Le document traite de l'examen cytobactériologique des urines (e.c.b.u.), une analyse cruciale pour diagnostiquer les infections des voies urinaires (itu). Il décrit la méthodologie pour le recueil, l'acheminement, et l'interprétation des résultats de l'e.c.b.u., ainsi que l'importance de suivre des protocoles rigoureux pour assurer la fiabilité des résultats. Le document met également en avant les espèces microbiennes responsables des itu et souligne l'importance d'un antibiogramme approprié pour un traitement efficace.

1. 2• Examen cytobactériologique
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des urines (E.C.B.U.)
Plan du chapitre 2. Procéder en toute circonstance au recueil asep-
1• Contextes identifiés tique des urines et garantir leur acheminement
2• Objectifs impartis à l’E.C.B.U. correct vers le laboratoire.
3• Circonstances anatomo-cliniques 3. Connaître les principales espèces microbiennes
4• Recueil et acheminement responsables d’infections du tractus urinaire
5• Micro-organismes responsables (ITU) afin de mieux les identifier.
6• Conduite méthodologique
4. Savoir réaliser l’ECBU dans ses différentes
7• Interprétation
étapes.
8• Antibiogramme
9• Conclusion 5. Etre capable d’interpréter les résultats de
l’ECBU en toute circonstance.
L’infection du tractus urinaire (ITU) est une des 6. Connaître les différents antibiotiques utilisables
infections les plus fréquentes. Cela explique que dans l'ITU afin de composer le meilleur antibio-
l’ECBU soit une des analyses microbiologiques les gramme.
plus demandées. Son apparente simplicité d’exécu-
tion ne doit pas faire oublier qu’il convient de res- 3• Différentes circonstances
pecter en toute circonstance une méthodologie rigou- anatomo-cliniques influençant
reuse. la conduite méthodologique
1• Contextes Certaines circonstances influençant le recueil et/ou
les instructions techniques et/ou l'interprétation des
Les principales circonstances amenant le clinicien à résultats microbiologiques doivent être connues du
demander un ECBU sont consignées dans le tableau biologiste. Elles apparaissent dans le schéma ci-
ci-dessous. après.
Circonstances amenant à demander un ECBU
Circonstances influençant le recueil
Symptomatologie urinaire : Symptomatologie urinaire : et/ou les instructions techniques et/ou
présente absente l’interprétation des résultats microbiologiques
Patente Trompeuse
• Dysurie • Protéinurie Circonstances de l’ECBU
• Pollakiurie • Hyperthermie isolée 1 Cas général habituel
• Pesanteur vésicale • Personne âgée 2 6
• Hématurie macroscopique • Diabétique Patient Recherche de
Evocatrice Systématique Immunodéprimé
sonde à demeure mycobactéries
• Incontinence urinaire • Femme enceinte 5
• Douleurs lombaires • Pré-opératoire 3 Nourrisson Circonstances
• Hyperthermie associée urologique ou particulières
à un autre signe gynécologique 7
• Leucocyturie et/ou • Contrôle Urétérostomie
NO3 réductase (bandelette) post-thérapeutique néo-vessie 4
(Bricker)
L’ECBU n’est pas obligatoire en cas de cystite aiguë
de la femme de moins de 65 ans sans antécédents, en 4• Recueil des urines
dehors de la grossesse. et acheminement
2• Objectifs impartis à l’ECBU 1- Cas général habituel
La réalisation correcte de l’ECBU nécessite de (recueil dit "à la volée" ou" du milieu de jet")
répondre aux six objectifs suivants : Après lavage hygiènique des mains et toilette soi-
1. Connaître les différentes circonstances anatomo- gneuse au savon ou antiseptique doux de la région
cliniques présidant à la réalisation d’un ECBU et vulvaire chez la femme et du méat chez l'homme
influençant la conduite méthodologique. suivi d'un rinçage :

2. 14 2• Examen cytobactériologique des urines (E.C.B.U.)
