L'examen cytobactériologique des urines (ECBU) est crucial pour diagnostiquer et traiter les infections urinaires, mais son interprétation est complexe en raison de divers paramètres, notamment la bactériurie et la leucocyturie. Les erreurs d'interprétation peuvent survenir à cause de contaminations lors du prélèvement, de conditions de conservation inadéquates et d'une mauvaise méthodologie. Cet article explore en détail les différents pièges associés à l'ECBU et les précautions nécessaires pour garantir des résultats fiables.

1. LES DIFFICULTÉS D’INTERPRÉTATION THÉMATIQUE À TAPER
EN… BACTÉRIOLOGIE
Les difficultés d’interprétation
de l’examen cytobactériologique des urines
Frédéric Janviera,*, Elvire Mbongo-Kamaa, Audrey Mérensa, Jean-Didier Cavalloa
RÉSUMÉ
SUMMARY
L’examen cytobactériologique des urines (ECBU) est l’examen le plus
souvent demandé au laboratoire de bactériologie. Théoriquement sim- Urinalysis interpretation difficulties
ple dans sa réalisation, l’ECBU reste l’examen clé pour le diagnostic de Urinalysis is the most requested examination in
certitude d’infection urinaire. Cependant, son interprétation est souvent bacteriology laboratories. This test, theorically
difficile et repose essentiellement sur deux paramètres, la bactériurie et easy to perform, allows to confirm urinary tract
la leucocyturie. Ces deux paramètres quantitatifs doivent être pondérés infection diagnosis. Interpretation is essentially
par l’anamnèse, la présence ou non de signes cliniques ainsi que par des based on bacteriuria and leukocyturia, but clinical
paramètres techniques comme la qualité du prélèvement, sa conserva- symptoms, medical history and pre-analytic steps
tion ou son transport. Les nombreux pièges présentés par l’ECBU sont quality (collection of specimens, preservation and
développés dans cet article. transport) must be taken into account for final
result. In this article, difficulties and pitfalls in
Infection urinaire – examen bactériologique – examen microscopique interpretation of urinalysis are underlined.
– interprétation – antibiogramme.
Urinary tract infection – bacteriologic exam
– direct microscopy examination – interpretation
– antibiogram.
1. Introduction
L’infection urinaire (IU) est l’infection communautaire la plus
fréquente après les infections respiratoires et représente - l’infection urinaire compliquée qui est une IU survenant chez
la première cause d’infection nosocomiale (IN) avec 30 % des patients ayant au moins un facteur de risque pouvant ren-
des IN déclarées en France selon l’enquête nationale de dre l’infection plus grave et le traitement plus complexe.
prévalence 2006 [1]. Souvent considérées comme banales, Ces facteurs de risque de complication sont, les anomalies
les infections urinaires peuvent avoir des conséquences organiques ou fonctionnelles de l’arbre urinaire, quelles
sévères, notamment chez la femme enceinte ou chez les qu’elles soient (résidu vésical, reflux, lithiase, tumeur, acte
patients qui présentent une anomalie des voies urinaires, récent, …), certaines situations pathologiques (diabète,
un facteur favorisant tel que le diabète ou une immuno- immunodépression, insuffisance rénale, …), certains ter-
dépression. rains physiologiques (homme, sujet âgé avec comorbidité,
Les définitions actuellement proposées dans la littérature grossesse).
et par la dernière recommandation française [2] séparent Dans les recommandations de juin 2008, les termes
deux entités : d’IU basses ou hautes sont désormais abandonnés ainsi
- l’infection urinaire simple, avec la cystite ou la pyélo- que ceux d’IU primitive ou secondaire, le type de bactérie
néphrite simple de la femme de 15 à 65 ans sans anté- isolée n’intervient pas dans la classification en IU simple
cédent ni complication ; ou compliquée [2].
L’examen cytobactériologique des urines (ECBU) est l’exa-
men clé pour diagnostiquer l’infection urinaire, adapter la
thérapeutique et suivre son efficacité. L’interprétation de
a Laboratoire de biologie médicale
l’ECBU se heurte à de nombreux pièges et doit s’appuyer
Hôpital d’Instruction des Armées Bégin
sur une méthodologie rigoureuse. Dans cet article, nous
69, av. de Paris
décrirons étape par étape les pièges susceptibles d’influer
94163 Saint-Mandé cedex
sur l’interprétation de l’ECBU.
et École du Val-de-Grâce
1, place Alphonse-Laveran
75005 Paris 2. Indications et objectif
* Correspondance Le motif de prescription de l’ECBU est le premier élément à
janvierfred@hotmail.com prendre en compte pour son interprétation. La prescription
doit être motivée et accompagnée des données anamnes-
article reçu le 29 juin, accepté le 25 septembre 2008 tiques permettant de personnaliser l’interprétation : motif
© 2008 – Elsevier Masson SAS – Tous droits réservés. de la prescription, caractéristiques du patient, présence ou
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2. Tableau I – Informations cliniques et thérapeutiques conditionnant l’interprétation de l’ECBU.
