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Module 2

NSG 5592: Analyse statistique en
     sciences infirmières



                               1
Introduction au logiciel SPSS


         Module 2 d




                                2
Composantes de cette
           présentation
   Structure de base d’un programme SPSS
   Exécution d’un programme SPSS
   Exemple
   Outils d’aide à la programmation




                                            3
1. Structure de base d’un
     programme SPSS



                            4
 Tout programme de traitement de données
  (comme en SPSS) repose sur la structure
  suivante:
 Intrant   (=Input)   Traitement   Extrant   (=Output)




                                                         5
Cette structure se trouve dans les 2 types d’étapes possibles
           (1): Étapes de création d’un fichier de données



Données originales
 (questionnaires             Étapes SPSS de
    remplis)                   création ou de
ou sous forme de           transformation d’un          Fichier de données
                            fichier SPSS                       SPSS
  fichier SPSS




                                                                         6
(2): Étapes de production de résultats



                              Analyses de
                               données:
                             production de
                              statistiques,
Fichier de données           production de              Résultats des
       SPSS                   graphiques                  analyses




                                                                        7
 Par conséquent, tout programme SPSS est
  constitué d’énoncés qui correspondent à une
  de ces deux opérations:
   création et modification d’un fichier de données
    SPSS
   production de résultats d’analyses statistiques.




                                                       8
2. Exemple utilisé




                     9
 Données sur les transplantations cardiaques
  de Stanford
   Référence: Miller et Halpern (1982): Regression
    with censored data, Biometrika 69, 521-531,
   Référence mentionnée dans: Andrews et Herzberg
    (1985) Data – A collection of problems from many
    fields for the student and research worker,
    Springer-Verlag



                                                  10
11
12
 Les données originales comprennent:
     Numéro du patient
     Nb de jours de survie
     État (vivant ou mort)
     Âge à la transplantation
     Score de « mismatch » (dissimilarité entre le
      donneur et le receveur)


                                                      13
 Pour les besoins de l’exemple, nous ajoutons
  d’autres variables:
   Nom du patient
   Nb d’années de survie
   Une variable indicatrice selon l’âge à la
    transplantation (supérieur à 50 ans ou non)




                                                  14
3. Exécution d’un programme
              SPSS



                              15
Cliquer ici la
                                     1e fois




Cliquer ici les fois suivantes,
   en choisissant le fichier
          approprié
                                                   16
 Pour construire un programme SPSS, deux
  méthodes sont possibles:
   Utilisation des menus  méthode décrite dans
    l’exemple
   Écriture d’énoncés
        Il est possible de construire un programme à partir
         des menus, et d’obtenir les énoncés générés.


                                                               17
Gestion                    Définition des            Analyses
   de                        variables              statistiques
fichiers
                             Transformation               Graphiques
                              des variables




                                                Les colonnes
                                              correspondent aux
                                                   variables
          Les rangées
       correspondent aux
          observations
          (patients, …)


                                                                       18
(1) Étapes de création et modification d’un
  fichier de données SPSS

   (1a) Création d’un fichier de données SPSS




                                                 19
Commande Define
                                      Variables  pages
                                           suivantes
Double-cliquer cette cellule    OU
      pages suivantes
                                                          20
(1) Nom de
                                     la variable (max
                                       8 caractères)




                      (2) Type de              (3) Valeurs
                       la variable             manquantes




                (4) Étiquettes




(5) Niveau de
    mesure
                            (6)
                                                             21
(2) Type de
               la variable




(3) Valeurs
manquantes




                   (4) Étiquettes



                                    22
(5) Niveau de
                        mesure:
                  choisir « Nominal »
                   pour cette variable


(6): Cliquer OK

                                         23
Nous continuons la définition des autres variables:
    SurvtimeÉtiquette = Survival Time, Days
              Niveau de mesure = « Scale »
        Status   Étiquette = Status (État)
             Niveau de mesure = « Nominal »
        Étiquettes des valeurs: 0 Alive, 1 Dead
 Agetrans           Étiquette = Age at transplant
              Niveau de mesure = « Scale »
      Mismatch Étiquette =Mismatch score
              Niveau de mesure = « Scale »
    Nom      Niveau de mesure = « Nominal »

