L'incubateur du Centquatre, ouvert au printemps 2011, vise à favoriser l'innovation par la synergie entre le monde des entreprises, la création artistique et la recherche. Il soutient des projets innovants, favorise la co-création et offre un environnement propice à la créativité avec un accompagnement multidisciplinaire. Grâce à un budget de 370 k€, il finance des résidences pour des équipes-projets tout en promouvant l'innovation sociétale et artistique.