Le document présente le parcours académique et professionnel de Koua Amian, microbiologiste et hygiéniste des aliments, en détaillant ses formations, ses responsabilités et ses connaissances en microbiologie alimentaire. Il met en avant des informations sur le Staphylococcus aureus, notamment son pouvoir pathogène, ses caractéristiques morphologiques et biochimiques, ainsi que son rôle dans les toxi-infections alimentaires. Le document aborde également d'autres genres de bactéries, comme les streptocoques et le Leuconostoc, en précisant leur habitat, leurs propriétés et leur importance dans l'industrie agroalimentaire.

1. Amian KOUA
MICROBIOLOGISTE –HYGIENISTE
DES ALIMENTS ET DES PERSONNES
kouaamian@yahoo.fr
07858396/06080087
ü ANCIEN ELEVE DE L’INSTITUT PASTEUR DE COTE D’IVOIRE
ü ANCIEN ELEVE DE L’INSTITUT PASTEUR DE LILLE (France)
ü UFR-SMA (LABORATOIRE DE MICROBIOLOGIE )
ü UFR-BIOSCIENCE (UV5 ET UV6 )
 UFR-SPB (COURS ET T.P. DE MICROBIOLOGIE ALIMENTAIRE )
 UFR-STA ( UNIVERSITE D’ABOBO ADJAME )
 INFAS (ECOLE DE BASE ET INGENIEURS )
 LYCEE TECHNIQUE DE YOPOUGON (BTS-AGROALIMENTAIRE )
 IVESTP (BTS-AGROALIMENTAIRE )
 LABORATOIRE PRINCIPAL D’ABIDJAN PLATEAU
 BIO-CONNEX ANALYTIQUE ABIDJAN-MARCORY
 FORMATEUR EN HYGIENE D’ENTREPRISE
 CESAM (responsable du laboratoire Microbiologie Alimentaire)
1
KOUAAmian

2. UNIVERSITE FELIX HOUPHOUET BOIGNY
UFR-SCIENCES PHARMACEUTIQUES ET
BIOLOGIQUES(UFR-SPB)
DEPARTEMENT DE SANTE PUBLIQUE,
D’HYDROLOGIE ET TOXICOLOGIE
LICENCE S2
UE: MICROBIOLOGIE ET
IMMUNOLOGIE ALIMENTAIRE
ECUE: .SYSTEMATIQUE BACTERIENNE;
ANNEE ACCADEMIQUE : 2017-2018
CHARGE DE COURS : M. KOUA Amian
KOUAAmian

3. A. SYSTEMATIQUES BACTERIENNES
1. COCCI GRAM POSITIF
KOUA Amian 3

4. I. AEROBIES OU AERO-ANAEROBIES FACULTATIFS
Famille I : Micrococcaceae
Famille II : Streptococcaceae
Genre I : Streptococcus
Genre II : Leuconostoc
Genre III : Pediococcus
Genre IV : Aerococcus
Genre V : Gemella
II. ANAEROBIES STRICTS
Famille III : Peptococcaceae
Famille IV : Peptostreptococcus
KOUA Amian 4

5. 1. Staphylococcus aureus
INTRODUCTION
Le germe Staphylocoque retient l’attention en microbiologie
alimentaire parce que certaines espèces seront responsables
d’altération des denrées alimentaires et d’autres potentiellement
pathogènes. En effet il existe :
 Des espèces utiles (enzymes améliorant les qualités organoleptiques
des aliments).
Ces enzymes interviennent dans la maturation des fromages et des
produits de charcuterie, jouent un rôle de levain dans les processus de
fermentation.
 Des espèces indésirables
 Des espèces qui sécrètent des entérotoxines dans l’aliment.
Staphylocoque aureus est la principale espèce entérotoxinogène
responsable de T.I.A (Toxi-infection alimentaire) plus précisément
d’intoxination. KOUA Amian 5

6. 1. Staphylococcus aureus
NB : Il faut distinguer 3 types de T.I.A :
- Intoxination (toxine libérée en dehors du tube digestif, c’est
le cas de Staphylococcus aureus).
- Intoxication (toxine libérée dans le tube digestif, c’est le cas
de Clostridium perfringens).
- Invasion (multiplication de la bactérie qui envahie les
organes, c’est le cas de Salmonella)
1. HISTORIQUE
Il a été découvert par PASTEUR en 1880 à partir d’un pus.
1883 Ogton donne le nom de Staphylococcus.
1884 Rosenbach (mise en culture)
KOUA Amian 6

7. 1. Staphylococcus aureus
2. HABITAT
C’est une bactérie ubiquiste : air, sol, eau.
Une bactérie commensale de la peau et des muqueuses
(homme – animal).
Localisation (zone humide, selles, fosses nasales).
3. RÉPARTITION GÉOGRAPHIQUE
On la trouve partout.
4. POUVOIR PATHOGÈNE
 Transmission directe
Interhumaine par contact manu porté / aéroporté
 Transmission indirecte
Interhumaine - aliment (intoxination
KOUA Amian 7

8. 1. Staphylococcus aureus
 Pathologie
* Suppurations cutanées
* Localisations viscérales (organes)
* Bactériémies passagères / septicémies
Atteintes digestives  T.I.A ou intoxication
Ingestion d’entérotoxine préformée dans l’aliment
résistant à la chaleur
 Symptômes : nausées, vomissements, diarrhées, douleurs
abdominales, déshydratation, absence de fièvre.
KOUA Amian 8

9. 1. Staphylococcus aureus
5. TAXONOMIE
Famille : Micrococaceae
Genre : Staphylococcus
Autres (Micrococcus, Stomatococcus, Planococcus)
Espèce : aureus
Autres (épidermidis, intermedius, delphini…)
6. CARACTÈRES MORPHOLOGIQUES
Cocci Gram +, immobile, acapsulé , asporulé,
isolé, diplocoque, amas ou grappe de raisin.
KOUA Amian 9

10. 1. Staphylococcus aureus
7. CARACTÈRES CULTURAUX
Poussent à 37°C, pH = 7,5, aéro anaérobies facultatif (AAF)
Culture sur milieux ordinaires (Gélose ordinaire et Bouillon
ordinaire).Les Staphylocoques anaérobies s’appellent
Peptococcus. Ils appartiennent à la flore de VEILLON ou flore
normale du tube digestif.
Milieux sélectifs (Chapman – Baird Parker – Vogel Johnson)
En bouillon (aspect trouble sur toute la hauteur du tube).
Sur gélose (colonies : jaune, lisse, ronde, collante, adhésive, pigment
jaune non diffusible)
Chapman : jaune (fermentation du mannitol)
Baird Parker : colonie noire + halo clair dû à la protéase
Gélosé du sang : hémolyse de type béta.
KOUA Amian 10

11. 2-

12. 1. Staphylococcus aureus
8. CARACTÈRES BIOCHIMIQUES
AAF, cytochrome oxydase négatif, cat+
Man +, staphylocoagulase+, Th+, DNAse+
V. Proskauer+ (acétoine), phosphatse+
9. CARACTÈRES ANTIGÉNIQUES
Ag de structure : Ag k
Ag soluble : Toxine hémolysine, leucocidine ,
entérotoxine
Enzyme Coagulase, thermonucléase
Certaines souches capsulées ont des polysaccharides de
surface.
protéine A : Ag de surface.
NB : Ag = Antigène
KOUA Amian 12

13. 1. Staphylococcus aureus
10. SUBSTANCES ÉLABORÉES
 Toxines :
* Hémolysines (alpha, béta, gamma, delta)
* Leucocidines
• Enterotoxines 6 sérotypes A, B, C1, C2, D et E
A, B et D sont fréquentes et entrainent des
T.I.A par intoxination
* Exfoliatine (staphylococcie cutanée bulleuse)
* Toxine du choc toxique
NB :Les toxines secrétées sont thermostables
KOUA Amian 13

14. 1. Staphylococcus aureus
Enzymes :
• Coagulase libre (coagulation du plasma)
• Coagulase liée
• Fibrinolyse / staphylokinase
• Hyaluronidase
• Thermonucléase / Dnase
• Lipases, estérases, protéases
• Phosphatases (acide-alcaline)
KOUA Amian 14

15. 1. Staphylococcus aureus
11.SIGNIFICATION DE LA PRÉSENCE DE
STAPHYLOCOCCUS COAGULASE+ DANS LES
ALIMENTS
 Staphylococcus : parasites saprophytes de l’homme et de
l’animal
 Certaines espèces sont pathogènes opportunistes (infections
locales ou générales)
 Espèce coagulase+ et thermo nucléase positive : virulentes
 Seules certaines souches appartiennent aux espèces aureus et
intermedius sont capables de produire des entérotoxines.
 Staphylococcus aureus : fosses nasales et la peau : réservoirs
principaux du germe.
 Staphylococcus aureus de l’environnement peut contaminer
les aliments cuits KOUA Amian 15

16. 1. Staphylococcus aureus
11.SIGNIFICATION DE LA PRÉSENCE DE
STAPHYLOCOCCUS COAGULASE+ DANS LES
ALIMENTS
 Contamination humaine : très fréquente
 La conservation des aliments est le lieu de multiplication du
germe déclenchant ainsi une enterotoxicose
 Staphylococcus intermedius (incidence réelle dans les aliments
n’est pas connue)
 Staphylococcus delphini ( isolé chez le dauphin)
 Staphylococcus hyicus (partage certains caractères avec
 Staphylococcus aureus) isolé chez les porcs, bovins, volailles et
chevaux pose un problème d’identification.
KOUA Amian 16

17. 1. Staphylococcus aureus
12. DIAGNOSTIC MICROBIOLOGIQUE
1. Echantillonnage
2. Prélèvement
3. Stockage
4. Transport (se fait en glacière + accumulateur de glace)
5. Prise d’essai (solution mère)
6. Ensemencement
7. Incubation au labo
8. Identification
9. confirmation
KOUA Amian 17

18. 2.STREPTOCOQUES / STREPTOCOQUES FECAUX
STREPTOCOQUES D / ENTEROCOCCUS
I. GÉNÉRALITÉS
Les enterococcus sont des bactéries ubiquistes qui résident dans les
intestins de l’hommes et de l’animal (y résident de façon
permanente)
C/S = 18/2 = 9 › 1 contenu d’origine humaine
C/S = 9/18 = 0,5 ‹ 1 contenu d’origine animale
On les trouve aussi dans les eaux usées, eaux douces, eaux de mer,
sol, végétaux.
Effet favorable (croissance des animaux par compétition avec les
germes pathogènes)
Résistance naturelle à certains antibiotiques.
KOUA Amian 18

19. 2.STREPTOCOQUES / STREPTOCOQUES FECAUX
STREPTOCOQUES D / ENTEROCOCCUS
1. HISTORIQUE
Strepto : flexible / coccus  Grain
1855 : Rokitanski décrit les germes
1860 : Pasteur  cocci en chainette
1899 : Thiercelin  enterococcus
1933 : Rebecca Lancefield  classification
1984 : création du genre Enterococcus.
2.EPIDEMIOLOGIE
2.1 Habitat
Bactéries ubiquistes, saprophytes de l’eau, l’air, le sol
Bactéries commensales des voies digestives
KOUA Amian 19

20. 2.STREPTOCOQUES / STREPTOCOQUES FECAUX
STREPTOCOQUES D / ENTEROCOCCUS
Remarque :
Présence d’Enterococcus  contamination ancienne
Présence de coliforme  contamination récente
2.2 Répartition géographique
Bactéries cosmopolites (existent partout)
2.3 Mode de transmission
- Directe : par les gouttelettes de Pflüge (sujets saints et malades)
- Indirecte : produits souillés
3. POUVOIR PATHOGÈNE
Infections graves : septicémies, endocardites,
Infections cutanées
KOUA Amian 20

21. 2.STREPTOCOQUES / STREPTOCOQUES FECAUX
STREPTOCOQUES D / ENTEROCOCCUS
II. TAXONOMIE
Famille : Streptococcaceae
Genre : Enterococcus
Espèces : plusieurs
III. CARACTÈRES MORPHOLOGIQUES
─ Cocci, Gram + ( coque ovales )
─ Immobile
─ Groupées en de courtes chainettes et rigides
(pas plus de 5)
─ Acapsulées / asporulées KOUA Amian 21

22. 2.STREPTOCOQUES / STREPTOCOQUES FECAUX
STREPTOCOQUES D / ENTEROCOCCUS
IV. CARACTÈRES CULTURAUX
− AAF (Aéro – Anaérobie Facultatif)
− Culture sur milieu ordinaire
− Température : 37°C
− pH = 7,4
− En milieu gélosé : petites colonies de diamètres =
0,5 à 1 mm
• Gélose ordinaires : Columbia, BEA, Slanetz et Bartley,
(sang frais)
• En bouillon : trouble hétérogène avec dépôt B. Rothe,
Litsky ordinaire Streptosel, Todd Hewitt
KOUA Amian 22

23. 2-

24. 2.STREPTOCOQUES / STREPTOCOQUES FECAUX
STREPTOCOQUES D / ENTEROCOCCUS
V. CARACTERES BIOCHIMIQUES
- OX -, catalase -, hydrolyse de l’arginine et Hippurate .
- Production d’acide à partir de : arabinose, mélibiose, sorbitol,
sorbose, glycérol, mélézibiose, taganose
- Hydrolyse de l’esculine
- Test à la L. pyrrolidonyl, B. naphtylamide( pyr)
- Test au tellurite de potassium (colonies noires)
- Test bacitracine enterococcus
résistants
KOUA Amian 24

25. 2.STREPTOCOQUES / STREPTOCOQUES FECAUX
STREPTOCOQUES D / ENTEROCOCCUS
VI. CARACTÈRES ANTIGÉNIQUES
Ag de groupes  Lancefield, qui sont :
-Soit d’origine polysaccharidique,
polyoside C des groupes A, B, C, E, F, G, H, J, K, L,
M, O….
-Soit à base d’acides techoïques : groupe D, N
NB : l’acide techoïque est l’antigène des Streptococcus du
groupe D.
KOUA Amian 25

26. 2.STREPTOCOQUES / STREPTOCOQUES FECAUX
STREPTOCOQUES D / ENTEROCOCCUS
VII. SUBSTANCES ÉLABORÉES
- Hémolysine : propriété hémolytique et toxiques
- Enzymes :
• Streptokinase ou fibrinolysine
• Désoxyribonucléase ou streptodornase ou nucléase
• Hyaluronidase ou protéinase ou nicotinamide adénine
dinucléotidase = NAD
- Toxique érythrogène : éruption cutanée (strepto du groupe A)
KOUA Amian 26

27. 2.STREPTOCOQUES / STREPTOCOQUES FECAUX
STREPTOCOQUES D / ENTEROCOCCUS
VIII. DIAGNOSTIC BACTÉRIOLOGIQUE
1.Recherche dans l’eau d’alimentation
– Technique de filtration (Milieux Slanetz et Bartley)
Consiste à filtrer 100ml d’eau à analyser. Enlever le filtre et
déposer sur S ou B incuber (24h à 37°C) et compter le nombre de
colonies obtenues et confirmer les colonies typiques.
- Dénombrement en milieu liquide
Se fait sur le bouillon Rothe (présomption)
Ensemencer sur gélose B.E.A (confirmation ; par coloration de
GRAM)
KOUA Amian 27

28. 2.STREPTOCOQUES / STREPTOCOQUES FECAUX
STREPTOCOQUES D / ENTEROCOCCUS
2eme
voie : ensemencer sur bouillon Litsky (présomption)
Ensemencer sur gélose Barnes (confirmation ; par coloration GRAM)
-Si les colonies obtenues sont à centre rouge et auréole blanche
Streptococcus fecalis.
-Si les colonies sont blanches ou rosés Streptococcus faecium
-Si les colonies sont blanches Streptococcus durans
-Si les colonies sont très petites rosées ou blanches S. bovis
-Si les colonies sont rouges très foncée sans liserée S. lactis
KOUA Amian 28

29. 2.STREPTOCOQUES / STREPTOCOQUES FECAUX
STREPTOCOQUES D / ENTEROCOCCUS
2. Dénombrement dans les aliments (pas d’importance)
10 g dans 90 ml d’eau peptonée tamponnée,
isoler sur BEA à 37°C pendant 5h (pré- incubation) puis à
42°C pendant 24 h.
3. Isolement en microbiologie médicale
- Gélose au sang
- BEA (gélose bile, esculine, azide)
- Identification
KOUA Amian 29

30. 3. LEUCONOSTOC
GÉNÉRALITÉS
Famille : Streptococcaceae
Genre : Leuconostoc responsable de la
fermentation des vins
Présence : produits laitiers / végétaux / sirop de
sucre
Intérêt : pathologie infectieuse et industrie
Agro – Alimentaire (I.A.A)
KOUA Amian 30

31. 3. LEUCONOSTOC
1. Taxonomie / étude Bactériologique
 Morphologie
M. O cocoides à lenticulaire
M. O et/ou coco bacille / bacille
GRAM +, asporulée et capsulée
Immobile, catalase + ou -, anaérobie facultatif
Non hémolytique, hydrolyse de l’esculine +/ -
Fermentation du glucose (+ gaz)
Acétyle méthyle carbinol + ou VP + ou acétoïne +
Température de croissance (20° - 30°C)
KOUA Amian 31

32. 3. LEUCONOSTOC
Contenu en guanine + cytosine de l’ADN (37 –
45%)
Relation étroite avec Lactobacille
4 espèces principales
• L.mésentéroïdes(H):mesentéroïdes,
dextranicome , cremoris
• L. lactis (lait)
• L. paramesenteroïdes (viande réfrigérée)
• L. oenos (mout de vin)
KOUA Amian 32

33. 3. LEUCONOSTOC
2. Habitat et pouvoir pathogène
Leuconostoc se retrouve dans les herbes, les végétaux
(canne à sucre, chou, concombre). Produits laitiers, le vin,
tout liquide à base de sucre.
Cette bactérie est responsable de l’obstruction des
tuyauteries (à cause du dextrane) pathogène opportuniste.
3. Diagnostic bactériologique
Idem leçon 1
Eviter le contact avec l’oxygène pendant le transport,
ne pas dépasser 4 h
KOUA Amian 33

34. 4. PEDIOCOCCUS
Généralités
Le genre Pediococcus est un cocci, Gram+, aérobie / aéro
anaérobie facultatif dépourvu de catalase. Seules les
bactéries lactiques se divisant selon deux plans
perpendiculaires formant ainsi des tétrades.
I. Taxonomie
Passé taxonomique mouvementé
Plusieurs classifications :
NAGAKAWA et KITAHARA
• Alkali sensitive groupe (dégrade la bière)
• Acid sensitive groupe (proche d’Aerococcus)
• Groupe intermédiare : P. Pentosacens et P. acidilactici
KOUA Amian 34

35. 4. PEDIOCOCCUS
WITTENBURY
Cinq espèces dont P. pentasacens et P. acidilactici
BERGEY’S MANUEL
•P. damnosus P. pentosacens
•P. parvulus P. acidilactici
•P. inopinatus P. halophilus
•P. dextrinicus P. urinaeequi
KOUA Amian 35

36. 4. PEDIOCOCCUS
II. HABITAT
• Rencontré dans IAA (Industrie Agro – Alimentaire)
• Spécialement dans certains fromages (fromage de
cheddar)
• Lait et ses dérivés
• Saucisses
o Responsable de fermentation lactique recherchée
o Spécificité de gout
• Bière
• Vin ou cidre (trouble)
• Végétaux et fourrage
KOUA Amian 36

37. 4. PEDIOCOCCUS
III. POUVOIR PATHOGÈNE
Pathogène opportuniste
IV. DIAGNOSTIC BACTÉRIOLOGIQUE
• Echantillonnage / prélèvement
• Transport
• Examen microscopique
• Culture / isolement
• Identification
• Sensibilité aux antibiotiques (ATB)
– Sensible = S : Rifampicine
– Résistant = R : streptomycine, Kanamycine et
Vancomycine
KOUA Amian 37

38. 5. LACTOCOCCUS
GÉNÉRALITÉS
Famille des Streptococcaceae
Genre : Lactococcus
I. TAXONOMIE
Lactococcus classé dans le groupe de groupe N (selon
Lancefield) et plutard appelé Streptocoque lactique.
Il existe deux espèces :
L. lactis et L. cremoris (lait et produits laitiers)
Trois nouvelles espèces selon l’étude Schleifer en 1985
L. garviae, L. plantarium, L. rapinolactis
KOUA Amian 38