                                                      24
Vérifions si les variables ont été définies correctement




                                                           25
1e manière de vérifier:
Commande File Info 
    page suivante




                          26
27
2e manière de vérifier:
Commande Variables 
    pages suivantes




                           28
29
30
Le > indique qu’il
    s’agit d’une
      variable
 alphanumérique
(sinon la variable
 est numérique)

                     31
Nous sommes maintenant prêts
     à entrer les données




                               32
La valeur entrée est
   1, mais la valeur
   affichée est Dead


etc…
                         33
Pour sauver les données:
Commande Save As  page
         suivante




                            34
35
Le fichier SPSS est créé. Il s’appelle Exemple 1.Sav




                                                       36
(1) Étapes de création et modification d’un
  fichier de données SPSS

   (1b) Transformation d’un fichier de données SPSS
      Ajout d’observations
      Ajout de variables




                                                       37
Commande Compute  page
       suivante




                          38
Cette commande permet de faire des
    calculs numériques (sur des
       variables numériques)




                                     39
(Contenu partiel du LOG – dans l’Output):

COMPUTE NbAnnees = survtime / 12 .                       Transform,
VARIABLE LABELS NbAnnees "Nb d'années de survie".         Compute

IF (survtime > 12) Sup1an = 1 .
                                                         Transform,
                                                          Compute

COUNT Agesup50 = agetrans (50 thru Highest) .            Transform,
                                                           Count

RECODE agetrans
 (Lowest thru 50=1) (51 thru Highest=2) INTO agecat .    Transform,
VARIABLE LABELS agecat 'Age catégorique'.               Recode, Into
EXECUTE .                                                 Different
                                                          Variables
FORMATS agecat (F1).
VARIABLE LEVEL agecat (ORDINAL).
VALUE LABELS agecat                                     Double-clic
 1.00000000000000 "50 ans ou moins"                         OU
 2.00000000000000 "Plus de 50 ans".                     Data, Define
EXECUTE .                                                Variables
                                                                  40
41
 (2) Étapes d’analyse des données

   (2a) Analyses statistiques
      Production de statistiques descriptives
      Calcul de significativité statistique




                                                 42
(2a) Analyses statistiques –
   Principes d’analyse statistique
 Une seule variable ou plusieurs variables
   moyenne globale
   moyenne par groupe
 Niveau de mesure
   nominal, ordinal  variables numériques ou
    alphanumériques qui définissent les groupes (ex:
    état)
   intervalle, ratio  variables numériques qui
    correspondent à des mesures (ex: âge, survie)

                                                       43
(2a) Analyses statistiques –
   Principes d’analyse statistique
 Analyse descriptive ou inférentielle
   Analyse descriptive: moyennes, tableaux de
    fréquences, tableaux de contingence, etc…
   Analyse inférentielle: tests t, tests Khi-carré,
    régression, etc…




                                                       44
45
Commandes Reports et
 Descriptive Statistics




   Les commandes portent
   le nom indiqué ci-contre




                              46
Un exemple de statistique descriptive:
 Commandes Descriptive Statistics >
   Descriptive  pages suivantes




                                         47
Liste des variables disponibles




        Liste des variables à analyser


                                         48
Les énoncés générés par cette
commande sont transcrits juste
   au-dessus des résultats




                   Résultats de
                    l’analyse




                                  49
Il est possible de conserver le
       fichier de résultats:
   Commande File > Save As




                                  50
(2) Étapes d’analyse des données

   (2b) Graphiques




                                   51
52
Les énoncés générés par cette
commande sont transcrits juste
   au-dessus des résultats




                    Graphique




                                 53
GRAPH
 /SCATTERPLOT(BIVAR)=mismatch WITH survtime
                    /MISSING=LISTWISE .

4000




3000




2000




1000




   0




-1000
    -.5       0.0        .5      1.0   1.5   2.0   2.5   3.0

                                                               54
        Mismatch score
Il est possible de changer de manière
 interactive les caractéristiques de ce
 graphique (symboles, couleur, etc…)




                                          55
Il est possible d’exporter le graphique
       selon un format spécifique




                                          56
4. Outils d’aide à la
 programmation




                        57
(1) Avec option appropriée, génération
  automatique des énoncés générés avec les
  menus (les énoncés sont générés dans la
  fenêtre OUTPUT, intercalés entre les
  résultats)




