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Une formation
Vincent ISOZ
R
Prise en main des IDE
Une formation
Plan
Introduction
1. Installations
2. Configuration de l'environnement
3. Fichiers R
4. Packages
5. Aide
Conclusion
Une formation
Objectifs
Découvrir le logiciel R, sa philosophie, sa console
d'exécution
Découvrir certains IDE
Découvrir le prototypage en Data Science et plus
spécifiquement pour un de ses sous-domaine qu'est
la Data Analysis
Une formation
Prérequis
Bonnes connaissances de l'environnement Microsoft
Windows (gestion des fichiers) et maîtrise du clavier
et de la souris
Une formation
Public concerné
Analyste statistique numérique ou visuel dans tous
les domaines possibles et imaginables (biostatistique,
pharmaceutique, banque, assurance, data science, data
mining, machine learning, industrie, ingénierie, chimie, text
mining, science de l'information géographique, etc.).
Une formation
Bibliographie
A vous de jouer !
Utiliser les fichiers exercices
Une formation
Vincent ISOZ
Une formation
Plan
Explications quant à l’utilisation des fichiers
d’exercices et de la reproductibilité des exemples de
la formation sur le long terme
Merci
Pourquoi R?
Une formation
Vincent ISOZ
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Objectifs
Découvrir le logiciel R, sa philosophie, sa console
d'exécution
Découvrir certains IDE
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Raisons
Gratuit
Multiplateforme (Microsoft Windows, Linux, Mac, iPad, iPhone)
Open Source (licence GPL-2 | GPL-3 ou MIT et autres…)
Langage plus intuitif que celui de SPSS et SAS
12’000 packages et d’autant plus de fonctions
Excellent outil pour le prototypage
Excellent pour les applications à faible volumétrie
Utilisé de plus en plus dans le domaine académique
Documentation standardisée
Beaucoup de livres gratuits
Une formation
À propos de MRO
Entreprises font confiance à Microsoft
Multithreaded
Se place dans le cursus de certification Data Science
de Microsoft
Est le point d’accès de Microsoft R Server
“Checkpoint” intégrés
Une formation
Historique de R
Créé en 1993 par Ross Ihaka et Robert Gentleman en C
et Fortran à l’université d’Auckland en Nouvelle Zélande
Depuis 1997, une vingtaine de développeurs forment
l'équipe de développement de R (R Development Core
team). Les membres de cette équipe ont les droits
d'écriture sur le code source
Une formation
Historique de R - suite
En 2003, l'équipe de développement crée la R Foundation
for Statistical Computing pour soutenir le projet R et
devenir un point de contact de référence pour ceux qui
veulent prendre contact avec la communauté R2,5. A ce
moment, le langage compte plus de 200 bibliothèques
développées par la communauté scientifique qui utilise R
En 2015, plusieurs acteurs économiques importants
comme IBM, Microsoft ou encore la société RStudio créent
le R Consortium pour soutenir la communauté R et
financer des projets autour de ce langage
Une formation
Autres applications
Ingénierie financière
Biostatistique/Bioinformatique
Calcul actuariel
Statistiques Industrielles
Analyse sensorielle
Ingénierie de la qualité
Management Quantitatif
Business Process Analysis
Logistique
Etc.
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que tout chercheur, scientifique ou ingénieur se doit
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statistiques à la qualité et à la normalisation industrielle
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les domaines possibles et imaginables (biostatistique,
pharmaceutique, banque, assurance, data science, data
mining, machine learning, industrie, ingénierie, chimie, text
mining, science de l'information géographique, etc.).
Une formation
Final Guidance for Industry and FDA Staff, January 11, 2002:
“The device manufacturer is responsible for ensuring that the product
development methodologies used by the off-the-shelf (OTS) software
developer are appropriate and sufficient for the device manufacturer's
intended use of that OTS software. For OTS software and equipment, the
device manufacturer may or may not have access to the vendor's
software validation documentation. If the vendor can provide
information about their system requirements, software requirements,
validation process, and the results of their validation, the medical device
manufacturer can use that information as a beginning point for their
required validation documentation.”
FDA
Merci
Installation de R sur
Microsoft Windows
Une formation
Vincent ISOZ
Une formation
Plan
Étape par étape, télécharger R pour Microsoft
Windows de CRAN (Comprehensive R Archive
Network) et MRAN l’installer (en comprenant les
étapes!) et l’ouvrir
Une formation
Remarque : R i386 vs R x64
Une formation
Remarque : Anglais
Toute la documentation technique est en anglais, il
en est de même des articles mathématiques et
scientifiques. Les personnes ne pouvant pas lire
l’anglais seront alors fortement pénalisées sur le
marché de l’emploi de la Data Science.