Indications Particularité du patient Pathologie préexistante Traitement
- Symptomatologie urinaire (pollakiurie, dysurie, brûlures - Nourrisson - Chirurgie pelvienne - Antibiotique
mictionnelles, hématurie) - Jeune enfant - Manœuvre de la sphère uro-génitale - Chimiothérapie
- Infection sur sonde urinaire - Femme enceinte - Pathologie gynécologique
- Prostatite - Date des dernières règles - Vessie neurologique
- Urétrite - Homme - Infection urinaire récidivante
- Contrôle préopératoire et postopératoire en urologie - Sujet âgé - Anomalie fonctionnelle ou
- Contrôle après traitement d’une IU - Hospitalisation au long anatomique du tractus urinaire
- Urétérostomie cours - Diabète
- Ponction sus-pubienne - Greffe - Immunodépression (neutropénie,
- Cathétérisme urétéral aplasie)
- Bilan de protéinurie
non d’une pathologie préexistante, traitement antibiotique osseuse ou cardiaque. Chez la femme enceinte, l’IU est par
récent ou en cours (tableau I). Par exemple, l’interpréta- définition compliquée. La bactériurie asymptomatique de
tion d’une bactériurie significative sans leucocyturie ne la femme enceinte a une prévalence qui se situe entre 2 et
sera pas la même pour un patient neutropénique, pour un 10 % avec un pic d’incidence entre la 9e et la 17e semaine
patient susceptible d’avoir contaminé l’échantillon lors du d’aménorrhée. Cette bactériurie persiste en l’absence de
prélèvement ou pour un patient symptomatique prélevé traitement et doit être recherchée mensuellement dès le
très précocement dans l’évolution de l’infection. De même, 4e mois (accord professionnel). Une BU peut être réalisée
une leucocyturie isolée sera interprétée différemment si et doit être suivie d’un ECBU en cas de leucocyturie ou
le patient a reçu une antibiothérapie, s’il est porteur d’un de présence de nitrites. Chez les femmes enceintes à haut
cathétérisme urinaire ou a subi récemment une intervention risque d’infections urinaires gravidiques, le dépistage par
chirurgicale au niveau de la sphère génito-urinaire. ECBU est recommandé (Grade A).
L’ECBU est indiqué devant la présence d’une symptoma- L’objectif de l’ECBU est de mettre en évidence des signes
tologie urinaire évocatrice de cystite aiguë avec brûlures d’inflammation de l’arbre urinaire (traduits par la leucocy-
mictionnelles, pollakiurie, impériosité mictionnelle, dysurie, turie), d’identifier, de quantifier le ou les micro-organismes
urines troubles et hématurie, à l’exception des cystites pathogènes et de déterminer leur phénotype de résistance
aiguës simples de la femme. aux antibiotiques [3].
Dans ce dernier cas, aucun examen n’est recommandé
en dehors de la bandelette urinaire [2]. L’association d’un
de ces signes à un syndrome fébrile (T° > 38°C), et/ou à 3. Les pièges du prélèvement,
des douleurs lombaires est évocatrice de pyélonéphrite. de la conservation et du transport
Chez l’homme, toute cystite doit être considérée et traitée
comme une prostatite (sauf cas exceptionnel).
Cette première étape de l’ECBU est fondamentale pour
Les signes cliniques d’infection sont parfois atypiques
l’interprétation. Après contamination lors du prélèvement,
aux âges extrêmes de la vie. Les indications de l’ECBU
un transport trop prolongé ou des conditions de tempéra-
sont étendues à l’hyperthermie isolée de l’enfant et en
ture inadaptées à la conservation se traduisent systéma-
particulier du nourrisson ainsi qu’à l’apparition de trou-
tiquement par une multiplication bactérienne susceptible
bles de conscience ou d’une altération de l’état général,
de modifier l’interprétation de l’examen, notamment par
la découverte ou l’aggravation d’une incontinence urinaire
surévaluation de la bactériurie.
chez la personne âgée. Enfin, cet ECBU peut être prescrit
afin de dépister une colonisation urinaire chez des patients
à risques élevés de complications, telles que les femmes 3.1. Prélèvement
enceintes et les personnes devant subir une manœuvre Le prélèvement est le premier point critique susceptible
invasive sur l’arbre urinaire, une chirurgie prothétique d’influer sur le résultat de l’ECBU du fait de la présence
d’une colonisation de l’urètre et des voies génitales exter-
nes par une flore commensale (tableau II).
Tableau II – Bactéries commensales L’échantillon destiné à l’analyse doit être le reflet de l’urine
des voies génitales [3]. vésicale. Il est donc préférable de recueillir l’urine du matin
afin d’obtenir une urine ayant séjourné suffisamment long-
Micro-organismes Micro-organismes
sans pouvoir commensaux éventuelle- temps (au moins 3 à 4 heures) dans la vessie notamment
pathogène connu ment associés à des mani- en cas de diurèse importante.
sur le tractus génital festations pathologiques
Le second point, capital, est d’éviter la contamination de
Lactobacillus spp. Gardnerella vaginalis, l’échantillon par la flore cutanée, digestive et/ou vaginale.
