La couche application du modèle de référence gère les interactions entre l'utilisateur et les programmes, facilitant des services comme le transfert de fichiers, le courrier électronique et les protocoles de communication tels que Telnet, FTP et SMTP. Ces protocoles permettent la connexion à distance, l'échange de données et la gestion des courriers électroniques, respectivement, chacun ayant des méthodes spécifiques pour établir des connexions et sécuriser les transmissions. Enfin, la documentation fournit des exemples pratiques illustrant ces connexions et processus.