                                             58
Commande Options 
  pages suivantes




                     59
Important: Cette commande permet de conserver
dans la fenêtre OUTPUT les énoncés générés par
                                                 60
                    SPSS
(2) Avec option appropriée, possibilité de
  générer les énoncés dans la fenêtre
  SYNTAX et de les exécuter (Menu Run)

(3) Sauvegarde de la session SPSS: fenêtre de
  l’éditeur de données (Untitled), fenêtre de
  syntaxe (Syntax1), fenêtre des résultats
  (Ouput1)

(4) Menu d’aide
                                                61
Il n’est pas nécessaire de changer ces options, mais c’est plus
pratique, en particulier la 2e, qui permet d’ouvrir une fenêtre de   62
                              syntaxe
63
 >Journalling (re)started at 29-OCT-2006 17:33:42 by release 9.0
>of SPSS for Windows.
RENAME VARIABLES (var00001=PatNum).
FORMATS PatNum (F8).
MISSING VALUES PatNum ().
VARIABLE LABELS PatNum "Patient Number".
VARIABLE LEVEL PatNum (NOMINAL).
FORMATS SurvTime (F8).
VARIABLE LABELS SurvTime "Survival Time, Days".
FORMATS Status (F1).
VARIABLE LABELS Status "Status".
VALUE LABELS Status
 .000000000000000 "Alive"
 1.00000000000000 "Dead"
 .
VARIABLE LEVEL Status (NOMINAL).
VARIABLE WIDTH Status(1).
FORMATS AgeTrans (F3).
VARIABLE LABELS AgeTrans "Age at transplant".
VARIABLE WIDTH AgeTrans(3).
FORMATS Mismatch (F8.2).
MISSING VALUES Mismatch ("9.99").
VARIABLE LABELS Mismatch "Mismatch score".
VARIABLE WIDTH status(2).
VARIABLE WIDTH status(4).
SAVE OUTFILE='C:Dossiers PhilippeCours SPSSExemple1.sav'
 /COMPRESSED.                                                       64
(3) Sauvegarde de la session SPSS: fenêtre de
  l’éditeur de données (Untitled), fenêtre de
  syntaxe (Syntax1), fenêtre des résultats
  (Ouput1)

(4) Menu d’aide




                                                65
Plan du troisième cours (fin)

  Objectif 4: Discuter sur le travail de la semaine et
    clarifier expectatives
        Nouvelle tâche (due le 1 février)
        Lire diaporama Bloc 3 – On le reprendra le 1 février au besoin
        Projet final
        Ordinateur à apporter
        Lectures: (écart type – chi deux)
           Triola: Chapitres 3 à 5
           Polit : Chapitres 3 à 5


                                                                          66

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Nsg 5592 module 2d screencast-spss

