CASDAR RUSTIC : La longévité fonctionnelle : analyse génétique en ovin allaitant. Par Valérie Loywyck (IDELE)

1. Séminaire de restitution du programme CASDAR RUSTIC – Toulouse, les 3 et 4 octobre 2019
Analyse et modélisation
de la longévité fonctionnelle
des ovins allaitants

2. Estelle Talouarn
Stage de fin d’études
Soutenu le 19/09/2017
Maîtres de stage
Valérie LOYWYCK (Institut de l’Elevage)
FlavieTORTEREAU (INRA)

3. INTRODUCTION
La sélection en ovins allaitants
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 Résistance aux maladies
 Fertilité prolongée
 Longévité des brebis
 Dilution des coûts d’élevage
 Adaptation aux conditions d’élevage
 Actuellement dans les programmes de sélection des ovins allaitants :
 Prolificité
 Qualités maternelles
 Qualités bouchères
Productivité numérique
Croissance
 Besoin/Demande des éleveurs pour des animaux plus rustiques
Contexte :
 Réduction des intrants
 Augmentation des contraintes agro-environnementales

4. INTRODUCTION
Définition et mesure
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 Qu’est-ce que la longévité fonctionnelle?
Elle représente le temps de présence d’une femelle active dans le cheptel
→ capacité d’une femelle à repousser sa réforme involontaire
 Durée de vie productive (DURVIP)
Période de production
Temps entre la 1ère mise-bas et la mort de la femelle
Calcul :
Date de dernière mise-bas enregistrée – date de première mise-bas

5. Plan de l’étude de la longévité fonctionnelle
• Etude la durée de vie productive
• Filtrage des données disponibles
• Description de la durée de vie productive
• Peut-on sélectionner sur ce caractère?
• Mesure précoce de la longévité fonctionnelle
• Critères de mesure précoce
• Choix de la mesure
• Héritabilité
• Mise en place d’une sélection en ovins allaitants?
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6. Filtrage des données de la base d’indexation
Etablissement du fichier des carrières complètes
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 Utilisation des données de la base de données nationale
 Brebis:
 nées entre 1990 et 2004
 au moins une mise-bas (carrière productive) et la dernière mise-bas avant 2014
 un seul troupeau de mise-bas
 Cheptels:
 non-expérimentaux
 au moins 4 années consécutives au contrôle de performances
 en moyenne 50 brebis contrôlées/an + effectifs stables
 Elimination des aberrations et données extrêmes (moyenne + 3 σP de la race)
Brebis enregistrées
dans la base nationale
Brebis conservées Pourcentage de données écartées
97 982 62 410 36,3%
Données
fiabilisées
et
non-censurées

7. Première description de la vie productive
Evolution au cours du temps
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Evolution entre 1990 et 2004
DURVIP moyenne
(années)
DURVIP
(jours)
Nombre de mises-bas Nombre d’agneaux
3,12 +/- 2,28 - 293 - 0,7 - 1,4
Boxplot de DURVIP en fonction de l’année de naissance de la brebis
→ contre-sélection?
→ changements dans les pratiques d’élevage?
Diminution significative de la durée de vie
productive

8. Peut-on sélectionner sur ce caractère ?
Variabilité dans la population
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Moyenne Écart-type Minimum Maximum
Coefficient de
Variation
DURVIP (années) 3,12 2,28 0,25 10,99 0,73
Coefficient de variation = écart-type /moyenne
Valeur élevée  variabilité dans la population

9. Peut-on sélectionner sur ce caractère ?
Identifications des facteurs non génétiques
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• Taille de portée moyenne *
• PAT 30 moyen des agneaux *
• Intervalle moyen entre mises-bas *
• Taille moyenne *
• Evolution de la taille *
• Accélération/induction *
• Cheptelxannée de naissance (aléat.)
• Âge à la 1ère mise-bas *
• Taille de 1ère portée *
• Portée de naissance
• PAT 10 et 30 jours
• Méthode d’allaitement
Stade
agnelle
La 1ère
mise-bas
La carrière
Le
troupeau
Variables calculées par brebis
* Effet Significatif

10. Peut-on sélectionner sur ce caractère ?
Identifications des facteurs non génétiques
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Variable considérée Variance expliquée (%)
Variables de 1ères mise-bas 4,20
Variables de la carrière 12,01
Accélération/Induction 19,68
Dynamique du troupeau 19,97
Troupeau*année de naissance 21,71
Résidus 22,43
Conditions d’élevage et conduite du troupeau:
+ de 60% de la variabilité expliquée

11. Peut-on sélectionner sur ce caractère ?
Héritabilité: estimation de la part de la génétique
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DURVIP = X1 α + X2 β + W γ + Z u + Ԑ
X1 X2 W Z = matrices d’incidence
α = effets fixes (âge à la 1ère mise-bas, taille de 1ère portée)
β = covariables (portée moyenne, intervalle moyen entre mises-bas)
γ = cheptel*année de naissance (aléatoire)
u = effets génétiques additifs
Ԑ = résidus
Héritabilité estimée
pour DURVIP
Longévité fonctionnelle (OA)
dans la littérature
Projet RUSTIC / autres filières
h² = 0,0456 +/- 0,0066 0,00 à 0,15
Ovins laitiers : h²=0,01 à 0,034
Caprins laitiers : h²= 0,102
Facteurs non génétiques
identifiés

