cours Master

1. UE ISSM 7.309
Méthodologies de la recherche
médicale et chirurgicale
GC Faure 11/10/2018
Faculté de Médecine et CHU
Laboratoire d’Immunologie
Ancien Chargé de mission à la
documentation UHP
Ancien responsable de la recherche clinique
au CHU
Ex Maître-Toile du site de l’ASSIM
Curateur avec Scoop.it

2. Quelques questions avant de
commencer:
une feuille, votre nom, année, cycle
• Quels outils de recherche d’information
utilisez vous actuellement?
• Quels sites internet?
• Quelles « bases de données » connaissez
vous?
• Quels journaux lisez vous régulièrement ?
– VULGARISATION
– SCIENTIFIQUES et Médicaux
• Lesquels préférez vous?

3. Filière Médicale Francophone
Nancy-Wuhan
 Depuis 2008
 Un nouveau diplôme
universitaire (DIU) associant
Nancy et Wuhan

4. Diplôme d’Université (DU/DIU)
 Méthodologies de la recherche
médicale et chirurgicale
 Intégré dans le cursus de Master
 Objectifs:
 Acquérir ou conforter les
connaissances de base des
méthodologies utiles à la pratique de
la recherche médicale

5. DU: Thèmes abordés
Eléments de base
 Information scientifique et techniques de
communication
Bases de données, publications, projets de
recherche, recherche clinique
 Méthodes en biologie moléculaire, génomique,
protéomique
ADN, ARN, gènes, protéines…
 Méthodes en biologie cellulaire, d’organes et
d’organisme
Isolement, imagerie, cellulaire, de tissus, modèles
animaux

6. DU: Illustration par le biais de
projets en cours à Nancy
 Eléments applicatifs
 Applications en recherche médicale
Hémato-oncologie, Nutrition,
Pathologies du vieillissement
(cardiovasculaire, articulaire)
Pathologies inflammatoires aigues et
chroniques
 Applications en recherche chirurgicale
Chirurgie robotique, coeliochirurgie,
microchirurgie
Greffes et transplantations
 Applications dans les biothérapies
Thérapies cellulaires et génique
Thérapies moléculaires innovantes

7. Programme 2018 (1)
 Jeudi 11 octobre : Salle ED 14
 14h - 18h : Introduction à l'enseignement et IST en
recherche médicale et chirurgicale (G. Faure)
 Jeudi 18 octobre : Salle ED 11
 14h - 16h : Méthodes d'étude des réflexes et
sensations respiratoires (S Demoulin)
 16h - 18h : Méthodes de la recherche clinique (P.
Rossignol)
 Jeudi 25 octobre : Salle ED 09
 14h - 16h : Génomique et transcriptomique
fonctionnelle (C. Nemos)
 16h - 18h : Désordres génomiques chez l'homme: de
la maladie monogénique au syndrome (C. Nemos)

8. Programme 2018 (2)
 Jeudi 8 novembre : Salle ED 16
 14h - 16h : Cytomique (M. De Carvalho)
 16h - 18h : Recherche chirurgicale (N. Tran)
 Jeudi 15 novembre : Salle ED 16
 14h - 16h : Recherche en imagerie (J Felblinger)
 16h - 18h : Recherche en pharmacologie (E.Pape)
 Jeudi 6 décembre : Salle ED 14
 14h - 16h : Techniques d'études des modifications
épigénétiques (F. Namour)
 16h -18h : Méthodes en Recherche chirurgicale (P
Gallet)

9. Chercher et trouver
 Des exemples, des méthodes
 Quelles recherches
 Recherche Médicale
 Recherche Chirurgicale
 Recherche Clinique
 Recherche Biologique
 Recherche Imagerie

10. Où fait-on de la recherche?
 Universités, Facultés, UFRs
 EPST (Inserm, CNRS, INRA, Inria…)
 EA (AERES)
 CHUs
 CIC, CEC, CIT, CICancer, CIB
 CRB, Thèques…
 Cancéropôles
 Industrie
 Laboratoires Pharmaceutiques
 Laboratoires Biotechnologies, Imagerie