  • 1. Module 2 NSG 5592: Analyse statistique en sciences infirmières 1
  • 2. Introduction au logiciel SPSS Module 2 d 2
  • 3. Composantes de cette présentation  Structure de base d’un programme SPSS  Exécution d’un programme SPSS  Exemple  Outils d’aide à la programmation 3
  • 4. 1. Structure de base d’un programme SPSS 4
  • 5.  Tout programme de traitement de données (comme en SPSS) repose sur la structure suivante: Intrant (=Input) Traitement Extrant (=Output) 5
  • 6. Cette structure se trouve dans les 2 types d’étapes possibles (1): Étapes de création d’un fichier de données Données originales (questionnaires Étapes SPSS de remplis) création ou de ou sous forme de transformation d’un Fichier de données fichier SPSS SPSS fichier SPSS 6
  • 7. (2): Étapes de production de résultats Analyses de données: production de statistiques, Fichier de données production de Résultats des SPSS graphiques analyses 7
  • 8.  Par conséquent, tout programme SPSS est constitué d’énoncés qui correspondent à une de ces deux opérations:  création et modification d’un fichier de données SPSS  production de résultats d’analyses statistiques. 8
  • 10.  Données sur les transplantations cardiaques de Stanford  Référence: Miller et Halpern (1982): Regression with censored data, Biometrika 69, 521-531,  Référence mentionnée dans: Andrews et Herzberg (1985) Data – A collection of problems from many fields for the student and research worker, Springer-Verlag 10
  • 11. 11
  • 12. 12
  • 13.  Les données originales comprennent:  Numéro du patient  Nb de jours de survie  État (vivant ou mort)  Âge à la transplantation  Score de « mismatch » (dissimilarité entre le donneur et le receveur) 13
  • 14.  Pour les besoins de l’exemple, nous ajoutons d’autres variables:  Nom du patient  Nb d’années de survie  Une variable indicatrice selon l’âge à la transplantation (supérieur à 50 ans ou non) 14
  • 15. 3. Exécution d’un programme SPSS 15
  • 16. Cliquer ici la 1e fois Cliquer ici les fois suivantes, en choisissant le fichier approprié 16
  • 17.  Pour construire un programme SPSS, deux méthodes sont possibles:  Utilisation des menus  méthode décrite dans l’exemple  Écriture d’énoncés  Il est possible de construire un programme à partir des menus, et d’obtenir les énoncés générés. 17
  • 18. Gestion Définition des Analyses de variables statistiques fichiers Transformation Graphiques des variables Les colonnes correspondent aux variables Les rangées correspondent aux observations (patients, …) 18
  • 19. (1) Étapes de création et modification d’un fichier de données SPSS  (1a) Création d’un fichier de données SPSS 19
  • 20. Commande Define Variables  pages suivantes Double-cliquer cette cellule  OU pages suivantes 20
  • 21. (1) Nom de la variable (max 8 caractères) (2) Type de (3) Valeurs la variable manquantes (4) Étiquettes (5) Niveau de mesure (6) 21
  • 22. (2) Type de la variable (3) Valeurs manquantes (4) Étiquettes 22
  • 23. (5) Niveau de mesure: choisir « Nominal » pour cette variable (6): Cliquer OK 23
  • 24. Nous continuons la définition des autres variables: SurvtimeÉtiquette = Survival Time, Days Niveau de mesure = « Scale » Status Étiquette = Status (État) Niveau de mesure = « Nominal » Étiquettes des valeurs: 0 Alive, 1 Dead Agetrans Étiquette = Age at transplant Niveau de mesure = « Scale » Mismatch Étiquette =Mismatch score Niveau de mesure = « Scale » Nom Niveau de mesure = « Nominal » 24
  • 25. Vérifions si les variables ont été définies correctement 25
  • 26. 1e manière de vérifier: Commande File Info  page suivante 26
  • 27. 27
  • 28. 2e manière de vérifier: Commande Variables  pages suivantes 28
  • 29. 29
  • 30. 30
  • 31. Le > indique qu’il s’agit d’une variable alphanumérique (sinon la variable est numérique) 31
  • 32. Nous sommes maintenant prêts à entrer les données 32
  • 33. La valeur entrée est 1, mais la valeur affichée est Dead etc… 33
  • 34. Pour sauver les données: Commande Save As  page suivante 34
  • 35. 35
  • 36. Le fichier SPSS est créé. Il s’appelle Exemple 1.Sav 36
  • 37. (1) Étapes de création et modification d’un fichier de données SPSS  (1b) Transformation d’un fichier de données SPSS  Ajout d’observations  Ajout de variables 37
  • 38. Commande Compute  page suivante 38
  • 39. Cette commande permet de faire des calculs numériques (sur des variables numériques) 39
