Intervention lors de l'Ecole-IST Inra (Marne-la-Vallée, mai 2015).

1. 27_05_2015 Antoine Blanchard
Retour sur 5 années
d’évolution des
problématiques IST
Rapport d’étonnement

2. 2P_
Qui suis-je ?
• Double formation ingénieur agronome et MSc en
sociologie des sciences
• Blogueur de science depuis 2008 (« Enro »)
• 2004 : stage bibliométrie à l’OST
• 2005-2008 : spécialiste information brevet dans
l’industrie
• 2009-2014 : directeur associé de Deuxième labo
• 2014-… : chargé du programme numérique de
l’IdEx Bordeaux

3. 3P_

4. 4P_
Quelle est la place de
l’IST dans la recherche ?

5. 5P_
Cycle de la vie de la recherche
Idée de
recherche
Demande de
financement
Projet
financé
Rapport
final
Publications
scientifiques

6. 6P_
Laissons parler les directeurs/rices d’unité
• Portails documentaires,
archives scientifiques,
numérisation, besoin de
documentation
• Gestion des affiliations,
recensement des
publications, archives
ouvertes, édition mutualisée
• Visibilité des publications,
indicateurs bibliométriques,
droit des données et
publications, gestion des
données de la recherche

7. 7P_
Cycle de la vie de la recherche
Idée de
recherche
Demande de
financement
Projet
financé
Rapport
final
Publications
scientifiques
ISTIST

8. 8P_
Chaîne de l’IST « publique
»
Idée de
recherche
Demande de
financement
Projet
financé
Rapport
final
Publications
scientifiques
• CV normalisé
• liste des publications
• impact
• référentiel des projets
• présence web du projet
• auto-archivage
• signalement

9. 9P_
Pourquoi faire ?
• Le rêve d’un portail de la recherche française

10. 10P_
Pendant ce temps en France…

11. 11P_
Mettre fin aux cimetières à informations…
• Rapport de l’Académie des sciences sur les structures de la r
(septembre 2012) :
– « La facilité de diffusion par voie électronique de questionnaires
construits de manière peu rationnelle par des personnes très
éloignées des laboratoires et n’ayant pas une connaissance
réelle de la vie des laboratoires amène les chercheurs à passer
un temps de plus en plus grand à remplir de trop nombreux
formulaires qui nourrissent des “cimetières à informations” dont
la taille semble seulement limitée par celle des serveurs qui
hébergent ces formulaires une fois remplis. »
• La règle devrait être : « input once, output many »

12. 12P_
…et faire ce que l’IST sait faire !

13. 13P_
Projet Conditor
• Expérience pilote (mars 2013 à février 2014) : bâtir un référentiel bibliographique pour partager
les métadonnées décrivant la production scientifique nationale et mettre en commun et les
inventaires de cette production scientifique.
• Ce n’est pas une archive (le texte intégral n’est pas inclus), ni un outil de d’aide à la décision
(aucun indicateur n’est produit), ni un portail (il n’est pas prévu d’interface web pour les
utilisateurs finaux), ni un CRIS (pas de gestion de la recherche)… mais un référentiel contenant
des données de qualité permettant l’interopérabilité.
• Pour ce faire, Conditor met en commun les bases de données bibliographiques des
établissements participant et les traite par :
– curation et traitement des métadonnées
– détection des doublons
– enrichissement par d’autres référentiels (Répertoire national des structures de recherche, identifiants
uniques ORCID et idRef…)
• L’expérience pilote a permis de reconnaître que c’était « faisable » et que ça permettrait à
terme d’éviter les saisies de données redondantes, à condition d’améliorer le traitement du
corpus (notamment la détection des doublons et l’incorporation des référentiels des structures
et des auteurs), d’investir dans le nettoyage et la vérification manuels en sus du traitement
automatique.

14. 14P_
Référencement des publications
=> il faut automatiser la chaîne de traitement de l’IST, et on a besoin de professionnels pour
construire et gérer cette chaîne

15. 15P_
Ma prédiction
La gestion de référentiels recherche va
devenir le nouveau « métier caché » de l’IST
(comme le catalogage et la gestion des abonnements
aujourd’hui)
15

16. 16P_
Effet collatéral sur les annuaires de labo
http://labokitsch.tumblr.com/

17. L’annuaire du futur est déjà là !

18. 18P_
L’an 1 des archives
ouvertes

19. Titre FAI Pays Ville Lien
Detection of Bonamia
ostreae and B. exitiosa
(Haplosporidia) in Ostrea
edulis from the Adriatic
Sea (Italy)
Florida Atlantic
University
United
States
Boca
Raton
Recherche Google Scholar :
bonamia crassostrea
In situ adsorption of
mercury, methylmercury
and other elements by iron
oxyhydroxides and organic
matter in lake sediments
Institut Polytechnique
LaSalle-Beauvais
France Beauvais Recherche Google :
ubiquitous metallic trace
element in surficial waters
L’Ifremer
comme
modèle
• mandat de dépôt
• archive institutionnelle <->
annuaire
• informations visiteurs
envoyées aux chercheurs