11. Qui soutient la recherche?
 Les états
 Les organismes publics
 Les Ministères (Recherche, Enseignement
supérieur, Industrie, Innovation)
 Les Régions
 L’Europe
 Les organismes privés
 Industrie
 Associations charitables
 Ligue, ARC, x Associations

12. Que fait-on en recherche médicale
et chirurgicale?
 Faire des expériences?
 Faire des manipulations?
 Travailler dans un laboratoire?
 Travailler avec des animaux?
 Travailler avec des patients?
 Travailler dans un service hospitalier?
 Recueillir des données et faire des
statistiques?
 Lire et écrire

13. Unesco
 MIL Global Week

14. Lire… et écrire
 Accéder à l’information
 Papier ou numérique
 Centres de documentation, bibliothèques,
 En ligne, via internet
 Sélectionner l’information
 Stocker l’information
 Utiliser l’information

15. Forbes
http://www.forbes.com/sites/chrisperry/2011/10/27/do-organizations-need-a
Trop d'information....
 YouTube users upload two days of video every
minute. They receive up to 3 billion views per day.
 Twitter users generate over 2 million daily tweets.
2,200 new tweets every second.
 The average Facebook user creates 90 pieces of
content each month. More than 30 billion pieces
are shared monthly, an average over 7 billion a
week.
 Google takes in over 8.5 billion monthly search
queries to find relevance in it all.

16. Information scientifique et
technique:
Matière première
du médecin, du scientifique, du malade,
du consommateur
Produit fini
du médecin, du scientifique, du
chercheur
Produit à haute valeur ajoutée
Produit à valeur stratégique

17. L'IST: une espèce vivante
ou des populations cellulaires
 ..démographie galopante
 Ou prolifération
 ..inégalités géographiques et socio-
culturelles
 Ou hétérogénéité, sélection
 ..Histoire et oubli
 Ou Mémoire (immunitaire-
neurologique) et apoptose, mort

18. Pourquoi un immunologiste
intéressé par l'IST
 SCICOM « CD-ROM ».SCICOM 2
 Mission Ministère Recherche
 Mission à la Doc UHP
 Contacts Liège, UGR, Lausanne...
 Publications, Livres...
 UEMS, EACCME: e-learning
 Site ASSIM, Blogs, Linkedin,
Scoop-it

19. Selon vos besoins, variables
selon votre développement
• Recherche fondamentale et clinique
• Etudes de Médecine, Préparation à
l'internat
– UMVF
• FMC (CME), DPC (CPD)
• E-Learning
• Concept de portfolio

20. Un peu d ’histoire
 L ’information scientifique
et technique
 un phénomène récent, un siècle environ
 du « savant fou »... aux équipes
pléthoriques
 de la monographie,
 à la publication avec plusieurs centaines
d ’auteurs
 Quel futur au 3ème millénaire?

21. Histoire: depuis 350 ans
• Depuis...le XVIIème siècle
 Philosophical transactions (Royal
Society)
 Le journal des scavans 1665
• XVIIIème: Encyclopédie France
• XIXème: Allemagne
• XXème: USA
• XXIème: ???

22. Circulation de l’information
scientifique
 Analogue au circuit de l’eau dans la
nature
 les récepteurs reçoivent l’information
sous forme variée, pluie, neige, grêle...
 les émetteurs produisent de
l’information…
 celle-ci s’accumule dans des réservoirs,
mer, lacs, neiges éternelles, glaciers
 les conservateurs stockent l ’information

23. Le Circuit de l'eau

24. En images
MASSE d'information en croissance exponentielle
INTERNATIONALISATION évidente
l’anglais est devenu la langue vernaculaire
Influence de la NUMERISATION
Evolution des OUTILS
d’accès à l’INFORMATION
et des SUPPORTS

25. Masse information toujours
croissante
• PLoS ONE Publishes 10,000th Manuscript!
Posted on April 2nd, 2010 by Allison Van Gemert depuis December 2006
PubMed Central, a full-text archive of journals freely available to all -
PubMedCentral currently holds over 1.7 million articles
PubMed, a freely available index of biomedical abstracts published by the National Center for
Biotechnology Information has a collection of more than 19 million citations.
Scopus, a subscription-only database of journals covers a wider range of literature than PubMed and
currently claims to have indexed over 40 million records.

