ouvertes sont essentielles pour ce modèle données transformation ouvertes données ouvertes données ouvertes enchaînement de provenance transparent
  • 10. Collections ouvertes de données de Point de fusion Actuellement 20.000 composés avec des points de fusion ouverts
  • 11. La participation de tous les acteurs n'est pas nécessaire pour la science ouverte Il suffit en effet quelques contributions • Seulement un seul fournisseur majeur chimique (Alfa Aesar) et une seule agence gouvernementale (EPA) ont accepté de faire don de leur collection de point de fusion pour le domaine public • Il y a maintenant suffisamment de sources ouvertes pour observer une convergence évidente pour le point de fusion de l'éthanol (et de nombreux autres composés)
  • 12. Modélisation de données ouvertes de point de fusion utilisant les descripteurs de CDK (Andrew Lang) R2 = 0.78, TPSA and nHdon most important
  • 13. La Science par Cahier de Laboratoire Ouvert
  • 14. La collecte de données sur la solubilité par « crowdsourcing »
  • 15. Les mesures de solubilité recueillies dans une feuille de calcul Google
  • 16. Requête Web basé sur la feuille de calcul Google (Rajarshi Guha)
  • 17. Provenance des données: Un article de Wikipédia conduit...
  • 18. …au cahier de laboratoire et les données brutes
  • 19. Données brutes en images Splatter? Some liquid
  • 20. YouTube pour démontrer les expériences
  • 21. Optimisation du système éducatif pour contribuer de la nouvelle science   Cours de Recherche d‘Information Chimique à Drexel (automnes 2009-2012)
  • 22. La fiche de validation de l'information chimique Environs 2000 mesures vérifiées et référencées
  • 23. Explorateur de Point de fusion
  • 24. Services Web dans une feuille de calcul Google (Andrew Lang)
  • 25. Intégration des services Web multiples à Recommander Solvants pour réactions (Andrew Lang)
  • 26. Utilisation de point de fusion pour la prédiction de la solubilité dépendante de la température
  • 27.
  • 28.
  • 31.
  • 34. Conclusions • La science ouverte permet et encourage la réutilisation maximale des données aux fins pratiques. • Il bénéficie à la fois celui qui partage et la communauté scientifique. • Il n'est pas nécessaire que tous les acteurs contribuent ouvertement dans un domaine - dans de nombreux cas il ne nécessite que quelques- uns pour atteindre une masse critique.