39. 5. LACTOCOCCUS
II. Habitat et pouvoir pathogène
• Commensale des muqueuses de mamelles
• Saprophytes du lait et ses dérivés
• Utilisé pour la fabrication du yaourt
• Pathogène opportuniste (ne sont jamais
pathogène)
•Non pathogène pour l’homme d’une bonne
immunité mais pathogène pour les grands brulés
et les immuno déprimés.
KOUA Amian 39

40. 5. LACTOCOCCUS
III. DIAGNOSTIC BACTÉRIOLOGIQUE
• Echantillonnage / prélèvement
• Transport
• Examen microscopique
• Culture / isolement
• Identification
KOUA Amian 40

41. 6. AEROCOCCUS
GÉNÉRALITÉS
Famille des Streptococcaceae
Genre : Aerococcus
 Cocci arrondi
Arrangement : paires – tétrades et amas
GRAM +
Catalase –
Aéro - anaérobie
Micro - aérophile préférentiel
KOUA Amian 41

42. 6. AEROCOCCUS
I. TAXONOMIE
S’appelait autrefois Gaffkya homari ensuite Pediococcus
homari et aujourd’hui Aerococcus avec des espèces :
A. viridans,
A. chritensenii (souche vaginale),
A. urinae (infection urinaire des sujets âgés masculins)
II. MORPHOLOGIE
Coque GRAM +
Immobile, groupés en tétrades, amas, paires
KOUA Amian 42

43. 6. AEROCOCCUS
III. CULTURE
Aéro-anaérobie mais micro-aérophile (préférentiel)
IV. HABITAT ET POUVOIR PATHOGÈNE
A.viridans
Contaminant l’air
Retrouvé dans : eau douce, eau de mer, sol,
sédiments marins, végétaux, produit d’origine
animale
Pathogène opportuniste (hommes – animaux)
Isolé de mammite chez les bovins
Agent de la maladie du homard (Gaffkyose)
KOUA Amian 43

44. 6. AEROCOCCUS
V- DIAGNOSTIC BACTÉRIOLOGIQUE
Echantillonnage / prélèvement
Transport
Examen microscopique
Culture / isolement
Identification
KOUA Amian 44

45. TESTS UTILES POUR LA DIFFERENCIATION DES GENRES DE COQUES ET
COCCOBACILLES A GRAM POSITIF.
TEST ENTEROCOCCUS STREPTOCOCCUS LACTOCOCCUS AEROCOCCUS PEDIOCOCCUS LEUCONOSTOC LACTOBACILLUS
MORPHOLO
GIE
COQUE
ALLONGE
COQUE ALLONGE COQUE
ALLONGE
COQUE
ARRONDI
COQUE
ARRONDI
COQUE
ALLONGE
COCCOBACILLE
BACILLE
ARRANGE
MENT
PAIRE
CHAINETTE
PAIRE CHAINETTE PAIRE
CHAINETTE
PAIRE
TETRADES,
AMAS
PAIRE
TETRADES,
AMAS
PAIRE
CHAINETTE
PAIRE
CHAINETTE
GAZ EN
BOULLON
MRS
- - - - - + VARIABLE
VANCOMYCI
NE
SENSIBLE SENSIBLE SENSIBLE SENSIBLE RESISTANT RESISTANT
SENSIBLE
RESISTANT
GROUPE
STREPTO
COCCIQUE
D DIVERS N ? D ? ? D ?D
BILE
ESCULINE + VARIABLE VARIABLE VARIABLE + + VARIABLE
PYRROLIDO
NYL + VARIABLE VARIABLE + - - -
LEUCINE
AMINOPEPTI
DASE
+ + + - + - VARIABLE
6,5% NACL
+ - VARIABLE + VARIABLE VARIABLE VARIABLE
KOUA Amian 45

46. A.SYSTEMATIQUES BACTERIENNES
2. BACILLES GRAM NEGATIF
NON ENTEROBACTERIACEAE
KOUA Amian 46

47. A. PSEUDOMONADACEAE
Deux genres principaux:
-Pseudomonas
-Xanthomonas
(Alteromonas putrefaciens)= P. putrefaciens
Bacille GRAM -
Métabolisme des glucides (fermentatif, oxydatif)
Oxydase +/-
Ciliature polaire (mobile)
Aérobies stricts
KOUA Amian 47

48. 1. PSEUDOMONAS
GÉNÉRALITÉS
Bactérie ubiquiste (qu’on trouve partout), tellurique
Commensale, pathogène opportuniste
I. TAXONOMIE
• Ordre des Bactériales
• Famille des Pseudomonadaceae
• Tribu des Pseudomonadeae
• Genre Pseudomonas
• Espèces :
o P. aeuriginosa / P. fluorescens / P. putida
o P. maltophilia / P. cepacia / stutzeri / P. putrefaciens
KOUA Amian 48

49. 1. PSEUDOMONAS
II. CARACTÈRES MORPHOLOGIQUES
• Bacille GRAM négatif
• Acapsulé
• Asporulé
• Mobilité polaire
• Ciliature (monotriche, lophotriche)
III. HABITAT ET POUVOIR PATHOGÈNE
• Hommes – animaux
• Environnement (eau, sol, air)
• Eau de boisson
• Végétaux (fruits – légumes)
• Pathogène opportuniste
KOUA Amian 49

50. 1. PSEUDOMONAS
IV. CARACTÈRES CULTURAUX
Aérobies stricts
Culture à 37°C (5 - 42°C) pousse sur milieux ordinaires et sélectifs
Colonies de types S, R, M
Colonies pigmentées
Couleur Bleu vert Jaune vert à
fluorescens
Rouge sombre
noir
Nom pyocyanine pyoverdine Erythrogène,
melanogène
Milieux de
développement
King A King B
diffusibilité Diffusible Diffusible Diffusible
Nature phénazine ? Dérive de
pyocyanine
Solubilité Eau chloroforme Eau
KOUA Amian 50

51. 1. PSEUDOMONAS
• Odeur
• Oxydase +
• pH : 8,5 – 7,5
V. CARACTÈRES ANTIGÉNIQUES
• Ag O – somatique (16 types)
• Ag H – flagellaire
VI. DIAGNOSTIC BACTÉRIOLOGIQUE
 Dénombrement (cetrimide – pseudossel)
– Par incorporation
– Par étalement
KOUA Amian 51

52. 1. PSEUDOMONAS
 Identification (caractères biochimiques)
– Bacille GRAM –
– Aérobie strict
– Pigment
– Odeur
– Oxydase
– Mobilité polaire
– ADH – LDC – ODC
 Sensibilité aux antibiotiques
– Béta- lactamines (cefsulodine , cetazidine)
– Aminosides (genta)
– Polymyxine (colistine)
– Quinolones (norflo- peflo- cipro)
KOUA Amian 52

53. 1. PSEUDOMONAS
 Orientation du diagnostic
– Morphologie du bacille (type ciliature)
– Morphologie des colonies
– Pigmentation
– Réaction d’oxydase
 Portoir minimum
– Portoir réduit de Le Minor
– Gélatine
– Gélose ordinaire à 41°C
– King A et B
– Esculine
– Décarboxylase (LDC, ODC, ADH)
KOUA Amian 53

54. 1. PSEUDOMONAS
 Portoir complémentaire
– Lactate, maltose, tréhalose, inositol, malonate, TTR
(tétrationate réductase)
 Recherche spéciale
– Coloration de flagelle
– Nitrate – nitrites
– Lécithinase
– DNase
– Amylase
KOUA Amian 54

55. 2. ACINETOBACTER
Généralités
• Bactérie diplococci, diplobacille
• Immobile
• Parfois capsulée
• GRAM mixte (+/-) / GRAM + ; GRAM-
I. Taxonomie
• Famille des Neisseriaceae
• Genre : Acinétobacter ( ex : Moraxella II)
• Autres genres : Neisseria ; Branhamella
• Espèces :
– A. Calcoaceticus (glucidolytica)
– A. Lwoffi / haemolyticus /johsonii
– A. baumanii
KOUA Amian 55

56. 2. ACINETOBACTER
II. HABITAT ET POUVOIR PATHOGÈNE
• Bactérie ubiquiste (eau, sol, air, flore normale de
l’homme et de l’animal)
• Peau, voies respiratoires, muqueuses génitales
• Pathogène opportuniste
• Germe iatrogène (qui passe de la surface de la
peau à la voie sanguine)
• Résistant aux antibiotiques
KOUA Amian 56

57. 2. ACINETOBACTER
III. CARACTÈRES MORPHOLOGIQUES
• Coco bacille
• Capsulé (+/-)
• Asporulé
• Immobile
• GRAM (+/-)
• Diplobacille
• Groupement (de courtes chaînettes)
• Variation de forme :
– Gélose ordinaire on a des coques
– Bouillon ordinaire on a des bacilles
KOUA Amian 57

58. 2. ACINETOBACTER
IV. CARACTÈRES CULTURAUX
• Aérobie strict
• Culture sur milieux ordinaires
• Colonies volumineuses
• Colonies de types S / R / M
• Pas de pigment
• Culture à 41°C
V. CARACTÈRES BIOCHIMIQUES
• Catalase +
• Hémolyse + / -
• Gélatine +
• Résistant aux antibiotiques (pénicilline)
KOUA Amian 58

59. 2. ACINETOBACTER
V. CARACTÈRES BIOCHIMIQUES (SUITE)
• Oxydase –
• Nitrates réductase –
• Indole –
• LDC - * Urée – * H2S –
VI. DIAGNOSTIC BACTÉRIOLOGIQUE
• Examen direct : diagnostic de présomption (GRAM)
• Culture sur milieux ordinaires
• Etudes des caractères biochimiques
• Sensibilité à la pénicilline
• Examen de portage
KOUA Amian 59

60. 2. ACINETOBACTER
MORAXELLA ACINETO
(MORAXELLA II)
Oxydase
N n
Pénicilline
Culturaux
Milieux synthétiques
Glucose
+
+
S
Milieux enrichis
-
-
-
-
R
Milieux ordinaires
+
±
KOUA Amian 60

61. 3. FLAVOBACTERIUM
Généralités
- Bacille GRAM négatif
- Aérobie strict
- Oxydase positive
I- Taxonomie
- Ordre des Bactériales
- Famille des Pseudomonadaceae
- Tribu des Chromobactereae (2 genres)
- Genre Flavobacterium dont Chromobacterium
- Espèces : F. meningosepticum
F. odoratum
F. indologène
KOUA Amian 61

62. 3. FLAVOBACTERIUM
II- HABITAT-POUVOIR PATHOGÈNE
- Hommes-animaux
- Environnement
- Végétaux
- Coloration des mollusques, des volailles, du
beurre, du lait et des œufs
- pathogène opportuniste
III- CARACTÈRES MORPHOLOGIQUES
- Bacille GRAM négatif
- Asporulé
- Immobile
KOUA Amian 62

63. 3. FLAVOBACTERIUM
IV. CARACTÈRES CULTURAUX
- Aérobie strict
- Culture à 37°C sur milieux ordinaires
- Colonies de type S / R / M
- Pigment jaunes pâle ou rosé
- Psychrophiles(des espèces) légumes congelés
V. CARACTERS BIOCHIMIQUES
oxydase positive/catalase positive/indole positif/
gélatine positive/croissance en milieu glucosé négative
pigment rouge après addition de KOH à 20%
sensibilité aux ATB: aminoside / carbénicilline /pristina:®
VI-DIAGNOSTIC BACTÉRIOLOGIQUE
KOUA Amian 63

64. 4-XANTHOMONAS
Généralités
• Bactérie ubiquiste / tellurique
• Commensale de l’intestin
• Pathogène opportuniste
I-Taxonomie
• Famille des Pseudomonadaceae
• Genre Xanthomonas
• Espèces : peu connues à ce jour
II-Habitat et pouvoir pathogène
• Hommes – animaux
• Environnement (eau, sol, air)
• Eaux de boisson
• Végétaux (fruits – légumes)
• Pathogène opportuniste
KOUA Amian 64

65. 4-XANTHOMONAS
III-Caractères morphologiques
• Bacille GRAM négatif
• Asporulé
• Mobilité polaire
• Ciliature (monotriche, lophotriche)
IV-Caractères culturaux(1)
• Aérobie strict
• Culture à 37°C (mieux à 30°C)
• Pousse sur milieux ordinaires et sélectifs
KOUA Amian 65

66. 4- XANTHOMONAS
IV-Caractères culturaux(2)
• Colonies de type S / R / M
• Xanthomonas donne des colonies jaunes orangées /
jaunes citron
• Oxydase négative
• pH = 7,2
• Intérêt de la recherche :
change la couleur des denrées par la pigmentation
jaune orangée:
 détruit la qualité marchande.
V-Diagnostic bactériologique
KOUA Amian 66

67. B.VIBRIONACEAE
C’est une famille qui comprend trois genres
principaux :
- Vibrio;
- Plesiomonas;
- Aeromonas.
Du point de vue génétique, ils sont plus proches des
entérobactéries
On retrouve ces bactéries dans :
- Eau douce – eau marine
- Tube digestif d’animaux à vie aquatique et de
l’homme; quelques espèces sont pathogènes pour
l’homme et les animaux à sang froid (poissons –
crustacés – mollusques – grenouilles)
KOUA Amian 67

68. B.VIBRIONACEAE
Ce sont :
• Bacilles GRAM –
• Mobiles / immobiles
• Aérobies
• Oxydase positif
• Réduisent les nitrates en nitrites
• Glucose positif avec ou sans gaz
• Se cultivent sur milieux ordinaires
• Asporulés
• Indologène
• Protéolytiques
KOUA Amian 68

69. 1. VIBRIO
I – Généralités
1 - Historique
C’est une maladie du DELTA du Gange. La 1ère
découverte a eu lieu :
1817 : la 1ère
pandémie
1883 : Koch confirme qu’il s’agit de Bacillus komma aussi présente
en Egypte (Alexandrie)
1905 : Vibrio cholereae bio. De type EL TOR (Lazeret d’EL TOR
Sinaï)
1961: 7ème
pandémie Vibrio cholereae EL TOR) – Indonesie-
1970: Afrique : Guinée, Août 70 - CI, sept 70 - Afrique du Sud, 1979
1990 : Amérique Latine
1993 : Un autre Séro groupe appelé 0:139 : pas trop différent de
Vibrio cholereae -El Tor-
KOUA Amian 69

70. 1. VIBRIO
2 - Habitat – Pouvoir Pathogène – Epidémiologie
A-HABITAT
Homme est le principal réservoir de cette bactérie
Mais également Aliments : eaux-poissons –
crustacés
Contamination :
• directe : interhumaine – manu portage
aéroportage – portage digestif
• indirecte : foyer : excréments des malades
Agent vecteur : mouches
Contamination : eau – lait-
autres aliments
KOUA Amian 70

71. 1. VIBRIO
B- ÉPIDÉMIOLOGIE
Zone sèche : Transmission humaine de courte durée
3 à 4 semaines
Zone humide : Transmission hydrique traînante
6 à 8 semaines.
C -FACTEURS FAVORISANTS :
Bas niveau socio-économique ;Problème d’eau
Non respect des règles élémentaires d’hygiène.
3 – Clinique
Il existe :
• Forme grave : cholera
• Forme bénigne : simple diarrhée
• Forme atypique : Cholera sec
KOUA Amian 71

72. 1. VIBRIO
Manifestations possibles des trois cas:
• Diarrhée;
• Douleurs abdominales;
• Vomissements;
• Déshydratation;
• Crampe musculaire douloureuse;
• Baisse de tension artérielle;
• Pas de fièvre ;
• Pouls et respiration accélérée .
4 – Physiopathologie
Présence de toxine cholérique (CT) une exotoxine
qui entraîne une fuite de liquide et d’électrolytes.
KOUA Amian 72

73. 1. VIBRIO
II – Etude bactériologique
1 - Taxonomie
Famille : Vibrionaceae
Genre : Vibrio
Espèces : Vibrio Cholerae (0:1) : biotype cholerae
, biotype El Tor
Vibrio cholerae non 0:1 (de O:2 à 0:139)
Pathogènes humains (11 espèces n = 11)
1. V. alginolyticus
2. V. cholerae 0:1 et non 0:1
3. V. cincinnatiensis
KOUA Amian 73

74. 1. VIBRIO
4. V. damsella (listorella)
5. V. fluvialis
6. V. furnisii (pouvoir pathogène incertain)
7. V. Holiisae
8. V.metchnikovii
9. V. mimicus
10. V. parahemolylicus
11. V. vulnificus
Vibrio cholerae :
Biotype EL TOR  polymyxine R/VP (+)
Biotype cholera  polymyxine S/VP (-)
KOUA Amian 74

75. 1. VIBRIO
2. Caractère morphologique
Bacille GRAM –
• Incurvé en virgule
• Mobilité polaire monotriche
• Acapsulé
• Asporulé
3 – Caractères culturaux
• Aérobie préférentiel
• Température = + 37°C
• pH = 8
KOUA Amian 75

76. 1. VIBRIO
3 – CARACTÈRES CULTURAUX (SUITE)
• halotolérant (Nacl 5 à 8%)
• Résiste à la bile et aux sels biliaires
• Culture sur milieux usuels = Milieux ordinaires
• Milieu de transport et d’enrichissement = EPA
• Milieu sélectif : TCBC (Thiosulfate citrate bile
saccharose)
• Aspect sur les milieux :
Bouillon : Trouble (Toute la hauteur du tube)
Chiquenose  ondes moirées
Voile en surface
Culture rapide (multiplication rapide)
KOUA Amian 76

77. 1. VIBRIO
3 – CARACTÈRES CULTURAUX (SUITE)
Milieu Gélosé : colonie de type S et quelques fois de
type « R «
TCBS : Colonie jaune (sac +)
Colonie verte (sac -)
4- Caractères biochimiques
- Lactose -
Catalase + ONPG +
ADH - VP + (EL TOR)
LDC + Protéolyse +
ODC+
N  n
RM -
indole +
Oxydase +
Métabolisme fermentatif sans
production de gaz
KOUA Amian 77

78. 1. VIBRIO
5 - CARACTÈRES ANTIGÉNIQUES
 Ag somatique : AgO (Glucido- lipido - polypeptidique)
• Spécifique de V. cholerae dont trois facteurs principaux (A, B, C)
• Distinguer trois variétés de V. cholerae : Variété Ogawa (A et B)
Variété Inaba (A et C)
Variété Hikojiwa (A, B, C)
En pratique sérum anticholérique O
Ag de paroi (endotoxine)
 Ag flagellaire = Ag H (de type protéique) ; commun à tous les
Vibrio.
KOUA Amian 78

79. 1. VIBRIO
III – DIAGNOSTIC BACTÉRIOLOGIQUE
1 – Produits
Origine humaine (portage digestif – vomique)
Milieux extérieur : eaux d’égouts – eaux
d’alimentation
aliments – poissons – crustacés
autres produits halieutiques.
2 - Examen microscopique
KOUA Amian 79

80. 1. VIBRIO
3 - CULTURE
Enrichissement sur EPA pour les produits
paucibacillaires = produits qui contiennent très peu
de bacilles.
Milieux non sélectifs pour produits
monomicrobiens
Milieux sélectifs pour produits polymicrobiens
4 - IDENTIFICATION
Genre
Espèces après l’étude des caractères biochimiques.
5 – SÉROTYPE
agglutination avec sérum O pour confirmer
KOUA Amian 80

81. 2. AEROMONAS
Généralités
Genre Aeromonas:
• Comprend plusieurs espèces
• Trois principales mobiles
• Une espèce immobile
• Hôtes normaux des eaux douces
I – Taxonomie
Famille : Vibrionaceae
Genre : Aeromonas
Espèces : A. hydrophila ; A. caviae ; A. sobria ;
A. salmonicida ; A. punctata.
KOUA Amian 81

82. 2. AEROMONAS
II – Habitat et pouvoir pathogène
• Eau douces
• Rarement chez l’homme
• Pathogène opportuniste pour l’homme qui sera responsable
de syndrome diarrhéique en région tropicale après baignade
ou après consommation de coquillage.
• Facteur de virulence = cytotoxine : entorotoxine
hémolysine.
• Lésions cutanées ou viscérales ou syndromes hémorragique
chez les poissons et les animaux à sang froid :
reptiles, grenouilles (red leg desease)
– Fortes hémorragies des pattes causées par A. Hydrophila
– Furonculose des salmonidés (poissons) due à A.
Salmonicida KOUA Amian 82

