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Moteur de recherche en sciences biomédicales (contient Medline)

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  1. 1. PUBMED Version Mars 2015 ND & SM
  2. 2. Présentation générale PubMed comme Public Medline ou Publisher in Medline. PubMed est une interface d’interrogation gratuite qui permet l’accès à la base MEDLINE, la base de données biomédicale de la National Library of Medicine(NLM). PUbMed donne accès à plus de 23 millions de références bibliographiques des articles contenus dans Medline.( plus de 5600 journaux biomédicaux). Les références sont quotidiennement mises à jour dans la base(sauf le dimanche). Medline est accessible sur Pubmed mais aussi via EBSCOhost et le Web of Science. 27/02/2015 Titre de la Présentation > Titre de la partie 2
  3. 3. Accès à PubMed A partir du site web des bibliothèques universitaires AMU, onglet Documentation, voire Liste des ressources électroniques. Saisir dans la barre de recherche Pubmed . Cliquez sur le lien PubMed. 27/02/2015 3
  4. 4. 5 types de références • [PubMed – in process] : référence en cours d’indexation. • [PubMed] : référence d’article publié dans une revue non répertoriée dans MEDLINE. • [PubMed - as supplied by publisher] : référence envoyée directement dans PubMed par l’éditeur. • [PubMed – indexed for MEDLINE] : référence validée et indexée par Medline. • [PubMed – OLDMEDLINE] : Références de la base OLDMEDLINE. 27/02/2015 Titre de la Présentation > Titre de la partie 4
  5. 5. La recherche simple Utile pour rechercher un auteur : on saisit dans la barre de recherche le nom de famille suivi de(s) initiales sans ponctuation. On lance la recherche avec Search. Si l’on saisit uniquement le nom, «l’automatic term mapping» recherchera le nom dans tous les champs, ce qui multipliera le nombre de réponses. Utile pour une revue, soit au nom complet, soit par l’abréviation ou par issn 27/02/2015 Titre e la Présentation > Titre de la partie 5
  6. 6. Les limites de la recherche simple Lorsque la recherche se fait sans précision de champ, l’Automatic Term Mapping va chercher dans différents champs. Elle va faire le lien avec le terme MESH(dry socket)s’il existe, éclater et multiplier les champs de recherche[All Fields]. Tout cela explique le nombre très élevé de références. 27/02/2015 6
  7. 7. • Dans ma barre de recherche : L’utilisation des guillemets pour une expression limite le nombre de références en désactivant l’Automatic Term Mapping et l’explosion des mots clefs MESH. Rappel : L’Automatic Term Mapping permet une recherche automatisée dans des tables de correspondance (termes Mesh - journaux - auteurs) lorsque dans la barre de recherche simple aucune indication précise n’a été ajoutée. L’explosion permet de chercher pour un terme MESH l’ensemble des termes qui sont hiérarchiquement inclus dans la notion. Ex: L’utilisation des opérateurs booléens AND, OR & NOT permet d’établir des liens entre plusieurs termes. Sans précision, et & ou se combinent automatiquement entre les mots saisis dans la barre de recherche. Il n’est pas pertinent de multiplier les termes dans la barre de recherche simple. Mieux vaut l’utilisation de la recherche avancée. 27/02/2015 7
  8. 8. Advanced : la recherche avancée 27/02/2015 8 41 index de recherche Choix des opérateurs booléens
  9. 9. Choisir un index sujet Parmi les index, 3 vous sont proposés pour les mots sujet. MeSH Major Topic : rechercher un terme MeSH qui est le sujet principal de l’article. MeSH Subheading : qualificatif qui peut être associé à un MeSH Term pour décrire un aspect particulier. MeSH Terms : mot clé issu du MeSH(Medical Subject Heading)qui décrit l’ensemble ou une partie de l’article. 27/02/2015 9
  10. 10. Lecture de la liste des résultats 27/02/2015 10 4 1 Description bibliographique de la notice : titre de l’article, auteurs, titre de la revue, date parution. Les filtres. Filter your results. New feature. Tri par pertinence. PubMed Central : Archives ouvertes de PubMed 2 3 4 5 1 2 5 3