  • 40. (Contenu partiel du LOG – dans l’Output): COMPUTE NbAnnees = survtime / 12 . Transform, VARIABLE LABELS NbAnnees "Nb d'années de survie". Compute IF (survtime > 12) Sup1an = 1 . Transform, Compute COUNT Agesup50 = agetrans (50 thru Highest) . Transform, Count RECODE agetrans (Lowest thru 50=1) (51 thru Highest=2) INTO agecat . Transform, VARIABLE LABELS agecat 'Age catégorique'. Recode, Into EXECUTE . Different Variables FORMATS agecat (F1). VARIABLE LEVEL agecat (ORDINAL). VALUE LABELS agecat Double-clic 1.00000000000000 "50 ans ou moins" OU 2.00000000000000 "Plus de 50 ans". Data, Define EXECUTE . Variables 40
  • 41. 41
  • 42.  (2) Étapes d’analyse des données  (2a) Analyses statistiques  Production de statistiques descriptives  Calcul de significativité statistique 42
  • 43. (2a) Analyses statistiques – Principes d’analyse statistique  Une seule variable ou plusieurs variables  moyenne globale  moyenne par groupe  Niveau de mesure  nominal, ordinal  variables numériques ou alphanumériques qui définissent les groupes (ex: état)  intervalle, ratio  variables numériques qui correspondent à des mesures (ex: âge, survie) 43
  • 44. (2a) Analyses statistiques – Principes d’analyse statistique  Analyse descriptive ou inférentielle  Analyse descriptive: moyennes, tableaux de fréquences, tableaux de contingence, etc…  Analyse inférentielle: tests t, tests Khi-carré, régression, etc… 44
  • 45. 45
  • 46. Commandes Reports et Descriptive Statistics Les commandes portent le nom indiqué ci-contre 46
  • 47. Un exemple de statistique descriptive: Commandes Descriptive Statistics > Descriptive  pages suivantes 47
  • 48. Liste des variables disponibles Liste des variables à analyser 48
  • 49. Les énoncés générés par cette commande sont transcrits juste au-dessus des résultats Résultats de l’analyse 49
  • 50. Il est possible de conserver le fichier de résultats: Commande File > Save As 50
  • 51. (2) Étapes d’analyse des données  (2b) Graphiques 51
  • 52. 52
  • 53. Les énoncés générés par cette commande sont transcrits juste au-dessus des résultats Graphique 53
  • 54. GRAPH /SCATTERPLOT(BIVAR)=mismatch WITH survtime /MISSING=LISTWISE . 4000 3000 2000 1000 0 -1000 -.5 0.0 .5 1.0 1.5 2.0 2.5 3.0 54 Mismatch score
  • 55. Il est possible de changer de manière interactive les caractéristiques de ce graphique (symboles, couleur, etc…) 55
  • 56. Il est possible d’exporter le graphique selon un format spécifique 56
  • 57. 4. Outils d’aide à la programmation 57
  • 58. (1) Avec option appropriée, génération automatique des énoncés générés avec les menus (les énoncés sont générés dans la fenêtre OUTPUT, intercalés entre les résultats) 58
  • 59. Commande Options  pages suivantes 59
  • 60. Important: Cette commande permet de conserver dans la fenêtre OUTPUT les énoncés générés par 60 SPSS
  • 61. (2) Avec option appropriée, possibilité de générer les énoncés dans la fenêtre SYNTAX et de les exécuter (Menu Run) (3) Sauvegarde de la session SPSS: fenêtre de l’éditeur de données (Untitled), fenêtre de syntaxe (Syntax1), fenêtre des résultats (Ouput1) (4) Menu d’aide 61
  • 62. Il n’est pas nécessaire de changer ces options, mais c’est plus pratique, en particulier la 2e, qui permet d’ouvrir une fenêtre de 62 syntaxe
  • 63. 63
  • 64.  >Journalling (re)started at 29-OCT-2006 17:33:42 by release 9.0 >of SPSS for Windows. RENAME VARIABLES (var00001=PatNum). FORMATS PatNum (F8). MISSING VALUES PatNum (). VARIABLE LABELS PatNum "Patient Number". VARIABLE LEVEL PatNum (NOMINAL). FORMATS SurvTime (F8). VARIABLE LABELS SurvTime "Survival Time, Days". FORMATS Status (F1). VARIABLE LABELS Status "Status". VALUE LABELS Status .000000000000000 "Alive" 1.00000000000000 "Dead" . VARIABLE LEVEL Status (NOMINAL). VARIABLE WIDTH Status(1). FORMATS AgeTrans (F3). VARIABLE LABELS AgeTrans "Age at transplant". VARIABLE WIDTH AgeTrans(3). FORMATS Mismatch (F8.2). MISSING VALUES Mismatch ("9.99"). VARIABLE LABELS Mismatch "Mismatch score". VARIABLE WIDTH status(2). VARIABLE WIDTH status(4). SAVE OUTFILE='C:Dossiers PhilippeCours SPSSExemple1.sav' /COMPRESSED. 64
  • 65. (3) Sauvegarde de la session SPSS: fenêtre de l’éditeur de données (Untitled), fenêtre de syntaxe (Syntax1), fenêtre des résultats (Ouput1) (4) Menu d’aide 65
  • 66. Plan du troisième cours (fin) Objectif 4: Discuter sur le travail de la semaine et clarifier expectatives  Nouvelle tâche (due le 1 février)  Lire diaporama Bloc 3 – On le reprendra le 1 février au besoin  Projet final  Ordinateur à apporter  Lectures: (écart type – chi deux)  Triola: Chapitres 3 à 5  Polit : Chapitres 3 à 5 66