83. 2. AEROMONAS
III – CARACTÈRES MORPHOLOGIQUES
• Bacille GRAM –
• Mobile monotriche
IV - CARACTÈRES CULTURAUX
Culture sur milieux usuels (ordinaires)
TCBS = absence de croissance
Croissance sur SS
Culture dans EPS (eau peptonée simple)
Température = 37°C
KOUA Amian 83

84. 2. AEROMONAS
V – CARACTÈRES BIOCHIMIQUES
Oxydase + Indole +/ -
N n Gaz en glucose +
LDC - ODC -
ADH + Inositol -
VP +/- Gélatine +
O:129 R Mannitol +
Saccharose +
KOUA Amian 84

85. 2. AEROMONAS
VI – CARACTÈRES ANTIGÉNIQUES
Mal connus
VII - DIAGNOSTIC BACTÉRIOLOGIQUE
• Examen microscopique
• Culture (choix des milieux)
• Identification de genre et d’espèce à partir des
caractéristiques biochimiques.
N.B. : Cas denrées alimentaires : Présence ou
Absence  donc pas de dénombrement
KOUA Amian 85

86. 3. PLESIOMONAS
GÉNÉRALITÉS
Comporte une seule espèce : P. shigelloïdes et
s’apparente à Shigella sonnei.
I – Taxonomie
• Famille : Vibrionaceae
• Genre : Plesiomonas
• Espèce : shigelloïdes
KOUA Amian 86

87. 3. PLESIOMONAS
II –HABITAT ET POUVOIR
PATHOGÈNE
Environnement
Eau douce
Poissons
Mammifères contaminés
Rarement responsable de gastro entérites
Nécrose avec ulcération chez le poisson
N.B. : n’appartient pas à la flore intestinale de l’homme.
III – CARACTÈRES MORPHOLOGIQUES
• Bacille GRAM –
• Mobile (monotriche ou lophotriche)
KOUA Amian 87

88. 3. PLESIOMONAS
IV – CARACTERES CULTURAUX
Culture sur milieux usuels
• Se développe sur SS
• Croissance dans EPA
• TCBS = absence de culture
• Milieu sélectif : IBB (inositol, vert brillant,
sels biliaires)
KOUA Amian 88

89. 3. PLESIOMONAS
V – CARACTÈRES BIOCHIMIQUES
Oxydase + Indole +
N n Gaz en glucose -
LDC + ODC +
ADH + Inositol +
VP - Gélatine -
Mannitol - Saccharose -
ONPG +/- Sensibilité 0:129 = S
Résistant: Ampicilline,
Carbenicilline,
Aminosides.
Sensible : Autres antibiotiques si ce
n’est pas une résistance acquise
KOUA Amian 89

90. 3. PLESIOMONAS
VI – CARACTÈRES ANTIGÉNIQUES
• Mal connu
VII – DIAGNOSTIC BACTÉRIOLOGUE
• Examen microscopique
• Culture
• Identification de genre et espèce à partir
des caractères biochimiques.
KOUA Amian 90

91. 4. CAMPYLOBACTER
GÉNÉRALITÉS
Bactéries pathogènes (entérique humaine)
Dose infectieuse faible : 500 cellules
Infection humaine sporadique
I – TAXONOMIE
Famille : Spirillaceae
Genre : Campylobacter
Autres genres : Sulfurospirillum dont la culture est
impossible actuellement/ Arcobacter.
Espèces : C.jejuni – C. coli – C. laridis – C. fetus –
Hélicobacter pylori (responsable de l’ulcère et dans les
pires des cas du cancer) – 1983 -
KOUA Amian 91

92. 4. CAMPYLOBACTER
II – HABITAT – POUVOIR PATHOGÈNE
Hommes (septicémie – méningite – abcès)
Animaux (habitat naturel dans les intestins)
Sources d’infection :
• Lait – volaille – viande rouge (crue – mal cuite)
• Eau non traitée ou mal chlorée
• Contamination par contact direct interhumain
• Contamination par voie orale (Marshall)
• Avortement de bovidés
KOUA Amian 92

93. 4. CAMPYLOBACTER
Facteur de pathogénicité
Aspect clinique :
Gastrite asymptomatologique
Sensation de faim douloureuse le matin
Mauvaise haleine
Diarrhée sanguinolente
Fièvre +
III – CARACTÈRES MORPHOLOGIQUES
Bacille GRAM -, incurvé en virgule, en forme de
C, U, S et en de courtes chainettes.
Coccoïde (au cours du repiquage)
Mobile et hélicoïdale KOUA Amian 93

94. 4. CAMPYLOBACTER
IV – CARACTÈRES CULTURAUX
Aérobie / Microaérophile (préférentiel)
Culture 25°C et 42°C
Milieux sélectifs :
SKIROW : colonies grisâtre – pâle
BUTZLER (modifié) : colonies transparentes
KARMALI : colonies blanchâtres (le meilleur milieu)
PRESTON (bouillon) : il existe aussi sous forme de
gélose
V – CARACTÉRISTIQUES BIOCHIMIQUES
Oxydase + / Catalase +
Urée – sauf pylori / N  n + sauf pylori
Hippurate sauf jejuni
Sensibilité aux antibiotiques
KOUA Amian 94

95. 4. CAMPYLOBACTER
VI – DIAGNOSTIC BACTÉRIOLOGIQUE (FASCICULE)
N.B. : Etude de la pathogénicité
Hélicobacter pylori produit une uréase qui libère à partir de
l’urée des ions ammonium. Cette activité enzymatique très
intense permet à la bactérie de s’implanter et de se multiplier
dans l’estomac, site réputé stérile du fait de son acidité
extrême.
Des facteurs d’adhésion permettent la colonisation de la
muqueuse gastrique et une cytotoxine agit sur les cellules à
mucus qui libèrent alors un mucus incomplètement élaboré, si
bien que le mucus ne peut plus remplir correctement ses
fonctions protectrices de la muqueuse et l’acidité du suc
gastrique peut alors amplifier les lésions.
Traitement antibiotique : ß – Lactamine
KOUA Amian 95

96. 5. BRUCELLA
GÉNÉRALITÉS
1887 : Découverte par Bruce (rate)
1893 : Elle est identifiée comme étant
Micrococcus melitensis
1897 : Hugues et Wright Bactérium abortus
Bang et Striboltt
1906 : Zommit et Horrock
1911 : Schroeder et Cotton
1912 : Smith et Fabyan
1914 : Traum (USA) : isole chez les porcins
1924 : Alice Evans et Kieffer
KOUA Amian 96

97. 5. BRUCELLA
1929 : Huddleson précise  B. abortus ; B. suis
1933 : (Epreuve d’agglutination)
1978 : Le comité taxonomique confirme que c’est une
nouvelle espèce.
Brucella : maladie animale transmissible à l’homme,
responsable de brucellose.
Zoonose : importante (problème de Santé publique,
Economique)
I – Taxonomie
Famille : Parvobacteriaceae
Tribu : Brucelleae
Genre : Brucella
Espèce : B. melitensis ; B. abortus ; B. suis ; B. neotomae ;
B. ovis ; B. canis. KOUA Amian 97

98. 5. BRUCELLA
II – HABITAT ET POUVOIR PATHOGÈNE
Homme (en transit) tandis que le siège est chez les
animaux (ovins, caprins, bovins, porcins)
Provoque avortement épizootique chez l’animal, chez
l’homme est responsable de fièvre de malte, fièvre
Sudoro algique, splénomégalie chronique)
Agent de la brucellose.
Transmission par contact - inhalation – inoculation –
ingestion d’aliments souillés.
N.B. Fièvre abondante, avec transpiration
La rafle après inspiration + transpiration fait qu’on pense à
Brucella.
KOUA Amian 98

99. 5. BRUCELLA
III – CARACTÈRES MORPHOLOGIQUES
Bacilles : isolés – paires – courtes chainettes
Coccobacille GRAM négatif : C.G -
Mouvements browniens (impression que la
bactérie bouge) immobile.
Acapsulé – Asporulé – pas de flagelles
IV – CARACTÈRES CULTURAUX
Aérobie strict
Nitrate réductase + en anaérobiose
T° = 37°C pH = 6,6 – 7,4
KOUA Amian 99

100. 5. BRUCELLA
IV – CARACTÈRES CULTURAUX (SUITE)
Culture sur milieux synthétiques
milieux liquides : développement lent, trouble
homogène –voile.
milieux solides : très fines colonies en 48h
(milieu Farrel), colonies S / R / M. Survie assez
longue (lait – urines – fèces – sol – eau…)
Sensibilité aux colorants bactériostatiques :
thionine – fuchsine basique
Exigence en CO2 (espèces).
KOUA Amian 100

101. 5. BRUCELLA
V – CARACTÈRES BIOCHIMIQUES
Catalase + Uréase +
Thionine – fuchsine (S.ETR)
Indole – H2S+
VI – CARACTÈRES ANTIGÉNIQUES
-Deux complexes Ag (chez chaque espèce)
Facteur M Ag melitensis
Facteur A Ag abortus
B. abortus et B. suis sont agglutinés par le sérum anti-
abortus
B. melitensis est agglutinés par sérum anti- melitensis
AC incomplet (bloquant) : perturbation des réactions
sérologiques
KOUA Amian 101

102. 5. BRUCELLA
B. melitensis
B. abortus
B. suis
Selon Wilson et Miles (répartition des Facteurs antigéniques )
M
A
A
A
M
M
OU
OU
OU
A
A
M
A
M
KOUA Amian
102

103. 5. BRUCELLA
VII – DIAGNOSTIQUE BACTÉRIOLOGIQUE
A – Recherche de Brucella dans les produits
alimentaires :lait et produits laitiers (fromage)
Tissus animaux (foie – rate – ganglions – mamelles –
musclés)
Produits liquides : 20 ml prélevés aseptiquement, plus
0,1% d’acide borique, centrifuger à 300tr/minute
pendant 10 minutes ; décanter (culot et surnageant
récupérés) – Ensemencer sur milieu Farrel (de la
marque oxoïd) ou inoculer au cobaye.
Produits solides : peser – broyer au stomatcher
ensemencer sur milieu Farrel (oxoïd) ou inoculer au
cobaye.
KOUA Amian 103

104. 5. BRUCELLA
B – Identification d’espèces
C – Recherche indirecte
Par ponction Sanguine chez l’homme.
Sérodiagnostic de Wrigth par la recherche d’agglutinine
(voir photocopie).
B. melitensis B. abortus B. Suis
Production H2S Traces 2 jours 4 - 5 jours
Exigences en CO2 0 + 0
Thionine R S R
Fuchsine R R S
Uréase Temps variable Temps > 2h Temps < 1h
KOUA Amian 104

105. A. SYSTEMATIQUES BACTERIENNES
3. BACILLES GRAM NEGATIF
ENTEROBACTERIACEAE
KOUA Amian 105

106. ENTEROBACTERIACEAE
GÉNÉRALITÉS
Toute bactérie bacillaire GRAM –
Oxydase - : Enterobactérie
Oxydase + : Pseudomonadaceae
Oxydase variable : Parvobactériaceae
non classés (Alcaligênes)
Définition
Famille hôte du tube digestif de l’homme et
de l’animal
• Bacille GRAM –
• Oxydase –
KOUA Amian 106

107. ENTEROBACTERIACEAE
DÉFINITION (SUITE)
Glucose + avec ou sans gaz
• Asporulé
• AAF
• N n
• Immobile ou mobile péritriche
• Culture sur milieux ordinaires
KOUA Amian 107

108. ENTEROBACTERIACEAE
I – TAXONOMIE
Embranchement 1 : Eubactéries
Classe : Asporulés
Ordre : Bactériales
Famille : Enterobacteriaceae
Tribu : N = 8 (+ 2 nouvelles espèces)
II – HABITAT ET POUVOIR PATHOGÈNE
- Commensaux (la plupart)
- E. coli : plus fréquent (intestin)
- Retrouvés dans la cavité buccale – les voies aériennes
supérieures et organes génitaux – - - eaux – sols –
aliments
- Acquisition d’un pouvoir pathogène important tels que
les syndromes digestifs (Salmonella – Shigella – E. coli)
KOUA Amian
108

109. ENTEROBACTERIACEAE
III – CARACTÈRES MORPHOLOGIQUES
Bacille GRAM –
Asporulé
Immobile (Klebsiella, Shigella)
Mobile péritriche
Acapsulé
Capsulé (Klebsiella – E.coli K1)
Coccoïde à coloration bipolaire
KOUA Amian 109

110. ENTEROBACTERIACEAE
IV – CARACTÈRES CULTURAUX
AAF (aérobie anaérobie facultatif)
• Culture sur milieux ordinaires
• T° = 37° C pH = 7,2
Sur milieux gélosés
• Colonie S (suspension homogène en eau physiologique)
• Colonie R (auto-agglutinable)
• Colonie M
• Colonie naine
• Colonie envahissante par ordre concentrique
KOUA Amian 110

111. ENTEROBACTERIACEAE
En bouillon
• Colonie S (trouble homogène)
• Colonie R (culture grumeleuse fond)
• Colonie M (Trouble intense – collorette muqueuse en
surface-)
V – CARACTÈRES BIOCHIMIQUES
Caractères communs
Oxydase -
N  n
Glucose + par voie fermentaire
KOUA Amian 111

112. ENTEROBACTERIACEAE
Caractères différentiels
1 – Hydrates de carbones (lactose, inositol, mannitol, adonitol)
2 – Métabolites terminaux (indole, H2S, gaz)
3 - Métabolites particuliers (AMC à partir du glucose)
– Inhibition de culture par le KCN
5 – Citrate de sodium (source de carbone)
6 - Fermentation des sels organiques :
* malonate de sodium
* mucate de sodium
• 7 – Production d’enzymes : Uréase – catalase – gélatinase –
ß–Galactosidase – LDC – ODC – LDA – TTR – ß–
Glucuronidase – ß- Xyloxidase - PDA (phényldésaminase).
KOUA Amian 112

113. ENTEROBACTERIACEAE
CLASSIFICATION BIOCHIMIQUE:
Groupe H2S +
Groupe TDA +
Groupe VP +
Groupe indole +
VI – CARACTÈRES ANTIGÉNIQUES
Ce sont les Antigènes (Ag) de structure
Ag somatique : Ag O
Ag flagellaire : Ag H
Ag Capsulaire : Ag K
Ag de virulence : Ag Vi
KOUA Amian 113

114. ENTEROBACTERIACEAE
VII – DIAGNOSTIC
BACTÉRIOLOGIQUE
* Examen direct
* Culture
* Identification (genre – espèce)
* Dénombrement sur VRBG
(denrées alimentaires)
KOUA Amian 114

115. 2-

116. 1. SALMONELLA
GÉNÉRALITÉS
Le genre Salmonella est le plus important des entérobactéries
du fait de son pouvoir pathogène élevé mais également du
fait du nombre élevé de serovars différents (~ 2500).
Salmonella est responsable de salmonellose, transmissible
par les aliments.
La dose infectieuse : Très forte, 100 cellules à 1 million de
cellules.
I - HABITAT – POUVOIR PATHOGÈNE
•Espèces animales :
•Homme (Convalescents – chronique – porteurs sains)
Porteurs sains = cas des drépanocytaires qui peuvent
héberger Salmonnella sans faire la maladie
KOUA Amian 116

117. 1. SALMONELLA
I - HABITAT – POUVOIR PATHOGÈNE
•Eau – aliments (œufs : contamination
trans ovarienne, coque)
•Fruits – légumes
Pathogène pour l’homme et l’animal.
Responsable de :
• fièvres typhoïdes ou paratyphoïdes (septicémie,
hyperthermie, diarrhée, nausée-vomissement)
• gastro-entérites (symptomatologie) : quelques
cas sévères avec diarrhée nausée- vomissement
• ostéites (drépanocytaire)
KOUA Amian 117

118. 1. SALMONELLA
RAPPEL :
Salmonella est une entérobactériaceae
Genre : Salmonella
Nommé ainsi en l’honneur du médecin Américain
Daniel Elmer SALMON
II-TAXONOMIE
Technique par Hybridation ADN
Règne : Bacteria
Embranchement : Proteobacteria
Classe : Gamma Proteobacteria
Ordre : Enterobacteriales
Famille : Enterobacteriaceae
KOUA Amian 118

119. 1. SALMONELLA
II-TAXONOMIE (suite)
Genre : Salmonella
Espèces (trois) : Salmonella enterica *
Salmonella bongori
Salmonella subterranae (découvert en 2009)
*Salmonella enterica a six sous-espèces qui sont :
Salmonella enterica arizonae; Salmonella enterica houtenae;
Salmonella enterica diarizonae; Salmonella enterica indica;
Salmonella enterica enterica; Salmonella enterica salamae.
KOUA Amian 119

120. 1. SALMONELLA
N.B : Institut PASTEUR Paris reconnaît
aujourd’hui plus de 2500 serovars.
A coté des serovars, existent des biotypes ,
lysotypes , des phagovars et des mesotypes.
intérêt épidémiologique par bactériophages
spécifiques.
III- Caractères Morphologiques
• Bacille GRAM négatif
• Asporulé
• Acapsulé
• Mobile péritriche
• Coccoide à coloration bipolaire.
KOUA Amian 120

121. 1. SALMONELLA
IV- CARACTÈRES CULTURAUX
• Bactéries AAF
• Culture sur milieux ordinaires
• Température (T°) = 37°C
• pH = 7,2
• Sur gélose on a des colonies de type S / R / M
• En bouillon, on observe un trouble intense –
grumeleux
• Milieux d’enrichissement : Rapapport Vassiliadis
(RV 10) – Sélénite
• Milieux d’isolement : Hektoen (+) – S.S – XLD
– Rambach. KOUA Amian 121

122. 2-

123. 1. SALMONELLA
V-CARACTÈRES BIOCHIMIQUES
Salmonella fait partie du groupe H2S positif.
- oxydase négatif
- N  n
- Uréase négative
- Indole négative
- TDA négative
- Glucose positif
- H2S positif (S.
thyphi)
- Gaz +/-
- Lactose -
- ONPG négatif
- Citrate positif
- Mannitol positif
- Mobilité positive
- Gélatine négative
sauf arizona
- Catalase positive
- LDC positive
- ODC +/-
- ADH négatif
- AMC négatif
KOUA Amian 123

124. 1. SALMONELLA
VI- CARACTÈRES ANTIGÉNIQUES
• Ag somatique : Ag0 (il en existe 65 chez Salmonella)
• Ag d’enveloppe : Ag K
. Ag de virulence : Vi (observé chez typhi , paratyphi,
dublin)
Remarque : toute Salmonella portant Vi est très
pathogène
• Ag flagellaire : Ag H gène de structure : phase 1 et 2
Phase 1 en lettre (r, a, d)
Phase 2 en chiffre (1,2)
VII- DIAGNOSTIC BACTÉRIOLOGIQUE
Pour Salmonella, on ne fait pas de dénombrement mais
toujours une recherche.
KOUA Amian 124

125. 1. SALMONELLA
 Méthodes conventionnelles / classiques
References: Norme AFNOR V 08.013
ISO 6579
Fil 93A – 1985
Echantillonnage
Prélèvement
Transport
Pré enrichissement
Enrichissement
Isolement KOUA Amian 125

126. 1. SALMONELLA
KOUA Amian 126

127. 1. SALMONELLA
KOUA Amian 127

128. 1. SALMONELLA
KOUA Amian 128

129. 1. SALMONELLA
Méthodes non conventionnelles
* Techniques immunologiques
* Méthodes immuno enzymatique : E I A
(enzyme – immuno – assay)
* Techniques d’hybridation utilisant une sonde
ADN / ADN
* Impédancemetrie (mesure de conductance)
• Radiométrie (mesure du carbone 14 à partir
de substrat marqué).
KOUA Amian 129