Femme
Mobilincus spp.
Un recueil d’urine réalisé dans de mauvaises conditions
Corynebacterium spp., Candida albicans, d’asepsie entraîne systématiquement une contamination
Neisseria spp., Mycoplasma hominis et
Homme Staphylococcus non genitalium, Ureaplasma spp., de l’échantillon avec le risque d’une interprétation erronée
et femme aureus. Streptococcus spp., Staphy- (figure 1). Cette contamination, très fréquente, notamment
lococcus aureus, bactéries par les sécrétions vaginales chez la femme, est majorée avec
anaérobies, entérobactéries.
les techniques utilisant un collecteur, chez les personnes
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3. LES DIFFICULTÉS D’INTERPRÉTATION EN… BACTÉRIOLOGIE
Figure 1 – Exemple d’une contamination Figure 2 – Présence de plus de 3 espèces
par la flore urétrale. bactériennes chez un patient non sondé.
Il s’agit d’une urine mal prélevée et conservée plusieurs heures à
Ici trois espèces différentes sont présentes. température ambiante avant d’être acheminée au laboratoire.
handicapées ou les enfants. Le premier rôle du biologiste La ponction sus-pubienne et le prélèvement par cathé-
est donc de décrire systématiquement au patient les éta- térisme sont des techniques fiables mais invasives. La
pes nécessaires à la réalisation d’un recueil de qualité. La ponction sus-pubienne expose à peu de risques graves
méthode habituellement recommandée consiste à récupérer mais nécessite une indication rigoureuse et une équipe
de manière aseptique l’urine de milieu de jet, « à la volée », entraînée. Le cathétérisme de réalisation facile chez la
après un lavage hygiénique des mains et une toilette des fille, s’avère délicat chez le garçon et expose à un risque
organes génitaux externes au savon doux puis rinçage à traumatique de l’urètre et à une IU iatrogène. Lors de ce
l’eau ou par un antiseptique non agressif. Après évacuation prélèvement, les premières gouttes d’urines, potentielle-
du premier jet (20 ml) contaminé par la flore commensale, ment contaminées, doivent être éliminées.
au moins 20 à 30 ml sont recueillis dans un pot stérile. Pour Pour les patients porteurs d’urétérostomie, un collecteur
les patients non valides, le niveau de contamination semble stérile est utilisé après désinfection soigneuse de la peau.
beaucoup moins important lorsque le recueil est effectué par Chez la personne incontinente ou handicapée, le recueil doit
un personnel soignant entraîné [4]. Chez le patient sondé, s’effectuer en priorité par un personnel soignant après une
l’urine ne sera jamais prélevée dans le sac collecteur ou par toilette génitale soigneuse. Chez la femme, le cathétérisme
des manœuvres entraînant une rupture du « système clos ». est conseillé si la miction est impossible. Chez l’homme,
Elle doit être prélevée dans un site de ponction spécifique on peut utiliser un étui pénien ou réaliser une ponction
prévu sur la sonde et après désinfection, ou collectée sur sus-pubienne lors d’une rétention urinaire aiguë.
une sonde neuve lors d’un changement de dispositif pour Dans tous les cas, le prélèvement est fermé hermétique-
éliminer toute contamination par des bactéries adhéren- ment, précisément identifié et accompagné d’une pres-
tes à la paroi interne du cathéter urinaire [5, 6]. En réalité, cription détaillée.
chez le patient sondé, seule la ponction sus-pubienne est
complètement représentative des espèces bactériennes 3.2. Conditions de conservation et transport
présentes dans la vessie [7]. Il s’agit ici d’éviter la pullulation microbienne suivant une
Chez le nourrisson et le jeune enfant, le prélèvement au éventuelle contamination en diminuant le plus possible
milieu du jet est une technique non invasive, à privilégier le délai entre le prélèvement et l’analyse. Une mauvaise
systématiquement chez les enfants qui ont une miction conservation des urines peut conduire à des résultats
volontaire. Avec un peu de patience, il est même pos- de bactériurie aberrants, surtout si la contamination ini-
sible de recueillir de cette façon l’urine d’un très jeune tiale est importante (figure 2). Le principal risque est de
enfant ou même d’un nourrisson qui urine toutes les surestimer la bactériurie et d’inciter le clinicien à traiter
demi-heures. La contamination par la flore périnéale et inutilement le patient.