  11. 11. Affiner vos résultats avec les filtres Préciser le type d’articles avec « more »: review, systematic reviews, clinical trial … Cocher votre sélection. Elle s’affichera en haut à gauche. Cocher à nouveau votre sélection pour valider votre tri. C’est OK ! Choix de filtres : Text availability ; Dates ; Species ( aspect clinique ou expérimental) Show additional filters : 10 filtres supplémentaires 27/02/2015 11 2 1 1 2
  12. 12. Choix des paramètres de présentation : Display Settings Choisissez le format, le nombre de références par page ou trier par pertinence, date de publication … 27/02/2015 12
  13. 13. Le format Abstract Visualiser en un clic : • Le résumé • Suivre le lien avec le résolveur « SMASH » qui fait le lien avec le texte intégral, en fonction des abonnements de votre université. • Découvrir les « MESH terms » : lien actif 27/02/2015 13
  14. 14. Personnaliser vos références Pour sélectionner vos références, passer par le menu « Send to »: Le «clipboard», votre panier de sélection, permet de conserver des références préalablement cochées. Une fois enregistrées dans le clipboard, vos références apparaissent avec la mention en orange « item in clipboard ». Pour accéder à votre clipboard, cliquer sur item. Votre clipboard est conservé 8 heures. Dans le clipboard, cliquer sur «send to» pour envoyer vos références par e-mail, les sauvegarder en sélectionnant « collections » ou les imprimer avec file » 27/02/2015 14
  15. 15. My NCBI - un espace personnalisé Vous pouvez conserver les résultats de vos recherches au-delà de 8 heures en vous créant un compte. Pour cela, cliquer sur « Sign in to NCBI »et renseigner le formulaire d’inscription. 27/02/2015 15
  16. 16. My NCBI Retrouver dans votre espace personnalisé vos collections, vos recherches sauvegardées, votre bibliographie, vos filtres de recherche. Chacun de ces espaces est modifiable. 27/02/2015 16
  17. 17. Send to my collections Une fois votre compte créé, votre nom s’inscrit dans le bandeau supérieur. Cocher les références de votre choix et sélectionnez collections. Une collection est un dossier de références que vous pouvez nommer et conserver dans votre « NCBI ». 27/02/2015 17
  18. 18.  Une boîte de dialogues vous propose soit d’ajouter vos références dans une de vos collections, soit de créer une nouvelle collection. 27/02/2015 18
  19. 19. Saved Search Setting: Sauvegarder vos recherches et faire de la veille documentaire. 27/02/2015 19 Conserver vos équations de recherche et/ou choisissez la fréquence d’envois de nouveaux articles sur la même thématique.
  20. 20. Historique de recherche PubMed enregistre vos recherches lors d’une session et les conserve 8 heures. Aller dans Advanced et retrouvez votre historique de recherche. Un clic gauche sur le n°de la recherche vous offre un menu déroulant et diverses possibilités. 27/02/2015 20
  21. 21. Rechercher avec le MESH Sélectionner MeSH dans le menu déroulant de la page d’accueil ou aller dans « More Ressource » et sélectionner « MeSH Database ». Rappel : MeSH=Medical Subject Headings est le thésaurus de la National Library of Medicine (NLM) utilisé pour indexer les articles dans Medline. 27/02/2015 21
  22. 22.  Saisir votre terme de recherche. Le système affiche automatiquement la liste de mots en relation avec le terme saisi. Sélectionner la notion de votre choix et lancer la recherche avec « search ». Une liste de résultats s’affiche. Cliquer sur le « MeSH term » choisi pour développer la notion. 27/02/2015 22
  23. 23. 27/02/2015 23 L e MeSH Term s’affiche avec une définition, les qualificatifs Subheadings permettant de préciser la notion, l’environnement sémantique(arborescence), la limitation aux MeSH Major Topic et le choix d’exclure les mots clés plus spécifiques inclus sous le MeSH Term. Valider votre MeSH Term en cliquant sur « Add search builder ». Rajouter si besoin des notions avec les opérateurs booléens. Votre équation de recherche se construit dans « PubMed Search Builder ». Enfin, lancer la recherche avec « Search PubMed »
  24. 24. Single Citation Matcher Vérifier et compléter une référence dont vous n’avez que quelques éléments. Par exemple, renseigner uniquement la volumaison et retrouver l’article précis . 27/02/2015 24

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