130. 2. SHIGELLA
GÉNÉRALITÉS
Shigella est une Entérobactérie strictement adaptée
l’homme. C’est l’agent étiologique de la dysenterie
bacillaire. L’homme va contaminer les aliments et l’eau. La
dose infectante est faible (100 cellules). Shigella demande
donc une surveillance particulière personnelle des IAA –
cuisiniers – serveurs – tout manipulateur d’aliment.
I – HABITAT – POUVOIR PATHOGÈNE
• Le réservoir est l’homme
• La transmission est fécale (contact direct ou indirect)
• Crudités
• Mains sales
• Mouches
KOUA Amian 130

131. 2. SHIGELLA
• Dysenterie bacillaire typique provoquée par Bacille de
Shiga avec des symptômes tels que : plus de 50 selles par
jour, hyperthermie, diarrhée, nausées – Vomissements,
état de choc, déshydratation.
• Endotoxine (glucido – lipido – polypeptidique)
• Toxine protéique (Shigella disenteriae 1 ou Shiga)
II - ETUDE BACTÉRIOLOGIQUE
1 – TAXONOMIE
Shigella a été découvert en 1898 par SHIGA de la famille
des Enterobacteriaceae.
Genre : Shigella
Espèces : quatre (04) à savoir : SH. Dysenteriae, SH.
flexnerie, SH. boydii, SH. sonnei
KOUA Amian 131

132. 2. SHIGELLA
2 – CARACTÈRES MORPHOLOGIQUES
Bacille GRAM -
• Asporulé
• acapsulé
• Immobile (pendulaire sur place)
• Coccoide à coloration bipolaire
3 – CARACTÈRES CULTURAUX
• AAF
• Culture sur milieux ordinaires
• Température : 37° C
• pH : 7,2
KOUA Amian 132

133. 2. SHIGELLA
• Gélose colonie S (virulente) ou colonie R (avirulente)
• Bouillon Trouble
• Enrichissement aucun (pas de milieu d’enrichissement
pour Shigella).
• Isolement : Hektoen (meilleur) – SS – Mac Conkey – Drigalski
Oxydase négatif
N  n
Uréase négative
Indole - /+
TDA négatif
Glucose positif
H2S négatif
Gaz +/-
Lactose négatif
ONPG Négatif
Citrate positif
Mannitol positif
sauf dysenteriae
Catalase positive
sauf dysenteriae
LDC négatif
ODC négatif sauf sonnei
ADH négatif
AMC négatif
RM positif
KOUA Amian 133

134. 2. SHIGELLA
5– CARACTÈRES ANTIGÉNIQUES
Ag somatique : Ag0 spécifique les divisant en
quatre sous-groupes
• Sous-groupe A : SH. dysenteriae (10 serotypes)
– Mannitol négatif
–Indole positif 2 – 7 - 8 serovars
–Indole négatif 1 – 3 – 4 – 5 – 6 - 10
serovars
Sous-groupe B : SH flexneri (6 serotypes)
–Mannitol positif
–Indole positif
–Glucose (Gaz) KOUA Amian 134

135. 2. SHIGELLA
• Sous-groupe C : SH. boydii (15 serotypes)
– Mannitol positif
– Indole positif 5 – 7 – 9 – 11 – 13 - 15
– Indole négatif 1 – 2 – 3 – 4 – 6 – 8 – 10 – 12 - 14
– Lactose négatif
– ONPG -/+
• Sous groupe D : SH. sonnei (1 serotype)
– Mannitol positif
– Colonie S phase 1 (virulente)
– Colonie R phase 2 (avirulente)
KOUA Amian 135

136. 2. SHIGELLA
6- DIAGNOSTIC BACTÉRIOLOGIQUE
Il s’agit d’une recherche
• Echantillonnage
• Transport
• Prise d’essai
• Isolement
• Identification
• Confirmation sérologie (serotype)
• Identification différentielle :
Alcaligenes féacalis  Oxydase +, glucose –
Salmonella – immobile  Citrate christensen +
Proteus providencia immobile  TDA +
Hafniae mobile à 25°C  LDC+
Alcalescens dispar  LDC+ ; citrate christensen +.
KOUA Amian 136

137. 3. CITROBACTER
I - HABITAT – POUVOIR PATHOGÈNE
• Commensale de l’intestin de l’homme et l’animal
• Pathogène opportuniste
• Peut intervenir dans les gastro-enterites humaines infantiles
• Environnement
II - TAXONOMIE
Famille : Enterobacteriaceae
Genre : Citrobacter
Espèces : C. freundii
C. koseri (s’appelait C. diversus et aujourd’hui
encore appelé C. malonatica)
C. amalonatica (anciennement levinea amalonatica),
C. yougae, C. bakii, C. werkranii, C. sellakii
KOUA Amian 137

138. 3. CITROBACTER
III - CARACTÈRES MORPHOLOGIQUES
• Bacille GRAM négatif
• Mobilité péritriche
• Non capsulé
• Non sporulé
IV - CARACTÈRES CULTURAUX
• AAF
• T° : 37°C
• pH : 7
Aspect sur milieux de culture
• Odeur particulièrement nauséabonde
• Gélose ordinaire on a des colonies de type S / R
• Production d’hydrogène sulfuré (sur milieux SS / Hektoen)
KOUA Amian 138

139. 3. CITROBACTER
V- CARACTÈRES BIOCHIMIQUES
VI- DIAGNOSTIC MICROBIOLOGIQUE
(BACTÉRIOLOGIQUE).VOIR CELUI DES
ENTÉROBACTÉRIES
Appartient au Groupe H2S
Urée –
ONPG +
Indole –
LDC -
ADH -
ODC -
Gélatine -
H2S +/- (car tous les
Levinea sont aujourd’hui
des Citrobacter)
KCN -
KOUA Amian 139

140. 4. EDWARDSIELLA
I – HABITAT – POUVOIR PATHOGÈNE
Réservoir :
- Reptiles (serpents, poissons)
-Homme (selles normales ou diarrhéiques),
pas commensale du tube digestif de l’homme.
- Oiseaux - eaux - chat
II – TAXONOMIE
Famille : Enterobacteriaceae
Genre : Edwardsiella
Espèces : E. tarda (homme, serpents, poissons)
E hoshinae (oiseaux – eaux - reptiles)
E. ictaluri (chat – poissons)
KOUA Amian 140

141. 4. EDWARDSIELLA
III – CARACTÈRES MORPHOLOGIQUES
• Bacille GRAM -
• Mobilité péritriche
• Non capsulé
• Non sporulé
IV – CARACTÈRES CULTURAUX
• AAF
• T°C : 37°C
• pH : 7
KOUA Amian 141

142. 4. EDWARDSIELLA
V - CARACTÈRES BIOCHIMIQUES
VI – DIAGNOSTIC BACTÉRIOLOGIQUE
Relatif à la recherche des entérobactéries.
Edwardsiella fait partie à la fois du groupe H2S + et du
groupe indole +.
Urée -
Indole +
Glucose +
Gaz +
Lactose -
ONPG -
H2S +
Citrate -
ADH -
LDC +
ODC +
Mannitol –
sauf E. tarda
Saccharose - sauf
E. tarda
VP -
RM +
Gélatine -
KOUA Amian 142

143. 5. KLEBSIELLA
GÉNÉRALITÉS
- Groupe KES (Klebsiella, Enterobacterie, Serratia)
- Voges Proskauer (VP) +
- Pathogène opportuniste
- Production de ß lactamine  souche multi résistante.
I- HISTORIQUE
1880 : Edwin Klebs  description
1882 : Frisch et Paccini bacille du Rhinosclerome
1883 : Talomon et Fraenkel  bacille de Free Landen
différent de pneumocoque
1885 : Trevision  genre Klebsiella
1885 : Paltauf et Felselberg  bacille de l’ozène
KOUA Amian 143

144. 5. KLEBSIELLA
II- HABITAT
- Homme (flore fécale - peau – muqueuses - voies
respiratoires supérieures)
- eaux (surface-usées) – sol – végétaux – aliments.
Donc bactérie cosmopolite.
III- PATHOGENICITÉ
- Pathogène opportuniste
- Transmission directe manuportée
- Transmission indirecte (aérosol-matériel-aliments)
- Infections broncho-pulmonaires
- Septicémie
KOUA Amian 144

145. 5. KLEBSIELLA
IV- TAXONOMIE
Famille : Enterobacteriaceae
Tribu : Klebsielleae
Genre : Klebsiella
Espèces : K. pneumoniae, K. oxytoca, K. ozenae,
K. rhinoscleromatis, K. planticola, K. terrigena,
K. ornithinolytica.
V- CARACTÈRES MORPHOLOGIQUES
- Bacille GRAM négatif - immobile
- Coloration bipolaire - capsulé
- Aspect en navette - Asporulé
KOUA Amian 145

146. 5. KLEBSIELLA
VI- CARACTÈRES CULTURAUX
- Température : 37°C
- pH optimal : 7.4
-Aéro-anaérobie facultatif
-Cultivée sur milieux ordinaires (gélose ordinaire et bouillon
ordinaire) et sur
- milieux sélectifs : EMB – SS – Hektoen – BEP
- Aspects sur milieux gélosés : aspect glaireux, confluent, œil
de poisson sur EMB, bombée et filante à l’anse de platine.
- Aspect en bouillon : trouble (hauteur du tube), ondes noires
(après chiquenose)
Colorette visqueuse puis dépôt muqueux au fond du tube (48h)
-Colonies de type R et M sur gélose
KOUA Amian 146

147. 5. KLEBSIELLA
VII. CARACTÈRES BIOCHIMIQUES
- Portoir réduit de Le Minor (urée / indole –hajna – MMN -
Citrate de Simon)Caractères communs aux entérobactéries
- Aéro-Anaérobie Facultatif (AAF)
- Réduit les nitrates en nitrite (N n)
- Oxydase –
- Glucose +
- DNase –
- Uréase
- Souche pigmentée
- ONPG
- ADH – ODC – LDC Caractères différentiels des espèces à
partir des caractères biochimiques.
KOUA Amian 147

148. 5. KLEBSIELLA
VIII - CARACTÈRES ANTIGÉNIQUES
- Antigène somatique (paroi) : Ag O  n = 19
- Antigène flagellaire : Ag H  n = 77
Marqueurs épidémiologiques
- lysotypie
- biotypage
- zymotypage
KOUA Amian 148

149. 5. KLEBSIELLA
IX- DIAGNOSTIC MICROBIOLOGIQUE
- Echantillonnage / Prélèvement
- Transport
- Prise d’essai
- Ensemencement sur VRBG pour déterminer que c’est une
entérobactérie.
- GRAM (Bacille GRAM -)
- Purification
- Portoir de Le Minor (identification)
- Discussion bactériologique
- Identification du genre
- Identification de l’espèce.
KOUA Amian 149

150. 6. ENTEROBACTER
Généralités
- Groupe KES (Klebsiella, Enterobacterie, Serratia) donc VP +
- pathogène opportuniste
- souche multirésistante
- intérêt du diagnostic
I- Historique
- Aérobacter Enterobacter
- 1890 : étude de Lehmann et Newmann puis Kaufmann / Castellani
- 1919 : Castellani et Chalmers (E. Cloacae)
- 1960 : Enterobacter confirmé (Edwards)
autres espèces…
KOUA Amian 150

151. 6. ENTEROBACTER
II- Habitat
- Homme - animaux - Eaux - Sol - Végétaux – Peau - Muqueuses
Donc bactérie ubiquiste
III- Pouvoir pathogène
- Pathogène opportuniste / multirésistante
- Transmission directe (interhumaine)
- Transmission indirecte (matériel-aliments)
- Infection (urinaires, pulmonaire, méningite…)
- Septicémie
KOUA Amian 151

152. 6. ENTEROBACTER
IV- Taxonomie
Famille : Enterobactériaceae
Tribu : Klebsielleae
Genre : Enterobacter
Espèces : E. cloacae
E. aerogenes plus fréquentes et très pathogènes
E. gergoviae
E. sakazaki (environnement-homme)
E. asburiae (eau-aliment-environnement)
E. dissolvens (pas chez l’homme)
E. nimipressuralis (pas chez l’homme)
E. taylorae (environnement)
E. amnigenus (eau-sol)
KOUA Amian 152

153. 6. ENTEROBACTER
E. intermedius (eau-sol)
E. cancerogenus (arbre appelé peuplier)
E. hormaechei (expectorations)
V- CARACTÈRES MORPHOLOGIQUES
- Bacille GRAM négatif
- Mobilité péritriche
- Acapsulé
- Asporulé
- court et/ou coccobacillaire (polymorphe)
KOUA Amian 153

154. 6. ENTEROBACTER
VI- CARACTÈRES CULTURAUX
Temps optimal : 37° C
pH optimal : 7,4
- AAF
- Cultive sur milieux ordinaires (Go-Bo)
- Milieu sélectif (SS – Hektoen - BCP)
- Aspect sur milieux gélosés
colonies de type S
colonies de type R
- Aspect sur Bouillon
troubles sur toute la hauteur du tube
ondes moirées après la chiquenose
KOUA Amian 154

155. 6. ENTEROBACTER
VII- CARACTÈRES BIOCHIMIQUES
- Portoir réduit de le Minor
- Galerie API 20 E
 Caractères communs aux entérobactéries.
- AAF
- N  n
- oxydase - - glucose + - catalase+
 Caractères du genre Enterobacter
- VP+ - pigment
- DNase – - ONPG
- uréase - ADH – ODC – LDC
 Caractère différentiels d’espèces
KOUA Amian 155

156. 6. ENTEROBACTER
VIII- CARACTÈRES ANTIGÉNIQUES
- Antigène somatique : Ag O (paroi)
- Antigène flagellaire : Ag H
- Antigène d’enveloppe : Ag K (E. aerogenes)
Marqueurs épidémiologiques
- Lysotypie
- Biotypage
- Zymotypage
KOUA Amian 156

157. 6. ENTEROBACTER
IX- DIAGNOSTIC BACTÉRIOLOGIQUE OU
MICROBIOLOGIQUE
- Echantillonnage
- Transport
- Prise d’essai
- Ensemencement sur VRBG
- GRAM (Bacille Gram -) avec des colonies caractéristiques
- Isolement
- Portoir de Le Minor (identification)
- Caractères biochimiques
- Discussion bactériologique
- Diagnostic du genre
- Diagnostic de l’espèce.
KOUA Amian 157

158. 7. HAFNIA
Espèce : Hafnia alvei
- Hôte normal du tube digestif de l’homme et des
animaux
- Aliments : lait, fromage, viande, œuf, charcuterie,
eaux de surface usées, sol, légume
- Colonie lactose -, H2S -
- Pousse lentement à 37°C sur citrate de Simmons :
il faut trois (03) jours
- Mobilité et VP : (-) à 37°C ; mais (+) à 22°C
KOUA Amian 158

159. 7. HAFNIA
- Test ONPG
 (+) si Hafnia incubé à 22°C
 (-) si Hafnia incubé à 37°C
- La plupart des souches possèdent une nitrate
réductase B
- La plupart des souches sont classées par erreur :
Salmonella H2S- il faut faire les tests
suivants : . Ferment glycérol si le test est fait en
eau peptonée + 1% glycérol
. Sorbitol (-)
. Citrate de Simmons (-)
KOUA Amian 159

160. 8. SERRATIA
- Groupe KES donc VP +
- Pathogène opportuniste
- Multirésistant (fréquent)
- Pigment rouge (espèce) Prodigiosine
I- Historique
- Aliments contaminés en rouge
- MO de l’antiquité
- Pigment confondu avec le sang
Origine de tueries au moyen âge
10 000 juifs exécutés entre 1247 et 1510
KOUA Amian 160

161. 8. SERRATIA
Hosties sanglantes
1819 : Bizio 1er
isolat
1886 : Pflugge Bacillus Prodigius
1904 : Fortineau Erythro bacillus
1923 : Nommé Serratia Marcescens
1999 : pathogène opportuniste
II- Taxonomie
Famille : Enterobacteriaceae
Tribu : Klebsiellae
Genre : Serratia
KOUA Amian 161

162. 8. SERRATIA
II- TAXONOMIE (SUITE)
Espèces : S. Marcescens S. liquefaciens
S. marinorubra (Rubidae - 1940) S. proteamaculans
S. plymuthica (1896) S. grimesii
S. adorifera (1978 S. entomophila
S. ficaria (1979) S. fonticola (1979)
III- Caractères morphologiques
- Bacille GRAM (-)
- acapsulé
- asporulé
- mobile  péritriche
KOUA Amian 162

163. 8. SERRATIA
IV- CARACTÈRES CULTURAUX
- Type respiratoire : AAF
- Température : 37°C
- pH : 7,2
- Culture sur milieux ordinaires
- Aspect sur milieu d’isolement
* colonies de type S
* colonies de type R
* colonies de type envahissant
- Gélose sélective (SS – Hektoen)
KOUA Amian 163

164. 8. SERRATIA
V- CARACTÈRES BIOCHIMIQUES
*Caractères communs aux entérobactéries
*Caractères différentiels
- - Mannitol
- TDA - Adonitol
- Inositol
- Uréase - Tréhalose
- H2S - Xylose
- Indole - Maltose
- ODC - Saccharose
- Citrate de Simmons - Gélatine
- - Mannose
KOUA Amian 164

165. 8. SERRATIA
VI- Caractères antigéniques
- Nombreux Ag O et Ag H
- recherche présente peu d’intérêt
- existence de parenté antigénique avec certains
Ricketsies (agent typhus)
Diagnostic microbiologique (voir autres Entero.)
KOUA Amian 165

166. 9. ESCHERICHIA
- Escherichia (coli) = cellules les plus représentatives du
monde bactérien
- Précision dans son rôle comme agent "diarrhéogène"
I- Historique
1885 : Escherichia coli est isolé pour la première fois
par Escherich
1973 : Burges et Coll identifient E. blattae du tube
digestif de la blatte.
1982 : E. hermanii (Brenner et Coll.)
1982 : E. vulneris (Brenner et Coll.)
1985 : E. fergusonii (Farmer et Coll.)
KOUA Amian 166

167. 9. ESCHERICHIA
II- HABITAT
- Homme-animaux (commensalisme)
- Eaux (par les selles)
- Bactéries ubiquistes
III- POUVOIR PATHOGÈNE
- pathogène opportuniste
- E. coli entérotoxinogène (ECET)
- diarrhée du voyageur (Turista)
- crampes abdominales
- nausées
- fièvre
KOUA Amian 167

168. 9. ESCHERICHIA
- E. coli enteropathogène (ECEP)
- diarrhées infantiles (âge < à 2 ans)
- E. coli dysentériforme  leucocytes dans les selles
- E. coli enterohémorragiques (ECEH)
- diarrhées sanglantes
- coliques hémorragiques
- syndromes hémolytiques urémique (SHU)
- absence de fièvre
- absence de leucocytes dans les selles
NB : "maladie de Hamburger"  sérogroupe : O:157:H7
KOUA Amian 168

169. 9. ESCHERICHIA
- E. coli entéroagrégat (EAGGEC)
- diarrhée
NB : Dysmicrobisme : plus d’équilibre de la flore des
selles
- E. coli avec pouvoir d’adhésion cellulaire de type diffus
(DAEC)
Infections urinaires
. cystites
. pyélonéphrites
Méningites néo-natales
. au cours de l’accouchement
. contamination du liquide amniotique
Septicémies KOUA Amian 169

170. 9. ESCHERICHIA
Suppurations:
. péritonites
. salpingite (infection des trompes)
. suppurations post-opératoires
. infections ostéo-articulaires
TABLEAU DES INFECTIONS CAUSEES PAR E.coli (selon
P.J.SANSONETTI)
Infections intestinales :
- ECET- E. coli entérotoxinogènes : diarrhée des voyageurs
- ECEP- E. coli entéropathogènes : gastroentérites infantiles
- ECEI- E. coli entéroinvasifs : syndromes dysentériques
- ECEH- E. coli entérohémorragiques : colites hémorragiques
KOUA Amian 170

171. 9. ESCHERICHIA
INFECTIONS EXTRA-INTESTINALES :
- Infections de l’arbre urinaire : cystites,
pyélonéphrites
- Infections "parasite intestinale" :
appendicites
cholécystites
péritonites
- Septicémies, méningites, infections
ostéo / articulaires
KOUA Amian 171

172. 9. ESCHERICHIA
IV- TAXONOMIE
Famille : Enterobacteriaceae
Tribu : Escherichieae
Genre : Escherichia
Espèces : E. coli (1-2)
E. blattae (1987) E. fergusonii (1985)
E. hermanii (1952) E. vulneris
V- Caractères morphologiques
- Bacille GRAM négatif
- Mobilité péritriche
- Acapsulé (certaines souches sont capsulées
telle que Ag K1 )
- Asporulé
KOUA Amian 172