digestive est réduite par une désinfection soigneuse de De nombreuses études soulignent depuis longtemps l’im-
la vulve, du prépuce ou du gland. En routine, la technique portance majeure d’un transport rapide et d’une température
la plus utilisée est la collecte d’urine sur poche à urine de conservation adaptée pour éviter la multiplication des
adhésive. Cette technique nécessite une désinfection bactéries contaminantes [8, 9, 10]. À partir de la 3-4e heure,
cutanée extrêmement rigoureuse et un temps de pose il existe une augmentation de la bactériurie de l’ordre
bref (< 30 minutes). de 1 log10 entre les urines placées à 22 °C et les urines
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4. conservées à 4°C ; en fonction des espèces, cette augmen- 4. Les pièges techniques
tation varie entre 1 et 3 log10 à la 6e heure et dépasse 3 log10
à la 24e heure (figure 3). En revanche, une conservation à de l’ECBU
+4 °C permet une stabilisation de la bactériurie, mais les
leucocytes peuvent s’altérer au-delà de la 12e heure. 4.1. Examen macroscopique
La réalisation du prélèvement devrait être effectuée chaque L’examen macroscopique de l’urine homogénéisée permet
fois que cela est possible au laboratoire. À défaut, il faut d’apprécier la limpidité et de noter l’existence d’une héma-
s’assurer que les urines n’ont pas été conservées plus de turie. Son intérêt reste limité. En effet, le caractère trouble
2 heures à température ambiante ou plus de 24 heures à d’une urine ne signe pas systématiquement la présence d’une
4 °C. Il existe des systèmes de transport stabilisateurs infection et peut simplement refléter la présence de cristaux.
contenant de l’acide borique en conditionnement stérile qui La coloration des urines n’est pas synonyme d’hématurie et
permettent une conservation de l’urine pendant 48 heures peut être liée à une prise médicamenteuse (rifampicine). La
à température ambiante sans modification notable de la valeur prédictive positive (VPP) de cet examen est faible et
bactériurie et de la leucocyturie [11, 12]. Il est nécessaire sa VPN est de l’ordre de 95 % ce qui signifie qu’une urine
de bien remplir ces flacons afin d’obtenir la concentration limpide peut être infectée dans 5 % des cas [8].
de conservateur recommandée par le fabricant.
4.2. Numération des leucocytes
3.3. Tests de dépistage rapide et de la bactériurie
La recherche de leucocyte estérase et des nitrites à l’aide Cet examen associe obligatoirement 2 étapes, cytologique
de bandelettes réactives permet un dépistage rapide de et bactériologique, qui ont pour but d’apprécier de façon
l’infection urinaire mais expose à plusieurs difficultés d’in- quantitative et qualitative la présence d’éléments figurés
terprétation. En effet, il existe des leucocyturies dues à la (leucocytes, hématies, cellules épithéliales) et de bacté-
présence de leucorrhées, ou de fausses leucocyturies lors ries. Lors de cette étape, des erreurs de numération sont
d’hyperalbuminémie ou en présence d’acide ascorbique, possibles. Elles sont principalement dues à l’inexpérience
de nitrofurantoïne ou de gentamicine [13]. La sensibilité du technicien, au manque de formation ou à une charge
de la recherche de leucocyte estérase est de l’ordre de de travail trop importante au laboratoire ce qui entraîne
82 à 95 % et sa valeur prédictive négative (VPN) de 81 à une lecture trop rapide de l’examen direct. Un mauvais
96 %. Ce test est sans valeur chez les patients sondés ou examen ne permettra pas de signaler une bactériurie
ayant une vessie neurologique, chez lesquels on retrouve polymorphe, la présence de lactobacilles, de levures, de
systématiquement une leucocyturie. La recherche de cellules épithéliales ou de cylindres qui sont des éléments
nitrites peut être faussement négative lors d’infections à prendre en compte pour l’interprétation.
par des bactéries ne produisant pas de nitrate réductase La leucocyturie est mesurée par numération dans un volume
tel que Staphylococcus spp., Enterococcus spp., Pseu- donné de l’urine homogénéisée sur cellule de type Malas-
domonas spp., ou Acinetobacter spp. Ce test présente sez, de préférence à usage unique [3]. Ce nombre est rap-
une VPN de 81 à 90 % suivant les études. L’association porté par millilitre. En cas d’infection urinaire, un processus
de la recherche de leucocyte estérase et des nitrites per- inflammatoire se traduit par la présence de plus de 104 leu-
met d’obtenir une VPN proche de 100 %, ce qui supporte cocytes/mL, parfois en amas, fréquemment associée à une
l’intérêt des bandelettes urinaires dans le diagnostic d’éli- hématurie supérieure à 104 hématies/mL dans environ 30 %
mination de l’IU. des cas. La présence de cylindres doit être signalée.
Figure 3 – Évolution comparée de la bactériurie en fonction du temps
et de la température de conservation pour deux espèces bactériennes [8].
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5. LES DIFFICULTÉS D’INTERPRÉTATION EN… BACTÉRIOLOGIE
Lors de bactériuries élevées, l’examen bactériologique
Figure 4 – Présence d’une flore polymorphe
d’un frottis coloré au Gram de 10 μL d’une urine homo- sur milieu chromogène (3 espèces).
généisée non centrifugée est un examen simple, rapide
et très utile. Un résultat positif est très évocateur d’une
bactériurie supérieure à 104 UFC/mL.