26. Combien d'articles
scientifiques? 50 Millions
 One paper for every base-pair in human chromsome Y
 One paper per tweet at twitter on an average day in 2010
 One paper for each year that modern mammals have been roaming the earth (at least
according to wikipedia)
 One paper per resident of England
 One paper per minute is based on 679,858 papers per year in 2009 / 365 days / 24
hours / 60 minutes = 1.29 papers per minute.
 CrossRef — 41,913,980 DOIs registered to date the majority journal articles, but some
book items. So 50m isn’t a bad guesstimate. Would make a good infographic. (Still only
one paper per 10 people on Facebook…)

27. Livres and Books
 GoogleBooks:http://booksearch.blog
spot.com/
Books of the World, stand up!
and be counted
All 129 864 880
Thursday, August 05, 2010 at 8:26 AM
The current number is around 210 million.
Is that a final number of books in the world? Not quite. We still have to exclude non-books such as
microforms (8 million), audio recordings (4.5 million), videos (2 million), maps (another 2 million), t-shirts
with ISBNs (about one thousand), turkey probes (1, added to a library catalog as an April Fools joke), and
other items for which we receive catalog entries.

28. Mais...
• Croissance un log tous les 50 ans, on
parlait de 40 000 en 1995
• Les journaux en support papier sont
en train de disparaître …
• Remplacés par

29. surf

31. LES DOCUMENTS PRIMAIRES
L'INFORMATION SECONDAIRE
LA LITTERATURE GRISE

32. La littérature scientifique
• Littérature en noir et blanc: les
documents primaires
• Littérature en couleur: journaux et
magazines
• Littérature grise
• Littérature multicolore: les
catalogues commerciaux

33. LES DOCUMENTS PRIMAIRES
JOURNAUX (25 000) ET ARTICLES
•ARTICLES ORIGINAUX
ANATOMIE D'UN ARTICLEANATOMIE D'UN ARTICLE
SCIENTIFIQUESCIENTIFIQUE
•LETTRES
•REVUES GENERALES
Journaux de REVUES
LIVRES ou Book series
DIDACTIQUES... TEXTBOOKS

34. Quelles fonctions
pour une revue scientifique?
 La dissémination de l’information
 Le contrôle de qualité de la recherche
 la constitution d’archives
« canoniques »
 la reconnaissance portée aux auteurs

35. La forme JOURNAL
est apparue la plus adéquate
 Regroupement d’articles dans un
ensemble diffusé en bloc aux abonnés
 Parution à dates données, régulières
 Traitement des articles, qualité
typographie, langage
 non modification après publication
 garantie de retrouver un
article/référence

36. Apprendre à lire, à écrire
 Ce qu’on ne nous a jamais appris à la
Fac!
 Apprendre à trouver
 connaître les bases de données
 apprendre à interroger ces bases
 Lire, sélectionner...
 sur les bases de données:
 TITRE, auteurs, mots-clés, résumé…
 Classer et retrouver...