173. 9. ESCHERICHIA
VI- CARACTÈRES CULTURAUX
- Température optimale : 37°C
- pH optimal : 7,4
- AAF
- Culture sur milieux ordinaires
- Milieux sélectifs (SS – EMB – TBX - Rapid’E. coli 2)
- Aspect sur milieu gelosé :
. colonies S
. colonies R (parfois)
- Aspect sur bouillon
. Trouble sur toute la hauteur du tube
. Ondes moirées après chiquenose
KOUA Amian 173

174. 9. ESCHERICHIA
VII- CARACTÈRES BIOCHIMIQUES
- Portoir réduit de Le Minor
- Galerie : API 20 E
Caractères communs aux entérobactéries
- AAF - N  n
- Cytochrome oxydase - - Glucose + - Catalase +
Caractères du genre Escherichia
- Indole +
- Urée -
- Citrate de Simmons-
Caractères différentiels des espèces (Voir caractères biochimiques)
KOUA Amian 174

175. 9. ESCHERICHIA
VIII- CARACTÈRES ANTIGÉNIQUES
- antigène somatique : Ag O (Paroi) - 160
- antigène flagellaire : Ag H 52 types
- antigène capsulaire : Ag K 70
Marqueurs épidémiologiques :
- Lysotypie
- Biotypage
IX- DIAGNOSTIC MICROBIOLOGIQUE
- Echantillonnage
- Transport
- Prise d’essai
KOUA Amian 175

176. 9. ESCHERICHIA
IX- DIAGNOSTIC MICROBIOLOGIQUE (SUITE)
- Ensemencement (VRBG)
- GRAM (BG-)
- Colonies caractéristiques
- Isolement (purifier la souche)
- Portoir de Le Minor (identification)
- Caractères biochimiques
- Discussion bactériologique
- Diagnostic du genre
- Diagnostic d’espèce
- Sérotypage
KOUA Amian 176

177. KOUA Amian 177

178. 10. GENRE PROTAE TDA (+)
Proteus – Providencia – Morganella
I- HABITAT- POUVOIR PATHOGÈNE
- Homme - animal
- Environnement
- Pathogènes opportunistes
- Agents de putréfaction des déchets d’origine animale.
II- TAXONOMIE
- Famille : Enterobactériaceae
- 1- Genre : Proteus
Espèces :
Proteus mirabilis Proteus vulgaris
Proteus penneri
KOUA Amian 178

179. 10. GENRE PROTAE TDA (+)
Proteus – Providencia – Morganella
2- Genre Providencia
Espèces
P. stuartii
P .alcalifacienne
P. rettgeri
P. rustigianii
P. heimbachae selles pingouins
3- Genre Morganella
Espèce : M. Morganii
Sont des bactéries de surinfections
KOUA Amian 179

180. 10. GENRE PROTAE TDA (+)
Proteus – Providencia – Morganella
III-DIAGNOSTIC MICROBIOLOGIQUE
-Echantillonnage
- Transport
- Prise d’essai
Ensemencement (VRBG)
- GRAM (BG-)
- Colonies caractéristiques
- Isolement (purifier la souche)
- Portoir de Le Minor (identification)
KOUA Amian 180

181. 10. GENRE PROTAE TDA (+)
Proteus – Providencia – Morganella
III-DIAGNOSTIC MICROBIOLOGIQUE
-- Caractères biochimiques
- Discussion bactériologique
- Diagnostic du genre
- Diagnostic d’espèce
- Stéréotypage
KOUA Amian 181

182. 11. LES COLIFORMES
Introduction
Le terme coliforme est utilisé depuis 1913, pour
faire référence aux bactéries de l’espèce E. coli.
De 1975 – 1980 il y a eu des évolutions dans la
taxonomie qui donne une rénovation de cette
classification.
Leur meilleure évaluation et signification se
perçoivent dans le domaine alimentaire.
I - Définition
Selon ISO, cette appellation « d’organismes
coliformes » fait référence :
- Bacilles à GRAM négatif
KOUA Amian 182

183. 11. LES COLIFORMES
I – DÉFINITION (SUITE)
- Non sporulés
- Oxydase négative
- Aérobies ou anaérobies facultatifs
- Multiplication en présence de sels biliaires
- Fermentation du lactose avec production d’acide, de gaz
- et d’ aldéhide en 48H à 37°C.
Tous les coliformes ayant les mêmes propriétés à 44°C sont des
coliformes thermotolérants qui produisent de l’indole à partir du
tryptophane à 44°C
Ces coliformes thermotolérants sont des Escherichia coli présumés
(présumés à être pathogènes)
KOUA Amian 183

184. 11. LES COLIFORMES
II – CLASSIFICATION
Le test IMVIC caractérisait autrefois les coliformes. C’est
la classification ancienne et traditionnelle.
Taxonomie moderne des Enterobacteriaceae :
« Entérobactéries coliformes »
Mesure difficile de l’importance relative de chacune de ces
espèces par rapport au concept de « coliformes »
Plan clinique (isolat)
Environnement aquatique ou tellurique (présence)
Deux catégories de coliformes : selon l’origine et l’habitat
KOUA Amian 184

185. 11. LES COLIFORMES
a – Coliformes d’origine fécale : 1ère
catégorie
Cette catégorie comprend les espèces des genres
Escherichia;
Citrobacter;
Klebsiella;
Enterobacter.
Ils sont rencontrés dans les matières fécales
humaines ou animales, les eaux usées et les eaux de
surface polluées, mais jamais isolés dans les eaux
d’alimentation (non polluées et contrôlées) ou des
sols dépourvus de fumures.
KOUA Amian 185

186. 11. LES COLIFORMES
b – Catégorie de coliformes selon l’habitat : 2ème
catégorie
correspond à des espèces nouvelles :
Serratia fonticola
Buttiauxella agrestis
Enterobacter intermédium
Enterobacter amnigenus
Klebsiella terrigena
Klebsiella trevisanii
Contrairement au 1er
groupe, ceux-ci proviennent des eaux
d’alimentation (eau potable) et de sols incultes. Ces espèces
sont fréquentes dans les eaux de distribution et le plus souvent
confondues avec les espèces indicatrices d’une pollution fécale.
KOUA Amian 186

187. 11. LES COLIFORMES
b – Catégorie de coliformes selon l’habitat : 2ème
catégorie (suite)
Destruction écologique confirmée du point de vue
physiologique par rapport à la température de croissance,
on peut envisager des coliformes dont la température
optimale des croissance est de 37°C et qui sont capables de
se multiplier à des températures élevées (44°C).
III – Ecologie – Epidémiologie
L’habitat de ces différentes espèces est à l’évidence
complémentaire de la reconnaissance taxonomique.
C’est dans la mesure ou l’identification précise sera
développée que l’on pourra mieux comprendre et
interpréter leur présence dans l’eau ou les produits
alimentaires.
KOUA Amian 187

188. 11. LES COLIFORMES
III – ECOLOGIE – EPIDÉMIOLOGIE (SUITE)
a – Coliformes et pouvoir pathogène
En général, ce sont des germes « coloniseurs » (en clinique)
Donc des bactéries pathogènes opportunistes
Présence de coliformes dans un aliment : indicateur de
pollution
b – Coliformes et habitat fécal
Réaliser des analyses quantitatives pour évaluer la distribution
des coliformes du tube digestif.
Tenir compte des nouvelles espèces reparties entre produits
pathologiques (clinique) et habitat aquatique ou tellurique
(environnement).
Considérer le pouvoir migratoire et le caractère aléatoire de leur
implantation.
KOUA Amian 188

189. 11. LES COLIFORMES
c – Coliformes et habitat aquatique
Analyse des écosystèmes aquatiques (eaux usées,
fleuves, rivières, lacs ou étangs) récepteurs des
rejets organiques est aussi instructive.
Ainsi, on observe une évolution des populations de
coliformes par rapport à celles rencontrées dans les
écosystèmes intestinaux.
d – Coliformes et eaux d’alimentation
Diversité d’espèces et large distribution des
souches non fécales
KOUA Amian 189

190. 11. LES COLIFORMES
IV - DÉTECTION ET IDENTIFICATION
La plupart des méthodes sont satisfaisantes
Le phénomène de l’identification mérite quelques développements
-Systèmes d’identification numérique  IMVIC (méthode
traditionnelle).
-Mieux, identification par comparaison entre le profil des espèces
répertoriées et classées (API).
Observation de deux catégories de coliformes :
Coliformes thermotrophes ou termotorérants
• Culture à températuree élévée (37 – 44°C)
• Coliformes fécaux sont de cette catégorie
• Incapable de se développer à + 4°C
KOUA Amian 190

191. 11. LES COLIFORMES
Coliformes psychrotrophes
- Culture : 30 et 34°C - Culture à 4°C
Incapable de se développer à + 44°C
N.B. : Ils ne font pas partie de la flore fécale des animaux à sang
chaud.
V – Coliformes et indicateurs
• Les coliformes sont d’excellents indicateurs par rapport à
– L’écologie - La bactériologie -La taxonomie
– Aux techniques de détection et d’identification
• Au plan épidémiologique, on observe quelques limites par
rapport à :
– La nature
• La probabilité d’apparition d’infection dans une population.
N.B. : A travers le pathogène ou non.
KOUA Amian 191

192. KOUA Amian 192

193. 12. YERSINIA
Généralités
-Yersinia est une bactérie rattachée antérieurement aux
Pasteurella (Parvobactéries).
-Yersin fut le premier à isoler l’agent en 1984 d’où le nom
Yersinia.
I – Taxonomie
C’est une bactérie de l’ordre des bactériales, de la famille des
Enterobactéries et du genre Yersinia, avec les espèces :
Y. pestis / Y. pseudotuberculosis / Y. enterocolitica
Y. intermedius / Y. frederiksenii / Y. kristensenii /
Y. aldovac
Y. rodhei / Y. mollaretii / Y. bercovieri / Y. ruckeri
N.B.: Les trois 1ers
concernent le domaine alimentaire
KOUA Amian 193

194. 12. YERSINIA
II – HABITAT – POUVOIR PATHOGÈNE
Microbe ordinaire retrouvé chez l’homme, les animaux, le
sol, les eaux l’environnement.
La contamination par voie orale à partir des aliments tels
que les crudités, les viandes crues, laits crus et l’eau.
Responsable de :
-gastro-entérites syndrome de la fosse iliaque droite
(appendicite)
-Troubles abdominaux – diarrhées et arthrites.
C’est une entérotoxine thermostable (st)
Pouvoir pathogène invasif (c'est-à-dire utilisant les voies
sanguines) codé par un plasmide (qui lutte contre les
antibiotiques)
KOUA Amian 194

195. 12. YERSINIA
Facteur de virulence (à détecter) : tests à réaliser :
. Dépendance du calcium à 37°C
. Auto agglutination des cultures en bouillon à 37°C
. Résistance au pouvoir bactéricide du sérum à 37°C
. Fixation par les colonies virulentes à 37°C du rouge congo.
. Hydrophobicité de la paroi entraînant l’agglutination des
particules de latex à 37°C.
-Etude de la présence de pyrazinamide et de
l’esculine (test important à connaître):
Si pyrazinamide et/ou esculine : négatives = souches
potentiellement pathogènes
Si pyrazinamide et/ou esculine : positives = Souches non
pathogènes
KOUA Amian 195

196. 12. YERSINIA
-Etude de la présence de pyrazinamide et de
l’esculine (test important à connaître):
Si pyrazinamide et/ou esculine : négatives =
 souches potentiellement pathogènes
Si pyrazinamide et/ou esculine : positives =
Souches non pathogènes
III – CARACTÈRES MORPHOLOGIQUES
Cocobacille à GRAM négatif bipolaire
Capsulé (parfois : certaines souches)
Asporulé
Immobile
KOUA Amian 196

197. 12. YERSINIA
III - CARACTÈRES CULTURAUX
• AAF
• Culture sur milieux usuels (lent pousse en 48h)
• Bouillon (EPT) : flocon dans le fond
• Gélose : petites colonies de 1 mm de diamètre
• Températures : 4 à 42°C (avec 30°C température optimale)
• pH : 6 à 7
• – Caractères biochimiques
Oxydase -
Glucose +
Gélatine -
Gaz -
Catalase +
Urée +
Indole -
Saccharose -
N  n
Esculine +
H2S -
Rhamnose -
KOUA Amian 197

198. 12. YERSINIA
VI – CARACTÈRES ANTIGÉNIQUES
Ag0 – Somatiques 16 types
Ag d’enveloppe (souches capsulées)
Y. pseudotuberculosis 6 groupes d’Ag (type I à VI)
Y entérocolitica 70 facteurs 0 dont les pathogènes :
Biogroupes serogroupes
1B 0:8
2…………………………………………………….. 0:9 0:5 ; 25
3……………………………………………………… 0:3
4……………………………………………………… 0:3
KOUA Amian 198

199. 12. YERSINIA
VII - DÉTECTION ET IDENTIFICATION
Voir fascicule
Enrichissement
Ensemencement - isolement
KOUA Amian 199

200. A. SYSTEMATIQUES BACTERIENNES
NOUVELLES ENTEROBACTERIACEAE
KOUA Amian 200

201. 1. LEVINEA
GÉNÉRALITÉS
Famille des entérobactéries
Autrefois classé dans le groupe des Indole +
I – HABITAT – POUVOIR – PATHOGÈNE
Rencontré chez l’homme et l’animal
Retrouvé dans l’environnement
Pathogène opportuniste
II – Taxonomie
• Famille : Enterobactérie
* Genre : Levinea (citrobacter)
* Espèces : L. malonatica Citro ; koseri) L. diversus
L. amalonatica (Citrobacter amalonatica)
KOUA Amian 201

202. 1. LEVINEA
Le genre Levinea est devenu aujourd’hui Citrobacter
Les espèces de Levinea sont devenues aujourd’hui
des espèces Citrobacter (koseri et amalonatica).
III – Caractères morphologiques
Bacille GRAM négatif ; Asporulé ; Acapsulé
IV – Caractères culturaux
AAF
Température : 37°C
pH : 7,2
Culture sur milieux ordinaires
KOUA Amian 202

203. 1. LEVINEA
V – CARACTÈRES BIOCHIMIQUES
Caractères communs aux entérobactéries
Caractères différentiels :
Indole + Laclose -/+ Xylosidase -
Glucuronidase -
LDC - Citrate de simmons + Sorbitol +
V – DIAGNOSTIC MICROBIOLOGIQUE
Voir entérobactéries en général
KOUA Amian 203

204. 2. KLUYVERA
Famille des entérobactéries
I – HABITAT – POUVOIR PATHOGÈNE
Environnement : sol – eau - eaux usées – locaux aliments
Pathogène opportuniste
Rarement isolé chez l’homme et les animaux.
II – TAXONOMIE
Nouvelle entérobactérie
Genre : Kluyvera
Espèces : K. cryocrescens K. ascorbata
KOUA Amian 204

205. 2. KLUYVERA
III – CARACTÈRES MORPHOLOGIQUES
Bacilles GRAM négatif
Asporulé Acapsulé
IV – CARACTÈRES CULTURAUX
AAF
Température = 37°C
pH = 7
V – CARACTÈRES BIOCHIMIQUES
Caractères communs aux entérobactéries
KOUA Amian 205

206. 2. KLUYVERA
Caractères différentiels :
I = Intermédiaire D = Différentiel
S = Smouth R = Rugueuse
k. cryocrescens k. ascorbata
Irgasan
Cefalotine
Carbenicilline
Croissance à 41°C
Fermentation
glucose
Dulcitol
Indole
S
S / I
I
-
+ (1 à 3 jours)
-
+
R
R
R
+
-
d
+
KOUA Amian 206

207. 3. BUTTIAUXELLA
I - TAXONOMIE
Genre : Buttiauxella
Espèces : B. agrestis
II - HABITAT – POUVOIR PATHOGÈNE
Idem aux kluyvera
III - CARACTÈRES BIOCHIMIQUES
Proche de kluyvera
Indole –
LDC -
Saccharose -
KOUA Amian 207

208. 4. MOELLERELLA
Nouvelle Entérobactérie
I – Habitat et pouvoir pathogène
Principalement isolée des selles chez l’homme
Non enteropathogène
Peut-être confondu à E. coli
II – Taxonomie
Famille : Enterobactéries
Genre : Moellerella
Espèce : M. Wisconsensis
KOUA Amian 208

209. 4. MOELLERELLA
III – CARACTÈRES MORPHOLOGIQUES
Bacille GRAM négatif
Asporulé Acapsulé
IV - CARACTÈRES CULTURAUX
AAF
Température : 37°C
pas de culture à 44°C
pH : 7,2
V – CARACTÈRES BIOCHIMIQUES
Caractères communs aux enterobactéries
KOUA Amian 209

210. 4. MOELLERELLA
Caractères différentiels :
Indole +/- citrate deSimmons : d
LDC - ODC -
Culture à 44°C H2S -
VP - Lactose +
ADH - Urée -
Colistine R Gaz en glucose -
Sorbitol -
VI – DIAGNOSTIC BACTÉRIOLOGIQUE
KOUA Amian 210

211. A. SYSTEMATIQUES BACTERIENNES
-DE L’ORDRE DES ACTINOMYCETALES
KOUA Amian 211

212. 1. MYCOBACTERIUM
Rappel
Ce sont des bactéries à GRAM + (faiblement) qui se
présentent sous forme de filaments ramifiés avec seulement
quelques espèces strictement pathogènes.
I – TAXONOMIE
Ordre : Actinomycetales
Famille : Mycobactériaceae
Genre : Mycobactérium
Espèce : 17 espèces reparties en 6 groupes
M. tuberculosis (hommes)  Pathogène strict
M. bovis (bovins – lait)
KOUA Amian 212

213. 1. MYCOBACTERIUM
I – TAXONOMIE (SUITE)
M. africanum
M. marinum (eau – poissons)
M. Kansasii (eau-lait-porc-bovidés)
M. ulcerans (eau – homme)
II – HABITAT ET POUVOIR PATHOGÈNE
- Rencontrés chez l’homme et l’animal (bovidés).
- L’élimination du germe se fait par les crachats, le lait, les virus.
- Forte résistance dans ces produits même après dessiccation.
Contamination essentiellement directe par voie :
Aérienne
Digestive
KOUA Amian 213

214. 1. MYCOBACTERIUM
- Plusieurs localisations :
• Tuberculose respiratoire (pulmonaire)
• Tuberculose des sereuses (péritoine – synoviale)
• Tuberculose osté articulaire :
(vertèbres mal de POTT )
• Tuberculose viscérale (foie-rein-intestin-rate)
• Tuberculose ganglionnaire
• Tuberculose cutanée (abcès)
• Formes généralisées (n’importe quel endroit-
forme atypique)
• Pouvoir pathogène expérimental – cobaye très
sensible-. KOUA Amian 214

215. 1. MYCOBACTERIUM
III – MORPHOLOGIE
Ce sont de fins bacilles rectilignes, parfois incurvés.
Immobile, non sporulés, avec des extrémités arrondies. Se
présentent soit isolés ou en amas. Ce sont de bactéries
GRAM +.
- Formes granuleuses (produits pathologiques) à la suite des
antibiotiques.
- Bacille Acido-Alcoolo-résistant (BAAR)
Mis en évidence à partir de la coloration de Ziehl Neelsen.
IV – CARACTÈRES CULTURAUX
- bactéries aérobies strictes
- culture très lente (1 semaine – mois)
KOUA Amian 215

216. 1. MYCOBACTERIUM
IV – CARACTÈRES CULTURAUX (SUITE)
Nécessite des milieux spéciaux et complexes :
• Milieux de Lowenstein Jensen
•Milieux de Coletsos
- Colonies caractéristiques
•M.tuberculosis colonie R eugonique (R = rugueuse)
(beige à surface choux-fleur, cerebriforme)
•M. africanum  colonie R dysgonique (Beige crème)
•M. bovis  colonie S. dysgonique (S = lisse) (blanche
ou crème)
KOUA Amian 216