Cet examen permet une orientation diagnostique rapide
(bacilles à Gram négatif, cocci à Gram positif, levures..)
et permet éventuellement de cibler le choix des milieux et
des conditions de culture spécifiques. Il permet également
d’orienter le prescripteur pour la mise en route d’une anti-
biothérapie probabiliste, notamment lors de pyélonéphrite
ou de prostatite.
Depuis quelques années, il existe également des techniques
automatisées de numération. Ces méthodes utilisent la
cytométrie en flux couplée à une détection de fluorochrome
ou une technique d’analyse d’images après capture par
système vidéo. Elles permettent une détection quantita-
tive rapide d’une grande variété de particules urinaires
(hématies, leucocytes, cylindres, cristaux) et estiment la
bactériurie à partir d’un seuil minimum de 103 ou 104/mL.
Les avantages de ces méthodes automatisées sont :
- la standardisation des résultats avec une répétabilité supé-
rieure aux techniques manuelles (coefficient de variation de
1,5 % à 24 % pour ces systèmes contre 12,5 % à 44 % détecter des bactériuries ou des candiduries à partir d’un
pour les techniques manuelles) et une bonne reproducti- seuil d’environ 102 UFC/mL d’urine. L’ensemencement
bilité (coefficient de variation de 3,5 % à 32 %) ; s’effectue le plus souvent sur des milieux de type C.L.E.D.
- un rendement important de l’ordre de 60 à 100 échan- ou B.C.P qui permettent la croissance des entérobacté-
tillons par heure ; ries tout en inhibant l’envahissement par les Proteus. Des
- un transfert des données sur le système informatique milieux chromogènes facilitent le repérage des colonies,
du laboratoire. notamment pour les cultures polymicrobiennes (figure 4),
Dans les études récentes, la VPP varie de 61 % à 86 % et permettent une orientation rapide. Des milieux spécifi-
et la VPN de 93 % à 98,5 % [14, 15, 16]. Ces différences ques comme une gélose au sang ou un milieu Sabouraud
observées de VPP peuvent s’expliquer par le fait que les peuvent être ensemencées en fonction des résultats de
automates et les seuils de positivité utilisés étaient variables la coloration de Gram.
en fonction des études. Ces automates sont d’efficacité La bactériurie peut être sous-estimée du fait d’une ten-
inégale selon le type de lecture choisi ; certains systèmes dance chez certaines bactéries, notamment du genre
sont plus performants dans l’évaluation de la bactériurie Staphylococcus, à s’agréger en amas.
et d’autres dans la recherche de cellules épithéliales dans Le second problème rencontré à cette étape de culture
l’urine [17]. est une sous-estimation de la bactériurie liée à un temps
En revanche, l’ensemble des études confirment une très d’incubation trop court. La lecture s’effectue à 18-24 h
bonne VPN, conférant à ces systèmes une fonction de tri d’incubation en aérobiose à 37 °C et il faut savoir attendre
des urines. La technique manuelle demeure nécessaire 48 h en cas de suspicion de bactéries à culture lente.
pour chaque alarme signalée ce qui représente 10 à 35 %
des échantillons [15]. 4.4. Quels seuils utiliser ? (tableau III)
Le caractère standardisé et automatisé de cette étape analy-
tique ne dispense pas d’un prélèvement de bonne qualité. 4.4.1. Leucocyturie
Le seuil significatif de leucocyturie est fixé de manière
4.3. Culture quantitative consensuelle à 104/mL (10 leucocytes/mm3) : il témoigne
Les problèmes les plus fréquemment rencontrés lors de d’une inflammation du tractus urinaire. Une leucocyturie
cette étape sont un ensemencement incorrect de l’urine non significative possède une excellente VPN permet-
(volume mal calibré, mauvaise technique d’isolement) et tant souvent d’exclure une infection urinaire (sauf chez le
une durée ou des conditions d’incubation inadaptées, qui sujet neutropénique ou à la phase initiale de l’infection).
entraînent systématiquement une erreur de quantification Cependant ce paramètre n’a pas de valeur chez un patient
de la bactériurie. porteur d’une sonde à demeure ou présentant une vessie
Pour éviter les erreurs techniques, les méthodes d’ense- neurologique, circonstances où la leucocyturie est quasi
mencement, d’incubation et de lecture (abaques) doivent constante. Les leucocyturies sans bactériurie sont fré-
être formalisées par le biais de procédures connues et quentes et reflètent la plupart du temps un phénomène
disponibles dans les pièces de travail. inflammatoire non infectieux du tractus urinaire, une IU
La culture des urines doit être quantitative et s’opère le plus déjà traitée par un antibiotique ou une IU causée par un
souvent par technique de l’anse calibrée (généralement microorganisme non cultivable ou à croissance difficile
à 10 μL). Ces méthodes d’ensemencement permettent de (tableau III).