12. Plan de l’étude de la longévité fonctionnelle
• Etude la durée de vie productive
• Filtrage des données disponibles
• Description de la durée de vie productive
• Peut-on sélectionner sur ce caractère?
• Mesure précoce de la longévité fonctionnelle
• Critères de mesure précoce
• Choix de la mesure
• Héritabilité
• Mise en place d’une sélection en ovins allaitants?
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13. Prédire la longévité des brebis
Définition des variables pour une mesure anticipée
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 Variables de prédiction utilisées dans d’autres filières
• En caprins et ovins laitiers:
Nombre de jours en lactation à âge fixé
• En bovins allaitants:
Nombre de vêlages 8 ans après le 1er vêlage
 Variables envisagées pour les ovins allaitants
Nombre de mises bas à âge fixé
Nombre d’agneaux produits à âge fixé ?
entre 3 et 5 ans
entre 3 et 5 ans
But : donner une
valeur génétique
fiable le + tôt
possible

14. Prédire la longévité des brebis
Choix du prédicteur
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Moyenne Écart-type Minimum Maximum
Coefficient
de Variation
Nb Mbas - 3ans 1,61 0,77 0 4 0,48
Nb Mbas - 4ans 2,36 0,95 1 6 0,40
Nb Mbas - 5ans 2,95 1,25 1 6 0,42
Corrélations avec DURVIP:
Nb Mbas - 3ans Nb Mbas - 4ans Nb Mbas - 5ans
phénotypique 0,12 0,41 0,67
génétique 0,28 0,45 0,73
CV similaires et meilleures corrélations avec DURVIP
 Prédicteur = nb de mises-bas à 5 ans

15. Prédire la longévité des brebis
Héritabilités du prédicteur
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DURVIP NB Mbas - 5ans
h² 0,0456 +/- 0,0066 0,0352 +/- 0,0061
 Qualités bouchères ~ 0,30 à 0,40 Qualités maternelles ~ 0,20
A titre de comparaison : héritabilités des autres caractères en ovins allaitants
 Prolificité ~ 0,10

16. Plan de l’étude de la longévité fonctionnelle
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• Etude la durée de vie productive
• Filtrage des données disponibles
• Description de la durée de vie productive
• Peut-on sélectionner sur ce caractère?
• Mesure précoce de la longévité fonctionnelle
• Critères de mesure précoce
• Choix de la mesure
• Héritabilité
• Mise en place d’une sélection en ovins allaitants?
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17. En pratique?
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Corrélation desVGE DURVIP et index actuels:
VGE béliers VGE brebis
Index Prolificité (brut) -0,08 -0,09
Index Qualités
maternelles (brut)
0,14 0,11
→ pas de corrélation forte qui puisse
expliquer la dégradation de la
longévité
VGE: valeur génétique estimée
Prédicteur retenu Durée de vie moyenne (années)
Nb mises-bas à 5ans 4,85
Pertinence du prédicteur précoce ?...

18. Conclusions
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• Sur la durée de vie productive d‘une brebis:
• La première mise-bas joue un rôle-clé sur la longueur de la carrière
• Les paramètres de carrières également (portée moyenne, intervalles moyens et PAT 30 moyen des agneaux)
• La majorité de la variabilité est liée au troupeau et à son mode de conduite
• Sur le caractère de longévité fonctionnelle:
• Héritabilité faible (résultat confirmé par une analyse complémentaire avec le Kit de Survie)
• Précocité d’un prédicteur discutable

19. La longévité fonctionnelle
dans les autres filières de ruminants françaises
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 Bovins laitiers:
 Longévité fonctionnelle dans les index (Lgf) – races: Prim’Holstein, Normande et Montbéliarde
Vosgienne,Abondance,Tarentaise
 5% dans le calcul de l’objectif de sélection en race Prim’Holstein, ainsi que d’autres critères fonctionnels
 Recours au Kit de Survie en routine
 Bovins allaitants:
 Longévité fonctionnelle indexée via une efficacité de carrière (nombre de vêlages à 6,5 ans)
 Modèles linéaires en routine (mesure observée ou prédite)
 Caprins et ovins laitiers: projet RUSTIC

20. Perspectives
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• Validation des résultats/estimation des paramètres sur d’autres races
• Méthode la plus appropriée pour une évaluation en routine?
• Kit de Survie malgré les contraintes
 Paternités déclarées (modèle père)
 Connexion entre les troupeaux
• Modèles linéaires avec prédiction du nombre de mises-bas à 5 ans? (cf. démarche en bovins allaitants)
• Sélection « indirecte » par la sélection d’autres caractères de rusticité?
 Résistance aux maladies? Comportement? Aplombs?
 Valorisation des causes zootechniques de sortie enregistrées (projet RUSTIC – Action 1)
• Etude économique autour de l’intérêt de la longévité dans les filières ovines allaitantes
françaises
 projet Osiris : estimer les poids économiques des caractères en sélection

21. Merci de votre attention