217. 1. MYCOBACTERIUM
V – CARACTÈRES BIOCHIMIQUES
Classification d’espèces par la recherche de
‾ Catalase
‾ Péroxydase
‾ Niacin-test (recherche de la production d’acide
nicotinique)
‾ Nitrate réductase
‾ Sensibilité au pyrazinamide
‾ Sensibilité au TCH (hydrazide de l’acide
thiophène carboxylique)
KOUA Amian 217

218. 1. MYCOBACTERIUM
VI – CONSTITUTION CHIMIQUE
Ces bactéries sont composées de :
Lipide (20% du poids sec)
Polysaccharides (toujours liés aux lipides ou à des protéines)
Protéines (tuberculines) selon le stade de purification.
.Tuberculine brute
.Tuberculine synthétique à partir des milieux synthétiques
.Tuberculine PPD (protéine purifiée + lipides + polysaccharides)
.Tuberculine IP 48 (contient des polysaccharides) : cette
tuberculine, convenablement diluée et titrée est utilisée pour les
intradermo-réactions (IDR).
Cette tuberculine est à l’origine des vaccins.
KOUA Amian 218

219. 1. MYCOBACTERIUM
VII – CONSTITUTION ANTIGÉNIQUE
- Ag lipidique
- Ag polysaccharidique (haptènes)
- Ag protéine (tuberculine)
VIII – POUVOIR ALLERGÈNE
L’organisme infecté par bacille tuberculeux, acquiert un état
d’hypersensibilité retardé vis-à-vis des bacilles.
Cela se recherche par injection intradermique de tuberculine et on
constate après 48 heure :
. Une réaction locale papulo érythémateuse indurée
. Une réaction focale au niveau des foyers préexistants
. Une réaction générale (hyperthermie donc mort du sujet)
KOUA Amian 219

220. 1. MYCOBACTERIUM
N.B. : L’IDR à la tuberculine est effectuée à dose faible et n’entraîne
qu’une réaction locale.
IX – MYCOBACTÉRIUM ATYPIQUES
Ils sont répandus dans le sol-eaux usées et dans certains aliments.
Commensaux pour l’homme et l’animal
Pathogènes opportunistes (pouvoir pathogènes faibles ou irréguliers)
Forme broncho pulmonaire (adulte)
Forme ganglionnaires (enfant)
Forme cutanées (ulcération ou abcès)
Formes méningées, osseuses, génitales, oculaires (rares)
KOUA Amian 220

221. 1. MYCOBACTERIUM
Incrimination : ne se fait que si on les isole à l’état
pur de façon repétée chez le même patient et si rien
d’autre ne peut expliquer les lésions observées.
Culture : à 22°C pour la plupart et sur milieu
Löwenstein.
Selon Runyon, deux critères ont permis de les
classer : . Délai de croissance;
. Pigmentation ou non des colonies
apparaissant ou non après exposition à la lumière.
KOUA Amian 221

222. 1. MYCOBACTERIUM
Groupe I
Croissance lente ou intermédiaire
Colonies photo chromogènes
Pathogène pour l’homme
Exemples : M. kansasii (pulmonaire)
M . marinum (cutanée)
(Pigmente à la lumière mais pas à l’obscurité)
Groupe II
Croissance lente ou intermédiaire
Colonies scotochromogènes
(Pigmentées après croissance à l’obscurité et à la lumière)
Ex : M. Scrufulaceum
KOUA Amian 222

223. 1. MYCOBACTERIUM
Groupe III :
Croissance lente ou intermédiaire
Colonies Achromogènes (non pigmentées)
Ex : M. avium
Groupe IV
Croissance rapide (-7 jours)
Colonies pigmentées occasionnellement
Ex : M. fortuitum
Groupe V : (non classé)
Croissance lente (4-10 mois)
Colonies lisses incolores devenant jaune en vieillissant responsable
des infections cutanées ulcère de Burli
Ex : M. ulcérans.
X – Autres mycobactéries
Ils sont pathogènes exclusifs KOUA Amian 223

224. 1. MYCOBACTERIUM
X – Autres mycobactéries
Ils sont pathogènes exclusifs:
1- Mycobactérium leprae (bacille de Hansen) agent de la
lèpre, maladie strictement humaine.
2- Mycobactérium paratuberculosis : agent de l’entérite
hypertrophiante des bovidés ou entérite para tuberculeuse.
3-Mycobactérium microti : (bacille de wells) agent de la
maladie spontanée du mulot ou lésions caséineuses sous-
cutanées et ganglionnaires.
KOUA Amian 224

225. 1. MYCOBACTERIUM
XI – DIAGNOSTIC MICROBIOLOGIQUE
1. Repose sur l’IDR à la tuberculine
-En dépistant tout sujet tuberculisé (primo-infection)
2. Diagnostic de la tuberculose maladie reposant
sur :
- Recherche du bacille tuberculeux dans des produits tels
que les crachats – les urines …
-Faire des prélèvements
-Faire une recherche directe des BAAR (Bacille
Acido-Alcoolo-Résistant) par la
Coloration du Ziehl Neelsen / auramine.
KOUA Amian 225

226. 1. MYCOBACTERIUM
Résultats + moins de 1 bacille par champ microscopique
++ de 1 à 10 bacille par champ microscopique
+++ plus de 10 bacilles par cham microscopique
Absence de bacilles dans 300 champs.
3. Culture :
- Lowenstein Jensen
- Coletsos
- Incubation à 37°C ; une à plusieurs semaines.
M. typique (1 – 3 mois)
M. atypique (10 mois)
- Observer les tubes tous les 2 ou 3 jours
KOUA Amian 226

227. 1. MYCOBACTERIUM
- Identifier :
a) délai d’apparition des colonies
b) aspect macroscopique
c) examen microscopique (BAAR +/-)
d) caractères biochimiques.
KOUA Amian 227

228. 2. STREPTOMYCES
RAPPEL
Ordre : Actinomycetales
Famille :Streptomycetaceae
Genre : Streptomyce
I – HABITAT ET POUVOIR PATHOGÈNE
- Saprophytes du sol
- Utilisés dans les industries pour fabriquer les antibiotiques
(ATB)
- Pathogènes (parfois pour l’homme)  Mycétome
- Pouvoir pathogène généralement nul.
KOUA Amian 228

229. 2. STREPTOMYCES
II – Taxonomie
Ordre : Actinomycetales
Famille : Streptomycetaceae
Genre : Streptomyce
Espèces : S. madurae (blanc)
S. pelletieri (rouge) pathogène
S. Samaliensis (jaune)
S. griseus production d’ATB
S .auréofaciens
KOUA Amian 229

230. 2. STREPTOMYCES
III – MORPHOLOGIE
Filaments ramifiés
Conidies (longues chaines)
GRAM positif
Morphologie des différents
Streptomyces Coloration Gram
IV – CARACTÈRES CULTURAUX
Culture lente (jusqu’à 15 jours sur gélose ordinaire, sur
Sabouraud et Lowenstein Jensen)
Colonies pigmentées qui évoquent les colonies de
champignons
Métabolisme réduit KOUA Amian 230

231. 2. STREPTOMYCES
Action faible sur les sucres
Protéolyse + (pour quelques souches)
V - DIAGNOSTIC BACTÉRIOLOGIQUE
Etude des caractères des grains issus des fistules
d’actinomycose.
Aspect macroscopique des grains possède une
grande valeur d’orientation:
. Noir
. Blanc
. Jaune
. Rouge
KOUA Amian 231

232. A. SYSTEMATIQUES BACTERIENNES
5. BACILLES GRAM POSITIF
KOUA Amian 232

233. 1. LISTERIA
GÉNÉRALITÉS
- Listéria est une bactérie qui est à l’origine de plusieurs
épidémies
- La listériose est une maladie infectieuse (source virulente)
provoquée par Listeria.
Les aliments sont identifiés comme source d’infection.
I – TAXONOMIE
Ancienne classification : Corynebacteriaceae
Nouvelle classification : proche de Lactobacille et
Streptocoque
Genre : Listéria
Espèces : L. monocytogenes / L. ivanovii / L. inocua /
L. welshimeri
L. seeligeri / L. grayi / L. murrayi
KOUA Amian 233

234. 1. LISTERIA
II – HABITAT – POUVOIR PATHOGÈNE
- Rencontré chez l’homme les animaux les sols les eaux –
viandes – poissons – fruits de mer laits – volailles –
légumes – environnement.
- Listéria survit dans les aliments congelés ou séchés.
- L. monocytogenes seule pathogène pour l’homme
(provoque septicémie – méningite – avortement).
- L. ivanovii (rares cas d’avortement chez les ovins, bovins
et caprins).
III – Caractères morphologiques
Petit bacille mobile à 22°C (pirouette), GRAM +
Non capsulée – non sporulé
KOUA Amian 234

235. 1. LISTERIA
IV – CARACTÈRES CULTURAUX
Culture sur bouillon (TCS + ATB)
Culture sur géloses . Mc Bride modifiée : colonies gris
bleutées,
. Palcam : colonies verdâtres auréolées
de noir
. Triptica caséine soja, Oxford et
Alpamy
Température : +4 à +37°C (avec 30°C température optimale
de croissance)
pH : 6 à 7
V – CARACTÈRES BIOCHIMIQUES
N  n , Mannitol D xylose
KOUA Amian 235

236. 1. LISTERIA
V – CARACTÈRES BIOCHIMIQUES (SUITE)
Hémolyse et camp-test (Rocourt J. 1984) à rechercher:
Catalase +
Oxydase -
Uréase -
Indole –
H2S –
VP +
Esculine +
Glucose +
RM +
KOUA Amian 236

237. 1. LISTERIA
VI – CARACTÈRES ANTIGÉNIQUES
Ag0 : Somatique avec 15 serotypes
Ag H : flagellaire avec 5 serotypes
VII – DIAGNOSTIC BACTÉRIOLOGIQUE
Echantillonnage
Prélèvement
Transport
Prise d’essais
KOUA Amian 237

238. 2. BACILLUS
INTRODUCTION
En agroalimentaire, seule l’espèce cereus nous intéresse.
Elle est responsable de T.I.A ,c’est un bacille à Gram positif,
sporulé.
C’est une bactérie aérobie stricte ou aérobie facultative
sporulée.
I – HABITAT – POUVOIR PATHOGÈNE
-Bactérie ubiquiste
-Hôte normal du sol et des végétaux
-Résiste longtemps dans le sol grâce à sa spore
-Bactérie commensale de l’homme et de l’animal
-Bactérie utile dans l’obtention de certains ATB
(polymyxine et bacitracine)
KOUA Amian 238

239. 2. BACILLUS
-Bactérie nuisible : . souillure des cultures bactériennes
. stérilisation des conserves
Par la thermorésistance des spores:
B. cereus : responsable de TIA chez l’homme.
B. anthracis : responsable du charbon :
. forme cutanée;
. forme pulmonaire;
. forme gastro-intestinale.
Présence dans : riz cuit – viande – sauce – épice
légumes – salade – purée de pomme de terre.
Bacillus résiste à +110° C pendant 90 mn
KOUA Amian 239

240. 2. BACILLUS
Pouvoir pathogène (très important pour B. cereus)
Production de deux types de toxine :
Enterotoxine diarrhéique
- Produite au cours de la phase exponentielle de croissance à
un pH compris entre 7,2 – 7,6 et à 32°C
-Toxine préformée dans l’aliment provoque donc les
mécanismes d’intoxination.
-Toxine détruite à +56°C et peut provoquer une diarrhée
quelques heures après ingestion de l’aliment.
Toxine émétique ou émédisante
- Responsable de nausée et de vomissement
-Toxine produite à la fin de la phase exponentielle de
croissance
KOUA Amian 240

241. 2. BACILLUS
-Toxine préformée dans l’aliment et résiste à 120°C
pendant 90mn sous pression.
- Les manifestations débutent 2h – 6h après
ingestion de la dose infectieuse c’est-à-dire
105
- 107
cellules.
II – TAXONOMIE
Famille : Bacillaceae
Genre : Bacillus
Espèces : 3 groupes
KOUA Amian 241

242. 2. BACILLUS
Groupe I
B. anthracis
B. cereus
B. licheriformis
B. coagulans
B. subtilis
B. pumilus
B. megaterium
B .firmus
B. lentus
Groupe II
B. polymyoca
B. macerans
B. abei
B. laterosporus
B. circulans
B. brevis
Groupe III
B. sphaericus
B. pasteurii
KOUA Amian 242

243. 2. BACILLUS
III – CARACTÈRES MORPHOLOGIQUES
Bacilles de 3 à 9 µm de long, extrémités carré
Gram positif
Diplobacille / streptobacille
Sporulé
Acapsulé
Mobilité +/-
Groupe I : Spore ovale ou arrondie non déformante
(spore centrale ou subterminale)
Groupe II : spore ovale déformante
(centrale – subterminale)
Groupe III : spore ronde déformante
(subterminale ou terminale)
KOUA Amian 243

244. 2. BACILLUS
IV – CARACTÈRES CULTURAUX
Culture sur milieux ordinaires
Aérobie stricte / AAF
Température 30° - 37°C d’autres espèces : 55°C
Aspect sur milieux de culture :
• Sur gélose : colonies R (5 mn de diamètre), envahissante,
opaque et mâle
colonie S (1mn de diamètre), régulière,
homogène, opaque et transparente
• En bouillon : culture rapide floconneux avec voile plus ou
moins épais , plissée et sédiment ultérieur.
KOUA Amian 244

245. 2. BACILLUS
N.B. : Gélose Mössel : meilleur milieu pour culture de Bacillus.
V – CARACTÈRES BIOCHIMIQUES
Catalase +
Oxydase +
Réduit les Nitrates en nitrites (N  n)
Indole +
Acetoine +
Lécithine +
VI – CARACTÈRES ANTIGÉNIQUES
Peu connus
KOUA Amian 245

246. 2. BACILLUS
VII - DIAGNOSTIC BACTÉRIOLOGIQUE
Echantillonnage
Prélèvement
Voir fascicule
Intérêt de Bacillus en bactériologie alimentaire
Ils posent des problèmes dans l’industrie des conserves
alimentaires du fait de la Thermorésistance de leur spore.
Leur présence est souvent difficile à remarquer car ils ne
produisent pas de gaz mais ils peuvent modifier le goût
des produits.
Ils altèrent également le goût et l’aspect d’autres denrées
alimentaires telles que le lait, les fromages et les tomates.
KOUA Amian 246

247. 1er
ordre : les bacillales qui présentent une spore
centrale non déformante.
2e
ordre : les plectridiales qui présentent une
spore terminale et déformante.
3e
ordre : les clostridiales qui présentent une
spore centrale et déformante.
4e
ordre : les sporovibrionales qui présentent une
spore déformante et inversée

248. 2-

249. 3- GENERALITES SUR LES LACTOBACILLUS EN
MICROBIOLOGIE ALIMENTAIRE
Introduction
Le genre Lactobacillus fait partie d’un groupe aux contours très mal
définis, les bactéries lactiques (Orla-Jensen 1919). Les raisons sont les
caractéristiques physiologiques et écologiques communes. Ce sont des
bactéries lactiques dites « stricto-sensu ».
Il existe trois principaux genres :
- Lactobacillus (bacille homo ou hétéro fermentaires)
- Streptococci (cocci homo fermentaires sans CO2)
- Leuconostocs (cocci hétéro fermentaires avec CO2)
I – HABITAT ET POUVOIR PATHOGÈNE
- Chez l’homme et l’animal (bouche-tractus vaginal- tube digestif)
- Rôle dans la carie dentaire
- Responsable de quelques cas d’endocardites.
KOUA Amian 249

250. 3- GENERALITES SUR LES LACTOBACILLUS EN
MICROBIOLOGIE ALIMENTAIRE
II – TAXONOMIE
Famille : Lactobacillaceae
Genre : Lactobactillus
Sous genre (1) : Homo fermentaire sans CO2
Thermobactérium (45°C)
Streptobactérium (15°C)
Sous genre (2) : Hétérofermentaire avec CO2
Bétabactérium.
KOUA Amian 250

251. 3- GENERALITES SUR LES LACTOBACILLUS EN
MICROBIOLOGIE ALIMENTAIRE
CO2
-
Homofermentaire Hétérofermentaire CO2
+
Thermobactérium
L. delbrueckii
L. helveticus
L. jensenii
L. acidophilus
L. gasserii
L. salivarius
L. pisicola
L. vitulinus
L. ruminis
L. agilis
L. agilis
L. sharpae
L. bulgaricus (spp)
L. lactis (spp)
Streptobactérium
L. casei
L. plantarum
(dans l ’attiéké )
L. murinus
L. coryniformis
L. curvatus
L. homohiochii
L. sake
L. bavaricus
L. farciminis
L. alimentarius
(dans l ’attiéké )
L. biformentans
Bétabactérium
L. fermentum
L. cellobiosus
L. brevis
L. buchneri
L. kefir
L. viridescens
L. halotolerans
L. minor
L. confusus
L. kandleri
L. hilgardii
L. divergens
L. fructivorans
L. san francisco
KOUA Amian 251

252. 3- GENERALITES SUR LES LACTOBACILLUS EN
MICROBIOLOGIE ALIMENTAIRE
III – CARACTÈRES MORPHOLOGIQUES
‾ Bacilles se présentent sous forme de bâtonnets rectilignes
‾ Gram positif
‾ Groupement en diplobacilles – longues chaînes ou amas
‾ Immobiles
‾ Possèdent des corpuscules métachromatiques (parfois)
‾ Asporulés – non ramifiés
IV – CARACTÈRES CULTURAUX
Ne se cultivent pas sur m.o (bactéries exigentes)
Exigent des facteurs de croissance : vitamines – acides
aminés - peptides – acides gras.
KOUA Amian 252

253. 3- GENERALITES SUR LES LACTOBACILLUS EN
MICROBIOLOGIE ALIMENTAIRE
IV – Caractères culturaux (suite)
‾ N’utilisent pas O2 pour leur métabolisme
(anoxybiontiques)
‾ Préfèrent une atmosphère enrichie en CO2 donc micro
aérophiles
‾ Anaérobies (certaines espèces)
‾ pH très bas (< 5)
‾ Température de croissance : 15 à 45°C
‾ Milieux de culture de choix : MRS (Man – Rogosa –
Sharpe) ou milieu de Rosnow
Milieu liquide :Trouble après 24h à 30°C
Milieu solide : colonies opaques, lisses, blanchâtres
de 0,5 à 1mm de diamètre en 24h ou 48h.
KOUA Amian 253

254. 3- GENERALITES SUR LES LACTOBACILLUS EN
MICROBIOLOGIE ALIMENTAIRE
V – Caractères biochimiques
‾ Production de l’acide lactique par fermentation (d’où leur nom
‾ Catalase – Oxydase -
‾ Ne réduisent pas les Nitrates en nitrites
‾ Pouvoir protéolytique : négatif
‾ Métabolisme des glucides toujours de type fermentatif donc critère
taxonomique
‾ résultant des caractères biochimiques.
‾ Production du gaz en milieu liquide glucosé
Sous genre : homo fermentaires sans CO2
Thermobactérium (45°C)
Streptobactérium (15°C)
Sous forme : Hétéro fermentaires avec CO2
Betabacterium
KOUA Amian 254

255. 3- GENERALITES SUR LES LACTOBACILLUS EN
MICROBIOLOGIE ALIMENTAIRE
VI – CARACTÈRES ANTIGÉNIQUES
7 groupes antigéniques désignés par les lettres majuscules
A B C D E F G
VII – LACTOBACILLUS ET PRODUITS
ALIMENTAIRES
–Utilisation dans l’industrie laitière (ferment acidifiant
et producteur d’arôme)
– Coagulation du lait par fermentation lactique (yaourt)
–Rôle dans la maturation des fromages
–Protection des produits végétaux et carnés (Métabolisme
fermentaire donc baisse du pH et protection contre
l’envahissement par d’autres m.o (anaérobies).
KOUA Amian 255

256. 3- GENERALITES SUR LES LACTOBACILLUS EN
MICROBIOLOGIE ALIMENTAIRE
(SUITE)
– Présence dans les salaisons – saucissons secs – maïs
fourragé - pâte à pain (levain) : contribution à
l’acidification et au goût.
– Lactobacillus sont des bactéries utiles
– Possibilité de présenter un aspect nuisible (production du
mannitol dans le vin ou de gaz carbonique dans les
fromages en maturation)
VIII – DIAGNOSTIC BACTÉRIOLOGIQUE
Echantillonnage
Prélèvement
Transport
Prise d’essais KOUA Amian 256