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6. Tableau III – Infections urinaires : interprétation des principales situations basées sur le contexte
épidémiologique, la présence de signes cliniques, d’une leucocyturie et d’une bactériurie.
Bactériurie avec des
Signes Leucocyturie
Contexte uropathogènes reconnus Commentaires
cliniques ≥ 104 / ml
(au plus 2 micro-organismes différents)
≥ 103 UFC/mL Infection urinaire (cystite aiguë)
coliformes et S. saprophyticus Dans le cas de suspicion de pyélonéphrite
Communautaire + + ≥ 105 UFC/mL aiguë, le seuil de bactériurie ≥ 104 UFC/mL
pour les autres espèces, est considéré comme significatif
Non sondé notamment entérocoque [2]
≥ 103 UFC/mL Colonisation ¤
- + ou - ≥ 105 UFC/mL [2]
pour la femme enceinte
Nosocomial Infection urinaire
ou associé + + ≥ 103 UFC/mL
[21]
aux soins
Colonisation ¤
- + ou - ≥ 105 UFC/mL
Non sondé [21]
Nosocomial ou Infection urinaire
+ ≥ 105 UFC/mL
associé au soin [21]
Non contributif
Colonisation ¤
Sondage urinaire - ≥ 105 UFC/mL
[21]
Inflammation sans bactériurie
Traitement antibiotique en cours
+* < 103 UFC/mL
Communautaire Recherche micro-organismes à culture lente
+ ou - ou difficile ou étiologie non infectieuse
ou nosocomial
Absence d’infection urinaire ou de bactériurie
-* < 103 UFC/mL
asymptomatique
* La leucocyturie n’est pas contributive en présence d’un sondage urinaire.
¤ La colonisation urinaire, anciennement dénommée bactériurie asymptomatique, correspond à une situation de portage, c’est-à-dire à la mise en évidence
d’un micro-organisme, lors d’un prélèvement urinaire correctement réalisé, sans que ce micro-organisme ne génère en soi de manifestations cliniques [2].
4.4.2. Bactériurie • Chez l’adulte
L’interprétation de l’ECBU découle en grande partie En 1960, les travaux de Kass ont défini une bactériurie
du seuil de bactériurie retenu. Les recommandations significative (>105 UFC/mL) dans le cadre des pyélonéphri-
nationales et internationales ne sont pas strictement tes aiguës et des « bactériuries asymptomatiques » de la
superposables à l’heure actuelle et stratifient les seuils femme. Ce seuil de 105 UFC/mL manque de sensibilité
significatifs en fonction des informations cliniques mais et peut être pris en défaut lors d’authentiques infections
également en fonction des bactéries isolées. De plus en urinaires chez des patients ayant récemment reçu un
plus, cette interprétation s’appuie sur le contexte clini- antibiotique, lors d’une hydratation excessive ou lors
que, malheureusement pas toujours connu du biologiste, d’une infection urinaire débutante. Un seuil inférieur à
sur la notion de traitements antibiotiques antérieurs, 105 UFC/mL a donc été proposé par plusieurs sociétés
de cathétérisme urinaire ou d’antécédents urologiques savantes [18, 19, 20, 21]. Un seuil à 103 UFC/mL doit être
(tableau I). En complément des données anamnestiques considéré comme significatif pour une infection urinaire
et cliniques, l’interprétation se fondera sur les données de communautaire impliquant un uropathogène habituel
l’examen direct, de la leucocyturie et de la bactériurie. Le (E. coli, S. saprophyticus) [2, 18, 20, 21] et pour une
caractère symptomatique ou non permet généralement infection urinaire nosocomiale quelle que soit l’espèce
de différencier infection et colonisation. La colonisation en cause [22]. En revanche, dans le cadre des infections
urinaire, anciennement dénommée bactériurie asympto- urinaires communautaires à uropathogènes opportunistes,
matique, correspond à une situation de portage, c’est- un seuil de 105 UFC/mL reste généralement requis, sauf
à-dire à la mise en évidence d’un micro-organisme, lors s’il s’agit d’une pyélonéphrite ou d’une prostatite où le
d’un prélèvement urinaire correctement réalisé, sans que seuil de 104 UFC/mL est suffisant pour poser le diagnos-
ce micro-organisme ne génère en soi de manifestations tic [2, 18, 23]. Sans renseignement clinique, le biologiste
cliniques [2]. Pendant la grossesse, les critères définissant ne sera donc pas en mesure de définir correctement le
la bactériurie asymptomatique sont les suivants : seuil de bactériurie. En pratique, il semble raisonnable de
- patiente asymptomatique ; tenir compte de bactériuries à partir de 103 UFC/mL pour
- et 2 cultures positives avec la même bactérie, à un seuil E. coli ou S. saprophyticus dans le cadre des IU com-
>105 UFC /ml. munautaires de la femme, surtout si l’on a la notion de
Pour des aspects pratiques, un seul prélèvement est accepté signes cliniques ou si cette bactériurie est associée à
pour la détection des bactériuries asymptomatiques. une leucocyturie significative. En cas de doute, il ne faut
En dehors de la grossesse, le terme de colonisation urinaire pas hésiter à redemander un autre ECBU. Dans tous les
est préférable à celui de bactériurie asymptomatique et cas, le seuil ne peut être opposé à un tableau clinique
correspond à la même entité sans notion de seuil. évident (accord professionnel) [2].
