Etude de la Phyllosphère

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Présentation du projet de recherche réalisé au Biodôme de Montréal avec le soutien de l'Université de Clermont-Ferrand et l'IUT des Cezeaux.

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Etude de la Phyllosphère

  1. 1. 24/08/2011 DERESON Sébastien.
  2. 2. 2 SOMMAIRE INTRODUCTION : La phyllosphère. COLLECTE DES ECHANTILLONS. METHODES D’EXTRACTION. TECHNIQUE D’ENSEMENCEMENT. OBSERVATION MACROSCOPIQUE. Observation des cultures. Recherche de la faune. OBSERVATION MICROSCOPIQUE. Scotch® Test. Etats Frais. DISCUSSION. CONCLUSION PERPECTIVES.
  3. 3. 3 INTRODUCTION AOUT 2010 Découverte de dépôts sur certaines plantes de la Foret Tropicale du Biodôme. SEMPTEMBRE 2010 : Recherche théorique : Hypothèse : Présence d’une maladie ? Premières observations des dépôts à la loupe binoculaire. Présence de nombreux organismes. Conclusion : Découverte d’une phyllosphère. 11 AVRIL 2011 : Identification des organismes présents sur 4 échantillons de feuilles. CREATION DU PROJET PHYLLOSPHERE
  4. 4. 4 INTRODUCTION La phyllosphère. Micro environnement localisé sur les feuilles, tiges, bourgeons et les fruits des plantes. 3 Catégories d’organismes: Bactéries & Levures Champignons filamenteux Algues Invertébrés Bryophytes épiphylles. Epiphylles Epiphytes Endophytes Insectes.
  5. 5. 5 COLLECTE DES ECHANTILLONS FIGURE 5
  6. 6. 6 COLLECTE DES ECHANTILLONS 8 cm 19,5 cm 14,5 cm 44 cm Spathiphyllum freidrichsthalii. Dieffenbachia spp. 5 Dépôts. 3 Dépôts. FIGURE 6-7 Echantillon 2. Echantillon 1.
  7. 7. 7 COLLECTE DES ECHANTILLONS 23 cm 6 cm DESSUS Psidium cattleianum. 3 Dépôts. DESSOUS 8 cm 6 cm DESSUS Psidium guayava. 5 Dépôts. DESSOUS FIGURE 8-9 Echantillon 3. Echantillon 4.
  8. 8. 8 METHODES D’EXTRACTION Gravité.Par Vortex®. Prélèvement du dépôt. Mise en suspension dans 5 mL d’eau nanopure. Agitation 10 secondes à la main. Transfert du surnageant et du sédiment . Agitation 10 secondes au vortex® Obtention d’une suspension verte. Par ultrason. Agitation 10 secondes aux ultrasons Obtention d’une suspension verte opaque. A partir du dépôt vert de Spathiphyllum freidrichsthalii
  9. 9. 9 METHODES D’EXTRACTION Résultats : Surnageant Sédiment Par gravité Par gravité Au vortex® Aux ultrasons
  10. 10. 10 TECHNIQUE D’ENSEMENCEMENT Utilisation du milieu HATCHER. Prélèvement du dépôt. Ensemencement du milieu. Incubation à 22°C pendant 4 semaines.
  11. 11. 11 OBSERVATION MACROSCOPIQUE Observations des cultures. Loupe binoculaire FIGURE 15 Identifcation avec une base de donnée X50 X50 X50 X25 1 vert 1 marron 2 Nervure3 Blanc Cribraria spp. Physarum spp. Chlorophyta spp. Metatrichia floriformis MYXOMYCETE. ALGUE VERTE.
  12. 12. 12 OBSERVATION MACROSCOPIQUE Recherche de la faune. Spathiphyllum freidrichsthalii. Dieffenbachia spp. Psidium cattleianum. Psidium guayava. Psidium guayava. Acari spp Planococcus citri Pseudococcus affinis Amblyseius spp Wasmannia auropunctata FIGURE 13
  13. 13. 13 OBSERVATION MICROSCOPIQUE Scotch® Test. Opercule du sporange. Pédicelle. Observation au microscope optique. FIGURE 12-16 Organes de fructification = Sporange sporangiophore Spathiphyllum freidrichsthaliiPsidium cattleianum Lame 5. Lame 13.Lame 4. Champignons filamenteux ? X60 X60 X60
  14. 14. 14 OBSERVATION MICROSCOPIQUE Etats-Frais. Observation au microscope optique X60. Chlorophyta spp. Metatrichia floriformisCribraria spp. FIGURE 17 Algue verte. Myxomycete. Observation de Rotifères. Ulothrix spp.
  15. 15. 15 DISCUSSION Identification trop simpliste. Réaliser des extractions d’ADN des organismes observé et réaliser un séquençage ADN. Comparaison des amplicons par un BLAST. Absence de détection de bryophytes. Absence de bryophytes sur les échantillons. Absence d’ensemencement des bryophytes. Mauvaise identification. Le milieu de culture et les methodes de détection ont permis de détecté des organismes qui étaient pas recherché au départ. Realiser le même protocole sur plusieurs échantillons de feuilles de la Forêt Tropicale
  16. 16. 16 CONCLUSION - PERPECTIVE La phyllosphère de la Forêt Tropical du Biodôme de Montréal est un micro- habitat complexe. Beaucoup d’aspects encore inconnus. Plusieurs pistes de nouveaux sujets Etude des rotifères. Recherche plus poussé des bryophytes épiphylles. Dénombrement des insectes. Etc… Perspective génomique : Métagénome de la phyllosphère de la Forêt Tropical Amazonienne.
  17. 17. 17 REMERCIMENTS

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