* Eliminer le 1er jet (20 ml) d'urines pour ne recherche de Mycoplasma ou de Chlamydia tra -
recueillir dans un flacon stérile que les 20 ml sui- chomatis par biologie moléculaire.
vants au minimum en prenant soin de ne pas tou- © Prélèvement parponction sus-pubienne (geste
cher le bord supérieur du récipient. spécialisé)
* Fermer hermétiquement le flacon, l'identifier très Aprés désinfection soigneuse des téguments,
précisément et le porter immédiatement au labo- ponctionner directement l'urine dans la vessie à
ratoire accompagné de sa presciption et de l'aide d'une seringue montée.
l’heure de prélèvement. En cas d’empêchement © Prélèvement par cathétérisme urétéral
le placer pour quelques heures à + 4°C ou utili- Il permet l'obtention d'urine provenant séparé-
ser un tube "boraté". ment du rein droit ou du rein gauche. Après
désinfection de l'extrémité de la sonde, on
2- Patient sondé à demeure
recueille quelques millilitres d'urine en deman-
Plutôt que de découpler sonde et collecteur si on ne dant au patient, préalablement en decubitus laté-
pratique pas le drainage vésical clos, il est préférable ral, de tousser à plusieurs reprises.
aprés clampage en aval, de ponctionner avec une © Exceptionnellement chez la femme, après échec
seringue ou un système d’aspiration sous vide direc- du recueil classique, on peut être amené à un
tement la chambre de prélèvement préalablement sondage vésical à visée diagnostique.
désinfectée puis de transvaser dans un flacon stérile.
5• Micro-organismes responsables
3- Le nourrisson d’infections du tractus urinaire
Chez le petit enfant on doit utiliser un collecteur sté-
rile spécifique. Ce dispositif à usage unique adapté à La connaissance des principales espèces micro-
l'anatomie se pose après désinfection soigneuse et ne biennes responsables d'ITU s’avère un argument
décisif afin de mieux les identifier. Leur fréquence
peut être laissé en place plus d'une heure. Passé ce
relative se révèle fonction des diverses circons-
délai, si l'enfant n'a pas uriné, le dispositif est éliminé tances anatomocliniques précédemment décrites :
et remplacé par un collecteur neuf. Dès la miction
terminée le collecteur est enlevé et les urines sont Connaître les principales espèces microbiennes
transvasées soigneusement dans un flacon stérile responsables d’ITU : fréquence des espèces à
puis acheminées rapidement vers le laboratoire. partir de 20 000 souches consécutives sur 4 ans
L’urine peut également être saisie «à la volée» au en milieu hospitalier
moment du change. E. cloacae
C. albicans K. oxytoca M. morganii
C. diversus
4- Urétérostomie (sans sonde) S. epidermidis 1% P. stuartii
2%
2% 2% 2% 1% 1%
K. pneumoniae 4% Autres
Après nettoyage soigneux de la stomie on met en S. aureus 4% 8%
place un collecteur stérile et l'on procéde comme P. aeruginosa 5%
pour le nourrisson. E. faecalis
7%
5- Immunodéprimé
P. mirabilis
8%
cf cas général habituel
E . coli
6- Recherche de mycobactéries
53%
Cet examen de seconde intention exécuté sur pres- 1- Circonstances 1 et 3
cription spécifique ultérieure au vu des premiers Majoritairement Entérobactéries (surtout : Escheri -
résultats doit être effectuée sur la totalité de la pre- chia coli, Proteus mirabilis)
mière miction du matin après restriction
Plus rarement Enterococcus faecalis et Staphylococ -
hydrique, trois jours de suite.
cus aureus ou Staphylococcus saprophyticus (chez la
7- Circonstances particulières femme jeune).
© Urines du premier jet (aprés éventuel massage 2- Circonstances 2, 4 et 5
prostatique)
Idem 1 et 3 avec une attention particulière pour :
Intéressant en cas de suspicion d'infection uré-
trale ou prostatique, utilisable aussi pour la Pseudomonas aeruginosa, Acinetobacter baumannii,

3. 2• Examen cytobactériologique des urines (E.C.B.U.) 15
L’ECBU dans ses différentes étapes
Schéma synoptique de réalisation
Prélèvement d’urines
Examen Examen
J0
cytologique bactériologique
Quantitatif Qualitatif Ensemencement
Leucocyturie germes Dilution / Anse calibrée
Pyurie Lame immergée
Dénombrement
J1 à 2
Observation des cultures
Différenciation des colonies
J2 à 4 Eventuellement identification(s)
Antibiogramme(s)
Burkholderia cepacia, Stenotrophomonas maltophi - les données précédentes, permet d'observer les
lia, Staphylococcus "coagulase négative", Coryne - éventuels micro-organismes présents et oriente
bacterium urealyticum (ancien groupe D 2), Candida le choix des milieux de culture selon leur(s)
spp (albicans et glabrata) ; plus rarement : Oligella morphologie(s) et leur(s) affinité(s)
urethralis, Aerococcus urinae, Lactobacillus spp. tinctoriale(s).