37. Anatomie macroscopique d’un
article scientifique:
Titre «self-explaining»
Auteurs (Noms, prénoms, titres...), Adresses
Résumé (structuration)
 Mots Clés (indexation) Abréviations (etc!)
 Introduction (rationale)
 Matériel et méthodes (reproductibilité)
 Résultats (statistiques)
 Figures et tableaux (légendes, PAO, visibilité)
 Discussion (des résultats aux hypothèses)
Références (normes à respecter)
 Remerciements (collaborations, financements)

38. De systèmes ésotériques... au
langage naturel
 Mots-clés, keywords...
 MESH

39. Références
 Respecter le format
 Vancouver
 Des fiches bristol...
 À l'utilisation de logiciels spécialisés
(>25)
 EndNote, reference manager
 Les DOI (Digital Object Identifier)

40. Un exemple d ’article
 Format pdf, exemple

41. Apprendre à lire, à écrire
Lire un article:Désordre de Lecture
remerciements!,
fin de l’introduction, ou début de la discussion,
méthodes,
références,
légendes des figures et tableaux,
introduction ou discussion,
résultats
Ecrire:..... au maximum 4 pages double
interligne à l ’heure

42. LA PRODUCTION D'INFORMATION
Physiologie d'un article scientifique
Conception
Développement
Naissance
Vie
et Mort
Le concept d'EVALUATION

43. Développement et physiologie
d’un article scientifique
Conception
Fécondation in vitro ou sexualité de groupe
Embryologie
beaucoup plus long que chez les éléphants
les avortements sont fréquents, et
l’accouchement difficile
beaucoup de partenaires, quelques bonnes fées et
des accoucheurs
Vie et mort d’un article
beaucoup d’appelés, peu d’élus

44. Embryologie
Bibliothèques et paillasses
lecture, expérimentation, observation
consignation dans un cahier
Ordinateur, postes et publishers
rédactions et écritures
un manuscrit, soumission, éditeur, Peer
Review, referees, refus ou!
révisions, manuscrit, éditeur, referees,
accepté!
imprimeur, bon à tirer, publication,
diffusion, bibliothèques

45. Physiologie: Vie, Mort et à
quoi ça sert
Lieu de naissance
Vie personnelle d’un article
Etre lu par des chercheurs, médecins,
journalistes, étudiants
Etre compris
Etre évalué, être CITE
Rester inconnu, être oublié, ressusciter

46. Physiologie: Vie, Mort et à
quoi ça sert
Vie sociale des articles
Etre utile à ses auteurs (DEA, Thèse,
Titres et travaux... position)
Etre utile à son environnement (équipe,
unité, université, ville, hôpital)
ETRE EVALUE

47. Le Concept d’évaluation
 Distribution des fréquences de
citation des articles scientifiques
 1 citation: 56%
 2-4: 24%
 50-99: 1% cumulé: 99.56%
 1000: 1300 / 32 728 729=0.00004
 Facteur d’impact…
 durée de citation...

48. 2018
 Out of some 45.5M articles and
proceedings papers published and
indexed in Web of Science since
1970, only .01% have been cited
2000 times or more.

49. Impact factor(s)
• Impact Factor (Eugene Garfield)
 Haematologica
 Citation frequency?
 Immediacy index
 Cited half-life
Indicateurs d'impact
 Indice H
Indicateurs de production

50. L ’information grise
Les Thèses
Les Brevets et Normes
Sites spécifiques
Les Rapports publics
Les Rapports privés
Internet? Trop d’information tue
l’information

51. La littérature multicolore
 Les catalogues des fabricants
 ex: SIGMA, R&D
 Les revues «interface»
 Les sites internet spécialisés

52. L'information SECONDAIRE
ou TERTIAIRE
ou PLUS
Journaux Médicaux
quotidiens
hebdomadaires
MAGAZINES d'actualités
Journaux non médicaux
quotidiens
hebdomadaires
mensuels
autres
AUDIO-VISUEL: RADIO, TELEVISION
INTERNET: sites spécialisés

53. Wikipedia?
• Nature Medicine 2007;13: 231-233

54. LES ACCES A L'INFORMATION
ABONNEMENTS
BIBLIOTHEQUES
PHOTOCOPIES
TIRES A PART
SOMMAIRES de Revues
Index de Sommaires
REVUES de Sommaires
... + Résumés (Summaries)