Une formation
Mises à jour
N’oubliez pas de lire le change log à chaque mise à
jour (idem pour les packages critiques) surtout si
vous travaillez dans des domaines sensibles
(nucléaire, pharma, banque, etc.)
https://cran.r-project.org/doc/manuals/r-
release/NEWS.html
Merci
Installation de R
sur Scientific Linux
Une formation
Vincent ISOZ
Une formation
Plan
Étape par étape, télécharger R et MRO pour
Scientific Linux, l’installer (en comprenant les
étapes!) et l’ouvrir
Merci
Une formation
Bibliographie
Une formation
Plan
Étape par étape, télécharger R Studio pour Microsoft
Windows et Scientific Linux, l’installer (en
comprenant les étapes!) et l’ouvrir
Merci
Installation de Microsoft
Visual Studio Community sur
Microsoft Windows
Une formation
Vincent ISOZ
Une formation
Plan
Étape par étape, télécharger Visual Studio
Community pour Microsoft Windows, l’installer (en
comprenant les étapes!), le configurer pour R.
Merci
Installation de R et
R Studio pour Mac OS
Une formation
Vincent ISOZ
Une formation
Plan
Étape par étape, télécharger R et R Studio pour Mac
OS, l’installer (en comprenant les étapes!) et le tester
Merci
IDE en ligne (sur Internet)
Une formation
Vincent ISOZ
Une formation
Plan
Découvrir quelques IDE en ligne (sur Internet) au cas
où R ne peut être installé et que les analyses à
exécuter sont simples.
Une formation
Liens
http://rextester.com
http://www.r-fiddle.org
https://www.jdoodle.com/execute-r-online
Merci
A vous de jouer !
Une formation
Plan
Nous allons voir différentes façons d’ouvrir R et de
fermer ce dernier dans le cadre uniquement de
l’environnement Microsoft Windows (et de sa
console de base)
Merci
Changer la langue
de l’interface
Une formation
Vincent ISOZ
Une formation
Plan
Nous allons voir comment changer la langue de
l’interface de l’IDE native de R, ce qui s’avère souvent
utile dans les multinationales
Merci
Arrangement des fenêtres
Une formation
Vincent ISOZ
Utiliser les fichiers exercices
Une formation
Vincent ISOZ
Merci
Police d’écriture
Une formation
Vincent ISOZ
Une formation
Plan
Changer la police de la console R et de script
Cela intéressera surtout les professeurs ou
formateurs en entreprise qui doivent afficher R sur
une rétroprojecteur
Merci
Changer le dossier de travail
par défaut
Une formation
Vincent ISOZ
Une formation
Plan
Changer temporairement ou définitivement le dossier de
travail par défaut de R, ce qui est utile aussi bien pour
exécuter des scripts plus facilement que d’importer des
données plus rapidement!
Une formation
Plan
Explications quant à l’utilisation des fichiers
d’exercices et de la reproductibilité des exemples de
la formation sur le long terme
Obtenir des informations
système
Une formation
Vincent ISOZ
Une formation
Plan
Obtenir des informations système comme la version de R, le
système d’exploitation, la langue du système, la date et
l’heure, la mémoire vive, etc. Ceci étant très utile lors du
développement d’applications commercialisées ou
déployées au sein de certaines entreprises
Merci
Définir le nombre
de décimales
Une formation
Vincent ISOZ
Une formation
Plan
Nous allons voir ici comment définir le nombre de
décimales que nous voudrons lors de l’affichage des
résultats de calculs et statistiques de la majorité des
packages
Une formation
Remarque : p-value
Merci
Largeur des output de la
console
Une formation
Vincent ISOZ
Merci
Merci
Ajouter des commentaires
Une formation
Vincent ISOZ
Une formation
Plan
Nous allons voir ici comment utiliser les
commentaires seuls sur une ligne ou en fin de ligne
de commande
Merci
Écrire des commandes sur
une ou plusieurs lignes
Une formation
Vincent ISOZ
Une formation
Plan
Ecrire plusieurs petites commandes sur une seule
ligne
Ecrire des commandes R relativement longues sur
plusieurs lignes
Comprendre les règles y relatives
Pourquoi R?