La présence de cellules épithéliales d’origine
6• Conduite méthodologique vaginale signe une contamination et entraîne le
La réalisation de l'ECBU comprend les diffé- rejet de l’examen.
rentes étapes indiquées dans le schéma ci-dessus.
2- Mise en culture
1- Examen cytologique
¯ Dénombrement des micro-organismes
¯ Aspect quantitatif
L'évaluation quantitative de la bactériurie peut
A l'aide d'un dispositif à numération type cellule s'opérer par dilution des urines ou par technique
de Malassez de préférence à usage unique on de l'anse calibrée ou par méthode de la lame
dénombre les différents éléments figurés conte- immergée.
nus dans un volume donné de l'urine à étudier.
¯ Ensemensement : choix des géloses
Leur nombre est rapporté au ml. A l'état physio-
logique, l'urine contient moins de 10 000 leuco- Le milieu de type C.L.E.D. se prête bien à la cul-
cytes et 5 000 hématies par ml. ture des urines. Certains milieux incorporant des
chromogènes directs peuvent s'avérer utiles au
En cas d'infection urinaire, le processus inflam-
repérage des colonies. Selon les résultats de l'ob-
matoire se traduit le plus souvent par la présence
servation microscopique, on ensemence une
de :
gélose au sang voire une gélose chocolat sous
- > 50.000 leucocytes /ml, parfois en amas ; 10% de CO 2.
- > 10.000 hématies /ml témoins de micro- Après 24 h d'incubation voire 48 h si besoin, la pour-
hémorragies ; suite de l'analyse microbiologique dépend de l'inter-
- cellules du revêtement urothélial. prétation cyto-bactériologique, des renseignements
Si la présence de cylindres leucocytaires s'avère cliniques et d'éventuels examens antérieurs.
importante à prendre en compte, la notion d'alté-
3- Identification(s)
ration des leucocytes n'amène pas d'élément
séméiologique supplémentaire. Pour l'identification la technique à utiliser découle
¯ Aspect qualitatif de la morphologie des colonies complétée si besoin
d'une coloration de Gram et de la recherche de l'oxy-
L'examen du frottis réalisé à partir du culot de
dase et de la catalase. Le nombre limité d'espèces
centrifugation et coloré au Gram peut conforter

4. 16 2• Examen cytobactériologique des urines (E.C.B.U.)
microbiennes impliquées simplifie le choix de la - les résultats d'ECBU précédents,
galerie commerciale à utiliser. - les conditions de prélèvement.
7• Interprétation Tableau 2 : Interprétation "bactério-clinique"
Catégories Critères
En théorie les combinaisons des trois paramètres : microbiologiques
bactériurie, pyurie et symptômes urinaires délimitent Infection urinaire aiguë ≥ 10 000 GB / ml
cinq entités nosologiques (Tableau 1). non compliquée de la femme ≥ 103 UFC / ml
Depuis les travaux de KASS (en pratique et de uropathogènes reconnus
prime abord) l'interprétation des cultures s'effec- Pyélonéphrite aiguë simple ≥ 10 000 GB / ml
≥ 10 4 UFC / ml
tuait de la manière suivante : uropathogènes reconnus
- Bactériurie < 103 CFU / ml : absence d'infection ITU à risque ou compliquée ≥ 10 000 GB / ml
- Bactériurie > 105 CFU / ml : infection probable dont celle de l’homme ≥ 105 UFC / ml
uropathogènes reconnus
- Entre 103 et 104 CFU / ml : zone d'incertitude Bactériurie asymptomatique ≥ 10 000 GB / ml
(valeurs à contrôler si besoin) (contrôlée sur 2 ECBU) ≥ 105 UFC / ml
Le tableau 2 précise les valeurs de ces critères pure-
ment microbiologiques en fonction des circonstances Le tableau 3 prend en compte l'ensemble des para-
anatomo-cliniques comme le propose STAMM. mètres significatifs et pertinents nécessaires à une
interprétation de qualité. En toutes circonstances, au
Ces critères (condition nécessaire mais pas suffi-
delà de deux types de colonies différentes, l'analyse
sante) doivent être interprétés dans chaque cas en
n'est plus poursuivie. Une description sommaire est
fonction d'autres paramètres indispensables à
transmise.