55. Bases de données:
Medline, PuBMeD
(Pascal)
Current Contents... Web of Science
Scopus
Google Scholar
https://osf.io/preprints/socarxiv/42nkm/

56. PubMed/NLM

57. Les opportunités de l ’électronique
indexation en texte intégral
outils de recherche intelligents
inclusion de données actives
liens hypertextes vers d’autres ressources
open peer comments…living seminar
multimédia
utilisation du réseau

58. Numérisation: intérêt pratique
http://www.scd.uhp-nancy.fr/
• A Nancy et
ailleurs...
– des étagères
et du PEB aux
périodiques
en texte
intégral…
– marcher
– feuilleter
– «cliquer»

59. Sans bouger de chez soi!
 Regarder en haut à droite
 Elsevier, Academic Press,Wiley...
 Open access

60. Les Revues électroniques
Qu’est ce qui a changé?
l’accès au réseau, dans les universités, dans les
Hôpitaux
l’accès aux bases de données PUBMED (références, et
résumés)
l’accès aux éditeurs et aux instructions aux auteurs
Qu’est ce qui va changer?
le réseau
les accès au document primaire ? et son format?
les BU /SCD
 A qui sont ces articles ? QUI PAYE?
Qu’est ce qui ne change pas?
les end-users !
les nécessités:
de lire d’avoir des résultats, d’écrire...
d’un peer-review

61. Classer...
et retrouver
• Des boîtes de photocopies et des
fiches en carton
 Academia de Lincei
• Aux logiciels de bibliographie et à
votre PC

62. Mais...
• Feuilleter: to leaf through books
㼀 1. Young twigs, leaves, and shoots that are fit for animals to eat.
• To browse
[Probably from obsolete French broust, young shoot, from Old French brost,
a. To inspect something leisurely and casually: browsed through the map collection for items of interest.
b. To read something superficially by selecting passages at random: browsed through the report during
lunch.
2. To look for information on the Internet.
3. To feed on leaves, young shoots, and other vegetation; graze.
a. To nibble; crop.
b. To graze on.
• Marcher vers la BU?

63. Les ressources OPEN Access
• Concept Open Access
• Bases de données et Moteurs de
recherche
 Google Scholar
 Thèses.fr
Gold, green

64. Retour sur les coûts
 A qui sont les articles ?
 QUI VA PAYER?

65. Les Réseaux Sociaux
spécialisés
 Pas vraiment Facebook, ni QQ
 Mais
 Linkedin
 Academia.edu
 Biomed experts
 Research Gate
 Le Top 20 des réseaux sociaux scientifiques
 http://www.knowtex.com/blog/le-top-20-des-reseaux-
sociaux-scientifiques/

66. Son et Image
• Podcasts: NEJM, Nature, Science
Hstalks (payants)
http://hstalks.com/main/search_bar.php?
s=immunology&l=252&k=TALK
• Videos: NIH
– You can practice your english/american easily
• YOUTUBE et
– Examen neurologique

67. Education
e-learning... to MOOC
 From Portfolio...
 To Massive Open Online Course
As we always says at Scoop.it, curation is expression, action and passion. It is also a soft revolution for the
classroom. Early, teachers saw us as a potential education tool.

68. Aimez vous les vidéos?
Utilisez vous les podcast?
 UMVF: canal U
 http://www.canal-
u.tv/themes/sciences_de_la_sante_e
t_du_sport
 Au NIH, cela dépasse l’internat
 NIH videocasting and podcasting
 http://videocast.nih.gov/

69. Les moteurs de recherche
 Google, Yahoo, Bing…
 Wikipedia?
 Nature Medicine 2007;13: 231-233
 Unpaywall
 Dimensions
 Kopernio