Une formation
Vincent ISOZ
Utiliser l’historique
des commandes
Une formation
Vincent ISOZ
Une formation
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Utiliser simplement l’historique des commandes de R
Merci
Techniques de Copier/Coller
Une formation
Vincent ISOZ
Une formation
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Utiliser le copier/coller dans la console R tout en
découvrant une méthode très utile dans de
nombreuses situations
Merci
Sauvegarder le contenu de la
console dans un fichier *.txt
Une formation
Vincent ISOZ
Une formation
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Sauvegarder le contenu de la console R dans un
fichier texte pour usage ultérieur dans un logiciel de
traitement de texte ou pour transmette à une
personne ne possédant pas R
Merci
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Explications quant au choix d’utiliser R pour cette
formation
Une formation
Plan
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éditable avec un bloc-notes
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Merci
Fichiers de données *.Rdata
ou *.rda
Une formation
Vincent ISOZ
Une formation
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Sauvegarder des variables ou jeux de données dans
des fichiers spécifiques à R et qui sont les formats
binaires et compressés (Gzip) *.Rdata (ou *.rda)
Merci
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Une formation
Vincent ISOZ
Une formation
Plan
Utiliser un fichier .Rprofile et Rconsole pour changer
un certain nombre de paramètres de R à chaque
démarrage de ce dernier.
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commande SETX R_PROFILE_USER "C:/.../.Rprofile" et
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ou un graphique
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Une formation
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Une formation
Structure
…10’000+
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d’installation des packages
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Entreprises font confiance à Microsoft
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Se place dans le cursus de certification Data Science
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Installer, charger et citer un
package d’un dépôt CRAN
Une formation
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Installer un package d’un dépôt CRAN
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Merci
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Une formation
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Installer et bien évidemment charger un package qui
est en local ce qui est très utile pour certains
packages qui ne sont plus disponibles sur CRAN
mais stockés sur des sites universitaires ou autres
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Faites toujours une copie en local d’un package se
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team). Les membres de cette équipe ont les droits
d'écriture sur le code source
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Installer depuis GitHub ce qui est un cas de plus en
plus courant depuis 2015
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Faites toujours une copie en local d’un package se
trouvant sur GitHub même si à ce jour je n’ai pas vu
de package disparaître de ce site… on est jamais
assez prudent!
Merci
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Une formation
Vincent ISOZ
Une formation
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Désinstaller un package simplement en supprimant
son dossier ou en utilisant une commande
Merci
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Vincent ISOZ
Une formation
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Historique de R - suite
En 2003, l'équipe de développement crée la R Foundation
for Statistical Computing pour soutenir le projet R et
devenir un point de contact de référence pour ceux qui
veulent prendre contact avec la communauté R2,5. A ce
moment, le langage compte plus de 200 bibliothèques
développées par la communauté scientifique qui utilise R
En 2015, plusieurs acteurs économiques importants
comme IBM, Microsoft ou encore la société RStudio créent
le R Consortium pour soutenir la communauté R et
financer des projets autour de ce langage
Mettre à jour un ou
tous les packages
Une formation
Vincent ISOZ
Une formation
Plan
Mettre à jour UN ou TOUS les packages
Une formation
Remarque!
Les mises à jour peuvent parfois rendre des
packages incompatibles ou buggés. Effectuez donc
toujours un backup de vos packages avant de faire
une mise à jour (ou faites les mises à jour seulement
si cela s’avère absolument indispensable!).
Merci
Obtenir la version d’un ou
des packages
Une formation
Vincent ISOZ
Une formation
Plan
Obtenir le numéro de version de tous les packages
installés ou d’un package en particulier
Une formation
Autres applications
Ingénierie financière
Biostatistique/Bioinformatique
Calcul actuariel
Statistiques Industrielles
Analyse sensorielle
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Management Quantitatif
Business Process Analysis
Logistique
Etc.
Accès à l’aide générale
Une formation
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Une formation
Plan
Consulter la liste des raccourcis claviers (question
récurrente dans les formations), l’aide générale
(manuels, aide de fonction, etc.), les pages web
connexes, etc.
Merci
Obtenir l’aide d’un package
Une formation
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Une formation
Plan
Accéder à l’aide et à la fiche technique d’un package
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Merci
Afficher l’aide d’une fonction
Une formation
Vincent ISOZ
Une formation
Plan
Accéder à l’aide d’une fonction particulière d’un
package particulier!
Merci
Merci
Une formation
https://stackoverflow.com
https://stackexchange.com
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http://www.talkstats.com
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https://www.researchgate.net
Plan
Merci
Conclusion et perspectives
Une formation
Vincent ISOZ
Une formation
Bilan
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