20. 20P_
L’allergie française au mandat de dépôt

21. 21P_
L’allergie française au mandat de dépôt
• Le président de l’ANR nous écrit (mai 2015) :
– « Par ailleurs, je tiens à vous rappeler que l’ANR a
réaffirmé son engagement pour le libre accès aux
publications en signant, aux côtés de 25 établissements de
recherche, une convention de partenariat en faveur des
archives ouvertes et en particulier de la plateforme
commune d'archives ouvertes "HAL", en avril 2013. (…)
De plus, l’ANR mentionne explicitement dans son appel à
projets générique 2015 sa recommandation de dépôt
des publications dans l’archive ouverte HAL ou toute
archive institutionnelle (p.21 guide du déposant). »

22. 22P_
Le statut enviable mais
incertain de l’auteur

23. 23P_
Thèse de David Pontille (2004)

24. 24P_

25. 25P_

26. 26P_

27. 27P_

28. 28P_

29. 29P_
Cas de l’affaire Voinnet
• « Maria Teresa Ruiz placed the responsibility for a problematic figure in Ruiz et al. on her co-author
Voinnet »
• « Andrew Hamilton confirmed that the criticised data in Hamilton et al. originated from Voinnet as well. »
• « Susana Rivas admitted that the suspicious figure in Voinnet et al. does contain her own data, though it
was assembled by Voinnet. »
• « Yvonne Pinto, declined any responsibility for the incriminated figures in the PNAS paper by Voinnet,
Pinto & Baulcombe. According to Hamilton, group leader Baulcombe was not personally involved in the
compilation of figures at that time. »
• « James Carrington, referred the liability for the discrepancies in two collaboratively-produced Science
publications distinctly onto the Voinnet lab. »
• « Jonathan Jones, group leader at The Sainsbury Laboratory (TSL) in Norwich, made clear that the
critical figure in his Science paper, Navarro et al. was created in Voinnet’s lab »
• « Former collaborators indicated that a certain likely manipulated image in Sansregret et al. was
generated in the lab of Voinnet. »
• « Edith Heard, professor at the Institut Curie in Paris, also passed the responsibility for the reported
inconsistencies in two of her papers in PLoS Genetics onto Voinnet and his former employee Constance
Ciaudo. »
29

30. 30P_
Réutilisation des données en libre accès
• Co-auteur ou dans les remerciements ?
• Encore du chemin à parcourir dans les
labos…

31. 31P_
Recherche reproductible
et intégrité scientifique

32. 32P_
Tribune dans « Le Monde » (juillet 2013)

33. 33P_
Initiatives françaises pour la
reproductibilité de la recherche
33

34. 34P_
Plus que de bonnes pratiques, une condition
de l’intégrité scientifique
« We often forget that scientific knowledge is reliable not because
scientists are more clever, objective or honest than other people,
but because their claims are exposed to criticism and replication.
The key to protecting science, therefore, is to strengthen self-
correction. Publication, peer-review and misconduct investigations
should focus less on what scientists do, and more on what they
communicate. »

35. 35P_
Toute omission trompeuse est une fraude !
• « A good start would be to redefine misconduct as distorted
reporting: ‘any omission or misrepresentation of the
information necessary and sufficient to evaluate the validity
and significance of research, at the level appropriate to the
context in which the research is communicated’. »
• « By focusing on reporting practices, the community would
respect scientific autonomy but impose fairness. A scientist
should be free to decide, for example, that ‘fishing’ for
statistical significance is necessary. However, guidelines
would require a list of every test used, allowing others to infer
the risk of false positives. »

36. 36P_
La tentation de la promesse
Katja Bargum (2006), « Write and Wrong »,
Nature, 22 juin, vol. 441, n° 7096 , p. 1024

37. 37P_
Et l’archivage dans tout
ça ?

38. 38P_
Grosse marge de progression

39. 39P_
D’autant plus que le financement des activités
de gestion des données de la recherche est…

40. 40P_
Une préoccupation récurrente
« L'affectation sur des projets courts, comme c'est le cas en tout cas
à l’Inria, me semble compromettre l'investissement dans ces projets.
Comment s'investir dans un projet quand on ne sait pas combien de
temps on va rester dessus ? ou quand on va être affecté ailleurs
dans quelques mois ? Personnellement, je considère que
l'investissement du développeur est la condition nécessaire pour
insuffler un potentiel d'évolution à un logiciel : coder en pensant à
l'avenir influe sur les décisions d'architectures, structures de
données et autres. Quid alors des logiciels développés sans
vision de l'avenir car sans investissement possible ? Je
pense qu'ils finissent en grande partie à la poubelle. »
— un IR Inria le 13 novembre 2012

41. 41P_
Sur le blog de Deuxième labo

42. 42P_
Sur le blog de Deuxième labo
1. Les archivistes s’occupent aussi d’archivage électronique
2. Les archives d’un établissement d’enseignement supérieur et de recherche naissent souvent au m
3. L’archivage institutionnel de la recherche est extrêmement réglementé
4. Les archives d’un chercheur appartiennent à son institution
5. Si vous possédez chez vous des documents historiques d’intérêt général pour une discipline ou u
6. L’archivage de la recherche s’occupe également des données scientifiques
7. L’archiviste n’est pas que le professionnel du stockage, c’est aussi le professionnel de l’éliminatio
8. Les archives de la recherche posent des problèmes spécifiques en terme de gestion
9. Les archives de la recherche se préoccupent aussi de ce qui fait la vie du laboratoire, loin d’être c
10. Les archives sont valorisées pour ne pas tomber dans l’oubli

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Merci de votre
attention !
antoine.blanchard@u-bordeaux.fr
@enroweb
http://www.enroweb.com/blogscie