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7. LES DIFFICULTÉS D’INTERPRÉTATION EN… BACTÉRIOLOGIE
• Chez l’enfant L’identification de l’agent pathogène est orientée par l’exa-
Les seuils significatifs retenus par l’Afssaps en 2007 [24] sont men direct après coloration de Gram, par l’aspect des colo-
103 UFC/mL pour les urines prélevées par cathétérisme et nies sur milieu usuel ou chromogène et par des tests simples
105 UFC/mL pour les prélèvements de milieu de jet. et classiques d’identification biochimique. Les bactéries les
Il est précisé que l’urine prélevée à l’aide d’une poche est une plus fréquemment retrouvées dans les IU communautaires
technique peu fiable. Une culture bactérienne ≤ 103 UFC/mL sont E. coli (80 %) suivi des Proteus, Klebsiella, Enterococcus
a une excellente valeur prédictive négative, mais si elle est et Staphylococcus saprophyticus (tableau IV). Cette der-
> 104 UFC/mL, elle doit être interprétée avec prudence, en nière espèce est plus fréquente chez la femme de moins de
tenant compte du tableau clinique, de l’association à une 30 ans. Les agents responsables d’IU nosocomiales les plus
leucocyturie significative (son absence rendant improbable le fréquents sont E. coli, Pseudomonas aeruginosa, S. aureus,
diagnostic), du nombre d’espèces isolées et de leur nature. Enterococcus et Candida spp. (tableau IV) [25].
Il ne faut pas hésiter, en cas de doute, avant de débuter une Parallèlement à l’identification, un antibiogramme doit être
antibiothérapie et des explorations, à renouveler l’examen réalisé. Il permet de dépister les résistances acquises aux
dans des conditions toujours aussi rigoureuses ou à pro- antibiotiques et de réévaluer le traitement empirique mis
poser un prélèvement de l’urine vésicale chez le nourrisson en place. L’antibiogramme minimum doit être adapté à la
et l’enfant trop jeune pour uriner sur commande. bactérie en cause et doit comprendre les principaux anti-
biotiques à forte élimination urinaire habituellement utilisés
4.4.3. Cas particuliers per os ou sous forme injectable. Ce choix doit tenir compte
• Ponction sus-pubienne des résistances naturelles aux différentes familles bacté-
Après ce type de prélèvement, 100 μl d’urine sont ense- riennes. La méthode de diffusion en gélose utilisant des
mencés et tout isolement bactérien doit être considéré disques chargés d’antibiotiques est une excellente méthode,
comme significatif à un seuil ≥ 10 UFC/mL, c’est-à-dire mais nécessite une bonne standardisation [26]. Il faut faire
un seuil beaucoup plus bas que ceux retenus pour les très attention aux principaux pièges de cette méthode qui
autres modes de prélèvement. sont la densité de l’inoculum et la bonne conservation des
• Cultures polymicrobiennes disques, en particulier pour les bêta-lactamines. La lecture
Les infections urinaires polymicrobiennes sont rares dans interprétative de l’antibiogramme par un lecteur entraîné
le cadre des IU communautaires mais peuvent se ren- doit permettre de corriger les discordances et le passage
contrer chez le patient porteur d’une sonde à demeure
ou ayant une vessie neurologique. Elles représentent
en revanche 15 % des cas d’IU nosocomiales, essen- Tableau IV – Principaux micro-organismes isolés
tiellement dans la suite de manœuvres invasives ou de des grandes catégories d’infections urinaires.
cathétérisme urinaire. En dehors de ce contexte, il s’agit Infections urinaires Infections urinaires
le plus souvent d’une contamination de l’urine lors du nosocomiales* communautaires**
prélèvement. Le biologiste peut être orienté vers une Femmes
Tous
Sondage urinaire Total de 15
contamination, par exemple chez la femme, par la pré- Espèces patients
à 65 ans
sence de nombreux lactobacilles, d’une flore polymorphe Oui*** Non
N = 340 N = 1149 Données
(corynébactéries, staphylocoques) et de cellules épithé- N = 219 N = 121
% % cumulées
liales à l’examen direct. Il faut être prudent quant à l’in- % %
terprétation de l’existence de polynucléaires à l’examen Escherichia coli 25,1 40,5 30,6 80 66-75
direct dont la présence est physiologique au niveau de
Proteus spp. 7,3 7,4 7,4 5 4-6
la muqueuse vaginale. Une culture de lactobacilles ou
une culture polymorphe à 103 ou 104 UFC/mL confirme la Klebsiella spp. 10 9,9 10 3 4-5
contamination et impose un nouveau prélèvement réalisé Enterobacter spp. 5 2,5 4,1 1,3 1-2
dans de bonnes conditions si le contexte est évocateur
Citrobacter spp. 2,7 2,5 2,6 1,8 1-2
d’infection urinaire. Quel que soit le contexte, une culture
polymicrobienne avec plus de 2 bactéries impose un Pseudomonas
10,5 4,1 8,2 0,5 0,5-3
aeruginosa
contrôle sur un autre prélèvement.