257. 3- GENERALITES SUR LES LACTOBACILLUS EN
MICROBIOLOGIE ALIMENTAIRE
VIII – DIAGNOSTIC BACTÉRIOLOGIQUE (SUITE)
Dénombrement sur gélose MRS
Recherche sur bouillon MRS
Recherche sur Gélose MRS
Identification :
- ensemencer sur :
. Rosenow 15°C et Rosenow 45°C
. Argine Moeller . Témoin Moeller . Esculine
. Gibson Abdel Malek + Gélosé blanche (étude du
gaz)
. Catalase (Sur gélose MRS)
. API 50 CHl (à partir de la gélose MRS)
- Incuber à 30°C entre 48h et 72h
- Lecture.
KOUA Amian 257

258. A. SYSTEMATIQUES BACTERIENNES
6. BACTERIES ANAEROBIES
KOUA Amian 258

259. 1. BACTERIES ANAEROBIES
GÉNÉRALITÉS
•Bactéries anaérobies : ne peuvent ni utiliser l’oxygène de l’air, ni
se développer en présence d’oxygène. Ils ont un métabolisme
anoxybiontique.
•Elles ne possèdent pas d’enzymes (joue un rôle dans le transport
d’oxygène)
•Dépourvues de cytochrome, catalase et de péroxydase
•Elles puisent leur énergie dans le processus de fermentation
(lactique, alcoolique, propionique…)
•Se développent sur des milieux privés d’oxygène ou des milieux
ayant un potentiel d’ oxydo réduction (rh) bas
•Constituées de flore tellurique (vie dans le sol)
•Flore non tellurique ou flore de Veillon (principalement dans la
sphère buccale).
KOUA Amian 259

260. 1. BACTERIES ANAEROBIES
I – CLASSIFICATION
1 – Anaérobies telluriques et sporulés
• Ce sont des Bacilles GRAM +
Vivant généralement dans le sol, très résistants car sporulés pouvant
élaborer une toxine protéique.
• Comprenant 4 sous groupes
– Anaérobies saprophytes
– Anaérobies des maladies toxiques telles que :
. botulisme (intoxination) . tétanos (toxi-infection)
- Anaérobies des gangrènes gazeuses (toxi-infections) tel que
. Clostridium (perfringens, septicum, histolyticum)
- Anaérobies intermédiaires (toxi-infection, septicémie toxique)
tel que . welchia perfringens (synonyme de perfringens)
KOUA Amian 260

261. 1. BACTERIES ANAEROBIES
II – HABITAT
Dans le sol
Multiplication se fait de façon autonome
selon le cycle de carbone et de l’azote existant dans le sol
(anaérobies tellurique)
Dans les cavités naturelles de l’homme et de l’animal
Cavités digestives et génitales pour les anaérobies telluriques
Cavités bucco-pharyngées, voies respiratoires pour la flore de veillon.
III – Pouvoir pathogène
Vitalité
Très grande : pour les bacilles telluriques à cause de leur spore.
Relative : pour Clostridium perfringens (sporulation mauvaise)
Faible : pour la flore de veillons (pas de spore)
Pleurésies occasionnant des abcès du cerveau
Septicémies
KOUA Amian 261

262. 1. BACTERIES ANAEROBIES
III – POUVOIR PATHOGÈNE
• Toxinogenèse
Bacille tellurique a une toxinogénèse très élevée
(toxines protéiques)
Clostridium a une toxinogenèse élevée
Bactéries anaérobies non sporulées ont une toxinogenèse nulle
Pouvoir pathogène expérimental est utile pour le diagnostic.
KOUA Amian 262

263. 1. BACTERIES ANAEROBIES
IV – MORPHOLOGIE
• Morphologie homogène pour les anaérobies sporulés.
-Bacille volumineux à extrémités carrées ou arrondies
-Mobilité péritriche
-GRAM positif
-Spore (ovale – arrondie) déformante
Spore peut-être centrale, subterminale et terminale
• Anaerobies asporulées morphologie variable.
Coques et bacilles GRAM positif et négatif
Dépourvues de spore
Mobilité +/-
KOUA Amian 263

264. 1. BACTERIES ANAEROBIES
V – CARACTÈRES CULTURAUX
• Culture facile sur milieux anaérobies en 24 h.
• température variable (thermophile, mésophile ou psychrotrophe)
• pH variable
VI – CARACTÈRES BIOCHIMIQUES
Utiles pour leur classification (sporulé, saprophytes ou
commensaux)
Pathogènes : identification par toxinotypie (injection de différentes
toxines à des souris au niveau du péritoine pour déterminer leur
toxicité).
VII – CARACTÈRES ANTIGÉNIQUES
Ag 0
Ag H pour les anaérobies mobiles
peu important dans leur étude
KOUA Amian 264

265. 1. BACTERIES ANAEROBIES
Détermination Ag des toxines protéiques est utile pour les anaérobies
telluriques.
VIII – DIAGNOSTIC MICROBIOLOGIQUE
• Technique complexe possible dans un laboratoire spécialisé
• Diagnostic basé sur les études de produits de fermentation
• Identification des métabolites terminaux (alcools, aldéhydes,
phénols, acétone et H2S)
• Etudes expérimentales chez l’animal pour anaérobie élaborant
toxines et enzymes (toxinotypie réalisée sur les souris)
 Contraction par hyper extension (tétanos)
 Paralysie flasque (botulisme)
 Oedèmes (nécroses, odeur putride )
(gangrènes gazeuses perfringens)
KOUA Amian 265

266. 1er
ordre : les bacillales qui présentent une spore
centrale non déformante.
2e
ordre : les plectridiales qui présentent une
spore terminale et déformante.
3e
ordre : les clostridiales qui présentent une
spore centrale et déformante.
4e
ordre : les sporovibrionales qui présentent une
spore déformante et inversée

267. 2-

268. 2.CLOSTRIDIUM
I - DÉFINITION
Bacilles GRAM positif, anaérobies strictes, mobiles et
sporulés.
II - CLASSIFICATION
Groupe I :
– Saprophytes pour la plupart
– Dépourvus de toxine
– Ont une spore centrale ou terminale
– Glucidolytique
– Non protéolytique (donc pas dangereux)
– Gélatine négative
KOUA Amian 268

269. 2.CLOSTRIDIUM
Groupe II
• Saprophytes
• Pathogène occasionnel (C. perfringens)
• Responsable de toxi-infections gangréneuses (C. botulinum)
• Spore centrale ou subterminale
• Glucidolytique
• Faiblement protéolytique
• Gélatine + ou –
Groupe III
• Pouvoir pathogène hétérogène
• Une espèce pathogène (C. histolyticum) T.I.G (Toxi-infection
gangrèneuse)
• autres espèces peu pathogènes (peu ou pas de toxine)
KOUA Amian 269

270. 2.CLOSTRIDIUM
Groupe III (suite)
• autres espèces peu pathogènes (peu ou pas de toxine)
• Identification par toxinotypie
• Fortement protéolytiques
• Peu glucidolytiques
• Gélatine positive
• Groupe IV
• Spore terminale déformante
III - Diagnostic microbiologique
– Isolement (anaérobie) milieux spéciaux mésophile
– thermophile - micro aérophile.
KOUA Amian 270

271. 3.CLOSTRIDIUM PERFRINGENS
RAPPEL
C. perfringens est un bacille anaérobie d’origine
tellurique
- isolé pour la première fois en 1881 et en 1923 par
Welch  responsable des gangrènes gazeuses
I – HABITAT
Ubiquiste
Nature
Tube digestif des hommes et des animaux
KOUA Amian 271

272. 3.CLOSTRIDIUM PERFRINGENS
II – POUVOIR PATHOGÈNE
• Gangrènes gazeuses (germes)
• Myonécrose (germes)
• Toxi – infection alimentaire (entérotoxine)
• Entérite nécrosante (entérotoxine)
• Trouble neurologique (toxine dans le système nerveux central -)
III – TAXONOMIE
Famille : bacille Gram positif – anaérobie strict – groupe II
Genre : Clostridium
Espèces : perfringens
KOUA Amian 272

273. 3.CLOSTRIDIUM PERFRINGENS
IV – CARACTÈRES MORPHOLOGIQUES
• Bacille GRAM
• Sporulé (non déformante subterminal)
• Immobile, extrémités carrées
• Capsulé
V – CARACTÈRES CULTURAUX
- Anaérobie strict
-Température : 6,5°C (37°C) 18 – 72h
- pH : 7,4
- Gélose profonde  colonies lenticulaires + gaz
- Gélose au sang  colonies bêta hémolytiques de
types S
KOUA Amian 273

274. 3.CLOSTRIDIUM PERFRINGENS
VI – CARACTÈRES BIOCHIMIQUES
-Gélatine positive
-Lait – coagulé – rétracté, alvéolaire
-Lecithinase positif - Gaz positif
-H2S positif – réduit les sulfites - ASR ( aérobie sulfito –
reducteur)
VII – TOXINOGÉNÈSE
- Toxine létale et nécrosante (α , ß)
- Entérotoxine
- Enzyme (hémolysine – hyaluronidase)
VIII – CARACTÈRES ANTIGÉNIQUES
- Vingtaine
- Facteurs toxiques 6 groupes (A – B – C – D – E – F)
KOUA Amian 274

275. 3.CLOSTRIDIUM PERFRINGENS
IX – DIAGNOSTIC
Conditions requises pour confirmer une intoxication à Clostridium
perfringens.
N.B. : Il faut que l’une des conditions suivantes soit requise :
@ aliment doit contenir après un stockage correct
> 105
Clostridium perfringens/g
@ matières fécales contiennent plus de 106
spores/g
@ souches isolées des fèces et des aliments même serotype.
@ C. perfringens des fèces de la plupart des malades = même
serotype
@ Spores thermorésistantes
NB :Présence d’entérotoxine dans les matières fécales (++important)
KOUA Amian 275

276. 4.CLOSTRIDIUM BOTULINUM
RAPPEL
Ce sont des bactéries anaérobies strictes, sporulées
Agent du botulisme
GRAM positif
Responsable d’affections telle que l’intoxination alimentaire
découverte pour la première fois par Van Ermenghen en 1896
I – HABITAT
Saprophyte du sol
Végétaux (fruits, légumes, fourrage)
Matières fécales des animaux (sous forme de spore)
II – POUVOIR PATHOGÈNE
Responsable du botulisme (retrouvé chez l’homme et l’animal)
Responsable des intoxinations (à partir de conserves – poissons
charcuteries, contaminés)
KOUA Amian 276

277. 4.CLOSTRIDIUM BOTULINUM
II – POUVOIR PATHOGÈNE
Il existe 6 types différents de botulisme (toxines différentes) :
Type A : retrouvé dans les légumes – haricots (botulisme humain)
Type B : viande de porc (botulisme aviaire)
Type C : oiseaux (botulisme aviaire)
Type D : Bovidés
Type E et F : poissons (botulisme humain)
Incubation : 12 – 36h maladie sévère
Symptômes : vomissements, constipation, paralysie, atteinte
respiratoire et arrêt cardiaque, mort.
Pouvoir pathogène expérimental
. Animaux de laboratoire sont réceptifs, mais le cobaye est l’animal
de choix (pour toxinotypie).
KOUA Amian 277

278. 4.CLOSTRIDIUM BOTULINUM
III – TAXONOMIE
Ordre des Clostridiales
Famille : Bacille GRAM positif, anaérobie stricte,
groupe II (Clostridies)
Genre : Clostridium
Espèce : botulinum
KOUA Amian 278

279. 4.CLOSTRIDIUM BOTULINUM
IV – CARACTÈRES MORPHOLOGIQUES
Bacille GRAM positif – extrémités arrondies
Mobile (péritriche)
Diplo ou streptobacille
Sporulé (déformante – subterminale)
V – CARACTÈRES CULTURAUX
• Anaérobie stricte
• Température optimale : 26 °C
• pH : 8
• Sur bouillon sous huile trouble abondant – dépôt odeur de beurre
rance.
• Sur gélose – colonies sphériques avec gaz.
KOUA Amian 279

280. 4.CLOSTRIDIUM BOTULINUM
VI - CARACTÈRES BIOCHIMIQUES
Rarement recherchés et variable selon les souches
Gaz positif, gélatine positive, H2S + ou -, saccharose positif
Indole négatif, glucose positif, salicine positif, amidon
positif.
VII - CARACTÈRES BIOLOGIQUES
1 – Vitalité
- Forme végétative  Thermolabiles
- Spores Thermostables (115°C pendant 8 minutes)
- 95% des spores sont détruites à la même température
5% des spores restantes résistent pendant 5h à 100°C,
et 10 minutes à 120°C
KOUA Amian 280

281. 4.CLOSTRIDIUM BOTULINUM
2 – Toxinogenèse
Elabore une toxine protéique (donc dangereuse)
dans le milieu extérieur (exotoxine la plus toxique
connue à ce jour)
Responsable d’intoxination
VIII – DIAGNOSTIC AU LABORATOIRE
@ Recherche idéale toxinotypie. Cependant on peut
rechercher la toxine dans les aliments, dans le sérum du
malade, dans les matières fécales et la bactérie sur les
milieux de culture.
@ Inoculation à la souris (séro-neutralisation ou épreuve
des animaux protégés)
KOUA Amian 281

282. 4.CLOSTRIDIUM BOTULINUM
- Par hémagglutination passive
- Par électro - immunodiffusion
- Par diffusion en tube capillaire
- Par recherche microscopique des anticorps fluorescents
- Par contre électrophorèse
- Par radio – immuno assay
- Par Elisa
Détermination de la dose minimale mortelle (DMM) (inoculer doses
faibles, doses fortes)
Typage
L’aliment suspect ou incriminé est chauffé 10 minutes à 100°C puis
ensemencé dans les milieux anaérobies. L’identification de la culture
sera basée sur la recherche du pouvoir pathogène expérimental.
KOUA Amian 282

283. 4.CLOSTRIDIUM BOTULINUM
Prophylaxie
Elle peut s’exercer à différents niveaux :
&- Dans les méthodes de conservation et stérilisation
des aliments
& -Dans la préparation des aliments à conserver : lavage
soigneux des fruits et légumes.
& -Dans la consommation des aliments : ne pas goutter ni
consommer les aliments suspects.
N.B. : La vaccination ne s’impose que pour les
travailleurs des laboratoires exposés et chez certains
animaux (bovins).
KOUA Amian 283

284. 5. ANAEROBIES NON SPORULES NON TELLURIQUES
« FLORE DE VEILLON »
GÉNÉRALITÉS
- Les anaérobies de la flore de Veillon, ont une morphologie variable.
- Ce sont des commensaux des muqueuses humaines et animales
- fragiles et non sporulés.
- Culture difficile
- N’élaborent généralement pas de toxine (peu pathogène)
- Diagnostic est direct (microscopique)
Principaux anaérobies de la flore de Veillon
A – Coques Gram positif
1- Genre Peptococcus
Espèces : 5
Morphologie : cocci arrondi en grappe de raisin
KOUA Amian 284

285. 5. ANAEROBIES NON SPORULES NON TELLURIQUES
« FLORE DE VEILLON »
2- Genre Peptostreptococcus
Espèces : 5
Morphologie : cocci ovalaire en chainette
3-Genre Sarcina
Espèce : 1
Morphologie : gros cocci sphérique en tétrade
B – Coques Gram négatif
1- Genre veillonella
Espèce : 2
Morphologie : petits cocci groupés en diplocoques ou
en amas
KOUA Amian 285

286. 5. ANAEROBIES NON SPORULES NON TELLURIQUES
« FLORE DE VEILLON »
C – Bacilles GRAM positif
1 – Genre Eubacterium
Espèces : 5
Morphologie : Bacilles souvent incurvés, isolés, groupés
en courtes chaînettes
2-Genre Lactobacillus
Espèces : 3
Morphologie : Bacilles parfois filamenteux, groupés
en très longues chainettes, immobiles
KOUA Amian 286

287. 5. ANAEROBIES NON SPORULES NON TELLURIQUES
« FLORE DE VEILLON »
C – Bacilles GRAM positif (suite)
3- Genre Bifidobactérium
Espèces : 11
Morphologie : Bâtonnets avec renflements en massue et de extrémités
ramifiées en Y ou V.
4- Genre Propionibactérium (Ex : Corynebacterie)
3 sous groupes
Morphologie : bacilles à extrémités renflées en haltère avec
granulation métachromatique.
5- Genre Actinomyces (Ex : Actinobactérium)
Espèces : 3
Morphologie : Amas de formes en massues.
KOUA Amian 287

288. 5. ANAEROBIES NON SPORULES NON TELLURIQUES
« FLORE DE VEILLON »
D-Bacilles GRAM négatif
« Les mieux connus » , les plus nombreux, les plus fréquents
rencontrés en pathologie.
Différents Genres : Bactéroïdes – Fusobactérium
1-Genre Bactéroïdes
Espèces : 6 (B. fragilis, B. mélaninogenicus , B.oralis,
B. intermédium…)
Morphologie : bacille rectiligne trapus, parfois en saucisse et
sphéroïde
2-Genre Fusobactérium
Espèces : 4 (F. nécrophorum, F. fusiforme, F. nucleatum, F. varium)
Morphologie : bacille assez fin, fusiforme, sphéroïdes – filament.
KOUA Amian 288

289. 5. ANAEROBIES NON SPORULES NON TELLURIQUES
« FLORE DE VEILLON »
D – Bacilles GRAM négatif (suite)
N.B : présence de bacille fusiforme et treponème suppose « Angine de
Vincent vincentis »
3-Genre Campylobacter (ex : Vibrio)
Espèce : 1
Morphologie : bacille incurvé en virgule
4- Genre Leptotrichia
Espèces : 1
Morphologie : filament enchevêtré avec des renflements ovoïdes
ou gresiformes.
5. Genre : Treponema
Espèce : 9
Morphologie : Forme hélicoïdale aux spires régulières ou irrégulières.
KOUA Amian 289

290. KOUA Amian 290

291. . LES CHAMPIGNONS
KOUA Amian 291

292. LES LEVURES ET MOISISSURES
Comment les dénombrer dans un aliment et quelle est la signification
à leur donner selon l’aliment ?
RAPPEL
• Levures = champignons microscopiques unicellulaires, ovoïdes
et mesurent 25 à 30µm.
• Moisissures = champignons microscopiques multicellulaires
filamenteux et sous forme de Thalle.
• Du point de vue écologique, ces champignons sont retrouvés dans
la nature – air – sol – eaux – fleurs – fruits – légumes – plantes
(intérêt en industrie alimentaire)
• Culture : Substrat dont l’activité de l’eau (aw) est très basse (0.62 -
0.94)
KOUA Amian 292

293. LES LEVURES ET MOISISSURES
Levures : Aérobies – Anaérobies – A.A.F.
Poussent à pH acide (4 - 4,5)
Reproduction asexuée par bourgeonnement (mitose) ou par
scissiparité.
Moisissures : Aérobies strictes
pH très acide – acide alcalin
Mésophile – psychrotrophe (- 5°C )
Reproduction asexuée et sexuée (ascospores
Rôle des levures dans les industries agricoles et alimentaires
– Fabrication des boissons alcoolisées (bière – vin – cidre)
– Production d’alcool industriel (jus ou mélasse de canne à sucre)
– Panification (source de protéines) comme levain
– Affinage en fromagerie
KOUA Amian 293

294. LES LEVURES ET MOISISSURES
Rôle des levures dans les industries agricoles et
alimentaires (suite)
– Fabrication de produits nobles (enzymes – vitamines)
– N.B. : Pas pathogènes dans les produits alimentaires
mais leur développement produit une altération de la
qualité marchande (troubles – odeurs – goût).
Rôle des moisissures dans les industries agricoles et
alimentaires.
– Utilisées en fromagerie (affinage)
– Grand pouvoir de dégradation
– N.B. : Certaines espèces sont toxinogènes : aflatoxines
B1 des Aspergillus – fusarium (manioc –tourteaux
d’arachides). KOUA Amian 294

295. LES LEVURES ET MOISISSURES
Dénombrement des levures et moisissures dans un
aliment
– A 30°C ; formation de colonies sur milieu sélectif
– Méthodes spécifiques : NF V04 022
– FIL 94 A
– ISO 7954
– NI 03.01022 (22/7/93)
Principe
– Ensemencement en profondeur
– Ensemencement par étalement
– Quantité définie de l’échantillon pour essais
KOUA Amian 295

