Les outils de recherche d'amorces

1. Master de Biologie Fondamentale
Parcours : Ressources végétales
UNIVERSITE IBN ZOHR
FACULTE DES SCIENCES
AGADIR
‫زهـر‬ ‫ابـن‬ ‫جـامـعـة‬
‫الــعـلــوم‬ ‫كــلـــيــة‬
‫اكـاديـ‬‫ر‬
Préparé par :
- LACHGAR Ayyoub

2. Plan
► Introduction.
► Les marqueurs microsatellites.
► Identification des régions microsatellites, recherche
d’amorces spécifiques et détection du polymorphisme.
 Détection des microsatellites : SSRIT.
 Conception et sélection des amorces : Primer 3 version 4.0.0.

3. INTRODUCTION
• Marqueurs génétiques.
→ Marqueurs morphologiques.
→ Marqueurs protéiques.
→ Marqueurs moléculaires (MMs).
• Un bon MM :
˃ Polymorphe ˃ Non sujet aux influences environnementales
˃ Discriminant ˃ Neutre
˃ Codominat ˃ Economique
˃ Distribué régulièrement le long du génome ˃ Reproductible

4. Les types de marqueurs moléculaires.
→ Les marqueurs RFLP
→ Les marqueurs de type PCR
▪ Les marqueurs microsatellites ou SSR
▪ Les marqueurs RAPD
▪ Les marqueurs AFLP

5. Microsatellites ou SSR : définition
• Séquences d’ADN constituées de répétitions
en tandem de motifs mono, di, tri ou
tétranucléotides.
• Les motifs les plus courants sont (A)n, (AT)n,
(GA)n, (TAT)n et (GATA)n.
• Très répandus dans le génome des végétaux
supérieurs.
• Ils sont révélés par réaction de polymérisation
en chaîne (Polymerase Chain Reaction, PCR).

6. Identification des séquences
contenant des microsatellites
• L’identification des séquences contenant des
microsatellites se fait avec le logiciel SSRIT
(Simple Sequence Repeat Identification Tool)
(http://www.gramene.org/db/searches/ssrtool),
qui détecte des courtes répétitions (2-10 pb) en
tandem dans une séquence requête.

7. SSRIT - Simple Sequence Repeat
Identification Tool
Paramètres de recherche:
Taille minimale de
l’unité répétée
Nombre minimal
de répétitions
Séquence dans
laquelle on cherche
les microsatellites

8. Exemple de traitement d’une
séquence d’ADN par le logiciel SSRIT:
 Identification des microsatellites dans la séquence du
promoteur du gène NAP du safran (Crocus sativus).
 Cette Séquence est disponible sur la base de donnée NCBI
(www.ncbi.nlm.nih.gov).
 NAP gene :
Locus : EF535587 Type de molécule: ADN Forme: linéaire
Taille: 1378 bp N d’accession: EF535587.1 Organisme:Crocus sativus

9. SSRIT : données d’entrée

10. SSRIT : résultat

11. Sélection des amorces
• Primer3web (http://primer3.ut.ee/) est un outil
de conception d'amorce en ligne qui permet
aux utilisateurs de trouver soit une amorce
d'adaptation appropriée, ou d'un ensemble
complet d'amorces.

12. Primer3Web : données d’entrée
Séquence d’entrée
Étape 1 :
•Copier la séquence
sélectionnée dans la
fenêtre (1)ou rentrer son
code d’identification.
•Les paramètres par
défaut (2) recherchent les
deux amorces.

13. Primer3Web : données d’entrée
Nom de la séquence
Région cible
Régions exclues
Étape 2 :
Renseigner la position du
nucléotide du départ de
l’amplification et la taille
maximale de l’amplicon
souhaité .

14. Primer3Web : données d’entrée
Régions exclues
Étape 3 :
Supprimer les intervalles non
souhaités .

15. Primer3Web : données d’entrée
Taille de l'amorce
Tm de l’amorce
Tm du produit
Teneur en GC
Étape 4 :
Utiliser les paramètres par
défaut des amorces ou les
vérifier à l’aide du logiciel Perl
Primer (taille, Tm°C)

16. Primer3Web : résultat

17. Primer3Web : résultat

18. Conclusion
Les SSR sont de courtes répétitions en tandem,
très variables et uniformément répartis sur le
génome. Ces caractéristiques font des SSR un
marqueur de choix pour les analyses de la
diversité génétique.
 Les polymorphismes dans les SSR sont causés
par des différences dans le nombre d’unités
répétées.

19. pour votre attention
Merci