70. What do you
do when you
search
something on
Google
• Physiol

71. Other resources (en anglais)
 emedicine by WebMD
 http://emedicine.medscape.com/
 Sur PubMed
 OMIM
 Books
 PubMedCentral (Free archives)
 Cochrane? 25 ans

72. Suivre l'actualitéBut when there are 200 000 000 tweets per day or more activity on the web in 60 seconds than you could produce in a whole life, how
to be sure your online strategy is still efficient
 Once upon a time...
 Current Contents
 Flux RSS?
 Scoop.it
 Pearltrees
 Q Medicus

73. Unesco
 MIL Global Week

74. Méthodes de travail!
 À L’Ecole
 Programmes… Examen
 En Recherche
 Cahier de laboratoire
 Electronic-lab-book
 A l’Université et tout au long de la vie
 Logbook
 Portfolio
 E-portfolio

75. Workplace-Based Assessment
Assessing a trainee’s progress
 Assessing competences in laboratory
procedures and clinical skills
 Assessing trainee’s skills in clinical
examination
 Case-based discussions
An hindrance: duration (5years)
and diversity of training
How to help trainees in acquiring
skills and competences?

76. Portfolio: old and new words,
evolving concepts in training
 From « Titres et
travaux » to
portfolio
 Logbook..
 Book
 Portfolio
 a tool for
training and
legitimation

77. E-portfolio: the future
 Usage of internet
and web 2.0
 Access anywhere
anytime
 UK: Wales
 Europe:Elfel
project

78. Science journalism?
 Eurekalert from AAAS
 https://medium.com/@jopdevrieze/eure
kalert-has-spoiled-science-news-heres-
how-we-can-fix-it-851ce5c00c9a

80. L’UMVF:
 Fédération Inter-
Universitaire pour
l’Université Médicale
Virtuelle Francophone
 GIP FIU-UMVF
 MEN, MESR, MEFI
 JO 13 Aout 2003
 33 Universités
 http://www.umvf.prd.fr/in
fo/qui/presentation.html

81. L’UMVF: ses missions
 mettre en œuvre les technologies de l’information et de la
communication pour l'enseignement (TICE) de la médecine
en formations initiale et continue.
 Centre de ressources interactif dans le domaine de la santé
 Centre d’information et de prévention pour le public
 Diffusion et de promotion de la science médicale française dans le
monde.
 produire des ressources documentaires venant en
complément des cours.
 Etudiants de 2e cycle préparant les Epreuves Classantes Nationales
(ECN)… une banque de données
 Plus d'une trentaine de campus numériques disciplinaires
 soutenue par
 la Conférence des Présidents d’Université
 la Conférence Nationale des Doyens des Facultés de Médecine.

82. Les Campus Numériques
http://www.umvf.prd.fr/ressources/campus.php
 Plus de 45 en fait,
 Toutes disciplines
du premier cycle
 Histologie-
embryologie
 Microbiologie
 Statistiques
 à l’ECN
 Néphrologie
 Neurologie
 Rhumatologie…

83. ASSIM: RAISIL Réseau d’accès à l’information
scientifique en ligne
http://www.assim.refer.org
 Les questions du
module 8 Immunologie
 De 112 à 127
 Une structure en
briques de
connaissance
 Des cas cliniques
 Des réponses
 Pas de QCMs

84. Doc’UMVF
 Nouvelle Page ECN 2010
 345 items
 Plus de 2000 documents
pédagogiques
 CISMEF Rouen
 S Darmoni
 JP Thirion

85. Autres ressources d’intérêt en
langue française
 CNCI
 http://www.cnci.univ-paris5.fr/welcome.html
 Concours Médecins étrangers
 Annales QCM 2005-2007: 3x120
 http://www.cnci.univ-
paris5.fr/medecine/Annales_ETR.html
 Les pages ECN de l’HAS +++
 http://www.has-
sante.fr/portail/jcms/c_646948/examen-classant-
national-ecn-mot-du-president-sommaire-mode-d-
emploi
 Mise à jour mensuelle
 ORPHANET++