296. LES LEVURES ET MOISISSURES
Ensemencement par incorporation :Différentes techniques
utilisées :
– Dénombrement en boîte de Pétri (incorporation –
étalement)
– Dénombrement par filtration sur membrane (< 1Levure/ml)
– Dénombrement approximatif (NPP) liquide + CD
– Dénombrement au compte cellules (levain) (fragilité et
qualité du levain en boulangerie)
Milieux pour dénombrement des levures moisissures
– Tout milieu glucosé convient
– Milieu Sabouraud (CHLO – GENTA) : ensemencement par
étalement – incorporation
– Milieu de pomme de terre glucosé gélosé (PDA) :
KOUA Amian 296

297. LES LEVURES ET MOISISSURES
Milieux pour dénombrement des levures moisissures (suite)
Milieu oxytétracycline glucosé gélosé (OGA) : ensemencement
par étalement
– Milieu glucosé à l’extrait de levure (ou YGC) : ensemencement
par incorporation.
– Milieu au mout de bière gélosé en brasserie et œnologie.
– Milieu au mout de raisin gélosé en brasserie et œnologie
Techniques de dénombrement
– Technique par étalement sur milieu OGA et séché
– Distribuer 0.1ml de produit pur, solution mère et dilutions
décimales sur les boites jusqu’à 10-n
– Etaler (étaleur stérile)
– - Incuber : * 20 – 35°C pendant 5 jours
* 30°C pendant 24h et 48h * 0.1ml …………0.1ml 10-n
KOUA Amian 297

298. LES LEVURES ET MOISISSURES
Techniques de dénombrement (suite)
– Lecture
– compter en 15 et 150 colonies
– Tenir compte de la dilution pour le dénombrement final
– Confirmer par examen microscopique (levure – Moisissure –
bactérie) et macroscopique
Identification (galerie classique)
– Souche en culture pure - Caractères culturaux
– Caractères morphologiques
– Caractères sexuels (ascospores) - Caractères
physiologiques
– Fermentation des composés sucrés
– Assimilation des composés carbonés (Glu- gala)
– Assimilation des composés azotés (nitrates)
KOUA Amian 298

299. LES LEVURES ET MOISISSURES
Identification rapide
API - 20C
API - 20 auxanogramme
Test technologique
Identité des levures et moisissures n’intéresse pas l’industriel
Seulement, il veut savoir si les levures et moisissures peuvent se
développer dans son produit ou sont dans son produit.
Levures et moisissures signification de leur présence selon
l’aliment.
- Du point de vue hygiénique, il n’est pas nécessaire de
rechercher les levures et moisissures dans les produits
alimentaires (non pathogène).
KOUA Amian 299

300. LES LEVURES ET MOISISSURES
Levures et moisissures signification de leur présence
selon l’aliment. (suite)
- Du point de vue technologique : il peut avoir une
altération importante dans la fabrication, alors les produits
ne seront pas commercialisables. C’est pour cela qu’il est
bon de les rechercher quantitativement et qualitativement au
cours de la fabrication.
* Il faut aussi maîtriser les consignes de traitement
c’est-à-dire maîtriser les barèmes de pasteurisation
et de stérilisation
* Savoir apprécier le nombre initial de levure et
moisissure par rapport aux dangers.
KOUA Amian 300

301. KOUA Amian 301

302. KOUA Amian 302

303. CONCLUSION
Les dangers que peuvent représenter les
mycotoxines acquises au cours de notre
alimentation quotidienne, désorganisant
notre santé n’ont sans doute jamais été si
bien perçus ou même pas. Ainsi donc, la
seule façon de mieux vivre, c’est de varier
son poison c’est-à-dire ne pas manger
toujours la même chose.
KOUA Amian 303

304. . LES ALGUES
KOUA Amian 304

305. LES ALGUES
INTRODUCTION
Les algues sont des êtres vivants capables de photosynthèse
dont le cycle de vie se déroule généralement en milieu
aquatique.
Elles constituent une part très importante de la biodiversité,
une des bases des réseaux trophiques des milieux aquatiques
d’eaux douces, saumâtres et marines. Elles sont aussi
utilisées dans l’alimentation humaine, par l’agriculture et par
l’industrie.
Rappelons que l’étude des Algues s’appelle la phycologie ;
le terme Algologie est parfois utilisé mais désigne également
la branche de la médecine qui traite de la douleur.
KOUA Amian 305

306. LES ALGUES
I – DESCRIPTION GÉNÉRALE (typologie)
Les algues ont souvent été définies par défaut, par simple
opposition aux végétaux terrestres pluricellulaires.
Dans l’acception la plus large du terme, les algues rassemblent
donc entre autres à :
* Des organismes procaryotes : algues bleues ou cyanobactérie
* Des eucaryotes
-Divers groupes à espèces unicellulaires (Euglonophytes)
-D’autres groupes à espèces unicellulaires ou pluricellulaires
algues rouges ou ahodophyto et straménophiles (Diatomées –
algues brunes)
-Végétaux assez proches des plantes terrestres algues vertes
(ulvophycées)
KOUA Amian 306

307. LES ALGUES
II – CLASSIFICATION DES ALGUES
- Règne
- Embranchement
- Sous embranchement
- Classe - Genre - Espèces
1 – Algues procaryotes
- Algues bleue – vert ou cyanobactéries
- Rôle dans la production de l’oxygène de l’atmosphère
- Leurs cellules ont une structure procaryote typique des
bactéries.
- La photosynthèse se produit directement dans le
cytoplasme
- Forment un lichen lorsqu’elles sont en symbiose avec un
champignon. KOUA Amian 307

308. LES ALGUES
2 – Algues eucaryotes
- Photosynthèse se produit dans des structures
particulières, entourées d’une membrane, qu’on
appelle chloroplaste.
Ces structures contiennent de l’ADN
- Végétaux (trois groupes) :
. Chlorobiantes
.Algues rouge ou rhodophytes
.Glaucophytes
KOUA Amian 308

309. LES ALGUES
3 - Appartenance des algues, selon diverse classification
- Les algues sont dans le règne végétal dans le système à
trois règnes, et parmi les thallophytes, avec les
champignons et les lichens.
- Les algues sont reparties entre les plantae et les protistes
dans le système à 5 règnes.
- Les algues sont un groupe polyphylétique en classification
phylogénétique, et sont repartis en 11 groupes.
4 - Espèces d’algues
Plusieurs espèces
KOUA Amian 309

310. LES ALGUES
III – MORPHOLOGIE DES ALGUES
Très diversifiée, il existe des algues qui sont unicellulaires,
éventuellement mobiles, d’autres forment des filaments cellulaires ou
des lames simples ; d’autres encore développent des architectures
complexes et différenciées, par opposition cellulaire ou par
enchevêtrement de filaments tubulaires. Les algues ne possèdent
cependant pas de tissus nettement individualisés.
Les algues possèdent des couleurs variées : verte, jaune, rouge,
brune
IV - ECOLOGIE DES ALGUES
Les algues constituent une part importante de l’écologie aquatique et
adoptent des modes de vie très divers. Bien qu’elles soient toutes
pourvues de chlorophylles, elles peuvent être autonomes (autotrophes
ou saprophytes), parasites ou vivre en symbiose.
KOUA Amian 310

311. LES ALGUES
 Algues autotrophes
- Algues flottantes : Algues unicellulaires filamenteuses
- Algues flottantes de grande taille environ 70 m
–Algues thermophiles - Algues aériennes
–Algues fixées
Sur les rochers épilithes (environs 50 m de long)
Sur des animaux (épizoïques)
Les paresseux portent sur leurs poils une algue brune pendant la saison
sèche et verte pendant la saison des pluies qui les aide à se confondre
avec leur environnement.
Sur des végétaux (épiphytes)
Sur du bois (épixyles)
KOUA Amian 311

312. LES ALGUES
Algues saprophytes;
Algues parasites;
Algues symbiotiques;
.Zooxanthelles ou Zoo chlorelles (vivant en
association avec des organismes animaux)
. Algues vivant avec des champignons :
Lichens.
KOUA Amian 312

313. LES ALGUES
V – UTILISATION
Algues utiles
- Alimentation humaine
Des espèces d’algues sont utilisées pour l’alimentation
humaine, soit directement, soit sous forme des
compléments alimentaires, soit sous forme d’additifs.
- Comme aliment direct
Les algues sont une sorte de légumes, comme la laitue de
mer contenant de protéines, sels minéraux et de vitamines.
- Comme compléments alimentaires
Exemple de la spiruline  micro algue bleue,
commercialisée sous forme de complément particulièrement
riche en protéines et en vitamines.
KOUA Amian 313

314. LES ALGUES
- Comme additifs
Utilisée en industrie agro alimentaire. Exemple de l’algine
ou acide alginique utilisé comme liant dans les charcuteries.
Les algues sont également une source très utile d’oligo-
éléments, notamment le magnésium et l’iode qui font
généralement défaut à l’alimentation dans les pays
industrialisés. Ceux qui consommes peu de poisson
notamment, et qui consomment du sel raffiné dépouillé de
son iode naturel.
-Alimentation animale
Utilisation dans la fabrication de farines et tourteaux
incorporés dans les aliments composés, pour volailles.
KOUA Amian 314

315. LES ALGUES
 Engrais et amendements
Le goémon est récolté sur les côtes en Bretagne depuis
très longtemps pour en faire de l’engrais. Autrefois, il
servait aussi à produire de la soude et de la potasse
Usages industriels
Certaines substances tirées des algues, notamment
l’algine sont utilisées comme gélifiants, épaississant,
émulsifiants dans les industries pharmaceutiques,
cosmétiques, matières plastiques et peintures. L’agar
agar sert de base pour la fabrication des milieux de
culture bactériologique.
KOUA Amian 315

316. LES ALGUES
Production de biocarburants
A partir des algues  production de biodiesel et de bioéthanol
sans déforestation massive
Algues toxiques et nuisibles
Des algues unicellulaires microscopiques (dinoflagellés) peuvent
rendre toxiques pour l’homme les mollusques (moules, huîtres) et
les rendre impropre à la consommation sous peine de troubles
gastro-entériques graves et d’atteintes neuromusculaires.
KOUA Amian 316

317. LICENCE 3 KOUA Amian/SILUE
LE MILIEU DE HUGH ET LEIFSON
Peptone pancréatique de caséine 2 g
Extrait de levure 1 g
Chlorure de sodium 5 g
Phosphate monopotassique 0,3 g
Glucose 10 g
Bleu de Bromothymol 0,03 g
Agar (gélose) 3 g
ED qsp 1 L
Composition
Source de C et N
Source de C à rajouter
solidification du milieu gélose
semi solide
Indicateur de pH
Vert pH basique ou neutre, jaune
pH acide
Milieu aqueux
pH = 7,2
Source de C, N, minéraux et
vitamines
Source de P
Équilibre ionique

318. LICENCE 3 KOUA Amian/SILUE
TECHNIQUE D’ ENSEMENCEMENT
1- Régénérer le tube 20 minutes au bain marie bouillant
2- Ajouter le volume de solution de glucose stérile dans le milieu en
surfusion: à 45°C
3- A jouter trois gouttes de suspension bactérienne et refroidir
immédiatement le tube sous l’eau froide.
4- Ne pas visser le tube à fond
5- Incuber 24 heures à 37°C
lecture
Virage de l’indicateur de
pH au jaune dans tout le
tube. Le milieu est
devenu acide.
Il y a eu production
d’acides lors de
l’utilisation du glucose par
les bactéries en présence
et en absence d’O2.
Les bactéries sont
fermentatives vis-à-vis du
glucose.
Virage de
l’indicateur de pH
au jaune dans la
partie supérieure
du tube. Le milieu
est devenu acide.
Il y a utilisation du
glucose par les
bactéries en
présence d’ O2.
Les bactéries sont
oxydatives vis-à-vis
du glucose.
Le milieu reste tel qu’
était avant
ensemencement.
Il n’y a pas de culture
Les bactéries sont
inertes vis-à-vis du
glucose

319. LICENCE 3 KOUA Amian/SILUE
LE MILIEU CITRATE DE SIMMONS
Sulfate de magnésium 0,2 g
Phosphate monopotassique 1 g
Phosphate bipotassique 1 g
Citrate de sodium 2 g
NaCl 5 g
Bleu de Bromothymol 0,08 g
Agar (gélose) 15 g
ED qsp 1 L
Composition
Equilibre osmotique
Indicateur de pH
Vert pH basique ou neutre, jaune
pH acide
pH = 6,8
Sources minérales
Seule source de C
6 7,6
Ensemencement
Faire une strie centrale avec une suspension
en eau physiologique ou directement à partir
d’une colonie
Ne pas visser le bouchon à fond
Incuber 24 h à 37°C

320. LICENCE 3 KOUA Amian/SILUE
MILIEU DE CLARK ET LUBS
Peptone trypsique ou polypeptone 5 à 7 g
Glucose 5 g
Phosphate bipotassique 5 g
ED qsp 1 L
COMPOSITION
Source de C
pH = 7
Sources minérales
Source minérale
Ensemencement
Ensemencer avec 5 à 10 gouttes de
suspension bactérienne.
Ne pas visser le bouchon à fond
Incuber 24 h à 37°C
Test RM
Après incubation, prélever 2 mL du milieu
et les déposer dans un tube à hémolyse.
Ajouter 1 à 2 gouttes de rouge de méthyle.
Observer.
4,5 6,8
Test VP
Après incubation, prélever 1 mL du milieu et
les déposer dans un tube à hémolyse.
Ajouter 0,5 mL d’-naphtol et 0,5 mL de soude.
Mélanger et incliner le tube.
Faire la lecture après 10 à 15 min de
contact.

321. LICENCE 3 KOUA Amian/SILUE
MILIEU DE KLIGLER HAJNA
Extrait de viande de boeuf 3 g
Extrait de levure 3 g
Peptone 20 g
Chlorure de sodium 5 g
Citrate ferrique 0,3 g
Thiosulfate de sodium 0,3 g
Lactose 10 g
Glucose 1 g
Rouge de phénol 0,05 g
Agar (gélose) 12 g
ED qsp 1 L
Source de C et N
COMPOSITION
Equilibre osmotique
Mise en évidence de la formation H1 S
Source de soufre, témoin d’oxydo-
rédcution
Source glucidique majoritaire
Source glucidique minoritaire
Indicateur de pH
6,5 8,2
pH = 7,4
Ensemencement
2) Piqûre centrale
dans le culot
Fil droit ou pipette
boutonnée
1) Stries serrées sur
la pente
Öse ou pipette
boutonnée

322. LICENCE 3 KOUA Amian/SILUE
MILIEU MANNITOL MOBILITÉ NITRATÉ
peptone 20 g
Nitrate de potassium 2 g
Mannitol 2 g
Rouge de phénol à 1 % 4 mL
gélose 4 g
ED qsp 1 L
Composition
Source de C
pH = 8
Sources de C et N
Indicateur de pH
Ensemencement
Apport de nitrates
Piqûre centrale
avec le fil droit

323. LICENCE 3 KOUA Amian/SILUE
LECTURE DES MILIEUX
CITRATE DE SIMMONS
1ère lecture
possible
Le milieu ne présente aucune
culture.
Les bactéries n’utilisent pas le
citrate comme source de
carbone : CITRATE -
2nde lecture possible
Le milieu présente une
culture, l’indicateur de pH a
viré au bleu  le milieu est
devenu basique.
Les bactéries ont utilisé le
citrate comme source de
carbone en produisant des
composés alcalinisant le
milieu: CITRATE +

324. LICENCE 3 KOUA Amian/SILUE
CLARK ET LUBS
1ère lecture possible
Le milieu est devenu
rouge  le pH est acide .
Il y a eu formation de
composés acides par les
bactéries au cours de la
fermentation du glucose.
Les bactéries utilisent la
voie des acides mixtes :
RM +.
2nde lecture possible
1- Test RM
Le milieu est devenu
jaune  le pH est
basique .
Les bactéries n’utilisent
pas la voie des acides
mixtes lors de la
fermentation du
glucose : RM -.
2- Test VP
1ère lecture possible 2nde lecture possible
Formation d’une
coloration rouge en
surface . Il y a
formation d’acétoïne
et de butanediol dans
le milieu lors de la
fermentation du
glucose. Les bactéries
utilisent la voie du
butanediol : VP +.
Pas de
modification du
milieu .
Les bactéries
n’utilisent pas la
voie du butanediol
lors de la
fermentation du
glucose : VP -.

325. LICENCE 3 KOUA Amian/SILUE
MANNITOL MOBILITÉ
1ère lecture
possible
Le milieu est resté rouge
 le pH est neutre ou
basique
Les bactéries ne
fermentent pas le
mannitol : MANNITOL -.
2nde lecture possible
1- Utilisation du mannitol
Le milieu est devenu
jaune  le pH est acide
.
Les bactéries
fermentent le mannitol
et produisent des
acides qui acidifient le
milieu : MANNITOL +.
2- Mobilité
1ère lecture
possible
Observation d’une
culture dans tout le
tube.
Les bactéries ont
diffusé dans tout le
milieu : elles sont
MOBILES.
Culture uniquement au
niveau de la piqûre
centrale.
Les bactéries sont
IMMOBILES.
2nde lecture possible

326. LICENCE 3 KOUA Amian/SILUE
KLIGLER HAJNA
1- lecture de la production d’H2 S
Précipité noir de
sulfure ferrique:
Production d’H2S
par les bactéries !
H2S+
Pas de précipité
noir: bactéries ! H2S-
2- lecture de la production de gaz
Présence de bulles dans la
gélose:
Les bactéries
produisent du gaz (H2
ou CO2) au cours de
leur fermentation :
GAZ +
Pas de bulle dans la
gélose: bactéries ! GAZ -

327. LICENCE 3 KOUA Amian/SILUE
3- LECTURE DE L’UTILISATION DU LACTOSE
Alcalinisation de la pente,
les bactéries ne
fermentent pas le
lactose: LACTOSE -
Acidification du culot lors de la
fermentation du glucose :
GLUCOSE +
Acidification de tout le milieu
lors de la fermentation des
glucides : GLUCOSE + et
LACTOSE +
Le milieu reste
orangé. Les bactéries
n’utilisent pas le
glucose et le lactose.
GLC - et LAC -
Pente jaune
Culot rouge
Acidification du milieu en
aérobiose lors de
l’utilisation des glucides :
LAC + et GLC + oxydatif

328. LICENCE 3 KOUA Amian/SILUE
RECHERCHE DE LA -GALACTOSIDASE
Elle s’effectue sur un
tube de Kligler LAC -
1) Faire une
suspension épaisse à
partir de colonies
prélevées sur la
pente
2) Ajouter stérilement
un disque ONPG
3) Incuber à 37°C
pendant 30 minutes
1) Le tube reste
incolore.  absence de
la -galactosidase :
ONPG -
2) La suspension est
colorée en jaune 
présence de la -
galactosidase : ONPG
+, mais absence de la
perméase.

329. LICENCE 3 KOUA Amian/SILUE
KLIGLER HAJNA
1- LECTURE DE LA PRODUCTION D’H2 S
PRÉCIPITÉ NOIR DE SULFURE FERRIQUE
Production d’H2S
par les bactéries !
H2S+
PAS DE PRÉCIPITÉ NOIR
bactéries ! H2S-
2- LECTURE DE LA PRODUCTION DE GAZ
PRÉSENCE DE BULLES
DANS LA GÉLOSE
Les bactéries
produisent du gaz (H2
ou CO2 a)u cours de
leur fermentation :
GAZ +
PAS DE BULLE DANS LA
GÉLOSE
bactéries ! GAZ -
3- LECTURE DE L’UTILISATION DU LACTOSE
PENTE ROUGE
CULOT JAUNE
Alcalinisation de la pente,
les bactéries ne
fermentent pas le
lactose: LACTOSE -
Acidification du culot lors de la
fermentation du glucose :
GLUCOSE +
TUBE
JAUNE
Acidification de tout le milieu
lors de la fermentation des
glucides : GLUCOSE + et
LACTOSE +
TUBE
ORANGE
GLC - et LAC
-
PENTE JAUNE
Acidification du milieu en
aérobiose lors de
l’utilisation des glucides :
LAC + et GLC + oxydatif
CULOT JAUNE