prendre en compte :
- les données de l'examen direct Toutefois, chez le greffé rénal, des critères moins
restrictifs d’interprétation peuvent être appliqués.
- le caractère mono- ou pluri-microbien des
cultures,
- les renseignements cliniques fournis,
Tableau 1 : Interprétation des résultats de l’ECBU
Bactériurie Pyurie Symptômes Traitement
Colonisation + – – –
Infection asymptomatique + + – +*
Infection symptomatique + + + +
Inflammation sans infection – + – ±
Symptômes sans infection – – + ±
* dans certaines circonstances
Tableau 3 : Attitude pratique
Critères significatifs de Stamm Eventualités Suites
Leucocyturie Bactériurie Types de colonie Interprétation Conduite
Non Non 0 ECBU stérile Normal
Oui Non 0 Traitement antibiotique A refaire et adapter
Bactérie exigeante (B.K.) les techniques
Leucocytes génitaux
Non Oui Une sorte Infection débutante Identification et antibiogramme
Infection aplasique ou à contrôler
Contamination
Oui Oui Une sorte Infection typique Identification et antibiogramme
Non Non >1 Souillure Aucune
Oui Non ≥2 Infection sur sonde ? A contrôler
Non Oui ≥2 Souillure Aucune
Oui Oui ≥2 Infection polymicrob. ? A refaire

5. 2• Examen cytobactériologique des urines (E.C.B.U.) 17
8• Antibiogramme Bibliographie
La réalisation de l'antibiogramme dans le cadre de DUNNE W. M. : Laboratory diagnosis of ITU in chil-
dren. Clin. Microbiol. Newsl., 1995. 17 (10), 73-80
l'ITU ne diffère pas techniquement des méthodes tra-
ditionnelles de mesure in vitro de sensibilité aux FLANDROIS J.P., CHOMARAT M. : L'examen cyto-
bactériologique des urines. in Bactériologie médi-
antibiotiques qu'elles soient manuelles ou automati- cale pratique, MEDSI / Mc GRAW-HILL, Paris, 1988
sées. Le choix des molécules à tester résulte d'un KASS E.H. : Bacteriuria and diagnosis of infection of
compromis entre le spectre attendu de sensibilité de the urinary tract. Arch. Inter. Med., 1957. 100,
la bactérie incriminée et la diffusion de l'antibiotique 709-715
au site de l'infection . MOINARD D. : Examen cytobactériologique des
urines (ECBU) chap. 8 in Bactériologie médicale
9• Conclusion techniques usuelles : Carbonnelle B., Denis F., Mar-
monier A., Pinon G., Vargues R., SIMEP Ed. Paris,
L'ECBU est un examen bien codifié dont les deux 1987
temps critiques sont : STAMM W.E. : Critera for the diagnosis of UTI and
for the assessment of therapeutic effectiveness.
- Le prélèvement trop souvent "victime" de son Infection 20, 1992. Suppl.3, S151- S154
apparente simplicité,
- L'interprétation microbiologique qui doit s'ap-
puyer sur des arguments décisionnels irrépro-
chables.
Cette analyse peut bénéficier en amont d'une
méthode de criblage rapide consistant à rechercher
"au lit du malade" simultanément une bactériurie
(nitrate-réductase) et une leucocyturie (leucocyte-
estérase). Correctement effectué, le dépistage par
bandelettes a un bon pouvoir prédictif négatif.
D'autres techniques recommandables utilisent au
laboratoire une détection rapide de croissance en
milieu liquide.

6. 18 2• Examen cytobactériologique des urines (E.C.B.U.)