• Bactériurie sans leucocyturie significative Acinetobacter spp. 1,4 <1 <1 0,1 0,2
Il s’agit le plus souvent d’une contamination initiale du Enterococcus spp. 13,2 15,7 14,1 2,4 3-8
prélèvement ou de mauvaises conditions de transport mais
Streptococcus
cette situation est également rencontrée dans d’authen- - 2,5 <1 2 2
agalactiae
tiques infections urinaires chez un patient neutropénique Staphylococcus aureus 3,7 3,3 3,5 2 1-2
ou à la phase initiale de l’infection.
Staphylococcus
<1 <1 <1 1,2 1
saprophyticus
5. Identification Autres staphylocoques
1,8 3,4 2,1 1,2 2
à coagulase négative
et antibiogramme Candida spp. 16,4 6,6 12,9 < 0,5 2
Les étapes d’identification et d’antibiogramme sont mises * Données Bouza [25].
** Données AFORCOPI-BIO (1998-2004).
en œuvre en cas d’ECBU positif selon les critères d’inter- *** Sondage urinaire de courte durée (< 30 jours) dans plus de 90 % des cas.
prétation retenus.
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8. régulier de souches de référence doit permettre de valider 7. Conclusion
la méthodologie et de s’assurer que les disques sont bien
chargés. Un temps d’incubation trop court (< 18 heures) L’ECBU est l’examen de référence qui permet d’affirmer
est également une source d’erreur pouvant entraîner une la présence d’une infection urinaire. Bien que l’ECBU soit
mauvaise interprétation des phénotypes de résistances. l’examen microbiologique le plus fréquemment pratiqué
Pour les entérobactéries, l’antibiogramme minimal adapté au laboratoire de biologie, c’est l’un des plus difficiles à
à un ECBU doit comporter une aminopénicilline, l’amoxi- interpréter car la qualité de sa réalisation est soumise à
cilline-acide clavulanique, une céphalosporine de 1re, 2e de nombreux paramètres. Ces difficultés sont essentielle-
et de 3e génération (C3G), le pivmecillinam, le sulfamé- ment liées à la contamination de l’échantillon par la flore
thoxazole-triméthoprime, une quinolone de 1re généra- commensale et à des conditions de transport inadaptées.
tion, une fluoroquinolone, un aminoside, la fosfomycine, la Les erreurs rencontrées lors de la phase analytique sont
nitrofurantoïne, et un carbapénème en 2e intention. Chez moins fréquentes et peuvent être évitées par la mise en
E. coli, principale bactérie en cause, il faudra être attentif place de méthodes éprouvées, de procédures standardi-
aux résistances de 1er niveau aux quinolones (résistance sées au laboratoire et par une formation initiale et conti-
à l’acide nalidixique et sensibilité aux fluoroquinolones) nue des techniciens pour toutes les phases de l’ECBU :
pour laquelle il faudra éviter un traitement par fluoroqui- ensemencement, incubation, identification, réalisation de
nolone ; pour la fosfomycine, la résistance est homogè- l’antibiogramme. L’utilisation d’automates de numération
ne et la présence de colonies dans la zone d’inhibition comme méthode de tri des urines permet une meilleure
ne devra pas être prise en compte. Enfin, pour les bêta- standardisation des résultats et une amélioration du ren-
lactamines, il faudra savoir rechercher la production d’une dement. Cette automatisation ne dispense pas d’une
pénicillinase, d’une pénicillinase résistante aux inhibiteurs bonne indication et d’un bon prélèvement.
ou d’une oxacillinase, d’une céphalosporinase et enfin Au delà des problèmes techniques, les difficultés ren-
d’une bêta-lactamase à spectre élargi (BLSE). Ce dernier contrées par les biologistes sont liées à la variabilité des
type de résistance est dominé actuellement chez E. coli seuils de bactériurie publiés par les sociétés savantes et
par les enzymes CTX-M et en particulier par la diffusion à l’accès aux renseignements cliniques susceptibles de
mondiale de CTX-M15 dans les infections communautai- faciliter l’interprétation. La connaissance des renseigne-
res. Cependant sa fréquence reste encore faible dans les ments cliniques, malheureusement difficile en pratique,
IU communautaires à E. coli en France (environ 1 %). Ces permet une réponse mieux adaptée à chaque patient
BLSE sont facilement mises en évidence par une synergie et permet de contribuer plus efficacement à sa prise en
entre l’amoxicilline-acide clavulanique et une C3G. charge médicale.
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